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关键词： 鱼油   抑郁症   网络药理学  

摘要： 目的:运用网络药理学的方法探讨鱼油抗抑郁的作用机制。方法:通过PharmMapper、SwissTargetPrediction、DrugBank、GeneCards以及Disgenet等数据库获得鱼油治疗抑郁症的作用靶点;利用String网站与Cytoscape软件获得蛋白互作网络分析;通过DAVID 6.8数据库对潜在作用靶点进行富集分析;使用Cytoscape软件绘制成分靶点通路可视化网络图。结果:鱼油主要通过EPA与DHA发挥抗抑郁作用,其治疗抑郁症的相关靶点共115个,主要为MAPK3、MAPK1、CASP3、PPARG、PPARA、PTGS2、DRD2等。这些核心靶点作用于5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、花生四烯酸代谢通路等信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路,调节对药物的反应、类固醇激素介导的信号通路、氧化-还原过程等生物过程,发挥抗抑郁作用。结论:鱼油有助于治疗抑郁症具有多靶点、多通路的特点,可能通过5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、花生四烯酸代谢通路等发挥抗抑郁作用。

关键词： 网络药理学   葛根芩连汤   非酒精性脂肪性肝炎  

摘要： 目的采用网络药理学的方法探究葛根芩连汤(GGQLT)抗非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的作用机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、DisGeNET数据库筛选葛根、黄芩、黄连、甘草的活性成分及靶点;利用韦恩图在线软件获得GGQLT抗NASH的靶点;使用Cytoscape3.7.2制作蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)行基因本体(GO)富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果获得GGQLT成分69个,靶点254个,排名前3的成分为槲皮素、谷甾醇、小檗碱。获得NASH靶点434个,GGQLT抗NASH靶点66个。可视化分析显示,GGQLT抗NASH靶点中排名前5的为肿瘤蛋白53(TP53)、V-JUN肉瘤病毒17癌基因同源物(JUN)、原癌基因c-Fos(FOS)、白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)。GO富集分析得到587个条目,KEGG信号通路分析得到116条信号通路。结论本研究通过网络药理学获取GGQLT化学成分及靶点,筛选出GGQLT抗NASH的关键成分及关键靶点,并分析GGQLT抗NASH的作用机制,为GGQLT抗NASH的进一步研究提供一定的理论基础。

关键词： 网络药理学   分子对接   酒精性肝病   饮久舒  

摘要： 目的初步探讨饮久舒解酒护肝的作用机制。方法通过中药系统数据库(BATMAN-TCM)获得饮久舒12味中药的活性成分及作用靶点,使用Cytoscape_v3.7.2构建中药-活性成分-靶点网络,通过GEO数据库获得酒精性肝病(ALD)的疾病靶点;联合使用STRING数据库和Cytoscape_v3.7.2绘制蛋白质互作网络;通过DAVID数据库进行基因功能分析和KEGG通路富集分析,预测饮久舒发挥解酒护肝的潜在作用机制;利用Pymol和AutoDock Vina软件对关键活性成分与ALD的关键靶点进行分子对接验证。结果饮久舒共有168种活性成分及对应的作用靶点1428个。ALD中的差异基因共2314个,其中上调基因1147个,下调基因1167个。KEGG通路富集分析中发现共同作用靶点主要通过参与FoxO信号通路、胆汁分泌、氨基酸代谢等发挥作用。分子对接发现黄夹次甙丙和肉豆蔻醚等关键活性成分与ALD关键靶点有较强的亲和力。结论饮久舒具有多成分-多靶点-多通路的作用特点,该研究为进一步探索饮久舒解酒护肝的作用机制提供了研究基础。

关键词： 疏风解毒胶囊   急性肺损伤   网络药理学   分子对接   低氧诱导因子-1  

摘要： 目的通过网络药理学、生信分析及分子对接手段筛选疏风解毒胶囊的有效活性成分并探索其治疗急性肺损伤(ALI)的潜在机制.方法使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取疏风解毒胶囊活性成分;TCMSP联合Swiss Target Prediction网站获取药物靶点信息;通过DisGeNET、GeneCard、人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)、药物靶点数据库(TTD)及美国国立生物技术信息中心(NCBI)5个数据库获取疾病相关靶点信息.以药物靶点与疾病靶点交集作为疏风解毒胶囊改善ALI的潜在治疗靶点.分析药物、活性成分与潜在治疗靶点之间的调控网络,使用Cytoscape 2.6.1软件对数据进行可视化,通过计算拓扑参数推算主要活性成分与核心治疗靶点.针对潜在治疗靶点进行京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)信号通路富集分析.采用AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接,采用PyMol软件将对接结果可视化.结果从TCMSP数据库中查找到170种药物活性成分,获得104个ALI的潜在治疗靶点.共有160种活性成分与潜在靶点之间存在调控关系.药物-活性成分-潜在治疗靶点网络图及拓扑参数分析提示,槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、山奈酚和刺槐素是疏风解毒胶囊的主要活性成分,前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、一氧化氮合酶2(NOS2)、糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)、PIM1激酶和过氧化酶增殖因子活化受体基因(PPARG)是疏风解毒胶囊治疗ALI的核心靶点.针对潜在治疗靶点的KEGG信号通路富集分析显示,低氧诱导因子-1(HIF-1)等为核心信号通路.分子对接显示,主要活性成分与核心靶点之间对接良好,提示网络药理学预测结果的准确性.结论疏风解毒胶囊治疗ALI的机制涉及多个活性成分、治疗靶标及信号通路,可为ALI的临床治疗提供新的思路.

关键词： 类风湿关节炎   雷公藤-白芍   网络药理学   PI3K/AKT信号通路  

摘要： 目的 运用网络药理学探究雷公藤-白芍治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制并利用佐剂关节炎大鼠模型进行验证。方法 通过TCMSP数据库获得雷公藤、白芍有效成分并预测作用靶点,使用DisGeNET、GeneCards在线数据库获得RA疾病靶点,利用Cytoscape 3.9.1软件绘制“雷公藤-白芍-活性成分-RA”网络并筛选核心有效成分,运用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用CytoNCA插件筛选核心靶点,采用Metascape数据库进行富集分析,利用Auto Dock Tools及Pymol软件进行分子对接。制备佐剂关节炎大鼠模型,酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测佐剂关节炎大鼠血清肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素(interleukin,IL)-4、IL-6、IL-17含量,蛋白质印迹法(Western blot)检测磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphorylated phosphatidylinositol 3-hydroxy kinase,p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B蛋白(phosphorylated AKT protein,p-AKT)表达情况,验证网络药理学分析结果。结果 雷公藤-白芍治疗RA有效成分共61个,作用靶点116个,涉及191条信号通路。动物实验表明,与模型组大鼠相比,雷公藤-白芍组及雷公藤甲素组大鼠的血清细胞因子TNF-α、IL-6、IL-17显著降低(P<0.05),IL-4显著升高(P<0.05);滑膜组织中p-PI3K、p-AKT表达显著降低(P<0.05);与雷公藤甲素组大鼠相比,雷公藤-白芍组大鼠的TNF-α、IL-6、IL-17、p-PI3K、p-AKT显著降低(P<0.05),IL-4显著升高(P<0.05)。结论 雷公藤-白芍可通过多个有效成分及作用靶点抑制磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol 3-hydroxy kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)信号通路过表达,调控细胞因子释放,发挥抗炎作用,进而治疗RA。

关键词： 天麻   高血压   发病机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:本研究采用网络药理学及分子对接方法探讨天麻治疗高血压作用的分子机制。方法:天麻的主要活性成分来自TCMID和Pubchem数据库。利用OMIM,Disgenet,Genecards数据库建立了高血压靶点数据库。利用Cytoscape软件(3.7.2版)和R3.6.1软件建立“药物-成分-靶点-疾病”网络图。利用STRING数据库构建了蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并分析了蛋白相互作用关系。对核心靶点进行GO生物功能分析和KEGG富集分析。采用分子对接验证实验进行了验证。结果:天麻中的32种活性成分可以调控高血压的118个靶点。前5位关键活性成分为4-(4'-hydroxybenzyloxy)benzyl methyl ether,4-ethoxymethylphenyl-4'-hydroxybenzylether,dauricine,20-Hexadecanoylingenol,suchilactone,关键靶点为AKT1、ALB、NOS3、VEGFA、SRC。网络分析结果表明,这些靶点主要参与调节循环系统中的血管过程、调节管径、调节血管大小、调节血管直径、调节管径、调节血压等生物过程。参与高血压治疗的通路包括ERBB信号通路、Jak-STAT信号通路、PI3K/AKT信号通路、mTOR信号通路。分子对接验证实验结果表明,前5位化合物与AKT1、ALB、NOS3、VEGFA、SRC具有较好的结合活性。结论:天麻治疗高血压具有多成分作用于多靶点的特点,其作用机制涉及调节血浆胶体渗透压、细胞增殖和血管生成、炎症反应。本研究为进一步开展天麻治疗高血压的作用机制研究提供了新思路。

关键词： 网络药理学   分子对接技术   雷公藤   结肠癌   作用机制  

摘要： 目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨雷公藤干预结肠癌的作用机制。方法 雷公藤组分化学成分信息通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库,其化学成分预测的靶点分别通过PubChem和SwissTargetPrediction获得,结肠癌的相关靶点收集源于GeneCards等数据库,应用Venny2.1取两者交集;将交集靶点基因上传至蛋白质相互作用(STRING)数据库,把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心靶点基因。使用Cytoscape软件将相关网络关系可视化,成分与疾病共同靶点经过DAVID数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析,采用Cytoscape软件进行“药物-活性成分-共同靶点”网络的构建与分析。进一步筛选重要化学成分与疾病靶点进行分子对接预测。采用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证。结果 雷公藤的有效化学成分能够达到50种左右,有546个靶点,将重复项和未检索到的靶点成分删除后,实现对290个靶点蛋白与15种活性成分关系信息的高效获取。结肠癌靶点共3229个,关联调控基因共发现2986个。290个雷公藤靶点与2986个结肠癌靶点的交集,共243个关联靶点。富集分析显示共同靶点主要参与细胞增殖、凋亡等生物过程,癌症的途径,对激素的反应,无机物质反应,磷酸化的正调控,癌症中的蛋白多糖,细胞对有机环状化合物的反应,生长因子反应等。分子对接结果显示,活性物质与核心靶点有较高亲和性,其中异黄腐酚(IN)和山柰酚均为黄酮类化合物,可通过诱导凋亡及细胞周期阻滞等机制发挥抗肿瘤作用。结论 雷公藤可能从细胞增殖、凋亡、抗炎、调节免疫细胞功能等多方面发挥对结肠癌的治疗作用,为雷公藤治疗结肠癌提供了研究思路和理论支撑。

关键词： 参苓白术散   异病同治   糖尿病,2型   结肠炎,溃疡性   网络药理学   分子对接模拟  

摘要： 目的根据中医"异病同治"理论,运用网络药理学方法探讨参苓白术散治疗T2DM与溃疡性结肠炎的分子关联规律。方法采用TCMSP、ETCM中药化学成分数据库获取参苓白术散的化学成分并预测其作用靶点;结合OMIM、GeneCards、DrugBank、TTD疾病数据库获取T2DM与溃疡性结肠炎的靶点,利用微生信平台获取参苓白术散化学成分、T2DM、溃疡性结肠炎的交集靶点,应用Cytoscape 3.8.2软件绘制"中药-化学成分-靶点"网络及"有效成分-交集靶点"网络。借助STRING数据库对交集靶点进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。应用STRING数据库构建交集靶点PPI网络,应用Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件获取核心靶点。采用分子对接技术检验复方的核心成分与靶点的效应关系。结果获得参苓白术散化学成分176个,对应靶点226个,T2DM靶点11478个,溃疡性结肠炎靶点4857个,药物化学成分与疾病交集靶点162个。GO功能及KEGG通路富集分析获得相关生物过程1789个、分子功能163个、细胞组分92个,获得192条通路,主要涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17、MAPK、PI3K-Akt信号通路等。参苓白术散核心成分主要为谷固醇、木犀草素、山柰酚、柚皮素、β-胡萝卜素等,核心靶点包括EGFR、ALB、IL1B、CASP3、ESR1、VEGFA、PTGS2、TNF、IL6、MYC、AKT1、JUN、TP53等。分子对接结果显示,核心化学成分与核心靶点具有较好的结合活性。结论参苓白术散通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1、VRGFA、PTGS2、MYC、JUN、TP53等核心靶点,调节IL-17信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路等,改善组织炎症损伤、黏膜屏障损伤、免疫调节失衡、肠道菌群失调、胰岛素抵抗、细胞凋亡、氧化应激等生物进程,异病同治T2DM与溃疡性结肠炎。

关键词： 栀子   高脂血症   网络药理学  

摘要： 目的:借助网络药理学探究栀子治疗高脂血症的作用机制。方法:借助TCMSP、Uniprot、SwissTargetPrediction数据库获取栀子的主要成分和潜在作用靶点;通过Genecards数据库检索出高脂血症基因;在Venny 2.0.1平台获取交集基因,然后将其导入String数据库进行分析,利用Cytoscape 3.9.1软件绘制出“药物-成分-共同基因”网络;使用String数据库构建出PPI网络,然后利用David数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:筛选出栀子治疗高脂血症的核心成分为槲皮素、齐墩果酸、山柰酚、5-羟基-7-甲氧基-2-(3,4,5-三甲氧基苯基)色酮等,核心靶点包括RXRA、AKT1、MAPK14等,治疗高脂血症涉及的主要通路有癌症通道、脂质和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、人类巨细胞病毒感染、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。结论:栀子通过多种成分、多个靶点以及多条通路对高脂血症进行治疗。

关键词： 红景天   皮肤   化妆品   网络药理学   机制探究  

摘要： 结合网络药理学和反向分子对接技术探究红景天皮肤功效及作用机制,预测红景天发挥皮肤美容功效的物质基础。通过CNKI搜集、筛选红景天有效成分,采用Discovery Studio导入红景天成分进行反向分子对接,得到红景天潜在作用靶点,利用NCBI、GeneCards数据库收集皮肤靶点,利用Venny 2.1.0获取红景天和皮肤的交集靶点,对其进行DAVID富集分析。研究结果显示,红景天苷、毡毛美洲茶素、槲皮苷、络塞维、红景天素、草质素对接靶点较多,可能通过CDK2、GSK3B、TNKS2、CHEK1等靶点发挥抗衰老、美白、抗氧化作用。