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关键词： 缺血性脑卒中   针灸   代谢组学   网络药理学   分子对接  

摘要： [目的]联合网络药理学和代谢组学分析针灸治疗缺血性脑卒中的作用机制。[方法]借助Swiss Target Prediction数据库、Gene Cards数据库查找作用靶点;Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-靶点网络;STRING数据库获得PPI网络图;最后利用David平台进行KEGG信号通路富集分析。采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF/MS)分析各组大鼠代谢轮廓变化,借助Metabo Analyst数据库查询相关代谢通路。[结果]假手术组和模型组共筛选出49个基于血清的代谢生物标志物(P<0.05),主要代谢途径为甘油磷脂代谢、亚油酸代谢、α-亚麻酸代谢、乙醚脂质代谢、赖氨酸降解、花生四烯酸代谢,其中包含的代谢产物主要是磷脂酰胆碱、溶血磷脂酰胆碱、脂肪酸及磷脂酰乙醇胺。[结论]针灸治疗可能通过多靶点、多通路来改善脑血管微循环、促进血管生成、减少脂质沉积、减缓炎症反应等改善机体免疫。结合文献数据,认为针灸的治疗具有组分多、目标多、路径多的特点,对于缺血性脑卒中有一定疗效。

关键词： 盐地碱蓬   活性成分   网络药理学   乳腺癌   分子对接  

摘要： 目的应用网络药理学方法和分子对接技术探讨盐地碱蓬的活性成分对于乳腺癌辅助治疗的潜在机制。方法通过文献研究结合中药系统药理学数据库和分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)筛选出盐地碱蓬的主要药效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对药效成分的靶标进行预测。同时,通过查询GeneCards网站和DisGeNet数据库得到乳腺癌的相关靶点。将药物和疾病的靶点进行匹配,得到共同靶点列表,之后将列表导入STRING在线分析平台,构建分子靶点蛋白之间的互作网络,利用cytoscape3.8.0软件进行可视化并筛选核心靶点。通过R软件进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,运用AutoDock Vina和Pymol将有效成分与核心靶标进行分子对接。结果盐地碱蓬主要的药效成分有3种,与乳腺癌相关的靶点有179个。GO分析显示靶点主要集中在上皮细胞增殖的调控、氧化应激反应、ERK1和ERK2下游信号通路等。KEGG分析得到富集通路主要是与肿瘤发生发展相关的通路,如MAPK信号通路、内分泌抵抗信号通路、乳腺癌信号通路等。分子对接显示3种活性成分与关键靶点具有较好结和力。结论盐地碱蓬的主要活性成分可能通过多靶点调节多条信号通路辅助干预乳腺癌。本研究可为后期抗肿瘤药物开发提供参考。

关键词： 羌活胜湿汤   类风湿关节炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接方法,探讨羌活胜湿汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法:通过查阅文献结合中药系统药理学数据库与分析平台,得到羌活胜湿汤中7味中药的主要活性成分及其靶点基因;在GeneCards和人类孟德尔遗传综合数据库中进行检索,查找RA相关靶点基因,基于R语言,获得羌活胜湿汤-RA共同作用的靶点基因。运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,利用R语言计算各节点的度值得到柱形图并获得度值排序居前5位的靶点蛋白;运用Cytoscape 3.8.2软件,构建中药相关成分与RA靶点相互作用的网络图,使用Analyze Network插件进行分析,得到度值排序居前5位的活性物质。运用R语言和Bioconductor生物信息软件包对获得的基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Cytoscape 3.8.2软件构建信号-靶点通路网络图。运用Pymol和Auto Dock Tools软件处理得到的蛋白、配体及小分子,利用Vina计算结合自由能并绘制分子对接图。结果:筛选得到羌活胜湿汤活性成分141个,靶点基因2497个。获得RA相关靶点633个,去除重复后得到羌活胜湿汤-RA共同靶点基因70个,主要通过信号转导及转录激活因子3、JUN原癌基因、相关因子A(RELA)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)1和MAPK14等靶点发挥作用。GO功能及KEGG通路分析显示,主要作用途径为通过对脂多糖的反应、对细菌源性分子的反应、细胞对化学应激的反应、对氧化应激的反应及炎症反应的调节等信号通路发挥作用。分子对接显示,有效成分与靶点基因具有较好的结合效果。结论:羌活胜湿汤治疗RA具有多成分、多靶点、多通路的特点,本研究可为其临床应用与进一步实验研究提供科学依据。

关键词： 芪术抗癌方   原发性肝癌   网络药理学   分子对接   信号通路   机制  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接探究芪术抗癌方(Qizhu anti-cancer prescription,QZACP)治疗原发性肝癌的作用机制。方法根据TCMSP数据库及GeneCard等疾病数据库寻找药物及原发性肝癌(primary liver cancer,PLC)相关靶点,应用Cytoscape 3.9.1和String平台分别进行关键化合物和靶点的筛选,并构建中药-关键成分-靶点网络关系图;并通过DAVID平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,依托于R 4.1.1软件进行可视化,最后通过CytoNCA插件对核心聚类蛋白进行分析得到核心作用靶点,使用分子对接技术预测活性成分与核心靶点匹配程度以及动物实验进一步探索QZACP的药效机制。结果QZACP治疗PLC的活性成分有可能是槲皮素、甘草酸苷、白玉兰素B等;潜在靶标为STAT3、EGFR、AKT1等;相关的通路主要有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等;分子对接结果显示,关键化学成分与核心靶点都具有良好的结合构象,另外,通过体内实验验证了QZACP能够抑制裸鼠肿瘤的生长,并降低STAT3、EGFR、AKT1等蛋白表达量。结论QZACP可能对PLC治疗存在一定的积极意义,可能与调控PI3K/Akt信号通路有关。

关键词： 乳腺癌   数据挖掘   整合药理学平台   分子对接  

摘要： 目的:基于数据挖掘和整合药理学平台,挖掘近十年中药内服方剂治疗乳腺癌的用药规律并探讨相关分子机制。方法:通过检索中国知网、万方、维普、PubMed数据库中中药治疗乳腺癌的相关文献。基于中医传承辅助平台进行数据挖掘并获得核心药物,并利用中医药整合药理学办法探讨药物相关机制。结果:近十年涉及治疗乳腺癌中药内服方剂258首,中药295味。根据数据挖掘分析结果,选择白术、黄芪、茯苓、柴胡、夏枯草、半夏组成新的方剂。该新方剂与疾病交集靶点有20个,筛选后得到潜在关键靶标共有27个,包括AKT1、JUN、TNF等。且分子对接提示有效化学成分与交集靶标具有较好的结合活性。结论:中药治疗乳腺癌以甘温补脾为主,重在调节肝脾,并配合解毒抗癌之法。新方剂治疗乳腺癌的基本治法为补益中气,疏肝解郁,清热化痰散结。其作用机制可能是通过调节炎症反应、PI3K/Akt信号通路等实现抗肿瘤作用。

关键词： 山楂   代谢性高血压   网络药理学   分子对接   糖脂代谢  

摘要： 目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨山楂改善代谢性高血压(metabolic hypertension,MH)的物质基础及作用机制。方法 利用HERB、ETCM数据库并结合文献调研收集山楂成分;通过SwissTargetPrediction、GeneCards等数据库筛选山楂的全部成分改善MH的靶点;借助Cytoscape软件构建山楂“活性成分-靶点-疾病”网络;利用DAVID进行GO富集及KEGG通路分析;并借助Autodock软件对核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 从山楂中筛选出89个活性成分,作用于84个靶点,其中山楂改善MH的核心活性成分为山楂酸、阿里红酸B、亚麻酸、亚油酸、甲基正壬酮、芹菜素、熊果酸等;核心靶点为CYP19A1、PPARA、ESR1、PTGS2、PPARG、NR3C1、MMP9、TNF等;作用机制主要涉及炎症、糖脂代谢、血管内皮功能等多条信号通路;分子对接显示山楂核心活性成分与核心靶点具有较高亲和力。结论 山楂可能通过多成分调节TNF、IL-17、AGE-RAGE、HIF-1、cGMP-PKG等多条信号通路,进而抑制炎症反应、改善糖脂代谢异常、改善血管内皮功能等综合发挥改善MH的作用。

关键词： 金卷升板胶囊   血小板减少症   网络药理学   分子对接技术   作用机制  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接技术预测金卷升板胶囊治疗血小板减少症的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及GeneCards数据库筛选金卷升板胶囊治疗血小板减少症的相关化合物及其靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件构建活性成分-靶点网络;利用String数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络;利用Metascape平台进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果共获得88个活性成分及159个共有靶点;关键通路包括癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物的多配体受体(AGE-RAGE)信号通路及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇3个重要化合物,以及TP53,AKT1,JUN 3个核心靶点;分子对接最小结合能均小于-5.0 kcal/mol。结论金卷升板胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等关键活性成分,作用于TP53,AKT1,JUN等潜在核心靶点,调控癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质和动脉粥样硬化信号通路等,从而发挥治疗血小板减少症的作用。

关键词： 虎杖   动脉粥样硬化   铁死亡   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究虎杖调控铁死亡抗动脉粥样硬化(AS)的机制,为开发治疗AS的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对虎杖的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。通过GeneCards数据库和Drugbank数据库获取AS的疾病靶点。利用Venny在线工具获得虎杖活性成分和AS的共同作用靶点。在Cytoscape3.9.1软件绘制活性组分和靶点网络图,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用Metascape数据库对交叉靶点进行了GO生物富集及KEGG富集分析。运用GeneCards数据库和FerrDb数据库获得调控铁死亡基因,综合分析虎杖活性成分、AS、铁死亡3者关系并进行分子对接。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到的虎杖的活性成分有10个,对应靶点252个,AS靶点1328个,铁死亡对应靶点887个,3者取交集基因得到44个,蛋白互作分析发现TP53、JUN和IL-6为调控铁死亡治疗AS主要靶点,KEGG富集结果发现,虎杖调控铁死亡治疗AS通过介导MAPK信号通路。分子对接结果表明,虎杖药物主要活性成分与TP53、JUN和IL-6靶点具有较好的结合能力。结论:虎杖可能通过MAPK信号通路影响TP53、JUN和IL-6等基因发挥调控铁死亡治疗AS。

关键词： 妇炎散   盆腔炎性疾病   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 利用网络药理学数据挖掘及分子对接技术探究妇炎散外敷治疗盆腔炎性疾病的作用机制。方法 借助中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索妇炎散的有效成分和靶点,使用MOIM、GeneCards、Disgenet等数据库获取盆腔炎性疾病的靶点,利用String数据库、DAVID数据库和Cytoscape软件对妇炎散治疗盆腔炎性疾病的共同靶点构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI),并开展基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,最后采用SYBYLX-2.0进行分子对接验证。结果 筛选出妇炎散外敷治疗盆腔炎性疾病共涉及334个有效成分和142个共同靶点;GO功能富集提示治疗盆腔炎性疾病的生物学过程主要与药物的反应、对RNA聚合酶II启动子的转录进行正向调节、凋亡过程的负向调节、基因表达的正向调节、对一氧化氮生物合成过程的正向调节、对脂多糖的反应、对缺氧的反应、细胞增殖的正向调节等有关;KEGG通路主要涉及癌症通路、乙型肝炎、TNF信号传导途径、前列腺癌、HIF-1信号通路、癌症中的蛋白多糖、结直肠癌、弓形虫病、膀胱癌、T细胞受体信号传导途径、美洲锥虫病、胰腺癌、PI3K-Akt信号传导途径、结核病、利什曼病、百日咳、HTLV-I感染、Toll样受体信号传导途径、丙型肝炎、NF-kappa B信号传导途径等通路等;分子对接验证结果显示妇炎散能与“成分-疾病-靶点网络”中自由度排名前4个靶点IL6、TNF、AKT1、IL1B具有较好的亲和性。结论 通过网络药理学研究发现,妇炎散治疗盆腔炎性疾病具有多途径、多成分、多靶点、整体调节的作用特点,可能通过癌症通路、TNF信号传导通路、PI3K-Akt信号通路等发挥作用,并与IL6、TNF、AKT1等蛋白靶点密切相关。

关键词： 猴头菇   慢性胃炎   胃溃疡   网络药理学   分子对接  

摘要： 猴头菇是一种珍贵的食药两用大型真菌,常用于慢性胃炎、胃溃疡的治疗。为了探究猴头菇治疗慢性胃炎、胃溃疡的作用机制,本研究采用网络药理学方法筛选出猴头菇的活性成分、潜在作用靶点及相关信号通路,并通过分子对接技术对关键的化合物与潜在作用靶点的结合能力进行验证。研究结果表明,猴头菇中121个次级代谢产物和163个靶点共同参与慢性胃炎、胃溃疡治疗,蛋白质互作网络分析显示VEGFA、JUN、STAT3、TNF、IL6、ALB、AKT1和EGFR等为关键靶点,KEGG通路富集筛选得到28条信号通路。分子对接结果显示,猴头菇治疗慢性胃炎、胃溃疡的潜在关键化合物fomentarolA(24)、erinarolH(21)、(22E,24R)-6-O-acetylergosta-7,22-diene-3β,5α,6β-triol(14)和染料木素(genistein,110)分别与AKT1、JAK2、PTGS2、PPARG、EGFR、ALB和TNF等靶点具有十分良好的结合性能。本研究首次采用网络药理学方法对猴头菇治疗慢性胃炎、胃溃疡可能的作用机制进行了研究。结果表明猴头菇的活性成分可以通过多通路作用于多个靶点来治疗慢性胃炎、胃溃疡,为其临床使用提供了一定的科学依据。