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关键词： 苏格木勒-4汤   失眠   裂解规律   网络药理学   药效学  

摘要： 目的运用超高效液相色谱-四极杆/静电轨道阱高分辨质谱(UPLC-Orbitrap Exploris-MS/MS)快速识别、鉴定及归属苏格木勒-4汤中的化学成分后进行网络药理学分析,并明确苏格木勒-4汤抗失眠药效。方法选用ACQUITY UPLC BEH C_(18)(2.1 mm×100 mm,1.7μm)色谱柱,以0.1%甲酸水溶液(A)-0.1%甲酸乙腈溶液(B)为流动相梯度洗脱,流速0.5 mL·min^(-1),进样量5μL。在控制软件(Xcalibur,Thermo Fisher Scientific)控制下基于FullScan-ddMS2功能进行一级、二级质谱数据采集,并结合自建数据库和在线数据库,通过准确的相对分子质量、碎片离子信息、裂解规律和对照品比对等方式鉴定苏格木勒-4汤中化学成分。再对鉴定出来的化学成分进行网络药理学分析,在TCMSP、SwissTargetPrediction、GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库分别获取苏格木勒-4各味单药靶点和失眠靶点,取交集获得抗失眠作用靶点;通过STRING数据库进行蛋白互作分析;利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路分析,预测苏格木勒-4汤治疗失眠的作用机制。为明确苏格木勒-4汤的抗失眠药效,将SD大鼠分为正常对照组(K)、模型组(M)、苏格木勒-4汤组(S)和安神补脑液组(A)。使用慢性不可预知温和应激结合PCPA进行造模,再给予相应药物灌胃7天,治疗结束后进行旷场实验,观察一般状态和行为学改变,并使用ELISA法检测各组大鼠血清与脑组织中AChE、5-HT及GABA含量。结果从苏格木勒-4汤中共鉴定出136个化合物,分别为37种萜类成分、34种生物碱类成分、,26种黄酮类成分、20种苯丙素类成分、14种酚酸类成分和5种氨基酸类成分。网络药理学分析结果证明苏格木勒-4汤治疗失眠的机制主要是其Romucosine D、Nornantenine、Nuciferine、(R)-ar-Turmerone等成分作用于ACHE、ADORA2A、CHRM1等靶点,以Neuroactive ligandreceptor interaction、synaptic signaling、trans-synaptic signaling等信号通路,多组分-多靶点-多通路联合实现的。药效学实验结果显示苏格木勒-4汤及安神补脑液均能改善失眠模型大鼠的一般状态及行为学改变,升高血清与脑组织中AChE、5-HT及GABA含量(P<0.01),改善失眠。结论该研究较为全面地反映了苏格木勒-4汤的化学成分,并初步归纳各类化学成分的质谱裂解特点,网络药理学及药效学实验表明苏格木勒-4汤抗失眠效果显著,为苏格木勒-4汤的质量控制及作用机制研究提供参考依据。

关键词： 芍药汤   溃疡性结肠炎   网络药理学   动物实验   5-羟色胺(5-HT)  

摘要： 目的:采用网络药理学探讨芍药汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制,并进行实验验证。方法:基于网络药理学预测芍药汤的核心成分、靶基因和主要通路;对其中UC相关成分、靶基因、通路进行筛选;利用葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导UC小鼠模型,观察芍药汤对UC小鼠的作用,并进一步验证其机制。结果:网络药理学提示,芍药汤筛选出有效成分为174个,对应的作用靶基因为159个,相关的作用通路集中于5-羟色胺(5-HT)降解及5-HT 3型受体介导的信号通路。动物实验结果表明,与模型组比较,芍药汤组的小鼠的体质量显著升高(P<0.01),结肠长度显著增长(P<0.01),疾病活动指数(DAI)评分降低(P<0.01),且能有效改善UC模型小鼠的组织病理学表现,降低结肠及血清中5-HT水平(P<0.05,P<0.01),升高结肠中5-HT代谢相关的单胺氧化酶A(MAOA)、单胺氧化酶B(MAOB)、钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)、5-HT受体3A(5-HTR3A)mRNA水平(P<0.01)。结论:芍药汤可能通过调控5-HT降解通路改善UC肠道局部的炎症反应。

关键词： 六神丸   泼尼松   甲状腺炎,亚急性   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的探究六神丸联合泼尼松治疗亚急性甲状腺炎(SAT)的潜在作用。方法应用TCMSP、HERB数据库和Swiss Target Prediction数据库等筛选六神丸、泼尼松的活性成分与靶点,并从GeneCards、OMIM、TTD和DisGeNET数据库获取SAT相关的治疗靶点。应用R语言Cluster Profiler包进行基因本体(GO)、京都基因和基因组(KEGG)富集分析,Cytoscape软件构建药物-活性成分-治疗靶点网络图,并针对关键靶点绘制蛋白-蛋白相互作用网络。通过拓扑结构分析获得关键基因,对关键基因、活性成分构建网络,采用分子对接分析关键靶点。结果筛选获得六神丸活性成分12个,对应抗SAT靶点441个;泼尼松抗SAT靶点15个,六神丸联合泼尼松与SAT疾病交集靶点135个。GO富集筛选在生物过程方面获得1811个条目,分子功能方面获得81个条目,细胞组成方面获得63个条目;KEGG富集分析出146条通路,涉及PI3K/Akt、MAPK、Rap1等信号通路。将六神丸活性成分远华蟾毒精、菜油甾醇、乙酸龙脑酯、脱氧胆酸等与筛选出的基因靶点SRC、HSP90AA1、STAT3、TP53、MAPK3进行分子对接,发现关键中药活性成分与关键靶点之间的结合性良好。结论六神丸联合泼尼松治疗SAT可能与通过多成分、多靶点调节PI3K/Akt、MAPK、Rap1等信号通路有关。

关键词： 食管癌   肿瘤微环境   八珍汤   生物信息学   网络药理学   分子对接技术  

摘要： 目的:基于网络药理学和生物信息学探讨八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的作用机制。方法:收集中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中八珍汤组方药物的有效成分及其靶点,从TCGA数据库下载食管癌患者的转录组数据和临床信息,根据ESTIMATE算法计算食管癌样本的基质评分、免疫评分、综合评分,筛选食管癌肿瘤微环境预后相关基因,将这些基因作为重塑食管癌肿瘤微环境的相关靶点。最后将中药靶点和疾病靶点取并集,获得八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的相关靶点,并通过Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络。基于STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并通过Cytoscape 3.9.1的插件CytoHubba筛选核心基因,运用DAVID数据库对中药与疾病共有靶点进行基因本体(GO)富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并对药物有效成分和核心基因进行分子对接验证。结果:获得八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的31个相关基因,根据MCC算法筛选得到前5个较为重要的基因:ICAM1、CCL2、CXCL10、STAT1、VCAM1。GO功能、KEGG通路富集分析结果显示,中药-疾病共有靶点基因主要富集于趋化因子信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路等。分子对接结果显示,八珍汤药物主要有效成分和核心靶点蛋白有良好的结合力。结论:八珍汤可能通过靶向ICAM1、CCL2、CXCL10、STAT1、VCAM1等关键基因调控趋化因子、TNF、NF-κB等信号通路重塑食管癌肿瘤微环境,从而影响食管癌细胞生长、侵袭转移、血管生成、化学耐药等。

关键词： 脑卒中   枸杞子   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的利用网络药理学方法探究枸杞子治疗脑卒中的潜在作用机制。方法在TCMSP平台上获取并筛选枸杞子的活性化合物。利用TargetNet数据库预测活性化合物的靶点后,将其与CTD数据库中获得的脑卒中相关靶点取交集得到枸杞子治疗脑卒中的潜在作用靶点。借助String数据库分析潜在作用靶点的蛋白相互作用,并利用Cytoscap e进行拓扑计算,筛选核心靶点。此外,对潜在作用靶点进行了GO功能和KEGG通路富集分析。结果共筛选得到枸杞子活性化合物45个,对应101个靶点。与417个脑卒中相关靶点取交集后得到16个潜在作用靶点。其中核心靶点有7个,分别为:核受体亚家族3C组成员1(NR3C1)、雌激素受体1(ESR1)、雄激素受体(AR)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、热休克蛋白90α家族A成员1(HSP90AA1)、细胞核因子κB p65蛋白(RELA)、细胞色素P450家族成员17A1(CYP17A1)。主要涉及了氧化还原过程、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应的调节等生物过程,富集的通路包括含5-羟色胺的突触、色氨酸代谢、类固醇激素生物合成、苯丙氨酸代谢、组氨酸代谢等。结论枸杞子可能通过调节炎症反应、参与氧化还原过程等发挥神经保护作用,其机制涉及多条信号通路。

关键词： 苦参   乳腺癌   网络药理学   分子对接   雄激素受体  

摘要： 目的采用网络药理学和分子对接的方法分析苦参抗乳腺癌的主要活性成分及潜在分子机制。方法采用TCMSP、ETCM数据库和查阅国内外文献收集筛选苦参化学成分,通过Swiss Target Prediction数据库对有效活性成分的靶点进行预测,通过GeneCards、TTD、Drugbank、OMIM收集乳腺癌相关靶点,根据Venny 2.1.0软件筛选出苦参抗乳腺癌疾病靶点;采用Cytoscape软件构建苦参-核心活性成分-靶点网络图,用STRING数据库分析共有靶点,构建PPI网络图,通过DAVID数据库和Hiplot平台对关键靶点蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接,同时采用分子生物学方法对关键靶点进行验证。结果从苦参中共筛选出结构明确的活性成分36个,筛选出70个苦参抗乳腺癌的疾病靶点,其中EGFR、AKT1、ESR1、SRC、CYP19A1、AR、ABCB1等12个核心靶点参与乳腺癌中内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、雌激素等信号通路,且核心成分与关键靶点AR之间的结合能最高。体外细胞实验显示,苦参提取物可抑制乳腺癌细胞的增殖,诱导细胞凋亡,上调AR蛋白的表达。结论苦参通过多成分作用于多靶点和多个信号通路,调节复杂的生物过程发挥抗乳腺癌的作用,苦参对AR蛋白的上调可能成为治疗乳腺癌新的治疗策略。

关键词： 苍降辟瘟香   苍术   沉香   大叶降真香   龙肝香   UPLC-QTRAP-MS/MS   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:对苍降辟瘟香四种主要配方成分(苍术、沉香、大叶降真香、龙肝香)防治新型冠状病毒肺炎的潜在活性成分进行鉴别与筛选。方法:应用Thermo Scientiffc vanquish超高效液相色谱-Thermo Scientiffc Q-Exactive Orbitrap离子阱质谱联用鉴定苍降辟瘟香燃烧后空气中挥发物的主要化学物质和药材来源,通过TCMSP数据库获取苍降辟瘟香的活性成分与相关靶点;通过Genecards数据库获取COVID-19的相关靶点,String数据库绘制蛋白质相互作用网络(PPI),Cytoscape软件构建“化学成分/疾病-药物靶点-基因功能相互关系图”与“化学成分/疾病-药物靶点-代谢通路相互关系图”并使用Centiscape插件筛选核心靶点;David数据库对交集靶点进行GO与KEGG富集分析,Auto dock1.5.7软件与Sailvina beta 2.0插件将筛选得到的活性成分与核心靶点进行分子对接验证,Pymol软件将分子对接结果进行可视化分析。结果:苍降辟瘟香燃烧后空气中挥发物共分离出1107个不同保留时间的一级质荷比,结合质谱一二级数据库和人工鉴定确认了其中56种化合物结构,其类别主要为苯丙素、生物碱、黄酮、苷以及萜类;以OB值≥30%、DL值≥0.18为筛选条件,获得苍降辟瘟香中药物活性成分共21个,药物-疾病交集靶点共46个,核心靶点共10个;GO与KEGG富集分析预测了379个GO功能富集条目与124条KEGG代谢通路;分子对接结果证实苍降辟瘟香中主要活性成分与核心靶点具有较为稳定的结合活性。结论:苍降辟瘟香可能通过多成分、多靶点及多通路参与COVID-19的防治。

关键词： 桑菊感冒颗粒   甲型流感   网络药理学   分子对接   主要药效成分  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术探寻桑菊感冒颗粒抗甲型H1N1流感的核心成分和作用机制。方法利用TCMSP、BATMAN-TCM和SwissTargetPrediction数据库并查阅文献收集和预测桑菊感冒颗粒的活性成分及作用靶点;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET等数据库收集甲型H1N1流感的疾病靶点;绘制Venny图获得二者交集靶点。将交集靶点通过DAVID数据库进行GO功能以及KEGG通路富集分析;将交集靶点导入STRING数据库构建蛋白互作网络,利用Cytoscape 3.9.1软件MCC算法确定关键核心靶点并反向筛选核心活性成分,绘制中药-成分-靶点-疾病网络关系图。最后利用分子对接软件验证核心活性成分和关键核心治疗靶点之间的相互作用。结果筛选得到桑菊感冒颗粒活性成分153个及潜在作用靶点336个,甲型H1N1流感疾病靶点765个,共有58个交集靶点。GO功能分析得到GO条目414个,生物过程主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调节、基因表达的正调控以及细胞凋亡;细胞组分主要涉及胞外区、外泌体以及线粒体;分子功能主要涉及蛋白质结合、细胞因子活性。KEGG通路富集分析筛选到126条结果,主要涉及IL-17、TNF、C型凝集素受体信号通路。进一步筛选得到核心活性成分槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键核心靶点涉及IL-6、IL-1B、TNF、JUN、TP53、PTGS2、VEGFA、ALB、MMP9、IL-10等。分子对接结果表明桑菊感冒颗粒核心活性成分与抗甲型H1N1流感关键核心靶点之间具有良好的结合活性。结论桑菊感冒颗粒可能主要通过槲皮素、木犀草素、山奈酚等核心活性成分作用IL-6、IL-1B、TNF、JUN、TP53、PTGS2、VEGFA、ALB、MMP9、IL-10等关键核心靶点,通过参与IL-17、TNF、C型凝集素受体多种信号通路协同发挥抗甲型H1N1流感的作用。

关键词： 乌黄骨外散   类风湿关节炎   网络药理学   配伍合理性  

摘要： 目的探索乌黄骨外散治疗类风湿关节炎的配伍合理性。方法采用网络药理学方法,分别对乌黄骨外散中祛风湿组(生川乌、生草乌)、解表组(桂枝、细辛、白芷、薄荷)和清热组(大黄、黄柏)作用于类风湿关节炎的靶点、功能和通路进行预测和筛选,通过数据整合分析解析乌黄骨外散治疗类风湿关节炎的作用特点及配伍规律。结果乌黄骨外散各拆方组共得到90个活性成分和360个靶点,富集得到237个KEGG通路;主要涉及炎症反应、病毒感染、内分泌调控、痛觉控制、血脂调控等相关过程。结论乌黄骨外散各拆方组在协同治疗类风湿关节炎的基础上,调控作用各有侧重。祛风湿组长于抗炎止痛和调节内分泌,解表组和清热组主要参与感染调控、炎症免疫反应和血脂调控。结果表明祛风湿组做为君药,在解表组和清热组的辅佐下协同发挥治疗作用,乌黄骨外散配伍合理。

关键词： 槲皮素   抑郁   网络药理学   靶点   作用机制   分子对接  

摘要： 应用网络药理学及分子对接技术探究槲皮素治疗抑郁的潜在机制。从SwissTargetPrediction、Superpred数据库中筛选出“槲皮素”相关靶点;从OMIM、Genecards数据库中筛选出“抑郁”的相关靶点。通过Jvenn获得二者的共同蛋白质靶点信息后,使用Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并对hub基因进行筛选。使用David平台对相同靶点进行GO、KEGG等富集分析。最后采用分子对接技术进行准确性检验。PPI网络中共有103个节点,536条边,其中SRC、MTOR、EGFR、AKT1、PTK2等靶点度值排名较高。GO、KEGG富集分析结果表明,槲皮素对抑郁的作用主要涉及凋亡过程的负向调节、信号转导、蛋白磷酸化反应等生物学过程。信号通路主要包括HIF-1、ErbB、磷脂酶D信号传导、神经营养素信号传导等。分子对接结果显示SRC、MTOR、AKT1等靶点与槲皮素结合程度较好,且在KEGG通路中富集。揭示了槲皮素作用于抑郁的潜在靶点及机制,以期望研制出治疗抑郁症新药物。