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关键词： 新黑苏嘎乌日勒   脑缺血再灌注损伤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:探究蒙药新黑苏嘎乌日勒治疗脑缺血再灌注损伤的作用机制。方法:通过TCMSP、BATMAN和GeneCards等数据库分别对药物及疾病靶点进行预测。利用Venny得到其共同靶点,并使用STRING软件构建PPI网络。运用David数据库开展GO生物及KEGG通路富集研究,并利用Cytoscape软件构建活性成分-关键靶点-重要通路网络。最后,利用Autodock等软件展开分子对接。结果:获得蒙药新黑苏嘎乌日勒治疗脑缺血再灌注损伤的关键靶点30个,重要生物过程15条,核心KEGG通路20条和主要活性成分10个。分子对接结果显示,主要活性成分与关键靶点结合能力值≤-1.2 kcal/mol。结论:网络药理学分析表明,蒙药新黑苏嘎乌日勒主要通过β-胡萝卜素、黄芩素、胡椒碱、金合欢素等有效成分作用于雌激素受体α(estrogen receptor 1,ESR1)、核因子-κBp65(uclear factor-κBp65,RELA)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)和蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)等靶点,调节细胞凋亡、肿瘤坏死因子α(Tumor Necrosis Factorα,TNF-α)、低氧诱导因子-1(hypoxia-inducible factor-1,HIF-1)、磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinositol-3 kinase,PI3K)-AKT、雌激素等信号通路,参与细胞凋亡的正负调控、炎症反应、血管生成、缺氧反应等生物过程,从而达到治疗脑缺血再灌注损伤的作用。

关键词： 腺样体肥大   柴胡桂枝干姜汤   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学探讨柴胡桂枝干姜汤治疗腺样体肥大的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP),BATMAN-TCM数据库结合口服利用度(oral bioavailability,OB)、类药性(drug-likeness,DL),药物半衰期(drug half-life,HL)检索柴胡桂枝干姜汤中柴胡、桂枝、干姜、黄芩、瓜蒌根、牡蛎、炙甘草的候选化合物及作用靶点信息,并通过Uniprot数据库将靶点校正为基因名;运用Genecards数据库获取腺样体肥大的相关靶点与基因,利用VENNY图获得柴胡桂枝干姜汤与腺样体肥大的交集靶点;STRING数据库来构建蛋白质相互作用PPI网络图;David数据库对交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析;Cytoscape软件进行网络靶点特性分析。结果:筛选出柴胡桂枝干姜汤候选化合物65个,转化为有效靶点288个,得到腺样体肥大相关靶点781个,匹配得到共有靶点118个。GO富集主要涉及597个生物学过程、60个细胞组成和106个分子功能,KEGG通路分析主要涉及112条通路。结论:柴胡桂枝干姜汤治疗腺样体肥大是通过多靶点多通路发挥作用的。

关键词： 丹参   股骨头坏死   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 利用网络药理学和分子对接探讨中药丹参治疗股骨头坏死(ONFH)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP筛选丹参有效活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、NCBI和DisGeNET数据库收集ONFH疾病靶点。利用jevnn获取丹参与ONFH交集靶点,并进行GO和KEGG富集分析,利用Cytoscape软件绘出“成分-靶点-疾病”的网络图,最后对药物核心成分与交集靶点进行分子对接验证。结果 筛选出丹参与ONFH的交集靶点有74个,包括EZH2、CYP19A1、EGFR、PTPN6、OPRM1等。丹参抗ONFH核心成分有19个,包括木犀草素、紫丹参素C、异丹参酮II、丹参酮IIA等;存在潜在调控通路共237个,主要为AGE/RAGE、流体剪切应力、动脉粥样硬化、TNF等信号通路。分子对接显示丹参酮IIA、木犀草素与EZH2之间有结合活性,丹参酮IIA、木犀草素与EGFR之间有强烈的结合活性。结论 丹参可以通过多个成分、多个靶点途径发挥治疗ONFH的作用,主要与促血管内皮增殖、影响骨细胞分化及调节血流动力学等机制有关。

关键词： 网络药理学   茵黄解毒汤   乙型肝炎病毒   相关肝衰竭  

摘要： 目的:采用网络药理学方法研究茵黄解毒汤治疗乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)相关肝衰竭(hepatitis B virus related liver failure,HBV-LF)的活性成分及其分子机制。方法:采用GEO数据库筛选疾病相关差异基因(differentially expressed genes,DEGs),TCMSP数据库筛选中药复方小分子化合物及其作用靶点,Venny 2.1.0进行交集比对,确定交集靶点及其关系。运用Cytoscape构建茵黄解毒汤治疗HBV-LF的调控网络,Bisogenet构建蛋白互作网络(protein-protein interaction network,PPI),CytoNCA进行网络拓扑学分析。利用David数据库进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果:本研究共得到HBV-LF的差异基因2160个,茵黄连解毒汤的药物靶点255个,交集靶点31个,相关小分子化合物66个。小分子化合物包括槲皮素、山柰酚、黄芩素、芦荟大黄素、黄连素等。PPI网络涉及55个关键节点,包括TP53、NTRK1、HSP90AA1、ESR1、CUL3、MCM2、CDK2、HSP90AB1、YWHAZ、NPM1、EGFR等。GO富集分析主要与细胞组分构成或来源、对刺激的反应、免疫过程、正/负调节的生物过程、细胞死亡、细胞增殖等有关。KEGG通路27条,主要涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Cell cycle、Hepatitis B、自噬、FoxO信号通路、Ras信号通路、IL-17信号通路、NOD样受体信号通路、HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论:茵黄解毒汤拮抗HBVLF具有“多靶点-多通路-多作用”的特性,其作用机制可能与促进肝细胞增殖分化、降低肝细胞凋亡、调节机体免疫、抑制HBV复制等有关。

关键词： 偏头痛   川芎   方剂   川芎嗪   阿魏酸   藁本内酯   洋川芎内脂  

摘要： 偏头痛是一种以发作性偏侧头痛为主要特征的神经系统疾病,其发病机制复杂,病情迁延难愈,具有高发病率、高致残率等特点,给患者和社会带来巨大负担,目前西医以预防性治疗和对症治疗为主,且存在诸多不良反应,而中医药在偏头痛的治疗上具有明显优势,川芎Chuanxiong Rhizoma作为治疗偏头痛的常用药物,临床上疗效显著。其治疗偏头痛的机制可能与调节血管收缩因子、调控五羟色胺及多巴胺等神经递质、调节内源性物质代谢、调控过氧化物酶体增殖物激活受体γ、细胞黏附分子、核因子-κB和丝裂原活化蛋白激酶信号通路等有关,通过对川芎活性成分、药对、中药复方等抗偏头痛的相关基础研究与临床研究进展进行归纳总结,为川芎在治疗偏头痛的临床应用方面提供参考。

关键词： 黄连-升麻   复发性口腔溃疡   网络药理学   分子对接   靶点预测   药物机制  

摘要： [目的]探讨黄连-升麻药对治疗复发性口腔溃疡(recurrent aphthous ulcer,RAU)的现代药理机制,分析可能存在的中医治法相关疗效因素,进一步指导中医临床辨治。[方法]使用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索药物成分及靶点,通过在线人类孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)等检索疾病相关靶点,取交集后采用STRING平台进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)分析,以CytoScape 3.7.2软件绘制PPI网络图并筛选出核心靶点,上传至MetaScape数据库,进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析与京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析并构建网络图,利用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接,并采用PyMOL软件将对接结果可视化。采用脊柱两侧注射完全弗氏佐剂的方法构建RAU大鼠模型;采用实时定量聚合酶链式反应(Real-time quantitative polymerase chain reaction,Real-time qPCR)检测各组大鼠口腔组织中核心靶基因的表达情况。[结果]筛选得到黄连、升麻活性成分共19个,靶点191个,药物与疾病交集靶点127个,药对干预RAU核心靶点23个,并依据连接度筛选出7个最关键的靶点,核心通路为白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)与肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)相关的信号通路。分子对接结果显示核心有效成分豆甾醇与各关键靶点均有较高的结合活性。动物实验发现,该药对可有效减少大鼠口腔溃疡数目。与空白对照组比较,模型组、低剂量组、中剂量组和高剂量组关键靶点表达明显更高(P<0.05);高剂量组靶点的mRNA相对表达和口腔溃疡数明显低于模型组、低剂量组、中剂量组(P<0.05)。[结论]黄连-升麻药对治疗RAU的分子机制,与其抗炎、保护口腔黏膜、调节免疫等作用有关,而相关的中医疗效机制涉及清热解毒、化瘀通络、托毒敛疮生肌等。

关键词： 桦褐孔菌三萜   HeLa细胞   网络药理学   分子对接   PI3K/Akt通路   HeLa裸鼠模型  

摘要： 目的利用网络药理学和分子对接及体内验证实验探讨桦褐孔菌三萜成分抗宫颈癌HeLa细胞的潜在作用机制。方法基于文献研究结合数据库筛选桦褐孔菌三萜的主要活性成分,寻找活性成分以及HeLa细胞交集靶点,进行PPI网络构建,GO和KEGG富集分析,分子对接进行验证。建立HeLa裸鼠模型,桦褐孔菌三萜灌胃给药,裸鼠处死后采用Western blotting检测指标。结果经过筛选得到15个符合条件的活性成分的274个相关联靶点。与2046个HeLa细胞相关靶点取交集,获得104个桦褐孔菌三萜抗HeLa细胞的潜在靶点。通过“药物-成分-靶点-疾病”网络分析,PIK3CA、MAPK3、MDM2、AR、CCND1可能是桦褐孔菌三萜纯化物抗HeLa细胞的潜在靶点。KEGG富集分析结果显示,PI3K/Akt信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路等多个信号通路可能是桦褐孔菌三萜抗HeLa细胞的潜在作用途径。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点均有较强的潜在结合能力。体内实验结果表明桦褐孔菌三萜可抑制模型小鼠肿瘤生长,调节模型小鼠的免疫功能,促进模型小鼠肿瘤凋亡,抑制PI3K和AKT的磷酸化。结论基于网络药理学、分子对接和体内验证方法,证明了桦褐孔菌三萜通过多组分、多靶点发挥抗HeLa细胞的作用,为桦褐孔菌的进一步研发及其抗肿瘤作用机制的探讨提供参考。

关键词： 腺样体肥大   数据挖掘   网络药理学   中医药  

摘要： 目的:为中医药治疗腺样体肥大提供参考。方法:检索中国知网、万方、维普数据库等,收集2008-2022年以中医药治疗腺样体肥大的文献,筛选文献并提取中药方剂,对方剂的药物频次、四气五味、关联规则等进行分析,获取核心药对。通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取核心药对的化学成分及靶点,通过GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库获取疾病靶点,基于Cytoscape 3.9.1软件构建中药核心药对-有效活性成分-疾病-靶点网络图并进行拓扑分析。借助Venny平台获取疾病与药物交集靶点,运用STRING数据库、DAVID 6.8数据库进行机制分析。结果:筛选得到方剂100首,药物176味,其中使用频次≥15次共26味;关联度规则挖掘出“辛夷-苍耳子-夏枯草”置信度最高。对“辛夷-苍耳子-夏枯草”进行网络药理分析,活性成分主要为槲皮素、木犀草素、山奈酚、豆甾醇和β-谷甾醇,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析结果显示关键靶点有白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、蛋白激酶B1(AKT1)、重组血管内皮生长因子(VEGFA)、胱天蛋白酶3(CASP3)等,基因本体论(GO)富集分析结果共计925条,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路主要涉及晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等。结论:中医药治疗腺样体肥大主要的核心药对为“辛夷-苍耳子-夏枯草”,通过多成分、多靶点、多途径治疗腺样体肥大,其机制可能是调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路等生物信号通路来抑制炎症因子的释放,调控细胞增殖和凋亡。

关键词： 鹰嘴豆芽素A   神经胶质瘤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学、分子对接的方法探究鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、TargetNet、Swiss Target Prediction等数据库和分析平台,筛选出鹰嘴豆芽素A对应靶点,利用DisGeNET、GeneCards等数据库获得神经胶质瘤的作用靶点。取药物与疾病的交集靶点,借助STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,利用Cytoscape 3.9.1软件构建潜在靶点网络关系图。对交集靶点通过DAVID数据库进行本体论富集分析(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。通过DockThor数据库对鹰嘴豆芽素A和关键靶点进行分子对接,Pymol软件进行可视化处理。结果共筛选出鹰嘴豆芽素A靶点149个,神经胶质瘤相关靶点5654个,药物与疾病交集靶点97个,核心靶点为表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、雌激素受体(estrogen receptor,ESR1)、热休克蛋白(heat shock protein,HSP)90AA1、基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)9、PPARG、PTGS2,靶点参与的功能主要与肿瘤细胞增殖、侵袭、凋亡等过程有关。GO富集分析发现鹰嘴豆芽素A在生物过程、细胞组成、分子功能多方面参与神经胶质瘤的治疗。KEGG通路108条,包括肿瘤、化学致癌作用-受体活性、脂质和动脉粥样硬化、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果显示鹰嘴豆芽素A与关键靶点均有较好的结合活性。结论鹰嘴豆芽素A可能通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导凋亡、增强化疗敏感性等发挥治疗神经胶质瘤的作用。