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关键词： 肝癌   姜黄   郁金   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨姜黄、郁金药对治疗肝癌的潜在靶点和作用机制。方法:通过公共数据库筛选姜黄、郁金药对的活性成分和作用靶点及肝癌的靶点,绘制药物活性成分的分子靶点和疾病靶点的交集,构建药对-疾病-有效成分-靶点的中药复方调控网络图及蛋白-蛋白互作网络图,进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析,通过分子对接对有效成分和关键靶点进行验证。基于TIMER数据库分析关键靶点与免疫细胞浸润的关系,通过GEPIA数据库分析关键靶点在肿瘤组织中的表达情况及对患者临床预后的影响。结果:最终筛选出姜黄、郁金药对有效成分6个,共同靶点70个,核心靶点柚皮素与MAPK3、CASP3、AKT1、CAT、ESR1和PTGS2有较强的亲和力。作用机制涉及多条通路,核心靶点与多个免疫细胞浸润丰度相关,其中MAPK3在肿瘤组织中的表达高于癌旁组织,ESR1则相反。生存曲线分析中MAPK3表达水平高者,预后相对较差;ESR1表达水平高者,预后相对较好。MAPK3为癌基因,ESR1为抑癌基因,对肝癌的临床预后具有潜在价值。结论:姜黄、郁金药对可通过诱导肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤血管生成、调节信号通路减少肿瘤免疫逃逸等过程发挥多成分、多靶点、多途径协同抗肿瘤作用,为进一步药理研究提供了新思路和线索。

关键词： 急性白血病   四鲜汤   鲜药   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接技术对四鲜汤治疗急性白血病(AcuteLeukemia,AL)的作用机制进行研究。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制生物信息学分析工具(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN—TCM)和中医药百科全书数据库(Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine,ETCM)检索并获取鲜药复方四鲜汤组方中药(生地、白茅根、小蓟、蒲公英)的化学成分,建立鲜药复方-四鲜汤的天然药物活性化学成分数据集;检索人类基因数据库(Human Gene Data Base,Gencards)、人类疾病相关基因和变异的信息的数据库(Database of Gene-Disease Associations,DisGeNET)、在线生物信息学和化学信息学数据库(Database for Drug and Drug Target Info,DrugBank)、人类疾病数据库(Human Disease Database,MalaCards)以获得AL疾病相关靶点,建立疾病靶点数据库。获取药物以及疾病的交集靶点后,在线画出两者共同靶点venn图;利用String11.5平台构建药物疾病蛋白互作网络;利用cytoscape3.8.2软件构建“药物—疾病—靶点—信号通路”网络,获取相关靶点网络拓扑参数。结果:经TcMSp\BAT-MAN—TcM和ETcM三个数据库检索,获得四鲜汤活性成分30个,相关靶点677个;通过Gencards、DrugBank、MalaCards和DisGeNET四个数据库获得12110个AL疾病潜在靶点;通过R4.2.2平台的ClusterProfiler软件包获得生物功能富集(Gene Ontology,GO)信息条目1011条,其中生物过程(Biological Process,BP)467条,分子功能(Molecular Function,MF)236条,细胞组分(Cellular Component,CC)308条;获得富集的京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes,KEGG)信号通路220条,主要涉及化学致癌受体激活、脂质与动脉粥样硬化、流体剪切力与动脉粥样硬化、前列腺癌、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用等;网络拓扑分析发现,四鲜汤治疗AL疾病作用的主要活性成分有γ-氨基丁酸、腺嘌呤核苷、槲皮素、东莨菪碱和蒲公英萜醇等化合物。结论:四鲜汤治疗AL是一种多成分多靶点多信号通路的共同调节过程,网络药理学为阐明四鲜汤治疗AL的作用机理提供了坚实的研究基础。

关键词： 强直性脊柱炎   淫羊藿苷   网络药理学   实验验证   JAK2/STAT3信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学及实验验证确定淫羊藿苷(icariin,ICA)干预强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的潜在作用靶点。方法应用网络药理学方法和分子对接预测ICA治疗AS的可能靶点和途径。招募15名活动期AS患者和15名性别、年龄匹配的健康志愿者,提取外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)进行体外实验,检测经不同浓度ICA干预后蛋白酪氨酸激酶2/信号转导与转录激活子3(janus kinase 2/signal transducer and activator of transcription 3,JAK2/STAT3)信号通路相关分子的表达。结果转录因子p65(transcription factor p65,RELA)、一氧化氮合成酶(nitric oxide synthase,NOS)2、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)14、MAPK1、胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor,IGF)1、热休克70 kDa蛋白(heat shock 70 kDa protein,HSPA)1A、热休克90 kDa蛋白α(HSP90A)A1、JAK2和蛋白激酶Cβ(protein kinase C beta,PRKCB)可能是ICA调控AS的潜在作用靶点。体外实验结果表明,活动期AS患者PBMC中JAK2和STAT3的磷酸化水平明显高于对照组(P<0.05),经ICA体外干预后AS患者PBMC中JAK2和STAT3磷酸化水平显著降低(P<0.05)。特异性转录因子维甲酸相关孤儿核受体(retinoic acid related orphan receptor,ROR)γt蛋白和其编码基因RORc在活动期AS患者中的表达显著高于对照组(P<0.05),ICA可下调RORγt蛋白和RORc mRNA的表达(P<0.05)。结论ICA可能通过RELA、NOS2、MAPK14、MAPK1、IGF1、HSPA1A、HSP90AA1、JAK2等关键靶点和JAK2/STAT3信号通路发挥抗AS的作用。

关键词： 丹参   当归   药对   缺血性脑卒中   作用机制   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的探讨丹参-当归治疗缺血性脑卒中(CIS)的潜在作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss TargetPrediction数据库获取丹参和当归的活性成分及作用靶点,并通过检索PubMed、中国知网相关文献进行补充;通过GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库获取CIS的潜在靶点;将丹参-当归治疗CIS的共有靶点导入String 11.0平台,构建活性成分与疾病靶点蛋白的蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.8.2软件构建疾病-药物-活性成分-靶点可视化网络;将共有靶点导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.8.2软件构建活性成分-核心靶点-通路网络;利用AutoDock软件对疾病-药物-活性成分-靶点网络中度值排名前6的核心靶点和活性成分进行分子对接验证。结果共检索到82种活性成分,其中丹参65个、当归17个,潜在作用靶点787个,疾病靶点671个,共有靶点76个。度值排名前6的活性成分为丹参醇B、丹参新醌D、木犀草素、阿魏酸、藁本内酯、丹参酮ⅡA,核心靶点为MAPK14,MAPK1,AKT1,PTGS2,EGFR,JAK2。共获得GO功能条目2545个,其中生物学过程2244个,细胞组成128个,分子功能173个,分别涉及对脂多糖的反应、膜筏、内肽酶活性等;KEGG信号通路152条,主要涉及PI3K-Akt信号通路、脂质和动脉粥样硬化、钙信号通路等。分子对接结果证明了6种活性成分与其相应核心靶点均有较好的结合活性。结论丹参-当归治疗CIS具有多成分-多靶点-多通路的调控特点,其作用机制可能与抗炎、抗氧化应激、抗神经细胞凋亡、调节自噬功能等有关。

关键词： 中文核心期刊   荷兰医学文摘   中国临床药理学   核心版   中国药理学会   皖南医学院   弋矶山医院   乌利希期刊指南  

摘要： 《中国临床药理学与治疗学》是由中国科学技术协会主管、中国药理学会主办、皖南医学院弋矶山医院承办的国家级学术性月刊(ISSN 1009-2501,CN 34-1026/R),创刊于1996年6月,创刊人是全国著名定量药理学家孙瑞元教授,现任主编为国家杰出青年基金获得者复旦大学特聘教授黄志力。本刊于2001年获得中国科学技术协会专项基金资助,2003年入选“中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)”,2011年被中国科学引文数据库核心版(CSCD)收录,现为北大中文核心期刊、中国科学引文数据库(CSCD)核心库期刊、中国科技论文统计源期刊,并被荷兰医学文摘(Embase)、美国《化学文摘》(CA)、日本科学技术振兴机构数据库(JST)、波兰《哥白尼索引》(IC)、西太平洋地区医学索引(WPRIM)、美国《乌利希期刊指南》(Ulrichsweb)等国际数据库收录。

关键词： 益气化瘀解毒方   慢性阻塞性肺疾病   网络药理学   生物信息学   分子对接  

摘要： 目的 通过网络药理学及生物信息学技术探讨益气化瘀解毒方治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)潜在作用机制。方法 采用TCMSP和TCMIP数据库检索益气化瘀解毒方的活性成分及靶点;经GeneCards、TTD、DrugBank、OMIM、DisGeNET数据库等筛选COPD疾病靶点,并于基因表达综合数据库(GEO)中下载并分析芯片GSE130928和GSE5058数据集,筛选出COPD患者与健康人的差异基因;运用Venny2.1平台获取益气化瘀解毒方与疾病的交集靶点,导入Cytoscape3.9.1软件分析益气化瘀解毒方治疗COPD的核心活性成分;通过STRING数据库构建PPI网络并得出该网络的核心靶点;借助Metascape数据库对共同靶点及差异基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析;运用Autodock Tools和Pymol软件将核心靶点蛋白与核心活性成分进行分子对接加以验证。结果 该研究共得到益气化瘀解毒方176种活性成分,中药靶点478个,疾病靶点15 256个,关键“方-病”靶点400个;益气化瘀解毒方治疗COPD的核心活性成分包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、黄芩黄酮Ⅱ、异鼠李素等;PPI网络中潜在核心靶点有MAPK3、AKT1、TP53、MAPK1、HSP90AA1、JUN等;GO富集分析得到生物学过程1154个、细胞组成137个和分子功能135个,条目主要分布于氧化应激、营养代谢、细胞膜结构及蛋白结合活性等内容;KEGG通路富集分析主要涉及AGE-RAGE、cAMP、NF-κB信号通路等,与炎症、氧化应激、新陈代谢关系密切。分子对接结果均显示结合所需能量较低,亲和力较强,能形成稳定构象。结论 研究初步探讨了益气化瘀解毒方治疗COPD的潜在作用机制,表明该方具有多成分、多靶点、多通路的药效特点,将为今后相关研究提供新的思路和依据。

关键词： 网络药理学   分子对接   瓜蒌皮注射液   冠心病   作用靶点  

摘要： [目的]通过网络药理学及分子对接的方法,探究瓜蒌皮注射液治疗冠心病的分子机制。[方法]首先通过查阅文献汇总瓜蒌皮注射液中的主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME数据库筛选其活性成分并预测其作用靶点,与在GeneCards数据库、OMIM数据库中获取的冠心病的相关靶点交集获得核心靶点;其次通过String数据库构建靶点蛋白互作网络,转换格式导入Cytoscape3.7.2软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并分析关键靶点蛋白与活性成分;然后通过Metascape数据库对靶点基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后通过AutoDock Vina软件将活性成分与核心靶点进行分子对接来对网络药理学预测的准确性进行虚拟验证。[结果]研究获得瓜蒌皮注射液治疗冠心病的可能相关活性成分10个,核心靶点7个。瓜蒌皮注射液的活性成分可能通过调控蛋白激酶B抗体(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、非受体酪氨酸激酶(SRC)、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体1(ESR1)、纤溶酶原(PLG)等核心靶点及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白介素(IL)-17、叉头框蛋白O(FoxO)通路等信号通路以达到治疗冠心病的作用,分子对接结果表明活性成分与关键靶点蛋白结合稳定,AKT1与3,29-二苯甲酰基栝楼仁二醇、木犀草苷和槲皮苷等对接更为稳定。[结论]瓜蒌皮注射液通过多靶点、多途径来干预冠心病,为进一步揭示瓜蒌皮注射液的药理作用机制提供理论基础。

关键词： 黄芪桂枝五物汤   网络药理学   分子对接   异病同治   糖尿病周围神经病变   类风湿性关节炎  

摘要： 目的 运用网络药理学方法和分子对接技术,从益气活血的角度探讨黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变(diabetic peripheral neuropathy, DPN)和类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)“异病同治”的作用机制。方法 本研究运用网络药理学,从中医“同治异病”的角度探讨黄芪桂枝五物汤治疗DPN、RA的作用机制。结果 黄芪桂枝五物汤治疗DPN、RA都采用了益气温经、和血通痹的治疗方法,证实了DPN、RA在其证候特点的相同点,也推出了两者“异病同治”的客观存在性。黄芪桂枝五物汤对DPN和RA的治疗作用主要是通过整体调控晚期糖基化终末产物(advanced glycosylation end products, AGEs)—糖基化终末产物受体(receptor of AGEs, RAGE)信号通路实现的,但对不同病变有不同的侧重点。DPN的治疗主要通过抑制神经元凋亡和刺激突触再生来保护神经。RA的治疗往往依赖于对肿瘤坏死因子(transforming necrosis factor, TNF)信号通路、Toll样受体(Toll-like receptors, TLRs)信号通路、白介素17(interleukin 17,IL-17)信号通路等炎症相关通路的调节,以减少炎性因子,调节免疫。结论 黄芪桂枝五物汤可通过相同途径和不同途径治疗DPN、RA,两者虽有相通之处和内在联系,但也有不同之处,故应着眼于不同的方向,为研究提供新的启示。

关键词： 灵芝三萜   药理活性   功能性食品   灵芝酸  

摘要： 灵芝是药食同源的大型真菌,可用于预防和治疗多种疾病。灵芝三萜是灵芝的重要活性成分,其含量是评价灵芝品质的重要指标。灵芝三萜的化学结构决定其多样的生物学活性,包括抗炎、抗氧化、抗肿瘤、抗衰老、调节免疫功能以及调节代谢等。文中基于相关研究文献对灵芝三萜的药理作用及其机制进行总结和论述,以期为灵芝三萜在创新药物研发与功能性食品开发领域的基础研究和转化应用提供系统参考资料。

关键词： 网络药理学   陈皮   功能性消化不良   靶点   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学探讨陈皮治疗功能性胃肠病的物质基础与分子作用机制。方法:通过TCMSP、BATMAN-TCM、Drugbank数据库和文献搜索获得陈皮的主要活性成分及靶点;利用GeneCards数据库筛选功能性胃肠病的靶点,整理获得陈皮活性成分-功能性胃肠病的交集靶点,构建化学成分-靶点可视化网络;采用String数据库构建交集靶点蛋白互作(PPI)网络;借助David 6.8数据库对靶点进行GO和KEGG分析。结果:获得12个陈皮活性成分,223个治疗FGIDs的靶点,其中TP53、GRIN2A、HTR2A、PTGS2、SCN5A、NCOA2、JUN、MAPK3等为关键靶点;交集靶点主要分布于质膜,与延迟整流钾通道活性、酶结合、血红素结合、药物结合等分子功能有关,参与缺氧、甲醇、药物反应等生物过程,涉及cAMP信号通路、TNF信号通路、神经活性配体-受体相互作用等信号通路。结论:陈皮中黄酮、挥发油类成分是治疗FGIDs的重要物质基础,组分靶点呈差异化,陈皮对炎症、电压门控钾离子通道、胃肠神经系统的调节作用值得深入研究。