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关键词： 龋病   红花   分子对接   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接探讨新疆红花防龋的活性成分、潜在靶点及其作用机制。方法通过TCMSP和BATMAN-TCM在线免费数据库按照ADME(吸收、分布、代谢和排泄)参数和Lipinski规则(分子量<500、脂水分配系数<5、氢键供体<5、氢键受体<10)筛选红花活性成分,并用TCMSP和Uniprot数据库筛选活性成分对应的靶点。利用CTD、GeneCards和DisGeNET等数据库检索获取龋病的靶点,并与红花活性成分靶点进行映射,共有靶点作为红花防龋的潜在靶点。针对潜在靶点用Cytoscape 3.8.2软件构建网络,利用DAVID数据库的在线分析功能基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,采用String数据库、Cytoscape软件CytoNCA和MCODE插件分析蛋白互相作用,将作用强的靶点作为红花防治龋病的关键靶点。基于TCMSP数据库和PyMol软件预处理红花活性成分,准备配体。采用PDB数据库和PyMol软件预处理关键靶点,准备受体。用AutoDock 1.4软件分子对接。结果从红花中筛选得到木脂素和红花素等56个活性成分及其181个作用靶点,与2486个龋病靶点交集得到81个潜在靶点。GO和KEGG分析中潜在靶点涉及367条生物学过程、72条分子功能、52条细胞组成以及113条信号通路。红花黄芩素、山柰酚等活性成分与肿瘤坏死因子(TNF)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)具有较好的结合活性。结论红花的木脂素和红花素等成分可能通过作用于AKT1、TP53、TNF和促分裂原活化的蛋白激酶1等靶点调节TNF信号通路,从而发挥防龋作用。

关键词： 药理学   结直肠癌   丹参   应用机制  

摘要： 目的:立足于药理学方法基础之上,探究在结直肠癌治疗中使用丹参的作用机制,从而为临床医学的发展提供依据。方法:选择使用中药系统药理学数据库与分析平台,从中获取到丹参的主要化学陈方根以及对应靶点,对本次研究中需要获取的信息加以收集整理。结果:经过分析可知,将丹参应用在结直肠癌的治疗中,主要使用其活性成分木犀草素、丹参酮等多种。结论:对丹参应用在结直肠癌患者中的分子与细胞通路机制加以分析,为临床医学工作提供更多理论性依据。

关键词： 正元胶囊   癌因性疲乏   细胞因子   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:采用网络药理学和分子对接方法,探索正元胶囊治疗癌因性疲乏(cancer-related fatigue,CRF)的作用机理。方法:从TCMSP及HERB数据库采集正元胶囊组方药物的活性成分及靶点,从OMIM数据库、Genecards数据库、TTD数据库收集CRF靶点,二者进行交集筛选出正元胶囊治疗CRF潜在作用靶点,然后绘制“中药-成分-靶点-疾病”网络图并对其关键成分进行分析,构建靶点蛋白-蛋白互作网络、筛选出关键靶点,同时进行GO和KEGG通路富集分析,利用分子对接技术探索关键成分与靶点间的相互作用。结果:正元胶囊治疗CRF的关键成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、7-棕榈酸、五味子酯乙等,涉及的关键靶点包括TNF、STAT3、TP53、AKT1、MYC、VEGFA、EGFR、JUN、PTEN等,其作用机制可能与癌症的通路、PI3K/AKT信号通路、癌症的蛋白聚糖、MAPK信号通路以及病毒感染等信号通路有关。分子对接结果表明,槲皮素与TNF、木犀草素与STAT3的结合能力最强。结论:正元胶囊可通过多靶点、多途径的作用机理治疗CRF,可为今后阐明正元胶囊治疗CRF的深入机制提供思路。

关键词： 西黄丸   乳腺增生   UPLC-Q-TOF-MS   网络药理学   分子对接   人乳腺上皮细胞MCF-10A  

摘要： 该研究基于网络药理学和分子对接方法探究西黄丸入血成分抗乳腺增生作用机制,并通过人乳腺上皮细胞MCF10A增殖模型对西黄丸入血成分的药效和关键靶点进行实验验证。为阐明西黄丸抗乳腺增生物质基础及作用机制,首先采用UPLC-Q-TOF-MS对西黄丸入血成分进行定性分析,共鉴定出22个入血成分;以入血成分为研究对象,进行网络药理学预测和分子对接验证,最终筛选出3个关键靶点,分别为JAK1、SRC及CDK1;体外实验表明西黄丸可抑制MCF-10A细胞增殖,促进MCF-10A细胞凋亡,并降低细胞中JAK1、SRC及CDK1靶标的表达。综上可得,西黄丸能通过调控JAK1、SRC及CDK1表达,促进乳腺上皮细胞凋亡,进而发挥抗乳腺增生作用,为阐明西黄丸抗乳腺增生药效物质基础提供实验依据。

关键词： 如意金黄散   坏死性筋膜炎   炎症   网络药理学  

摘要： 目的拟使用网络药理学工具研究如意金黄散对坏死性筋膜炎的作用机制。方法在TCMSP和DrugBank等数据库中收集如意金黄散可能的药效成分和作用靶点以及坏死性筋膜炎的作用靶点并取交集,使用Cytoscape软件构建“草药成分靶点”互作网络。在STRING数据库构建蛋白互作网络并筛选出如意金黄散核心作用靶点,使用GO和KEGG对如意金黄散治疗坏死性筋膜炎的作用机制进行分析,使用分子对接验证预测药效成分与核心靶点的亲和能力。结果如意金黄散可通过44个靶点对坏死性筋膜炎进行治疗,其治疗的核心靶点主要为ALB、IL-6、TNF、INS、STAT3和PTGS2,可通过IL-17、TNF、NF-κB等信号通路抑制急性炎症反应、细胞因子调节及内毒素反应,且药效成分与预测靶点具有良好的亲和力。结论如意金黄散可通过“多靶点多途径”方式治疗坏死性筋膜炎,为如意金黄散治疗坏死性筋膜炎的临床应用提供了理论依据。

关键词： 补肾通络方   膝骨性关节炎   网络药理学   活性成分   作用机制  

摘要： 目的探讨补肾通络方治疗膝骨性关节炎可能的作用机制。方法通过BATMAN-TCM数据库筛选补肾通络方的活性成分及潜在靶点。通过CTD数据库、人类孟德尔遗传数据库、GeneCards数据库检索膝骨性关节炎相关基因,并通过CoolGeN数据库筛选;将制剂潜在靶点与疾病相关基因相互映射,得补肾通络方作用于膝骨性关节炎的靶点基因,导入String数据库进行网络拓扑属性分析,筛选重要靶点蛋白。将补肾通络方作用于膝骨性关节炎的靶点基因导入DAVID数据库分别进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGC)信号通路富集分析。结果筛选出70个活性成分,其中熟地2个、杜仲11个、当归16个、山萸肉2个、怀牛膝3个、寄生5个、独活9个、秦艽3个、防风4个、细辛6个、地龙3个、甘草16个,10个成分为多种中药共有。共得到46个共有靶点,其中重要蛋白靶点10个。共富集到GO条目133个,包括生物过程96个、细胞组分14个、分子功能23个,涉及细胞凋亡过程、胞质溶胶、乙酰胆碱结合等;KEGG信号通路76条,包括肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、破骨细胞分化通路等。结论补肾通络方可能通过多活性成分、多靶点、多通路治疗膝骨性关节炎。

关键词： 姜黄素   糖尿病视网膜病变   网络药理学   基因  

摘要： 目的应用网络药理学及分子对接的相关理论方法探究姜黄素治疗糖尿病视网膜病变(DR)的作用机制。方法利用SEA及SwissTargetPrediction数据库在线预测化合物作用的靶点;通过CTD数据库提供与疾病相关的各种靶点;运用Venny数据库映射匹配不同基因,并取二者交集;采用GeneMANIA数据库构造出交集基因的蛋白互作网络图,采用Cystoscape软件进行更精确的分析和可视化,借助WebGestalt数据库进行富集分析,最后利用AutoDock Vina对核心靶点进行分子对接。结果得到姜黄素作用靶点52个,DR对应的靶点1599个,共同作用的靶点48个。核心靶点为丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、表皮生长因子受体(EGFR)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)以及热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)。富集分析结果显示,这些靶点主要与EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路以及晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路等有关。结论姜黄素可能通过调控多条信号通路来抑制炎症反应和对抗氧化应激等过程,从而发挥治疗DR的作用。

关键词： 香连丸   网络药理学   肠道菌群   血脂异常   棕色脂肪  

摘要： 基于网络药理学和肠道微生物菌群探讨香连丸对高脂饮食诱导的肥胖小鼠脂代谢的影响及可能作用机制。首先,利用网络药理学预测香连丸对肥胖的可能作用。其次,建立高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型,观察小鼠体质量、脂肪指数和肝、脂肪病理变化;检测血脂、肝、肾功能指标,以及胰岛素含量、重组解偶联蛋白1(recombinant uncoupling protein 1,UCP-1)和PR结构域蛋白16(PR structural domain protein 16,PRDM16)的表达。采用16S rRNA基因测序技术分析小鼠肠道菌群变化。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析表明,香连丸主要通过改善脂肪分解调节、2型糖尿病和胰岛素抵抗等方面发挥改善肥胖作用。实验结果显示,香连丸能显著降低肥胖小鼠的体质量、体脂、血脂及血清胰岛素水平,同时增强脂肪组织UCP-1、PRDM16的表达,并且未对小鼠的肝、肾造成损伤。16S rRNA测序结果表明,香连丸能在门水平上降低厚壁菌门/拟杆菌门比值,同时在科水平和属水平上增加阿克曼菌和拟杆菌的相对丰度,降低Allobaculum的丰度。因此,香连丸能有效改善高脂肥胖小鼠脂质代谢紊乱,其机制与棕色脂肪功能改善、白色脂肪棕色化、脂肪代谢加快及肠道菌群改善等相关,但其对促进白色脂肪向棕色脂肪转化的作用仍需进一步研究。