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关键词： 习惯性便秘   牛蒡子   分子机制   网络药理学  

摘要： 目的通过网络药理学手段探查牛蒡子的活性化合物,并预测其防治习惯性便秘的潜在靶点和信号通路及相关分子机制,为后续研究打下基础。方法牛蒡子的所有成分均从中药系统药理学数据库与分析平台数据库中检索,利用UniProt数据库筛选牛蒡子靶点基因。利用GeneCards数据库筛选疾病靶点基因,利用Cytoscape构建药物成分-靶点网络。利用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,利用Hiplot对潜在靶点进行基因本体论分析与可视化。利用Cytoscape软件创建成分-靶点-通路网络。结果组建的成分-靶点网络包含牛蒡子的3种活性成分(牛蒡子苷、β-谷甾醇和山柰酚)与149个靶点基因,其中包含蛋白质相互作用网络筛选出蛋白激酶B、肿瘤坏死因子、前列腺素合成酶2、雌激素受体1、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3、血管内皮生长因子A、成熟脂肪细胞核转录因子、细胞间黏附分子β1、麦克基因和基质金属蛋白酶2共10个核心靶点基因。基因组百科全书通路富集分析结果表明牛蒡子主要化合物的靶点在多种神经退行性变疾病的发病途径、多种动脉粥样硬化相关途径、多种病毒感染和细菌感染相关途径、多种肿瘤相关通路、内分泌抵抗与炎症信号通路等进行富集。利用成分-靶点-通路网络显示牛蒡子活性成分调控影响相关通路的靶点基因。结论本研究揭示了牛蒡子的活性成分治疗习惯性便秘的潜在靶点及关键生物学通路,从而为研究牛蒡子治疗习惯性便秘的方向提供了科学基础,并为后续药物研发及临床研究提供了理论支持。

关键词： 溃疡性结肠炎   石榴皮   网络药理学   分子对接   SRC  

摘要： 目的:基于网络药理学方法和分子对接技术探究石榴皮治疗溃疡性结肠炎(UC)的活性成分、关键靶点和潜在的药理学机制。方法:从TCMSP数据库、Swiss ADME数据库及SwissTargetPrediction数据库筛选活性成分及靶点信息,通过UniProt数据库筛选出人类靶点并规范基因名;再从GeneCards数据库、DisGeNET数据库筛选疾病靶点,应用Venny2.1软件将石榴皮与UC靶点基因取交集生成韦恩图;使用Cytoscape 3.9.1软件作药物-活性成分-靶点-疾病网络图并筛选出主要活性成分;利用STRING数据库构建主要成分靶点互作网络并筛选关键靶点;然后导入Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络图;随后用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析(P<0.01)。最后,进行分子对接,以预测活性成分与核心靶点的结合。结果:共筛选出7种石榴皮活性成分和124个石榴皮抗溃疡性结肠炎(PP-UC)相关靶点。槲皮素、木犀草素和山奈酚可能是潜在的主要活性成分,酪氨酸蛋白激酶(SRC)可能成为潜在的治疗靶点。GO功能分析靶基因主要富集于受体复合物、蛋白激酶复合物、膜筏、中心体等。KEGG分析石榴皮治疗UC的通路可能为PI3K-Akt信号通路、花生四烯酸代谢通路、AMPK通路等。分子对接结果表明木犀草素、山奈酚和槲皮素分别与SRC结合良好。结论:石榴皮可能通过调节炎性因子,改善肠上皮屏障等多种机制发挥抗UC的作用,PI3K-Akt信号通路、花生四烯酸代谢通路、AMPK通路可能是重要的调节通路。

关键词： 儿童清咽解热口服液   儿童上呼吸道感染   网络药理学   黄芩苷   柴胡皂苷   槲皮素   鱼腥草素  

摘要： 目的探讨儿童清咽解热口服液治疗上呼吸道感染的潜在机制。方法分别从TCMSP和Swiss Target Prediction数据库中提取儿童清咽解热口服液组方药物的潜在生物活性成分和相应的靶点,疾病靶点从GeneCards数据库中获取。通过Cytoscape软件构建“中药材-化合物-靶点”网络,并通过STRING web平台分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。在DAVID平台上进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,利用Maestro软件进行分子对接。采用RAW264.7细胞进行体外Western blottitng和免疫荧光实验验证。结果共筛选儿童清咽解热口服液组方药材含有的41种有效化合物,177种成分和疾病的共同靶点。其中,黄芩苷、柴胡皂苷、槲皮素、鱼腥草素等是重要的活性化合物。PI3K、Akt、EGFR、MAPK3、GRB2、PIK3R1等是关键靶点。PI3K/Akt信号通路、HIF-1信号通路和FOXO信号通路被认为是3条重要的信号通路。相关成分、靶点和通路与抗炎、抗病毒和免疫调节有关。分子对接结果提示,筛选的12个关键靶点可与大多数主要活性化合物紧密结合。Western blotting和免疫荧光实验结果显示,儿童清咽解热口服液可以抑制PI3K和Akt的蛋白表达,与网络药理学的预测结果一致。结论儿童清咽解热口服液主要通过调节PI3K/Akt等信号通路发挥治疗儿童急性上呼吸道感染的作用。

关键词： 网络药理学   分子对接   当归-厚朴   慢传输型便秘   机制  

摘要： 运用网络药理学和分子对接技术以探究当归-厚朴药治疗慢传输型便秘(Slow Transit Constipation,STC)的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN和SymMap中筛选得到药物的活性成分,并通过SwissTargetPrediction数据库获得预测作用靶点,借助Cytoscape3.10.0制作“药物-成分-靶点”网络图;以“slow transit contipation”为关键词在Genecards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索STC相关的主要靶点,将利用Venny取交集的靶点以及将交集靶点传入 String 数据库所得到的数据均需导入 Cytoscape进行拓扑分析,绘制“成分-靶点”网络图、蛋白质-蛋白质相互作用( PPI) 网络图;运用Metascape对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,使用AutoDockTools软件进行分子对接验证。结果 当归-厚朴治疗STC中共有5个有效活性成分和169个当归-厚朴治疗STC的靶点,GO功能富集分析条目2015条;KEGG通路富集得到184条。分子对接显示该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论 当归-厚朴主要活性成分和厚朴新酚、新橙皮苷等可能通过癌症信号通路、PI3K/AKT信号通路等信号通路,作用于AKT1、CASP3、SRC等靶点治疗STC。

关键词： 个体化用药   治疗药物监测   精准治疗   特殊人群   危重症患者   治疗学   治疗失败   群体特征  

摘要： 个体化用药即在最适的时间,对最适的患者给予最适的药物和最适的剂量及疗程。治疗药物监测(Therapeutic Drug Monitoring,TDM)和药物基因组检测(Pharmacogenomics,PGx)为个体化用药提供了重要的技术基础。目前我国个体化用药水平尚不足,尤其是群体特征的危重症患者、特殊人群治疗方案的缺失,导致治疗失败或发生严重不良反应,已经成为危害我国人民健康、消耗医保资金的重要因素。

关键词： 网络药理学   新型冠状病毒   藿香正气   连花清瘟   清肺排毒   综述  

摘要： 在当今人工智能、医药大数据的背景下,基于网络药理学进行药物研发在医学领域具有重要价值。本文综述了网络药理学在中药领域的应用、中药在防治新冠病毒感染中的应用及基于网络药理学治疗新冠病毒感染的中药有效成分。

关键词： 甲状腺结节   用药规律   数据挖掘   网络药理学  

摘要： 目的探索中医药治疗甲状腺结节的用药规律及机制,为临床用药提供参考及为后续研究提供依据。方法检索中国知网、万方、维普数据库,根据纳排标准筛选、建立中医药治疗甲状腺结节的中药处方数据库,通过IBM SPSS Statistics 26、SPSS Modeler 18.0综合分析用药规律、探索核心处方,运用网络药理学方法建立“药物-活性成分-靶点”网络、进行GO功能与KEGG通路富集分析。结果筛选得到处方98个,中药189味,累计频次1312次。筛选出核心中药处方为柴胡、夏枯草、浙贝母、白芍、陈皮、茯苓,药物功效以清化热痰、补气、理气为主;性味多以寒、苦为主,药物以肝经、肺经、脾经居多。关联结果显示,海藻-昆布、夏枯草-栀子经常共同使用。核心中药处方涉及核心靶点为TP53、EGFR、CASP3等,调控核受体活性、配体活化转录因子活性等功能,涉及PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路。结论中医药治疗甲状腺结节多从肝论治,用药以清化热痰、补气、理气为主,其核心处方药物通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗甲状腺结节的作用。

关键词： 八珍汤   乳腺癌   网络药理学   机制预测   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果筛选出八珍汤有效成分2336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。

关键词： 赶黄草   UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS   网络药理学   分子对接   保肝活性  

摘要： 目的采用超高效液相-四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS)鉴定赶黄草全草及其茎、叶主要成分,结合网络药理学和分子对接探究赶黄草保肝作用机制。方法利用质谱采集数据结合对照品、相关文献、数据库检索,鉴定和表征赶黄草及其茎、叶化学成分;运用TCMSP数据库结合文献报道筛选活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction数据库查找活性成分靶点;通过基因数据库筛选疾病靶点。药物靶点与疾病靶点取交,输入String11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络筛选出核心靶点。利用DAVID 6.8进行富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-靶基因-通路”网络,利用AutoDockTools 1.5.6软件对活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果在赶黄草及其茎、叶提取物中共鉴定出64种化学成分;筛选活性成分28个,成分靶点与疾病靶点交集126个,关键活性成分15个,核心靶点24个;基因本体(gene ontology,GO)功能富集163个条目,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析131条通路;分子对接结果显示,成分与靶点蛋白结合活性良好。结论对赶黄草化学成分进行了较全面地研究,初步阐明了其药效物质基础,预测赶黄草可通过多组分、多靶点、多途径和多通路发挥保肝作用。

关键词： 芒柄花素   心血管疾病   网络药理学  

摘要： 基于网络药理学及分子对接方法揭示芒柄花素及5个代谢产物对心血管疾病的作用机制。利用Pubchem、SwissADME、SwissTargetPrediction和GeneCards等数据库对药物和疾病进行靶点预测和筛选,用Venny2.1.0收集药物和疾病靶点的交集,String绘制交集靶点PPI网络图,RCSB PDB选取有效成分靶点中的主要蛋白片段,再利用Auto Dock、Pymol、PMW等数据库进行分子对接验证,最后得到6个异黄酮治疗心血管疾病的主要靶点。该研究为芒柄花素应用于心血管疾病的治疗奠定了基础。