课程文献中心 更多>>

关键词： 卵巢癌   三棱   莪术   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术,探究三棱-莪术药对在辅助治疗卵巢癌中的作用机制。方法:活性成分及其作用靶点收集自中药系统药理学分析平台,卵巢癌相关靶点收集自Genecard数据库。上述靶点取交集后,结合STRING数据库及Cytoscape软件构建PPI网络。应用R及Cytoscape软件整合构建中药-活性成分-疾病-靶点网络。同时,应用R软件进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集,并通过Cytoscape/CluGO进行KEGG通路聚类分析。综合分析各网络,获取关键靶点及其对应活性成分后应用Autodock vina及Pymol等软件进行分子对接及可视化研究。结果:本研究在三棱-莪术药对中,共获得8个活性成分,164个作用靶点,Genecards数据库获得1540个符合条件的卵巢癌相关靶点。取交集获得27个三棱-莪术药对治疗卵巢癌的潜在靶点。分析PPI网络并获取关键靶点为CASP3、ESR1、JUN、PTGS2、AR、MAPK14、PGR、CASP8、CASP9、CAS及PPARG。GO及KEGG分析表明相关作用机制可能涉及凋亡、白细胞介素17(interleukin-17,IL-17)信号通路、乙肝信号通路、雌激素信号通路、甲状腺激素信号通路,卵巢类固醇等多条信号通路。分子对接表明核心成分芒柄花黄素、β-谷甾醇、常春藤皂苷元与关键靶点结合性良好,其中各活性成分与PTGS2结合最佳,结合能均小于-9.0 kcal/mol。结论:该研究初步揭示了三棱-莪术药对治疗卵巢癌的药理机制,这为后期探究该药对及其所在复方治疗卵巢癌提供了较为系统的依据。

关键词： 银屑病   土茯苓   蛇床子   网络药理学   信号通路  

摘要： 利用网络药理学的方法研究“土茯苓-蛇床子”药对治疗银屑病的作用机制。方法 通过中药系统药理学技术平台筛选“土茯苓-蛇床子”药对的潜在活性成分,并通过检索Gene Cards和OMIM数据库获得银屑病相关靶点,将二者利用Venny 2.1取交集得到“土茯苓-蛇床子”药对治疗银屑病的交集靶点,利用AutoDock对重要成分和重要靶点进行分子对接。结果 共获得药物潜在靶点216个,疾病潜在靶点1926个,119个交集靶点。通过构建PPI网络并进一步筛选,获得“土茯苓-蛇床子”药对治疗银屑病的25个核心靶点。GO分析核心靶点提示涉及生物学过程236个、细胞组分34个和分子功能44个,KEGG分析结果表明“土茯苓-蛇床子”药对可能通过PI3K-AKT、MAPK、TNF等与炎症、细胞增值相关的信号通路而发挥治疗银屑病的作用,重要成分和重要靶点的分子对接提示有较好的结合活性。结论 本研究初步明确了“土茯苓-蛇床子”药对多成分、多靶点、多通路治疗银屑病的复杂过程,为系统研究其治疗银屑病的作用机制奠定基础。

关键词： 网络药理学   分子对接   川芎   赤芍   动脉粥样硬化  

摘要： 心血管疾病是全球范围内死亡率最高的一种疾病,其主要病理基础是动脉粥样硬化。为了探讨川芎-赤芍药对治疗动脉粥样硬化的潜在作用机制,利用网络药理学平台,挖掘了川芎-赤芍的有效成分及靶点并筛选核心成分;查找了动脉粥样硬化的靶点,然后与药物靶点取交集筛选候选靶点;构建候选靶点的蛋白互作网络得到核心靶点;对候选靶点进行GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析。最后将核心成分和核心靶点进行分子对接。结果从川芎-赤芍药对中筛选到包括核心成分β-谷甾醇、黄芩素、豆甾醇和杨梅酮在内的35个活性成分,获得川芎-赤芍药对治疗动脉粥样硬化的包括核心靶点AKT1、TNF、VEGFA、TP53在内的候选靶点58个,核心成分和核心靶点间均具有较好的结合能力,候选靶点主要参与了对氧水平下降的反应、对细菌来源分子的反应、对激素的反应等生物学过程,富集在癌症信号通路、脂质和动脉粥样硬化信号通路、化学致癌-受体激活通路、流体剪切力与动脉粥样硬化通路等相关通路上,以协同的形式通过调节细胞生长发育、降低血脂水平和控制促炎介质的分泌等对动脉粥样硬化发挥治疗作用,为川芎-赤芍药对的临床应用提供理论基础。

关键词： 党参   慢性咽炎   数据挖掘   分子对接  

摘要： 目的:探讨党参治疗慢性咽炎的用药规律及其作用机制,为党参的临床应用及中药资源的开发提供参考。方法:基于数据挖掘的方法,运用SPSS Modeler和Python 3.7软件对治疗慢性咽炎且含有党参的方剂从性味归经、常用药物配伍及组方规律等方面进行分析,在此基础上,利用网络药理学方法分析党参治疗慢性咽炎的分子机制,并运用Cytoscape软件进行可视化处理,运用AutoDock、PyMOL等软件进行分子对接,最后用计算机分子模拟的方法验证“蛋白-配体”复合物的稳定性。结果:共得到125首治疗慢性咽炎的含党参方剂,发现21味高频药物,关联规则得到40个高频药物组合,聚类分析得到4组药物聚类组合,因子分析共提取到11个公因子。网络药理学筛选得到党参的化学成分31个,38个药物疾病交集基因,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析得到65条通路。分子对接结果显示半胱氨酸蛋白酶3(Caspase 3,CASP3)与豆甾醇的结合活性最强。结论:党参通过调节表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、CASP3、周期蛋白D1(Cyclin D1,CCND1)、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)等靶点,干预EB病毒感染、缺氧诱导因子-1(Hypoxia Inducible Factor-1,HIF-1)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)等信号通路发挥对慢性咽炎的治疗作用,为后续研究及党参的资源利用提供了依据。

关键词： 网络药理学   分子对接   郁金散加减方   猪传染性胃肠炎   作用机制  

摘要： [目的]基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金散加减方治疗猪传染性胃肠炎(TGE)的作用靶点及机制。[方法]在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索郁金散加减方的活性成分及靶点并经UniProt平台转换,在比较毒理基因组学数据库(CTD)中搜索TGE相关靶点,将两者交集靶点导入Cytoscape 3.9.1软件中构建郁金散加减方-成分-靶点-疾病网络关系图,在STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件中进行蛋白互作(PPI)网络分析,在DAVID数据库中进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,用AutoDock软件进行分子对接。[结果]共收集到郁金散加减方包括槲皮素、芒柄花黄素在内的126个活性成分,得到郁金散加减方治疗TGE的相关靶点74个。郁金散加减方-成分-靶点-疾病网络关系图结果显示,郁金散加减方治疗TGE的核心成分为槲皮素、山奈酚等;PPI结果表明,郁金散加减方治疗TGE的核心靶点为抑癌基因P53(TP53)、癌基因FOS、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)及胱天蛋白酶3(CASP3)等;GO功能和KEGG信号通路分析结果显示,郁金散加减方治疗TGE的作用机制涉及到免疫反应、抗炎等过程,并调控MAPK、IL17、TNF、TH-17细胞分化、抗炎症性肠病和NF-κB等信号通路。核心成分与关键受体氨肽酶N(APN)分子对接表明,郁金散加减方与APN具有良好的结合能力。[结论]郁金散加减方主要是利用槲皮素、4′-甲氧基光甘草定、芒柄花黄素等核心成分作用于TP53、FOS、TNF、MMP9、CASP3等靶点,调控MAPK、IL7、TNF、TH-17细胞分化、抗炎症性肠病、NF-κB等信号通路来发挥对TGE的治疗作用。

关键词： 李国勤   芪术肺纤汤   特发性肺间质纤维化   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨芪术肺纤汤治疗特发性肺间质纤维化(IPF)的作用机理。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药百科全书数据库和本草组鉴数据库等检索芪术肺纤汤各个药物的活性成分及靶点;在GeneCards、Drugbank、人类孟德尔遗传综合数据库和DisGeNET数据库中检索IPF的疾病靶点;利用Venny 2.1.0在线软件获取交集靶点,使用STRING数据库和Cytoscape软件绘制芪术肺纤汤治疗IPF的核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图;运用DAVID数据库和Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Cytoscape软件构建中药-成分-靶点-疾病图和中药-成分-靶点-疾病-通路图;最后将活性成分及核心靶点进行分子对接。结果:共获取芪术肺纤汤活性成分445个,靶点4 705个,IPF疾病靶点4 509个,两者交集靶点456个。利用PPI网络筛选到101个核心靶点;GO、KEGG富集分析分别得到1 148、196个富集结果;熊果酸、芹菜素、木犀草素和槲皮素等成分与核心靶点肿瘤蛋白p53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)、蛋白激酶B(Akt)1、白细胞介素(1L)1β、IL-6和血管内皮生长因子A(VEGFA)等结合能力较强。结论:芪术肺纤汤可能通过熊果酸、芹菜素、木犀草素和槲皮素等成分与TP53、TNF、Akt1、1L-1β、IL-6和VEGFA等靶点结合,调控磷脂酰肌醇3激酶-Akt等信号通路,发挥治疗IPF的作用,为中医药治疗IPF提供了支持和参考。

关键词： 帕金森病   甲基莲心碱   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接探讨甲基莲心碱治疗帕金森病的作用机制。方法:在SwissTargetPrediction数据库、ETCM数据库和PubChem数据库筛选甲基莲心碱作用靶点。在GeneCards数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DisGeNET数据库检索帕金森病的疾病靶点。将帕金森病相关靶点和甲基莲心碱作用靶点取交集,绘制韦恩图。构建成分-靶点-疾病调控网络,并建立成分-疾病靶点蛋白相互作用网络、筛选核心基因。构建蛋白互作网络(PPI),进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,最终构建成分-靶点-通路-疾病调控网络。结果:共获得甲基莲心碱靶点199个,帕金森病靶点10516个,取交集后得到141个成分-疾病靶点。共获得关键蛋白10个,主要包括白细胞介素-6、胱天蛋白酶3、肿瘤坏死因子、胰岛素、酪氨酸激酶src、白介素1 beta、膜联蛋白A5重组蛋白、血管内皮生长因子、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白和表皮细胞生长因子。GO功能富集分析结果显示,共同靶点涉及的细胞组分包括PI3K通路、细胞凋亡过程的负调控、应激反应、神经元细胞体、神经元投射、蛋白质丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等。KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可以通过癌症信号通路、神经活性配体-受体相互作用、动脉粥样硬化、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路和TNF信号通路等多条信号通路发挥作用。分子对接结果表明甲基莲心碱与关键靶点对接良好。结论:甲基莲心碱通过多靶点、多途径发挥其治疗帕金森病的作用。

关键词： 网络药理学   枸骨叶   非酒精性脂肪肝病  

摘要： 目的通过网络药理学研究枸骨叶治疗非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的生物学靶点和作用机制。方法通过本草组鉴(HERB)数据库、SwissADME和中医药系统药理学(TCMSP)数据库筛选枸骨叶的活性成分,通过TCMSP和Swiss Target Prediction和GeneCards数据库获得相关靶点,使用Cytospace和STRING绘制化合物-靶点-疾病和蛋白-蛋白互作网络(PPI)图,使用DAVID数据库进行基因功能分类体系(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果分离得到槲皮素、山柰酚、多梗白菜菊素高中心度化合物,血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)和肿瘤坏死因子(TNF)等10个关键蛋白。富集分析显示,枸骨叶治疗NAFLD与TNF、IL-17和晚期糖基化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路有关。分子对接显示关键化合物和关键靶点对接较好。结论枸骨叶通过调控TNF、IL-17、AGE-RAGE、CLR和TLR信号通路,治疗NAFLD。

关键词： 网络药理学   桂枝甘草汤   心肌缺血再灌注损伤   MAPK信号通路  

摘要： 基于网络药理学探讨桂枝甘草汤(Guizhi Gancao Decoction,GGD)对心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia-reperfusion injury,MI/RI)大鼠的保护作用及可能的药理机制。首先通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、SwissTargetPrediction数据库和文献检索获取GGD抗MI/RI的化学成分及作用靶点,采用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件对交集靶点进行蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,对核心靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,并构建“药物-核心成分-靶点-通路”网络,采用AutoDock Vina软件对主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。然后构建MI/RI大鼠模型,观察大鼠心肌梗死面积变化,苏木素-伊红(hematoxylin-eosin,HE)染色和透射电子显微镜(transmission electron microscope,TEM)检测心肌细胞病理和超微结构改变,蛋白免疫印迹(Western blot,WB)检测心肌组织相关蛋白表达。从GGD中筛选得到75个活性成分,对应318个治疗MI/RI靶点。PPI筛选得到肿瘤蛋白p53基因(tumor protein p53,TP53)、丝氨酸/苏氨酸激酶3(serine/threonine kinase 1,AKT1)、信号传导及转录激活蛋白(signal transducer and activator of transcription,STAT3)、非受体酪氨酸激酶(non-receptor tyrosine kinase,SRC)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等46个核心靶点。GO和KEGG富集分析得知,核心靶点主要影响细胞增殖和迁移、信号转导、细胞凋亡、转录过程,涉及癌症、糖尿病并发症中的高级糖基化终末产物-受体(advanced glycation end products-receptor,AGERAGE)、MAPK等信号通路。分子对接结果显示,GGD核心成分肉桂醛、儿茶素和甘草查尔酮A与MAPK1、MAPK3等核心靶点均具有较好的结合活性。动物实验结果显示,GGD能够显著减少心肌梗死面积,提高MI/RI大鼠超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)水平,同时降低丙二醛(malondialdehyde,MDA)、乳酸脱氢酶(lactatedehydrogenase,LDH)、肌酸激酶同工酶(creatine kinase isoenzymes,CK-MB)水平;HE染色和TEM结果显示,模型组大鼠经GGD预处理后心肌细胞结构恢复正常,病理状态和线粒体超微结构损伤有所改善,且两药合用效果优于单用。WB结果显示GGD可显著下调心肌组织c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)、酪氨酸磷酸蛋白激酶(tyrosine phosphoprotein kinase,p38)和上调细胞外调节蛋白激酶1/2(extracellular regulated protein kinases 1/2,ERK1/2)蛋白的磷酸化水平。结果表明,GGD可能通过桂枝、甘草的协同作用调控MAPK信号通路,发挥抗MI/RI作用。

关键词： 子宫肌瘤   数据挖掘   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:采用数据挖掘、网络药理学和分子对接方法探讨中医药治疗子宫肌瘤的用药规律及作用机制。方法:检索知网、万方、维普自2000年1月至今发表的中医药治疗子宫肌瘤的文献,获得中药处方运用Excel 2016建立数据库,运用IBM SPSS Modeler 18.1、IBM SPSS Statistics 28.0统计软件进行频次统计、关联规则和系统聚类分析。借助TCMSP收集药物的活性成分和靶点信息,以“Uterine Myoma”为关键词检索GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank疾病数据库,获得疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点的交集作为中药治疗子宫肌瘤的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件制作药物-活性成分-作用靶点网络图。将交集基因输入STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,输入Metascape数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路分析,并使用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果:共筛选出符合条件文献329篇,含364首方剂,涉及229味中药,挖掘出高频核心药物为桂枝、赤芍、茯苓、牡丹皮、桃仁、三棱、莪术。药物与疾病的交集靶点共42个,筛选出的有效成分为槲皮素、山柰酚、鞣花酸、β-谷甾醇、刺芒柄花素、黄芩素,蛋白质相互作用结果显示治疗子宫肌瘤的核心靶点可能是ESR1、TP53、IL6、TNF等,关键靶点与重要化合物的对接能量均小于0 kJ/mol,对接构象稳定。KEGG通路富集分析显示信号多数富集在癌症的途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路。结论:通过数据挖掘获得中医药治疗子宫肌瘤的核心中药,并运用网络药理学揭示其可能通过多种途径发挥对子宫肌瘤的作用机制。