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关键词： 网络药理学   分子对接   桃红四物汤   脑卒中   分子机制  

摘要： 目的通过网络药理学、分子对接技术和动物实验探讨桃红四物汤对缺血性脑卒中的调控机制。方法运用数据库整理分析桃红四物汤与疾病的交集靶点,进行网络拓扑分析及蛋白质相互作用分析并获取核心成分和核心靶点;对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用分子对接技术获得通路蛋白与核心成分结合能;采用线拴法建立小鼠脑缺血再灌注损伤(MCAO/R)模型,利用神经行为学评分、TTC染色技术考察桃红四物汤防治缺血性脑卒中的药效作用,利用Western blot技术考察桃红四物汤对MCAO/R小鼠脑中PI3K、AKT蛋白和炎症因子IL-1β、IL-18表达的影响。结果桃红四物汤抗缺血性脑卒中的核心成分可能为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇、黄芩素、杨梅酮、β-胡萝卜素及常春藤苷,核心靶点可能为MAPK14、RELA、TNF、TR53、MAPK1、MYC、FOS、HSP9AA1、ESR1、AKT1、HF1A、CTNNB1。交集靶点主要富集在脂质和动脉粥样硬化、PI3K/AKT等信号通路,涉及氧化应激、对脂多糖的反应等生物进程。分子对接预测核心成分与通路蛋白具有较好的结合能力。动物实验表明桃红四物汤可降低MCAO/R小鼠神经功能评分,减小脑梗死体积,降低脑内IL-1β、IL-18的表达,提高PI3K、AKT的表达。结论桃红四物汤可能通过激活PI3K/AKT信号通路,调节神经炎症,防治缺血性脑卒中。

关键词： 社区获得性肺炎   扶正解毒方   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨扶正解毒方治疗社区获得性肺炎(CAP)可能的作用机制。方法应用TCMSP、UniPort数据库筛选扶正解毒方的药物活性成分及相对应的靶点蛋白;应用GeneCards、OMIM和Disgent数据库中检索出CAP相关靶基因。应用Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;最后通过CB-Dock对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果筛选得到扶正解毒方治疗CAP重要活性成分215个,核心靶点113个,确定扶正解毒方治疗CAP的主要通路,分子对接中活性成分与靶点具有较为稳定的结合活性。结论扶正解毒方具有多因素协同调控的作用特点,这为进一步阐明扶正解毒方治疗CAP的作用机制提供了科学思路与依据。

关键词： 网络药理学   分子对接   药对   麦冬-五味子   心肌纤维化   机制研究  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接方法探究“麦冬-五味子”药对治疗心肌纤维化的作用机制。方法运用TCMSP数据库及HERB数据库筛选“麦冬-五味子”药对药物成分和靶点,运用GeneCards数据库、Disgenet数据库、OMIM数据库筛选疾病靶点,获取共同靶点;通过Cytoscape软件构建“药物活性成分-疾病-靶点”网络模型;利用微生信平台进行基因本体论功能富集分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG);利用STRING数据库构建蛋白互作网络;通过Auto Dock Tools1.5.6软件进行分子对接验证。结果“麦冬-五味子”药对中共筛选得到戈米辛M2、五味子酚乙、麦冬二氢高异黄酮B等85个活性成分,主要作用于HSP90AA1、AKT1、SRC等163个心肌纤维化靶点上,主要富集在脂质与动脉粥样硬化信号通路、糖尿病并发症中的age-rage信号通路、癌症发病途径信号通路等相关通路上。结论“麦冬-五味子”药对主要通过调控炎性反应、氧化应激、脂质沉积、细胞增殖凋亡等多种生物过程来抑制心肌纤维化。

关键词： 白肉灵芝   醇提物   矽肺   网络药理学   靶点   分子对接   白细胞介素-6   作用机制   小鼠  

摘要： 目的通过网络药理学、分子对接技术和动物实验探究白肉灵芝醇提物(GLE)对矽肺的改善作用及其潜在分子机制。方法(1)采用超高液相色谱-四极杆静电场轨道阱质谱法(UPLC-QE-MS)分析GLE成分;利用网络药理学和分子对接技术,探究GLE干预矽肺炎症进程中的活性成分及调控的潜在分子通路和靶点。(2)将无特定病原体级雄性C57BL6/J小鼠分为4组,每组10只。采用非暴露式气管滴注法,矽肺模型组和GLE干预组小鼠一次性予质量浓度为50 g/L的二氧化硅混悬液80μL染尘,空白对照组和GLE对照组小鼠均予等体积的无菌0.9%氯化钠溶液;造模后第2天起,GLE对照组和GLE干预组小鼠均予剂量为200 mg/(kg·d)的GLE灌胃,空白对照组和矽肺模型组小鼠均予等体积0.9%氯化钠溶液灌胃,每日1次,连续35 d。实验结束后,观察各组小鼠肺组织病理学改变情况,计算肺质量系数、炎症评分和胶原沉积面积占比,采用酶联免疫吸附实验检测肺组织中肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-1β和IL-6水平。结果(1)UPLC-QE-MS技术检测出GLE的76种活性成分;其中,36种成分满足类药性五原则筛选条件。基于网络药理学理论,该36种GLE活性成分中共筛选出改善矽肺炎性反应的潜在作用靶点67个。京都基因与基因组百科全书富集分析和基因本体论功能分析结果显示,IL信号和免疫细胞的细胞因子信号在GLE改善矽肺的过程中发挥关键作用。分子对接结果显示,67个交集靶点中,排名基于前10的依次是TNF、IL6、B淋巴细胞瘤2、细胞肿瘤抗原p53、半胱氨酸蛋白酶-3亚基p12、JUN、表皮生长因子受体、IL1B、67 kDa基质金属蛋白酶-9和前列腺素G/H合酶2。蛋白质-蛋白质相互作用分析结果显示,与关键靶点TNF-α、IL-1β、IL-6亲和力最强的成分是甘草次酸;其次为灵芝酸DM、泽泻醇C、灵芝酸β和红光皂苷元。(2)组织病理学检查结果显示,GLE可缓解矽肺小鼠模型的肺部炎症反应和胶原沉积。GLE干预组小鼠肺质量系数、炎症评分、胶原面积占比和IL-6水平均低于矽肺模型组(P值均<0.05);但该2组小鼠肺组织中TNF-α和IL-1β水平分别比较,差异均无统计学意义(P值均>0.05)。结论GLE可能通过抑制小鼠肺组织中IL-6水平而改善二氧化硅所致肺组织炎症和纤维化;其机制具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点。

关键词： 骨质疏松症   网络药理学   山药   杜仲   益肾健脾  

摘要： 目的:运用网络药理学探索益肾健脾中药“山药-杜仲”药对治疗骨质疏松症的作用机制。方法:通过中药数据库检索“山药-杜仲”的活性成分及相关作用靶点,运用Cytoscape 3.7.2制作“活性成分-靶点”网络图。利用GeneCards数据库搜集骨质疏松症相关靶点,将药物靶点与疾病靶点进行映射,取交集靶点上传STRING 11.0数据库构建蛋白互作网络,将该网络导入Cytoscape 3.7.2进一步加工分析。将关键靶点上传至Metascape平台进行GO富集分析与KEGG通路富集分析。结果:共获得山药和杜仲活性成分38个,对应靶点225个,骨质疏松症相关靶点1376个。药物-疾病作用核心靶点80个,包括白蛋白、白细胞介素6、腺苷酸激酶同工酶1、血管内皮生长因子、抑癌基因p53、肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶9等。KEGG富集分析显示其作用于骨质疏松症的潜在通路主要包括糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、T细胞受体信号通路、p53信号通路、TGF-β信号通路、HIF-1信号通路等。结论:本研究初步探讨了益肾健脾药对“山药-杜仲”对骨质疏松症的“多通路、多靶点”作用机制,为进一步探索益肾健脾法治疗骨质疏松症提供研究思路与理论基础。

关键词： 网络药理学   止痛消炎膏   慢性湿疹   靶点   通路  

摘要： 目的基于网络药理学探讨止痛消炎膏治疗慢性湿疹的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)、PubChem数据库筛选止痛消炎膏的潜在活性成分[口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18]。采取SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,与DisGeNET数据库、GeneCards数据库、治疗靶点数据库(TTD)获得慢性湿疹疾病靶点相映射,得到止痛消炎膏治疗慢性湿疹的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建止痛消炎膏-活性成分-靶点网络图,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并在R软件中使用Bioconductor生物信息软件包对止痛消炎膏的作用靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果止痛消炎膏中有186个潜在活性成分,将止痛消炎膏与湿疹作用靶点相匹配,两者取交集后获得药物-疾病共同靶点115个;番泻叶甙、白当归醚、白当归脑、大黄酸、大黄苷、迷迭香酸等可能是止痛消炎膏治疗慢性湿疹的主要活性成分,其作用于TNF、IL-6、AKT1、CXCL8、IL-2、STAT3等靶点,参与转录调控及药物反应等生物过程,通过卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、C型凝集素受体信号通路等发挥治疗慢性湿疹的作用。结论番泻叶甙、白当归醚、白当归脑、大黄酸、大黄苷、迷迭香酸等在止痛消炎膏治疗慢性湿疹中具有重要意义;调节炎症通路及干预炎症的发生发展可能是止痛消炎膏治疗慢性湿疹的作用机制。

关键词： 阿尔茨海默病   白芍   网络药理   有效成分   靶点  

摘要： 目的:利用网络药理学研究方法预测白芍治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库,挖掘白芍有效成分并预测其作用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库筛选出阿尔茨海默病形成的靶标,运用CytoScape软件构建白芍治疗阿尔茨海默病形成的“成分-靶标-通路-疾病”网络,通过STRING数据库构建靶点蛋白相关作用网络并进行关键靶点的生物功能注释及通路分析。结果:白芍13个有效成分通过干预72个靶点、4条通路发挥治疗阿尔茨海默病的作用。结论:白芍有效成分可能通过抑制炎症、调节免疫功能而达到治疗阿尔茨海默病的作用。

关键词： 香加皮   网络药理学   分子对接   类风湿关节炎  

摘要： 目的:运用网络药理学方法及分子对接技术预测探究香加皮对类风湿关节炎的治疗作用机制。方法:用数据库和文献找出香加皮的有效成分及有效靶点、类风湿关节炎相关靶点、香加皮与类风湿关节炎的交集靶点,采用网络药理学方法构建中药与疾病的关联图、蛋白质-蛋白质相互作用网络图,并进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析筛选拓扑学参数排名靠前的成分和靶点,用分子对接来验证对接结合程度。结果:香加皮的有效成分共24种,通过网络药理学筛选出了8个潜在核心成分与9个潜在核心靶点进行分子对接,发现结合能均≤-5 kcal/mol,且大部分结果<-7 kcal/mol;GO主要富集涉及细胞外基质解体、活性氧代谢以及炎症反应的调节等生物过程;主要通路涉及肿瘤坏死因子信号通路、晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路、炎症介质对瞬时受体电位通道的调控、白细胞介素-17信号通路等。结论:本研究初步揭示了香加皮对类风湿关节炎具有多成分、多靶点、多途径干预作用机制,可能起到治疗作用,为临床研究提供科学参考。

关键词： 糖尿病周围神经病变   网络药理学   益气通络汤   PI3K/Akt信号通路  

摘要： 目的利用网络药理学探讨益气通络汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台、中药综合数据库和中医药证候关联数据库,对益气通络汤所含核心成分进行筛选并预测作用靶标蛋白,利用GeneCards、OMIM和TTD数据库检索DPN相关基因,利用维恩图筛选益气通络汤中核心成分治疗DPN的作用靶标蛋白。利用Cytoscape构建核心成分-作用靶标蛋白网络图。利用String数据库绘制益气通络汤蛋白互作网络。利用Metascape数据库对靶标蛋白进行GO及KEGG富集分析。结果益气通络汤所含10味中药共筛选出191种核心成分,涉及263个靶标蛋白,其中有189个基因与DPN相关。网络分析结果表明,益气通络汤治疗DPN涉及的生物学过程主要富集在细胞群体增殖的负调控、DNA代谢过程、蛋白质水解的调节等;涉及的分子功能主要富集在脂质结合、激酶结合、蛋白激酶结合等;细胞组分主要富集在溶酶体、轴突、突触后。其作用机制可能与PI3K-Akt、MAPK、钙、Ras、cAMP、Rap1、趋化因子、NOD样受体、Wnt、cGMP-PKG、JAK-STAT、Hippo、mTOR、催产素、磷脂酶D、调节干细胞多能性、Apelin、雌激素、胰岛素和细胞凋亡通路有关。结论本研究初步揭示了益气通络汤多靶点整体调节DPN的作用特点,为临床上进一步开展本方治疗DPN作用机制的研究提供了新的思路和方法。

关键词： 麻桂柴石方   发热   网络药理学   分子对接   实验验证  

摘要： 目的运用网络药理学探究麻桂柴石方治疗发热的潜在靶点,并通过分子对接和实验验证其解热的作用机制。方法通过数据库结合文献查找麻桂柴石方中每味药的化合物、潜在靶点及发热的相关靶点,并对靶点进行GO注释、KEGG富集分析和分子对接。通过临床试验和动物实验,验证网络药理学分析结果。结果筛选出麻桂柴石方化合物265个,潜在靶点435个,与发热的交集靶点110个,涉及到的通路为IL-17、TNF、Toll样受体、NF-κB信号通路等。分子对接显示NOS2、GABRA1、BCL2三个靶点与其相对应的活性成分能结合成稳定构象。临床试验表明,麻桂柴石方治疗外感发热疗效确切。动物实验表明麻桂柴石方能明显降低感染性发热大鼠体温并抑制TLR4、NF-κB p65、COX2、NOS2、GABRA1 mRNA基因表达及TNF-α、IL-1β、IL-6、NOS2、GABRA1血清水平,进一步改善下丘脑组织炎症状态。结论麻桂柴石方能通过多成分、多靶点、多途径发挥解热作用,实验证实了麻桂柴石方能抑制TLR4/NF-κB/NOS2信号通路mRNA相对表达量,降低SD大鼠炎症因子水平,为深入研究经方合方客观化诊疗提供科学依据。