课程文献中心 更多>>

关键词： 青蒿素   多囊卵巢综合征   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的应用网络药理学和分子对接技术探索青蒿素对多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)的潜在作用机制。方法通过Pubchem、Swiss Target Prediction、PharmMapper数据库预测青蒿素作用靶点,利用GeneCard、DisGeNET数据库获取与PCOS有关靶点;应用韦恩图分析青蒿素与PCOS的交集靶点;利用String软件对交集靶点进行PPI蛋白网络互作分析,并利用Cytoscape软件进行核心靶点筛选;应用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,并借助在线软件对分析结果进行可视化;通过Chemdraw、PyMol、Auto Dock Tools软件及RCSB PDB数据库对青蒿素及核心靶蛋白进行分子对接。结果得到青蒿素靶点229个,PCOS靶点1292个,韦恩图分析交集靶点90个,潜在核心靶点5个,分别为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(serine/threonine-protein kinase,AKT1)、雌激素受体(estrogen receptor 1,ESR1)、基质金属蛋白酶(matrix metalloprotein 9,MMP9)、过氧化物酶体增殖激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARγ)、基质金属蛋白酶(matrix metalloprotein 2,MMP2),主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、Ras、内分泌抵抗等信号通路。分子对接结果显示青蒿素与对应核心靶蛋白之间存在分子结合位点。结论初步预测分析青蒿素可能通过多靶点、多机制对PCOS发挥治疗作用。

关键词： 盐酸药根碱   人骨肉瘤   增殖   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学、分子对接技术和细胞实验,探讨盐酸药根碱(JH)对人骨肉瘤细胞(HOS)的潜在作用靶点和对细胞的增殖、迁移、侵袭的影响及作用机制。方法首先通过数据库筛选JH的成分靶点,HOS相关的疾病靶点,以此来构建药物-靶点-疾病可视化网络和蛋白相互作用网络(PPI),然后进行GO和KEGG富集分析,采用分子对接软件对潜在的作用靶点(靶点数目最多的活性成分和蛋白相互作用中自由度最大的蛋白质)进行验证。采用不同浓度的JH处理HOS,通过MTT测定、平板克隆形成、Transwell小室侵袭与迁移实验证实JH在HOS细胞增殖中的抑制作用。结果该研究共获得JH抗HOS的靶点共有26个,富集分析提示JH通过多种信号途径发挥抗HOS的作用;分子对接显示JH与主要靶点之间具有良好的结合活性;与对照组相比,JH能显著降低HOS细胞活性;与对照组相比,JH组细胞的增殖、迁移能力显著降低。结论JH可能通过多种靶点有效抑制HOS增殖。经体外细胞实验验证表明,JH随着浓度增加,可抑制HOS的增殖、侵袭和迁移。因此,可能是一种有效的潜在抗HOS药物。

关键词： 黄芪甲苷   慢性心力衰竭   网络药理学   分子对接  

摘要： 本研究旨在利用网络药理学和分子对接技术,探究黄芪甲苷(Astragaloside IV)在治疗慢性心力衰竭中的价值。方法 通过GeneCard数据库、OMIM数据库获取黄芪甲苷的化学成分信息和靶点信息,利用Venny在线软件将AS-Ⅳ靶点与CHF靶点进行重合并绘制温恩图,获得AS-Ⅳ治疗CHF的潜在靶点,上传PPI网络,行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用薛定谔公司旗下平台软件Maestro 13.5进行分子对接。 结果 共获得26个AS-Ⅳ与CHF的交集靶点,经PPI网络分析排名前5的关键靶点为AS-IV治疗CHF的5个关键靶点分别是AKT1、VEGFA、STAT3、HSP90AA1、MET。GO功能富集分析结果显示,AS-Ⅳ治疗CHF的主要通路是cGMP-PKG、PI3K-Akt、MAPK、钙离子等。分子对接显示,AS-Ⅳ与AKT1、STAT3、HSP90AA1、MET这4个关键靶点的亲和力较强。结论 黄芪甲苷治疗慢性心力衰竭的潜在作用机制,包括多个靶点、多通路作用特点,黄芪甲苷可能通过调节AKT1、STAT3、HSP90AA1和MET等关键靶点,参与多个信号通路的调控,从而促进心肌功能的恢复和心血管系统的改善。

关键词： 网络药理学   糖尿病足溃疡   顾步汤   Wnt/β-Catenin信号通路   巨噬细胞M2极化  

摘要： 目的采用网络药理学方法分析顾步汤治疗糖尿病足溃疡(DFU)的可能作用靶点及相关机制,并进行细胞实验验证。方法利用TCMSP数据库查找顾步汤主要有效成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM数据库收集与DFU相关基因,建立疾病-靶点-化学成分网络。通过GO和KEGG通路富集分析探讨顾步汤对DFU可能的作用途径。构建NIH/3T3细胞和RAW264.7细胞共培养体系,将细胞随机分为空白组、模型组、抑制剂组及顾步汤低、中、高剂量组,除空白组外,其余各组均以脂多糖诱导RAW264.7细胞构建巨噬细胞模型,采用白细胞介素-4(20 ng/mL)诱导建立巨噬细胞M2极化模型。采用流式细胞术检测NIH/3T3细胞凋亡率及M2型巨噬细胞数量,CCK-8法检测NIH/3T3细胞增殖率,划痕实验检测NIH/3T3细胞迁移率,Western blot检测Arg-1、FIZZ1及Wnt/β-Catenin信号通路相关蛋白表达,RT-PCR检测Arg-1、FIZZ1、Wnt4a、β-Catenin mRNA表达,免疫荧光染色检测Wnt4a和β-Catenin蛋白表达。结果通过数据库检索获得顾步汤有效成分121个,主要成分对DFU的作用靶点共50个。KEGG通路富集分析得到顾步汤与DFU显著共关联的信号通路包括Wnt、PI3K-AKT、HIF-1信号通路等。细胞实验显示,顾步汤可显著降低NIH/3T3细胞凋亡率及M2型巨噬细胞数量,增加NIH/3T3细胞增殖率及迁移率,下调Arg-1、FIZZ1、Wnt4a、β-Catenin蛋白及mRNA表达,降低Wnt4a、β-Catenin免疫荧光强度。结论顾步汤能够刺激巨噬细胞M2极化,调控Wnt/β-Catenin信号通路,从而发挥治疗DFU作用。

关键词： 网络药理学   十二味乌梅丸   失眠   信号通路  

摘要： 目的:应用网络药理学方法探讨十二味乌梅汤治疗失眠的潜在作用机制。方法:通过Batman、TCMSP数据库检索十二味乌梅汤药物的相关活性成分和作用靶点,采用Cytocape构建十二味乌梅汤-失眠-潜在靶点网络图。通过交互靶点GO功能分析和KEGG通路富集分析研究十二味乌梅汤和失眠的相关生物学过程和信号通路。将十二味乌梅汤的关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果:得到十二味乌梅汤中134种有效活性成分,187个潜在治疗靶点,153个靶点与失眠关系密切。通过GO功能分析和KEGG通路富集分析发现,十二味乌梅汤治疗失眠的机制最有可能和脂质与动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化、糖尿病并发症信号通路、化学致癌-受体激活通路等相关。通过分子对接验证表明部分活性成分与核心靶点之间具有良好的结合性,其中槲皮素为主要活性成分中潜在靶标数最多。结论:十二味乌梅汤可通过调节不同基因来调控不同的信号通路达到治疗失眠的作用,体现了中药复方具有多成分、多通路、多靶点的特点,为进一步深入的临床研究提供科学依据。

关键词： 临床医学   药理学   试卷分析   主成分分析   K均值聚类  

摘要： 目的分析某地方高校临床医学专业本科五年制药理学期末考试试卷。方法2022年7月,收集临床医学2020级药理学期末试卷142份,有效试卷140份,其中,临床医学2020级1班66份,临床医学2020级2班74份。以教育测量学原理分析试卷难度、区分度、信度和效度,运用数据挖掘算法中主成分分析和K-均值聚类分析学生考试成绩。结果试卷总体难度0.58,区分度0.34,信度0.80。全部学生平均成绩(58.2±13.9)分,成绩符合正态分布,两班级学生成绩差异无统计学意义(P>0.05)。主成分分析发现影响试卷成绩的两个维度,不同班级又有所差异;K-均值聚类依据考核知识点划分不同层次的学生。结论试卷具有分析价值。不同班级学生对药理学各章节知识掌握情况存在差异,课程教学效果亟待改进。本次试卷分析为后续的改进课程教学和提高人才培养质量提供实证。

关键词： 网络药理学   桃红四物汤   原发性痛经   2型糖尿病   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤“异病同治”原发性痛经和2型糖尿病的有效成分及作用机制。方法:利用生物科学与网络药理学平台、蛋白数据库和String数据库搜集桃红四物汤化学成分及其靶点数据;基于筛选得到的靶点,进行GO富集功能(gene ontology,GO)和KEGG通路富集分析(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG);构建“药物-成分-靶点-疾病-通路”网络图;同时将筛选得到的关键有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果:从桃红四物汤中筛选出44个活性成分涉及195个靶点、2型糖尿病疾病靶点1421个,原发性痛经疾病靶点650个,药物与疾病的交集靶点36个。β-谷甾醇、山柰酚、槲皮素、豆甾醇、木犀草素匹配到较多靶点。核心靶点蛋白涉及白细胞介素6、白细胞介素1、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、肿瘤坏死因子-α、过氧化物酶体增生激活受体γ、肿瘤蛋白等;GO条目1021条,分子生物学功能(MF)954条、细胞学组分(CC)20条和生物学过程(BP)47条,KEGG通路富集得到通路121条,主要作用于癌症、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、人巨细胞病毒感染、卡波济肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、P53信号通路、PI3K-Akt信号通路等多种途径。分子对接结果显示主要活性成分与靶点均能自发结合。结论:构建“药物-成分-靶点-疾病-通路”网络图,探讨桃红四物汤防治PD和T2DM的潜在靶点和活性组分,运用分子对接技术,探索其多成分与多靶点、多疾病关系,从而揭示其潜在有效成分和作用机制。

关键词： 强直性脊柱炎   网络药理学   通络解毒汤   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学与分子对接技术探讨吴门通络解毒汤治疗强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的作用机制。方法采用TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选通络解毒汤中相关有效成分与靶点;采用GeneCards、Drugbank和TTD数据库收集AS相关靶点;使用Venny2.1.0软件获得通络解毒汤与AS的交集靶点;构建有效成分-交集靶点网络模型,依据Degree值筛选前5作为核心活性成分;通过STRING数据库搭建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;将PPI网络导入Cytoscape 3.8.0,并使用CytoHubba插件对PPI网络进行分析,以Degree值前10的靶点为核心靶点;通过R语言插件对核心靶点进行GO分析与KEGG分析。利用“AutoDock Vina1.1.2”软件对核心靶点与核心活性成分进行分子对接。结果筛选出通络解毒汤化学成分127个,靶点442个,AS疾病靶点2475个,交集靶点128个。GO分析结果显示通络解毒汤治疗AS的生物过程主要涉及炎症反应,细胞凋亡与代谢、调节免疫等;KEGG分析结果显示主要通路为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接进一步证实了核心靶点与核心活性成分的相互作用,其中TNF-α、MAPK1、MAPK3与核心成分槲皮素、木犀草素、柚皮素、山柰酚等具有较强结合能力。结论本研究预测吴门医派通络解毒汤可能是通过槲皮素、木犀草素、柚皮素、山柰酚等有效成分作用于TNF、CTNNB1、ESR1、MAPK3、MAPK1等靶点调节多条信号通路,最终发挥其抗炎及调节免疫功能等作用。为后续进一步研究通络解毒汤治疗AS的分子机制提供依据及思路。

关键词： 桂枝汤   动脉粥样硬化   网络药理学   分子对接   调和营卫   《伤寒论》   张仲景  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接研究桂枝汤治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获取桂枝汤组方中药的活性成分及相关靶点,通过Cytoscape 3.9.1构建“桂枝汤-活性成分-作用靶点”网络并进行拓扑分析,筛选桂枝汤治疗AS的关键活性成分。借助GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库筛选AS疾病靶点;将中药活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1.0软件,获取交集靶点,即为桂枝汤治疗AS的潜在靶点。将潜在靶点导入到STRING 11.0数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络并进行拓扑分析筛选核心靶点。使用R软件对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。利用AutoDock_Vina软件对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果:基于TCMSP得到146种活性成分及240个相关靶点,“桂枝汤-活性成分-作用靶点”网络拓扑分析筛选得到槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇、β-胡萝卜素等为桂枝汤治疗AS的关键活性成分。通过GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库筛选得到AS相关靶点333个。通过Venny 2.1.0获得62个桂枝汤治疗AS的潜在靶点。PPI网络拓扑分析得到基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)、前列腺素内过氧化物合成酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)、细胞间黏附分子-1(intercellular adhesion molecule-1,ICAM-1)等9个核心靶点。GO富集分析共获得1 595个条目,其中分子功能91个条目,细胞组分31个条目,生物学过程1 473个条目;KEGG富集分析共得到119条通路。分子对接结果显示,槲皮素与MMP-9结合活性最高。结论:桂枝汤治疗AS的作用机制复杂,主要通过槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等活性成分作用于MMP-9、PTGS2等靶点调控脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等多条通路发挥作用。

关键词： 清胆胶囊   胆囊结石   网络药理学   分子对接技术   血脂代谢   胆囊收缩素  

摘要： 目的探讨基于网络药理学和分子对接技术研究清胆胶囊对胆囊结石患者血脂代谢和胆囊收缩素的影响机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)获得清胆胶囊所含中药的主要化学成分,收集其相应的靶点,借助Draw Venn Diagrams工具完成交集基因的绘制,利用Gytoscape 3.7.1软件进一步确定交集基因,完成核心靶蛋白相互作用(PPI)、基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路的富集分析。采用Auto Dock tools 1.5.6、Auto Dock cina1.1.2完成分子对接。结果清胆胶囊主要由虎杖、陈皮、大黄中药共同组成,共收集药物有效化学成分23种,预计清胆胶囊靶点461个;通过UniProt数据库将蛋白转换为基因名,通过R软件获得32个共有靶点;GO富集分析获得条目1332个;KEGG通路富集分析提示主要参与血脂代谢和胆囊收缩素等,并伴有相关信号通路异常;借助Auto Dock tools 1.5.6、Auto Dock cina1.1.2对核心蛋白与活性成分完成分子对接。结论清胆胶囊用于胆囊结石患者中效果理想,能改善患者血脂代谢和胆囊收缩素水平,具有多成分、多靶点、多通路特点,药物中有效成分能直接作用于关键靶点,且具有良好的对接。