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关键词： Bioscience   Physical Sciences   MathML   Special Characters  

ISBN: (数字)9781000999228 ISBN: (纸本)9781003366669

摘要： This unique volume traces the behavior of the drug substance, starting from the initial pre-contact stage, and ending with the formation of the complex. Molecular recognition lies in the foundation of every life form and includes many mysteries. Currently, studies on this topic in pharmacology are limited to determining the properties of complexes of medicinal substances (drugs) with specific (complementary) biomolecules: receptors, enzymes, ion channels etc. The results present the mechanisms preventing drugs from such non-specific binding. This direction is very fruitful, although the phenomenon of molecular recognition is far wider. Features Presents the basics of thermodynamics and kinetics of complex formation between ligands and receptors Selected novel therapeutic concepts are tested and validated Provides a review of the pharmacophore approach and drug design methods By its nature, pharmacology is a multi-disciplinary science, hence, disciplinary areas include chemistry, biology and neuroscience Discusses hot topics including 3D structure determination techniques and in silico methods and neural networks The main theme of the book is the consideration of mechanisms created by nature to protect physiologically active substances from being stuck on nonspecific acceptors in the body. The book describes the materials that aid in the development of new medicinal substances. It is intended for researchers, as well as upper-level undergraduate and graduate students interested in the problems of molecular pharmacology and drug design.

关键词： 网络药理学   胃溃疡   康复新液   美洲大蠊  

摘要： 目的 利用网络药理学研究方法,探索康复新液治疗胃溃疡的机制。方法 通过文献检索收集康复新液的有效化学成分。基于PubChem、Super-PRED、OMIM、GeneCards等数据库,得到有效化学成分作用靶点及胃溃疡相关的疾病靶点,利用韦恩图得到康复新液治疗胃溃疡的相关靶点。利用蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)对靶点关系进行预测并通过Cytoscape软件中的“Cytohubba”插件进行关键基因的筛选。最后利用R语言“clusterprofiler”包对靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析预测康复新液治疗胃溃疡的作用机制。结果 通过文献检索共收集到12种康复新液的有效化学成分,基于各个数据库获得了134个康复新液治疗胃溃疡相关靶点,根据PPI网络分析及“Cytohubba”插件筛选出13个靶点,分别为:STAT3、HSP90AA1、MTOR、MMP9、EZH2、CXCR4、MMP2、PTGS2、TLR4、CDK2、PTPN11、GSK3B、PDGFRB。GO分析表明:靶基因在生物过程中主要集中在MAPK级联正调控、对氧气水平的反应、对氧化应激的反应、细胞对氧化应激的反应、细胞因子产生的正向调节等;KEGG分析表明:靶基因主要集中在JAK-STAT、PI3K-Akt、HIF-1、MAPK信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、T辅助细胞17细胞分化等。结论 康复新液对胃溃疡的治疗涉及多个靶点以及多种途径。主要以抗氧化应激及抗炎症反应为主。JAK-STAT、PI3K-Akt、MAPK信号通路可能是康复新液治疗胃溃疡的关键通路。

关键词： 中国药理学会   药效动力学   药物治疗学   新药研究   药物基因组学   定量药理学   征订启事   幅面尺寸  

摘要： 本刊为中国科学技术协会主管,中国药理学会主办的全国性、学术性刊物。月刊,幅面尺寸:280mm×205 mm,120页,CN34-1206/R,ISSN1009-2501。以从事新药研究、临床药理学与治疗学工作的高中级医疗、科研、教学人员为主要读者对象。设有专论、综述与讲座、基础研究、定量药理学(包括药代动力学、药效动力学及药物临床评价等)、临床药理学(包括药物基因组学及药物蛋白组学等)、药物治疗学、短篇论著、读者·作者·编者等栏目。

关键词： 网络药理学   肝岩舒方   原发性肝癌   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学探讨肝岩舒方治疗原发性肝癌的活性成分、作用靶点、信号通路等,并验证肝岩舒方对肝癌细胞增殖、侵袭及迁移的影响。方法通过3种数据库获得肝癌疾病靶点,以及肝岩舒方10味中药的活性成分,筛选出各中药有效化合物所对应的药物靶点,分析获得药物成分-疾病共同靶点,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,构建肝岩舒方中药-化合物成分网络图、药物活性成分-作用靶点网络并进行拓扑分析,获得核心靶点。基因本体(Gene Ontology,GO)分析对靶点基因的序列信息进行功能分类分析,京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析靶点相关代谢通路。通过体外实验,制备对照组、肝岩舒方组、芪灵蟾组、索拉非尼组、肝岩舒方和索拉非尼联合治疗组的SD大鼠含药血清,CCK-8检测细胞活性,细胞划痕检测细胞迁移水平,Transwell检测各组细胞转移水平,蛋白免疫印迹法(Western Blot,WB)检测各组基质金属蛋白酶2(matrix metalloproteinase 2,MMP-2)蛋白表达水平。结果从肝岩舒方中筛选出167个化合物,与肝癌共有靶点93项,核心靶点10项;在此基础上构建了肝岩舒方的成分-靶点、成分-肝癌疾病靶点及相关信号通路的共同表达网络,同时筛选出与肝岩舒方关键成分相关的主要信号通路,发现肝岩舒方可能通过叉头框转录因子O(forkhead transcription factor O,FOXO)信号通路、AGE-RAGE信号通路等对肝癌起治疗作用。CCK-8实验中,给药48小时后肝岩舒方能使肝癌细胞HepG2的增殖受到抑制,而后选取20%浓度处理细胞。划痕试验结果显示:与对照组相比,肝岩舒方组HepG2细胞在48 h时迁移水平显著降低(P<0.05)。Transwell实验显示:与对照组相比,肝岩舒方和西药联合治疗组的细胞转移水平降低(P<0.05);与肝岩舒方组及西药组相比,肝岩舒方和西药联合治疗组的细胞转移水平显著降低(P<0.001)。WB检测细胞中MMP-2的表达显示:与单一药物治疗相比,肝岩舒方和西药联合治疗下MMP-2表达下调。结论从多角度探索了肝岩舒方治疗原发性肝癌的作用机制,揭示了肝岩舒方的药理作用,为其后续的实验研究及临床疗效指标的筛选提供了方向。

关键词： 紫苏叶   网络药理学   抗炎  

摘要： 目的分析紫苏叶的抗炎作用机制。方法网络药理学方法。利用TCMSP数据库筛选紫苏叶的有效成分及作用靶点,使用GeneCards数据库预测疾病靶点,随后将两者进行映照,即可获得紫苏叶发挥抗炎作用的有效成分以及潜在抗炎靶点;利用String和Cytoscape来进行PPI网络的分析;利用DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路的研究。结果紫苏叶有14个活性成分作用于36个抗炎靶点。富集分析得到GO功能459个条目、KEGG通路145条信号通路。结论紫苏叶可能通过参与调节癌症通路、IL-17信号通路等发挥其抗炎作用,展现了紫苏叶多成分、多靶点、多通路的抗炎分子机理,为进一步深入阐述紫苏叶的抗炎机制提供了理论依据。

关键词： 山豆根   肝癌   成分鉴定   网络药理学   分子对接  

摘要： [目的]基于超高效液相色谱串联四级杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF/MS)技术、网络药理学和分子对接技术探讨山豆根抗肝癌的药效物质基础和作用机制。[方法]采用UPLC-Q-TOF/MS技术鉴定对山豆根化学成分;运用PharmMapper、Swiss target prediction数据库预测山豆根成分靶点;通过GeneCards、DrugBank数据库收集肝癌相关靶点;运用Venny 2.1.0构建韦恩图,取化学成分和肝癌的交集靶点,并运用Cytoscape 3.7.2构建“化合物-靶点”网络,筛选山豆根抗肝癌的潜在成分;通过STRING数据库进行蛋白互相作用(PPI)网络分析,得到核心靶点;采用DAVID数据库对山豆根抗肝癌的核心靶点进行基因本体分析(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集通路分析,构建“化合物-靶点-通路”网络;山豆根抗肝癌的潜在活性成分与核心靶点蛋白的结合活性采用分子对接技术进行验证;通过细胞活性实验验证三叶豆紫檀苷、氧化苦参碱、苦参碱的抗肝癌作用。[结果]UPLC-Q-TOF/MS鉴定出山豆根中23个化学成分;获得山豆根成分和疾病的交集靶点33个。PPI分析、GO功能富集和KEGG通路富集分析发现,山豆根可能通过苦参碱、氧化苦参碱、6,8-二异戊烯基山柰酚、丁香脂素、Shandougenine A等活性成分作用于细胞周期素D1(CCND1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、酪氨酸激酶受体2(ERBB2)、表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)等核心靶点,通过调节低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、高级糖基化终末产物-受体(AGE-RAGE)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、酪氨酸激酶受体(ErbB)信号通路等多条通路发挥抗肝癌作用。分子对接验证得到山豆根潜在活性成分与核心靶点有较好结合力。细胞活性实验表明三叶豆紫檀苷、氧化苦参碱、苦参碱均有不同程度的抗肝癌作用。[结论]该研究初步表明山豆根通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗肝癌的作用,为阐明山豆根抗肝癌的药效物质基础及作用机制研究提供了参考依据。

关键词： 麻黄   网络药理学   银屑病   芫花素   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术,预测麻黄治疗银屑病的潜在作用靶点及相关通路。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选麻黄活性成分及对应靶点,在GeneCards、OMIM、DrugBank等数据库检索银屑病疾病靶点信息,取麻黄与银屑病的交集靶点,并构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。通过DAVID平台进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock软件进行分子对接分析。结果:麻黄治疗银屑病主要成分为豆甾醇、β-谷甾醇、香叶木素、柳穿鱼黄素以及芫花素,麻黄与银屑病共有27个交集靶点,核心靶点包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase 3,CASP3)、前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、一氧化氮合酶2(Nitric Oxide Synthase 2,NOS2)、溶质载体家族6成员4(Solute Carrier Family 6 Member 4,SLC6A4)、乙酰胆碱酯酶(Acetylcholinesterase,ACHE),潜在靶点富集在胆碱能突触、5-羟色胺突触、晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation Endproduct,AGE)与其受体(Receptor for Advanced Glycation End Products,RAGE)、肿瘤蛋白p53等信号通路上。分子对接结果表明麻黄主要成分与核心靶点拥有较高亲和力。结论:麻黄可能通过促进角质形成细胞凋亡,调控核因子-κB(Nuclear Factor-κB,NF-κB)、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(Akt)、信号转导因子和转录激活因子(Signal Transducer and Activator of Transcription,STAT)等炎症通路,减少肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)-α、白细胞介素(Interleukin,IL)-1β、IL-6等炎症因子的释放,从而改善银屑病皮损。

关键词： 生脉散   糖尿病   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 通过网络药理学和分子对接技术探究生脉散治疗糖尿病及其并发症的作用机制。利用TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction和Pubchem等数据库,结合文献检索筛选生脉散中所含有的活性成分和作用靶点,通过Uniprot数据库对靶点名称进行统一规范并找到靶点对应的基因;通过OMIM、Genecards和Drugbank数据库检索糖尿病疾病相关靶点。采用Venny2.1得到生脉散和糖尿病的交集靶点,利用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,再利用Cytoscape 3.7.2软件建立“生脉散成分-靶点”网络筛选得到生脉散活性成分治疗糖尿病的核心靶点,并对其进行拓扑学数据分析;再利用David数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析最后采用AutoDock Tools1.5.6、AutoDock vina 1.1.2软件进行分子对接结果验证。筛选出生脉散48个有效成分和352个预测靶点,糖尿病靶点1269个,韦恩图得到生脉散和糖尿病交集靶点97个,关键靶点4个,潜在作用通路3条。生脉散中治疗糖尿病的核心活性成分为豆甾醇、β-谷甾醇、尿苷和山柰酚,关键靶点是AKT1、TNF、CASP3和PTGS2。生脉散治疗糖尿病的生物学通路主要作用于TNF信号通路、HIF-1信号通路和细胞凋亡信号通路。分子对接结果显示,生脉散中的核心成分豆甾醇、β-谷甾醇、尿苷和山柰酚等与主要靶点(AKT1、JUN、TNF和CASP3)的结合活性较强。因此,本研究系统性证明了生脉散通过多成分、多靶点和多通路治疗糖尿病的分子机制,为进一步探究生脉散治疗糖尿病的提供理论依据和新方向。

关键词： 扁平疣   红花平疣颗粒   网络药理学   羟基红花黄色素A   质量标准  

摘要： 目的以网络药理学系统分析红花平疣颗粒治疗扁平疣的主要活性成分、潜在治疗靶点及作用机制,并以此为基础建立红花平疣颗粒的质量控制指标。方法借助中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库、SwissTargetPrediction数据库、中医药证候关联数据库(SymMap数据库),筛选出红花平疣颗粒的主要活性成分及其作用靶点;借助人类基因综合数据库(Genecards数据库)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM数据库)检索出扁平疣的相关靶点;借助蛋白质-蛋白质相互作用数据库(STRING数据库)构建潜在靶点的蛋白质互作网络(PPI)图,并利用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花平疣颗粒-活性成分-作用靶点”网络图;借助基因功能注释分析数据库Matascape进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并利用Cytoscape软件构建“活性成分-核心靶点-信号通路”网络图;最后采用高效液相色谱(HPLC)法对红花平疣颗粒中主要指标成分羟基红花黄色素A进行含量测定。结果通过网络药理学筛选出157个活性成分,94个核心靶点。此外,红花平疣颗粒可能通过调控白细胞介素-17(IL-17)和缺氧诱导因子1(HIF-1)等信号通路发挥治疗扁平疣的作用。HPLC结果显示,羟基红花黄色素A在6~120 mg/L范围内线性关系良好(r=0.9996),精密度、重复性、稳定性试验的相对标准偏差(RSD)值均<3%,平均回收率为96.17%~101.85%,RSD为2.19%(n=6),其平均含量为0.0576 mg/g。结论通过网络药理学初步探讨红花平疣颗粒治疗扁平疣的作用机制,并对筛选出来的质控指标成分羟基红花黄色素A进行了定量研究,该研究为红花平疣颗粒治疗扁平疣的药效学及质量标准提升研究提供一定的依据。

关键词： 人参   DN   靶点   机制   分子对接   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、TNF-α和AKT1之间具有较好的亲和力。结论网络药理学初步探讨了人参治疗DN具有多成分、多靶点、多通路协调作用的特点,为后续进一步研究提供了理论依据。