课程文献中心 更多>>

关键词： 网络药理学   薤白   冠状动脉粥样硬化性心脏病心绞痛   作用机制  

摘要： 目的:从网络药理学出发,研究薤白对冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)心绞痛的作用机制,为新药研发和经典方剂在临床上的拓展运用提供借鉴。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),获得薤白中的主要化合物组成及相应靶点;通过DisGeNET,GeneCards等数据库获得冠心病心绞痛的主要作用靶点,取疾病与药物之间的交集靶点,然后通过STRING平台建立薤白对冠心病心绞痛疗效确切靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图,发掘该网络潜在蛋白质功能模块,将数据导入DAVID数据库中,用于基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出薤白中11种为有效化学成分,876个有效靶点,冠心病心绞痛疾病靶点4282个,薤白治疗冠心病心绞痛的关键靶点24个。结果表明靶点丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1),过氧化物酶体增殖物激活受体γ(Peroxisome Proliferator Activated Receptor Gamma,PPARG),半胱氨酸蛋白酶3(Caspase 3,CASP3)和前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)与其他蛋白有很好的关联,说明以上靶点为薤白治疗冠心病心绞痛的关键靶点。GO分析中得出与疾病最相关的11个条目,主要有氧化应激、凋亡过程的正向转控、细胞质、腺苷三磷酸(Adenylate triphosphate,ATP)酶结合、转录辅激活子结合以及序列特异性DNA结合;KEGG富集通路分析得出与疾病最相关的6条通路,主要有脂质和动脉粥样硬化、过氧化物酶体增殖物激活受体、丝裂原活化蛋白激酶、白细胞介素-17、缺氧诱导因子-1、肿瘤坏死因子等信号通路。结论:该研究表明薤白在治疗冠心病心绞痛中具有多成分、多靶点、多通路等特点,可为薤白以后在临床的利用开发提供参考。

关键词： 丹蛭降糖胶囊   糖尿病肾病   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的 运用网络药理学和分子对接技术分析丹蛭降糖胶囊治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 检索TCMSP及相关文献获得丹蛭降糖胶囊组方药物的活性成分及相关靶点,使用UniProt数据库规范靶点基因名;检索GeneCards、OMIM及TTD数据库获得DN相关靶点。利用Venny2.1.0构建韦恩图,获得药物与疾病的交集靶点。采用STRING数据库构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,采用CytoHubba插件进行拓扑分析,筛选核心靶点。采用Metascape数据库对交集靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。运用AutoDock Vina软件对核心成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得丹蛭降糖胶囊活性成分26个,对应靶点267个,核心成分包括槲皮素、木犀草素、山柰酚等。获得853个DN相关靶点,与丹蛭降糖胶囊活性成分靶点的交集靶点109个,核心靶点包括EGFR、TP53、IL6等。GO功能与KEGG通路富集分析显示,丹蛭降糖胶囊可能通过调节糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗、松弛素信号通路,以及参与酶结合、细胞凋亡、增殖及调控等方面发挥治疗作用。分子对接结果表明,丹蛭降糖胶囊的核心成分与核心靶点之间结构稳定,结合活性良好。其中木犀草素与EGFR结合能最低。结论 丹蛭降糖胶囊可通过多途径发挥治疗DN的作用,能够调控以TNF、STAT3、VGEFA、IL6等关键靶基因为中心的分子网络,调节AGE-RAGE、胰岛素抵抗、松弛素信号通路抑制氧化应激反应及肾组织纤维化。

关键词： 网络药理学   分子对接   六味地黄丸   孤独症谱系障碍   Wnt信号通路  

摘要： 目的采用网络药理学、分子对接技术结合动物实验探究六味地黄丸治疗孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库获取六味地黄丸的有效活性成分及对应的靶基因信息,通过GeneCards、OMIM、DrugBank数据库获取ASD疾病靶基因;将上述靶基因用韦恩图取交集后再用STRING数据库构建关键靶点PPI网络;用Metascape数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析;用Autodock软件对核心靶点及六味地黄丸有效成分进行分子对接。动物实验验证:选用8只SPF级SD孕鼠,随机分为空白孕鼠组(1只)及模型孕鼠组(7只),采用腹腔注射丙戊酸钠(valproate,VPA)造模。筛选符合ASD疾病模型的30只雄性仔鼠,随机分为模型对照组,维生素D组和中药高、中、低剂量组;同样筛选出空白仔鼠,为空白组,每组6只。中药低、中、高剂量组分别予六味地黄丸悬浮液0.75、1.5、3 g/kg灌胃;维生素D组予维生素D滴剂1480 IU/kg灌胃;模型组、空白组予等量生理盐水灌胃。均干预1次/d,连续干预2周。采用三箱社交实验、旷场实验评估大鼠社交情况;ELISA检测各组仔鼠海马体糖原合成酶激酶3β(glycogen synthase kinase 3β,GSK3β)、β-连环蛋白(β-Catenin)水平;Western blot检测各组仔鼠海马体中β-Catenin、髓细胞增生原癌基因(cellular myelocytomatosis oncogene,c-Myc)、细胞周期蛋白D1(cell cycle protein D1,Cyclin D1)蛋白表达水平。结果从六味地黄丸中筛选共得到74个活性成分及205个药物靶基因,3903个ASD疾病靶基因,127个关键靶点及蛋白激酶Bα(protein kinase Bα,Akt1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、白细胞介素-1(interleukin-1,IL-1)、肿瘤坏死因(tumor necrosis factor,TNF)等核心靶点。GO功能富集显示主要作用于有机氮原化合物的细胞反应、突触后膜、突触后神经递质受体活动等,KEGG通路富集显示调控TNF、核因子κB(nuclear factor-κB,NF-κB)、Wnt等信号通路。分子对接结果显示,六味地黄丸中的有效成分可与核心蛋白Akt1结构稳定。动物实验结果显示,在社交能力测试阶段,模型组、维生素D组及中药低、中、高剂量组仔鼠接触陌生鼠1的时间均短于空白组(P<0.05);给药2周后,维生素D组及中药低、中、高剂量组接触陌生鼠1的时间延长(P<0.05)。在社交新颖性测试阶段,模型组、维生素D组和中药低、中、高剂量组仔鼠接触陌生鼠2的时间短于较空白组(P<0.05);给药2周后,维生素D组及中药低、中、高剂量组接触陌生鼠2的时间延长(P<0.05)。矿场实验结果提示,治疗后,中药低、中剂量组活动总路程及中央区域活动路程均增加(P<0.05),维生素D组、中药高剂量组活动总路程增加(P<0.05)。与模型组比较,维生素D组及中药低、中、高剂量组GSK-3β水平升高(P<0.05),β-Catenin水平降低(P<0.05),β-Catenin、c-Myc蛋白表达减少(P<0.05);中药低剂量组Cyclin D1蛋白表达减少(P<0.05)。结论六味地黄丸可有效调控Wnt信号通路,改善VPA诱导的ASD仔鼠社交行为、焦虑状态。

关键词： 中文核心期刊要目总览   生物学文摘   中国毒理学会   中国药理学会   北大图书馆   核心学术期刊   药学专业   医学研究院  

摘要： 《中国药理学与毒理学杂志》是由中国药理学会、中国毒理学会和军事医学研究院毒物药物研究所共同主办的高级学术性刊物,1986年创刊,2016年由双月刊改为月刊。被北大图书馆评为药学专业中文核心期刊(中文核心期刊要目总览),同时还是中国科技核心期刊、中国核心学术期刊和中国生物医学核心期刊等。本刊被美国《生物学文摘(预评)》(BAP)和美国《化学文摘》(CA)等十余家数据库收录。

关键词： 网络药理学   分子对接   苓桂术甘汤   新冠肺炎   哮喘  

摘要： 目的研究苓桂术甘汤治疗新型冠状肺炎合并支气管哮喘潜在的作用机制。方法基于TCMSP数据库筛选苓桂术甘汤主要活性有效成分。利用GeneCards、OMIM、DisgNET等数据库获取新冠肺炎和支气管哮喘疾病作用靶点。使用STRING数据库筛选核心靶点并构建蛋白网络互作分析,通过微生信对核心靶点进行GO和KEGG通路富集分析。借助Cytoscape3.7.1软件构建主要活性成分-靶点-信号通路的可视化处理。最后通过Autodocking 1.5.7将核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果苓桂术甘汤中含主要活性成分121个,支气管哮喘靶点共2115个,新冠肺炎靶点1972个,交集靶点58个,GO分析涉及细胞组成、细胞间信号调控和分子间蛋白结合;KEGG信号通路注释到AMPK通路、NF-kappa B通路、PI3K-Akt通路等152条信号通路。其中靶点IL6与槲皮素呈现出最低的亲和力为-7kcal/mol,TNF、IL6与槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇结合能均小于-5 kcal/mol。结论本研究揭示了苓桂术甘汤通过多成分作用、多靶点、调节多条信号通路协同发挥对新冠肺炎合并支气管哮喘的治疗作用,为苓桂术甘汤的进一步分子机制研究提供理论依据。

关键词： 厚朴三物汤   便秘   网络药理学   分子对接   芦荟大黄素   木犀草素   柚皮素  

摘要： 目的运用网络药理和分子对接的方法探析厚朴三物汤治疗便秘的有效成分、作用靶点、信号通路及分子机制。方法运用TCMSP数据库平台筛选厚朴三物汤中的有效成分、作用靶点;通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库搜集便秘相关靶点;利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物成分–潜在作用靶点”网络图;再导入String数据库构建靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图。使用R语言对关键靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Autodock软件进行分子对接,进一步验证化合物与靶点能在稳定结合。结果获得厚朴三物汤治疗便秘的相关活性成有分芦荟大黄素、木犀草素、柚皮素等。经过CytoNCA进行拓扑分析,进一步筛选其核心靶点有白细胞介素(IL)1B、血管内皮生长因子(VEGFA)、丝裂原激活蛋白激酶3(MAPK3)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、肿瘤蛋白P53(TP53)等。GO富集分析共得生物学过程(BP)2008条、细胞组成(CC)67条、分子功能(MF)123条,KEGG通路有153条。分子对接结果表明,厚朴三物汤有效成分与其作用靶点稳定结合。结论厚朴三物汤是通过多条通路、多种成分、多个靶点治疗便秘。

关键词： 网络药理学   分子对接   组织分布   山楂   高脂血症  

摘要： 目的 运用网络药理学和分子对接技术探究山楂治疗高脂血症的作用机制。方法 通过HERB、ETCM、SymMap、BATMAN-TCM、PubChem、SwissTargetPretiction和UniProt数据库以及文献补充获得山楂的有效成分及其对应的靶点。通过GeneCards、OMIM和DAVID数据库收集高脂血症的相关靶点并对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。再利用Open Babel GUI、AutoDockTools-1.5.7软件对主要成分与靶点进行分子对接。最后通过BioGPS数据库收集高脂血症的组织分布信息,数据处理后利用Cytoscape 3.9.1软件将结果可视化。结果 通过网络药理学分析,获得69个山楂的有效成分,其中35个活性成分与山楂治疗高脂血症相关。成分-疾病靶基因中的188个交集基因在心脏、肝脏、肺、全血、骨骼肌、前列腺和甲状腺中表达情况良好。关键靶点有12个,包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)和白细胞介素(IL-6)等。KEGG富集分析得到201条通路,包括脂质和动脉粥样硬化通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路和PI3K-Akt通路等。分子对接结果显示山楂的主要成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论 网络药理学研究表明,山楂治疗高脂血症是通过多成分-多靶点-多通路共同实现的,为后期山楂治疗高脂血症的研究提供参考。

关键词： 枇杷叶   三阴性乳腺癌   网络药理学   分子机制  

摘要： 目的:基于网络药理学和实验验证探讨中药枇杷叶抑制三阴性乳腺癌的分子机制。方法:通过TCMSP数据库获取中药枇杷叶的潜在药效成分及靶点。利用GeneCards、OMIM及DisGeNET数据库获取三阴性乳腺癌的相关靶点。利用String平台进行蛋白互作分析。采用Metascape数据库分析潜在靶点参与的生物过程及通路。通过CB-Dock进行分子对接验证。采用MTT比色法和平板克隆形成实验检测中药枇杷叶潜在药效成分对4T1细胞增殖活性的影响。采用蛋白免疫印迹法检测相关蛋白表达水平。结果:中药枇杷叶有18个潜在药效成分和147个潜在靶点作用于三阴性乳腺癌。齐墩果酸(oleanolic acid,OA)和(-)-表没食子儿茶素没食子酸酯(epigallocatechin gallate,EGCG)等成分与TP53和AKT1等靶点的亲和力强。OA和EGCG可以时间和剂量依赖的方式抑制4T1增殖,减少p-AKT、p-mTOR蛋白表达,并上调细胞周期调控因子p27的表达水平。结论:中药枇杷叶中的OA和EGCG可以通过调节PI3K-AKT信号通路,上调细胞周期调控因子p27,抑制三阴乳腺肿瘤细胞的侵袭和复制,从而抑制乳腺癌细胞增殖。

关键词： 柴胡-黄芩药对   病毒性肺炎   网络药理学   靶点  

摘要： 目的 通过数据库挖掘柴胡-黄芩有效成分及作用靶点,构建药对化学成分-作用靶点与病毒性肺炎靶点网络,探讨其治疗病毒性肺炎的机制。方法 从基因数据库GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank获取病毒性肺炎疾病靶点,通过中药系统药理学数据库(TCMSP)设置查询条件:口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18查找柴胡-黄芩药对活性成分及靶点,通过Cytoscape3.8.0软件构建药物主要化学成分-作用靶点和疾病靶点网络,并利用PPI网络构建核心进行分析,同时利用基因功能(GO)和信号通路(KEGG)分析共同作用靶点及相关信号通路。结果 从TCMSP中筛选出柴胡(17个)-黄芩(36个)药对共有53种有效活性成分,从疾病基因数据库筛选出与病毒性肺炎密切相关的靶点共计4238个,通过比对分析药对-疾病作用靶点得出柴胡-黄芩药对与病毒性肺炎存在143个相同靶点。PPI、GO、KEGG分析显示柴胡-黄芩药对通过调控PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路及IL-17等信号通路作用于FOS、TP53、TNF、JUN、IL6、MYC、RELA、HIF1A、CCND1、MAPK14、AKT1等关键靶点,通过抑制细胞增殖、应激、炎症、功能同步化、凋亡等途径从而发挥病毒性肺炎的作用。结论 本研究从网络药理学的角度揭示柴胡-黄芩药对治疗病毒性肺炎多靶点的机制,对于其临床应用具有翰要的理论意义。

关键词： 人参   红参   黑参   西洋参   人参叶   脾气虚   网络药理学  

摘要： 目的利用网络药理学探究人参、红参、黑参、西洋参和人参叶治疗脾气虚的药效物质基础与作用机制。方法利用TCMSP数据库查阅相关文献筛选人参、红参、黑参、西洋参和人参叶的有效成分和靶点。利用PubChem和Swiss target prediction平台收集TCMSP数据库中没有收录的人参、红参、黑参、西洋参和人参叶有效成分与靶点信息。利用GeneCards数据库对脾气虚靶点进行搜索并下载数据,整理和汇总。利用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-疾病-靶点网络图。在String平台上构建靶点蛋白互作网络,最后利用R软件对关键靶点基因进行KEGG通路富集分析,揭示五种药材治疗脾气虚的作用机制和通路。结果通过筛选分析,人参中有78个核心成分可通过537个核心靶点作用于195条通路上;红参中有26个核心成分可通过279个核心靶点作用于158条通路上;黑参中有16个核心成分可通过157个核心靶点作用于149条通路上;西洋参中有27个核心成分可通过236个核心靶点作用于168条通路上;人参叶中有26个成分可通过216个核心靶点作用于162条通路上。五种药材的活性成分可通过STAT3(信号转导及转录激活因子3)、MAPK1(丝裂原活化蛋白激酶1)、HSP90AA1(热休克蛋白90AA1)、VEGFA(血管内皮生长因子A)等多个关键靶点调控PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等发挥治疗作用。结论人参、红参、黑参、西洋参及人参叶主要通过多靶点调配神经系统、抑制细胞分裂周期、控制炎症反应等途径发挥治疗脾气虚的作用。