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关键词： 网络药理学   中药复方   马蹄叶炎   分子对接   作用机制  

摘要： 为了探究红花、当归、没药和黄芪组成的中药复方在马蹄叶炎中的作用机制,本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台检索该中药复方的化学成分及马蹄叶炎的相关靶点基因,在得到该中药复方防治马蹄叶炎的交集靶点基因后,对靶点基因进行GO功能与KEGG通路富集分析,最后对药物和靶点进行蛋白分子对接,并对结果进行可视化处理。结果表明:从该中药复方中筛选的主要有效活性成分包括毛莨黄素、红花素、鞣花酸、花葵素、谷甾醇等,这些药物活性成分主要作用靶点有600个。马蹄叶炎的相关靶点基因170个,得到31个交集靶点基因。PPI网络结果表明,EGFR、TNF、ERBB2和STAT1等基因可能为药物治疗马蹄叶炎的核心靶点基因。KEGG通路富集结果表明,MAPK,PI3K-Akt和TNF等信号通路可能为该复方治疗马蹄叶炎的信号通路;GO富集结果表明,靶点主要涉及受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、肿瘤坏死因子介导的信号通路、STAT蛋白酪氨酸磷酸化正调控等。分子对接结果显示,该中药复方中异鼠李素和异黄烷酮可与关键靶点TNF具有良好的连接活性。上述结果表明,该中药复方可对EGFR、TNF、AKT1、MAPK3、IL-2、ERBB2和STAT1的调控作用,可能通过调控MAPK、PI3K-Akt和TNF等信号通路激活,从而发挥对马蹄叶炎的治疗作用。

关键词： 玉屏风散   过敏性紫癜   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学方法探讨玉屏风散治疗过敏性紫癜(HSP)的作用机制。方法:利用TCMSP、Pubchem、Swiss target prediction等数据库平台,对玉屏风散的有效活性成分和有效靶点基因进行检索、收集和筛选。通过Genecards、Disgenet、OMIM数据库查询和挖掘HSP的相关基因和玉屏风散治疗HSP的交集靶点,STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建活性-成分-靶点可视化网络和可视化分析。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出45个玉屏风散活性成分,212个药物靶点,294个疾病靶点和35个交集靶点,对关键靶点进行蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络构建,涉及的主要基因有肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6、血管内皮生长因子A、白细胞介素-1β、肿瘤蛋白p53、基质金属蛋白酶-9、趋化因子c-c配体2、白细胞介素-10、丝氨酸蛋白酶抑制因子肽酶抑制因子、CXC趋化因子配体8等。GO功能富集分析得到条目数337个,其中生物过程条目284个,分子功能条目35个,细胞组成条目22个。KEGG通路富集分析得到信号通路101条,主要涉及高级糖基化终末产物-受体信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路、脂质和动脉硬化信号通路、疟疾信号通路、白细胞介素-17信号传导通路、TNF信号通路、核因子-κB信号通路等。结论:玉屏风散可能通过多成分、多靶点、多通路治疗HSP。

关键词： 苦参   结直肠癌   网络药理学   活性成分   作用机制   信号通路  

摘要： 目的使用网络药理学方法分析抗肿瘤中药苦参活性成分及其治疗结直肠癌的潜在靶点与作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选中药苦参活性成分,并使用PubChem数据库验证所收集活性成分化合物结构,运用SwissTargetPrediction数据库反向分子对接预测苦参活性成分可能作用靶点。采用GeneCards、DisGeNET、TTD、MalaCards数据库预测结直肠癌疾病靶点,通过Cytoscape 3.8软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”关系网络图,利用STRING数据库分析苦参-结直肠癌共同靶蛋白PPI蛋白间相互作用网络,采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选获得中药苦参活性成分45个,通过调控结直肠癌相关作用靶点54个,参与体内信号传导、蛋白质磷酸化、凋亡等生物学过程,并通过调控癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路等途径发挥治疗作用。结论中药苦参能够通过多途径、多靶点协同发挥抗结直肠癌作用。

关键词： 温经通络汤   腰椎管狭窄症   网络药理学   分子对接   生物信息学  

摘要： 运用网络药理学和分子对接技术研究温经通络汤在腰椎管狭窄症(lumbar spinal stenosis ,LSS)治疗中的作用机制。方法 在TCMSP数据库中筛选温经通络汤的活性成分,并找到与之对应的作用靶点;通过Genecards数据库、OMIM数据库预测LSS疾病靶点,绘制韦恩图,以取得温经通络汤治疗LSS的潜在靶点, 运用 Cytoscape3.9.0软件绘制温经通络汤治疗LSS的"疾病-药物-活性成分-靶点"网络,使用DAVID数据库对潜在靶点进行GO与KEGG的富集分析。通过STRING数据库构建潜在靶点的蛋白质互作网络(PPI),利用Cytoscape 3.9.软件中的MCC算法筛选出温经通络汤治疗LSS的核心靶点。通过 Autodock4及Pymol 2.2.0软件对核心靶点及与之关联的活性成分进行分子对接。结果 筛选出91个温经通络汤的活性成分,234个与其作用的靶点,2280个LSS疾病相关的靶点,通过绘制韦恩图取交集,将交集结果确认为潜在的治疗靶点, 通过"疾病-药物-活性成分-靶点"网络分析,发现温经通络汤含有54种有效活性组分,且与 LSS之间关系紧密。通过MCC算法筛选得到10个核心靶点(TP53、IL6、CDKN1A、JUN、MYC、IL1B、CXCL8、IL1A、CCL2、IL10)。分子对接结果证实其核心靶点与具有相互作用的活性成分间具有稳定的结合性能,结合"疾病-药物-活性成分-靶点"网络,确定核心活性成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、汉黄芩素。结论 本研究初步揭示了温经通络汤的核心活性成分及其多成分、多靶点、多通路治疗LSS的作用机制,发现与抗炎、细胞衰老、凋亡、自噬、铁死亡等途径具有密切的关系,为温经通络汤下一步基础研究的开展提供了相关依据。

关键词： 网络药理   糖尿病肾病   糖肾宝复方   肾小球系膜细胞  

摘要： 网络药理学方法结合分子生物学实验探究糖肾宝复方(Tangshenbao compound,TSB)治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy, DN)的作用机制。使用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库,结合相关文献,得到TSB相关活性成分与靶点;通过GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库,获得TSB治疗DN候选靶点;利用在线作图软件绘制“TSB-DN”候选靶点Venn图,并结合Cytoscape 3.7.2软件进行GO和KEGG富集分析;然后使用PyMOL、AutoDock Tools和AutoDock Vina软件完成活性成分配体与靶蛋白晶体结构对接;再通过体外培养小鼠肾小球系膜细胞Mcs进行细胞实验验证,实时荧光定量PCR检测各组细胞中STAT3、PIK3CD、PIK3R1、MAPK8及关联性靶点Ets-1 mRNA表达水平,CCK-8法检测24 h后的细胞活性。结果发现,Swiss Target Prediction数据库合并处理后共获得TSB作用靶点835个,联合GeneCards、DisGeNET、OMIM等疾病数据库后共获得443个“TSB-DN”交集靶点,而PPI网络分析得出Degree前10靶点分别为SRC、PIK3R1、STAT3、PIK3CA等;GO、KEGG富集分析结果显示TSB治疗DN可能与蛋白磷酸化、细胞信号转导、基因表达正调控等功能相关;最后体外细胞实验表明,TSB复方能有效降低SV40-MES-13细胞中PIK3CD、PIK3R1、ETS-1的mRNA表达量,药物作用于细胞后能起到“抑制、镇静”的作用。结果表明,TSB复方可通过抑制PIK3R1、PIK3CD和MAPK8、STAT3、ETS-1等靶基因的mRNA表达,实现对PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路的调控并发挥对DN的治疗作用。

关键词： 高良姜   网络药理学   分子对接   抑郁症  

摘要： 目的借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法通过TCMSP数据库检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果筛选出高良姜13种活性成分和169个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心靶点;GO功能解析得到654个生物相关过程、85个细胞组分及147个分子功能;KEGG富集解析获得171条相关通路,分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。

关键词： 艾司氯胺酮   麻醉和镇痛   抗抑郁药  

摘要： 氯胺酮是苯环己哌啶的衍生物,一种具有镇痛作用的静脉麻醉药。曾被广泛应用于临床麻醉中,但由于其各种副作用逐渐被淘汰。近年来,有研究发现氯胺酮除麻醉和镇痛作用外,还具有快速抗抑郁作用。艾司氯胺酮是从氯胺酮中分离提纯出的右旋体,其镇静镇痛及抗抑郁作用比氯胺酮更强,而精神反应等副作用则较少。1997年8月艾司氯胺酮作为一种静脉麻醉和镇痛制剂于德国上市;2019年新开发的艾司氯胺酮鼻喷剂作为一种快速抗抑郁药在美国上市。

关键词： 网络药理学   宣肺止嗽合剂   慢性阻塞性肺疾病   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接探讨宣肺止嗽合剂治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的潜在机制。方法:通过TCMSP、ETCM数据库检索药物有效活性成分及对应靶点,UniProt数据库将所获靶点标化;利用DrugBank、PharmGkb、GeneCards、TTD、OMIM数据库筛选COPD靶点,绘制Venn图并取药物-疾病交集靶点;使用Cytoscape 3.8.0软件构建药物-成分-靶点网络图及可视化处理筛选核心靶点和关键活性成分;STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI);GO和KEGG富集分析使用R4.2.0软件及微生信平台;关键活性成分和核心靶点的分子对接验证使用AutoDock Vina软件。结果:获得药物靶点920个,COPD靶点1843个,共有靶点92个;拓扑分析TNF、IL-6、IL-1β、CXCL8等靶点度值最大;GO富集共1900条,KEGG信号通路158条;分子对接显示,木犀草素、槲皮素与核心靶点均能自发结合。结论:宣肺止嗽合剂可能通过干预炎症反应、氧化应激、细胞凋亡等过程发挥治疗COPD的作用。

关键词： 三阴性乳腺肿瘤   网络药理学   化瘀丸   药理作用分子作用机制(中药)  

摘要： 目的运用网络药理学方法探讨化瘀丸辅助免疫检查点抑制剂治疗三阴性乳腺癌(TNBC)的潜在作用机制。方法利用TCMSP、PubChem、STITCH和SwissTargetPrediction数据库分析化瘀丸潜在作用靶点。基于癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库筛选TNBC疾病靶点。将药物-疾病映射靶点进行PPI网络构建、关键靶点筛选和模块分析, 并运用DAVID数据库进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析。大鼠灌胃化瘀丸水煎液3.94 g/kg, 连续给药4 d, 制备含药血清。将人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)按随机数字表法分为对照组和实验组, 实验组给予化瘀丸含药血清干预24 h后, 接种于Matrigel已凝固的48孔板中, 3 h后观察HUVEC血管形成情况。结果获得化瘀丸治疗TNBC的可能作用靶点130个, VEGFA为核心作用靶点, 血管生成、缺氧、凝血级联反应可能为化瘀丸治疗TNBC的主要相关功能及关键信号通路。体外研究表明, 化瘀丸含药血清可促进HUVEC细胞肿瘤血管正常化。结论化瘀丸可能通过VEGF靶点促进肿瘤血管正常化(血管生成、缺氧、凝血级联反应), 可辅助免疫检查点抑制剂发挥治疗TNBC的功效。

关键词： 升陷汤   慢性心力衰竭   网络药理学   数据挖掘  

摘要： 目的 基于网络药理学分析方法探索升陷汤治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法 利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction筛选升陷汤的活性成分和靶点,通过GeneCard、OMIM、Drugbank数据库获取并筛选与慢性心力衰竭相关的作用靶点,利用STRING数据库分析蛋白质相互作用关系,并构建网络,David数据库将靶点基因进行基因本体、京都基因和基因组百科全书生物通路富集分析。结果 共筛选得到56种活性成分,潜在作用靶点141个,获得山柰酚、槲皮素、豆甾醇、异鼠李素、木犀草素、黄芪皂苷类为核心活性成分,PTGS2、STAT3、TP53、EGFR、MMP9为核心靶点,关键通路包括AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路。结论 升陷汤治疗慢性心力衰竭主要物质基础可能是黄酮类、甾醇类、皂苷类,其潜在作用机制为抑制心肌细胞凋亡、改善心室重塑、抑制炎症反应及氧化应激等方面,未来应开展分子研究进一步验证。