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关键词： 生物信息学   网络药理学   薯蓣皂苷   阿尔茨海默病   新型冠状病毒肺炎  

摘要： 目的:基于生物信息学、网络药理学及分子对接技术探究薯蓣皂苷治疗阿尔茨海默病(alzheimer disease,AD)和新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)的靶点。方法:利用生物信息学对AD和COVID-19的共有的差异表达基因(differential expression gene,DEGs)进行富集分析。接着,通过转录因子(transcription Factor,TF)调控网络分析,并利用Cytoscape使其网络可视化,进一步通过DGIdb数据库预测能同时治疗AD和COVID-19的药物,与CTD数据库中AD、COVID-19相关治疗药物进行韦恩图分析,确定薯蓣皂苷作为治疗AD、COVID-19的潜在药物。使用SEA、SuperPred、SwissTargetPrediction、TCMSP对薯蓣皂苷进行靶点预测,并将其分别与AD、COVID-19的DEGs进行韦恩图交集分析,确定薯蓣皂苷治疗AD、COVID-19的靶点,对其进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,并构建这些药物靶点的蛋白相互作用(Protein Protein Interaction,PPI)网络,筛选出关联度最高的核心靶点。利用分子对接分析薯蓣皂苷与这些核心靶点的结合情况。结果:通过富集和聚类分析,发现AD、COVID-19共有DEGs所富集的生物过程、通路、疾病均与炎症和免疫调节相关。利用这些共有DEGs与Trust数据库构建了AD和COVID-19 TFs调控网络。通过网络药理学预测到薯蓣皂苷是治疗AD和COVID-19的潜在药物,并揭示了薯蓣皂苷治疗AD的36个靶点和27个治疗COVID-19的靶点。用CytohHubba计算得分,分别选取各自关联度最高的6个的核心靶点与薯蓣皂苷进行分子对接。结论:本研究首次揭示了AD和COVID-19共有TFs调控网络,预测并验证了薯蓣皂苷是治疗AD和COVID-19的潜在药物。且通过分子对接确定了薯蓣皂苷与治疗AD和COVID-19的核心药理靶点的结合情况,为开辟临床治疗AD和COVID-19新的途径提供了理论依据。

关键词： 新型冠状病毒感染   肺纤维化   中医药   活血化瘀法   黄芪-当归-川芎   槲皮素   山柰酚   川芎哚  

摘要： 目的运用中医传承辅助平台V3.0软件探析中医药治疗肺纤维化的组方用药规律,获取核心药物组合;运用网络药理学探析其干预新型冠状病毒感染后遗症肺纤维化作用机制。方法筛选2000年1月—2023年6月中医药治疗肺纤维化的临床研究文献,利用中医传承辅助平台的统计分析、关联规则分析等功能,归纳出中医药治疗肺纤维化的用药特点及核心药物组合,并运用网络药理学方法探寻核心药物组合干预新型冠状病毒感染及其后遗症肺纤维化的潜在有效成分、作用靶点及信号通路。结果共筛选出118首有效处方,使用中药185味,使用频次前20位中药以补气类与活血化瘀类为主,在支持度≥10、置信度≥0.6时筛选出21味重要中药组合。确定在支持度≥20、置信度≥0.8时的药物组合“黄芪-当归-川芎”为中药核心药物组合,共含有38个有效成分,121个共同靶点,涉及蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1))、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)14、MAPK1、AP-1转录因子亚基(AP-1 transcription factor subunit,JUN)等关键靶点,核心中药成分包括槲皮素、山柰酚、川芎哚等。结论临床上中医药治疗肺纤维化以活血化瘀法及补气类、活血化瘀类中药为主,中药核心药物组合“黄芪-当归-川芎”可能通过晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(advanced glycation end products-receptor for advanced glycation end products,AGE-RAGE)信号通路、白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路、流体剪切力与动脉粥样硬化信号通路干预新型冠状病毒感染后遗症肺纤维化。

关键词： 芍药甘草汤   慢性萎缩性胃炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。

关键词： 脊髓损伤   甲泼尼龙   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学方法和分子对接,对甲泼尼龙治疗脊髓损伤的作用机制进行探讨.方法:通过Pubchem、SwissTarget Prediction、OMIM、TTD及Genecard数据库收集甲泼尼龙和脊髓损伤的靶点,以关键靶点为分析对象,使用STRING数据库及Cytocaspe分析工具构建PPI蛋白互作网络,并实现GO及KEGG富集分析.结果:本研究PPI蛋白互作网络及分子对接验证表明,AR、MAPK1、NR3C1、CREBBP、PIK3CA、IL6等是MP治疗SCI的有效靶点.MP治疗SCI可能与抑制炎症反应与细胞凋亡有关.MP主要通过转录的正调控、DNA模板化、血小板活化、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始等生物过程及HIF-1信号通路、癌症的途径等通路发挥治疗SCI的作用.结论:甲泼尼龙能够通过多条途径、多个靶点治疗脊髓损伤,本研究初步揭示了其作用的关键靶点、生物学过程及信号通路,并为诸多学者提供参考价值和理论依据.

关键词： 编排规范   高校自然科学学报   中国国家标准   医学期刊编辑   医药院校   学术研究   信息与文献  

摘要： 1 本须知刊登在本刊每卷卷首,主要参照国际医学期刊编辑委员会制订的《学术研究实施与报告和医学期刊编辑与发展的推荐规范》[Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journal: Writing and Editing for Biomedical Publication(Updated April 2010)]、中国国家标准(GB/T 3179-2009)《期刊编排格式》和(GB/T 7714-2015)《信息与文献参考文献著录规则》、原国家教委科技司1997年发布《中国高校自然科学学报编排规范》、中国医药院校学报编辑学会1991年制订的《医(药)学院校学报编排规范》。

关键词： 仙灵骨葆胶囊   骨质疏松症   骨痿   骨痹   骨枯   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨仙灵骨葆胶囊治疗骨质疏松症(OP)的潜在机制。方法:利用网络数据库检索仙灵骨葆胶囊成分中的化合物,获取其2D结构进行筛选,并将符合条件的化合物进行靶点预测。通过网络数据库寻找OP相关基因,获得药物与疾病共同的靶点,筛选出核心蛋白,对所得靶点及药物中化合物进行分子对接验证。结果:筛选后得到仙灵骨葆胶囊治疗OP的潜在核心有效成分35个,核心靶点47个,有效成分包括木犀草素、山柰酚等,靶点包括TP53、肿瘤坏死因子(TNF)等。仙灵骨葆胶囊可能通过白细胞介素-17(IL-17)等信号通路,转录调控区序列特异性DNA调控等生物过程以治疗OP。分子对接显示化学成分与靶点的结合活性良好。结论:仙灵骨葆胶囊具有多成分、多靶点的优势,可能通过调控细胞合成蛋白质等途径改善OP症状。

关键词： 中药剂肝复乐   肝硬化   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的 通过网络药理学研究预测中药剂肝复乐的主要活性成分的作用靶点与通路,建立其“化合物-靶点-通路”的网络模型。方法 利用网络药理学,获得肝复乐中抗肝硬化的活性成分及其相关靶点。通过与MalaCards、OMIM数据库中肝硬化相关基因以及从基因芯片筛选比对,选择既关键的靶点基因进行后续分析,靶点经KEGG通路富集分析后,使用Cytoscape软件构建肝复乐“化合物-靶点-通路-疾病”网络。结果 对该网络进行分析发现,预测出60个化合物、16个靶点蛋白和15条通路与肝硬化相关。中药方剂肝复乐可能通过作用于炎症、物质代谢、肿瘤发生相关的蛋白/基因靶点及通路,起到治疗肝硬化的作用。结论 该研究初步揭示了中药剂肝复乐治疗肝硬化的活性成分及其可能的作用机制,为以后的药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。

关键词： 半夏厚朴汤   抑郁症   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:采用网络药理学方法探讨半夏厚朴汤治疗抑郁症的作用机制。方法:通过检索TCMSP、PubMed、CNKI万方数据库,获取半夏厚朴汤活性成分;通过GeneCards、TTD、OMIM和DisGeNET数据库收集抑郁症靶点,并将活性成分靶点与疾病靶点取交集;采用Cytoscape软件构建活性成分-预测靶点及蛋白互作网络可视化;通过RStudio软件进行GO和KEGG通路的富集分析。结果:筛选得到半夏厚朴汤36个活性成分,涉及100个作用靶点,其中,主要活性成分包括β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素、黄芩苷、丁香酚葡糖苷、卡维丁、β-胡萝卜素、迷迭香酸、桉叶油醇、和厚朴酚、常春藤皂苷元、木兰花碱等;核心靶点包括ALB、AKT1、IL6、VEGFA、PTGS2、CASP3、JUN、MMP9、MYC、CTNNB1、EGFR、FOS、ESR1、HIF1A、PPARG1等。富集到GO生物过程1 321条、分子功能85条、细胞组分64条;KEGG通路135条,包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。结论:半夏厚朴汤治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多途径的特点。

关键词： 生物类似药   药物经济学   消化系统疾病   免疫系统疾病   原研药   单克隆抗体   治疗学   恶性肿瘤  

摘要： “生物类似药研发与临床个体化使用最新进展”专栏生物类似药是指在质量、安全性和有效性方面与已获注册的原研药具有相似性的治疗用生物制品。目前,生物类似药的研发呈飞速发展的态势,全球在研或已上市生物类似药数量近千,其中,单克隆抗体约占50%。与原研药(参照药)相比,生物类似药因其药物经济学优势受到广泛关注。作为原研药的有效替代品,生物类似药为恶性肿瘤、免疫系统疾病、内分泌与代谢疾病、消化系统疾病等临床治疗提供了新的选择,有助于改善医疗可及性与连续性,降低患者个人治疗费用与医保支出。

关键词： 网络药理学   贯叶金丝桃   抑郁症   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学预测贯叶金丝桃有效成分治疗轻中度抑郁症的主要作用靶点及相关信号通路。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取贯叶金丝桃的有效成分及主要作用靶点,通过软件Cytoscape 3.9.1构建药物-有效成分-疾病靶点的网络关系并进行交联分析,通过STRING数据库绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图,用R软件、Perl及相关运行脚本筛选出贯叶金丝桃治疗轻中度抑郁症的有效成分及主要作用靶点,并生成基因本体论(GO)功能富集分析图和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析图。结果:共预测得到贯叶金丝桃治疗轻中度抑郁症的6种有效成分和7个有效作用靶点,分别为槲皮素、山柰酚、木犀草素、(+)-儿茶素、表儿茶素、谷甾醇;信号转导因子和转录激活因子(Signal Transducer and Activator of Transcription,STAT)1、FOS原癌基因(Fos Proto-Oncogene,FOS)、周期蛋白依赖激酶抑制因子1(Cyclin Dependent Kinase Inhibitor 1,CDKN1)、周期蛋白D1(Cyclin D1,CCND1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、RELA癌基因(RELA Proto-Oncogene,NF-KB Subunit,RELA)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)。并通过通路富集分析推测贯叶金丝桃对轻中度抑郁症的作用机制可能和磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-晚期糖基化终末产物受体(Advanced Glycation End Product Receptor,RAGE)信号通路、化学致癌活性氧(Reactive Oxygen Species,ROS)、肿瘤坏死因子、细胞凋亡等有关,并发现STAT1、核因子-κB(Nuclear Factor-κB,NF-κB)、EGFR、CDKN1(P21)、AKT1、CCND1、FOS等靶点基因可能在轻中度抑郁症中起到关键作用。结论:通过网络药理学分析并推测了贯叶金丝桃可能通过多成分、多基因、多靶点的方式治疗轻中度抑郁症的作用和特点,为进一步研发抗抑郁药物提供了理论依据和新的出发点。