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关键词： 网络药理学   分子对接   苦虎益母口服液   鸡输卵管炎  

摘要： 为了探讨苦虎益母口服液治疗鸡输卵管炎的作用机制,试验通过网络药理学和分子对接的方法进行研究。首先筛选TCMSP数据库中苦参、虎杖、黄芪、菟丝子、益母草五味药材的成分和靶点,利用Uniprot数据库对靶标进行规范化处理,利用Cytoscape 3.8.2建立药物-有效活性成分-靶点网络图。由GeneCards、OMIM、CTD数据库收集鸡输卵管炎的靶点。利用微生信在线平台制作鸡输卵管炎和苦虎益母口服液的韦恩图,找到共同靶点。由STRING数据库构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络互作图,并通过Cytoscape 3.8.2可视化。再使用DAVID在线工具对重叠靶标进行基因本体(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Tools软件对核心成分和靶点进行分子对接验证。预测苦虎益母口服液治疗鸡输卵管炎的活性成分有74种,对应靶点77个,1137个鸡输卵管炎靶点,35个共同靶点。PPI网络显示涉及的关键靶点是雌激素受体1(ESR1)、细胞周期调节因子(CCND1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)。GO功能富集分析筛选符合伪发现率<0.05的条件后得到相关条目8个。生物过程(biological process,BP)涉及到白细胞介素-18、巨噬细胞活化、免疫反应、细胞对异生刺激的反应、RNA聚合酶II启动子转录正调;细胞组分(cellular component,CC)涉及到细胞外间隙;分子功能(molecular function,MF)涉及到干扰素-γ受体结合、细胞因子。KEGG富集分析表明苦虎益母口服液发挥作用的通路主要有细胞衰老、细胞周期和Toll样受体信号通路。分子对接结果表明苦虎益母口服液有效活性成分槲皮素、山奈酚和木犀草素与关键靶点ESR1、CCND1和VEGFA的结核活性较好,结合能均小于0 kJ/mol。苦虎益母口服液多种有效成分可能作用于多个靶点,通过参与多种信号通路对鸡输卵管炎发挥作用。

关键词： 黄芪桂枝五物汤   大动脉炎   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的 运用网络药理学和分子对接,研究黄芪桂枝五物汤治疗大动脉炎(TA)的作用机制。方法 用TCMSP数据库搜寻黄芪桂枝五物汤活性成分及作用靶点,使用GeneCards查找TA疾病靶点,利用CytoScape软件构建“药物-成分-靶点”可视化网络;交集得到黄芪桂枝五物汤治疗TA的预测靶点,运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析;利用DAVID数据库对预测靶点行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后使用PyMOL和AutoDockTools进行关键成分与靶点的分子对接验证。结果 筛选得到黄芪桂枝五物汤主要成分包括槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、毛蕊异黄酮等;得到726个TA疾病靶点;PPI网络筛选出白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、白蛋白(ALB)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等核心靶点;GO和KEGG富集分析结果表示黄芪桂枝五物汤治疗TA主要涉及白介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,可能通过对脂多糖的反应、炎症反应、细胞凋亡过程的负调节等发挥治疗作用。分子对接验证关键活性成分和核心靶点中结合能≤-5 kJ/mol占比93.8%,证明两者能够稳定对接。结论 黄芪桂枝五物汤中槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、毛蕊异黄酮等活性成分可通过抑制炎症、降低氧化应激等作用发挥对TA的治疗作用。

关键词： 网络药理学   分子对接   湿润烧伤膏   糖尿病溃疡  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接技术对湿润烧伤膏治疗糖尿病溃疡的主要活性成分和潜在作用机制进行探讨。方法:基于TCMSP数据库筛选湿润烧伤膏主要活性成分和作用靶点,从GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中查找糖尿病溃疡相关靶点,使用STRING 11.5数据库构建蛋白互作(PPI)网络筛选核心靶点,在Cytoscape 3.8.2软件中制作“药物-靶点-疾病”网络图筛选核心活性成分,使用R语言软件进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,最后应用分子对接对筛选结果进行初步验证。结果:筛选出湿润烧伤膏37个活性成分映射100个作用靶点,糖尿病溃疡疾病靶点5527个,交集靶点77个,PPI网络拓扑分析提示TP53、TNF、HSP90AA1等为关键靶点;“药物-靶点-疾病”网络图显示刺槐素、汉黄芩素、槲皮素、吴茱萸次碱等为核心活性成分;GO功能分析主要涉及血管生成、离子转运、管径调节、细胞因子受体结合等过程,KEGG富集分析主要包括PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路;分子对接显示核心活性成分和关键靶点均具有较好的对接活性。结论:湿润烧伤膏治疗糖尿病溃疡是多成分、多靶点、协同调节的结果,为湿润烧伤膏的临床应用和糖尿病溃疡治疗的研究提供一定的理论依据。

关键词： 制何首乌   非酒精性脂肪肝病   网络药理学   脂肪酸合成酶  

摘要： 目的基于网络药理学和非酒精性脂肪肝病(NAFLD)动物模型实验,挖掘并验证制何首乌治疗NAFLD的作用机制。方法查阅文献比较何首乌及制何首乌药物成分的不同;通过HERB数据库及SwissADME查找筛选制何首乌药效成分,Swiss Target Prediction预测靶点,OMIM、DISGENET、GEENCARDS数据库筛选NAFLD相关靶点,药效成分靶点与疾病靶点互相映射,使用DAVIDV6.8进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,Cytoscape3.7.2绘制制何首乌治疗NALFD“成分-靶点-KEGG信号通路-疾病”网络;NAFLD小鼠行制何首乌灌胃治疗8周,检测血清甘油三酯含量及谷丙转氨酶活性;HE染色观察小鼠肝组织病变;Western blot实验对制何首乌治疗NAFLD的潜在作用机制进行验证。结果通过网络药理学筛选出了6种制何首乌治疗NAFLD的药效成分及32个潜在作用靶点,GO和KEGG通路富集到脂质和动脉硬化相关通路、AMPK信号通路等;与NALFD小鼠相比,药物干预组小鼠血清甘油三酯、谷丙转氨酶活性下降;HE染色验证制何首乌具有改善NAFLD的功能,且Western blot显示制何首乌干预后AMPK信号通路的脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase,FASN),乙酰辅酶A羧化酶(Acetyl CoA carboxylase,ACC)及硬脂酰辅酶A去饱和酶1(Stearoyl-CoA desaturase 1,SCD1)蛋白表达量相关。结论制何首乌可能通过调控AMPK信号通路相关蛋白FASN、ACC、SCD1表达,减少肝脂质新生,缓解NAFLD肝脂滴蓄积。

关键词： 卵巢癌   柯里拉京   关键靶点   网络药理学   分子机制  

摘要： 目的:采用网络药理学和分子对接技术相结合的方法探究柯里拉京(Cor)治疗卵巢癌的关键作用靶点和分子机制。方法:利用PharmMapper、TargetNet及Swiss Target Prediction在线工具预测Cor的作用靶点,通过OMIM、TTD、CTD、DisGenet、PharmGKB及MalaCards数据库获取卵巢癌相关的疾病靶点,并将药物靶点与疾病靶点取交集得到Cor治疗卵巢癌的预测靶点。借助STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用CentiScape插件筛选出PPI网络中的核心靶点。运用GEPIA和Kaplan-Meier Plotter在线平台分别对这些核心靶点进行基因表达差异分析和生存分析,以明确Cor治疗卵巢癌的关键靶点。利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Autodock Vina软件进行正向分子对接,预测关键靶点和Cor之间的结合活性。结果:Cor治疗卵巢癌的预测作用靶点共24个,其中RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)是Cor治疗卵巢癌的关键靶点,主要涉及血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路及叉头样转录因子(FoxO)信号通路,可能通过调控细胞凋亡、细胞增殖、血管内皮细胞迁移等生物过程而发挥治疗卵巢癌的作用。分子对接结果显示,Cor与预测靶点之间具有较好的亲和力,表明通过网络药理学预测作用靶点的方法具有良好的可靠性。结论:Cor是通过多靶点、多通路的协同作用来干预多个生物过程,从而发挥其抗卵巢癌疗效,为进一步研究其治疗卵巢癌的分子机制提供了新的线索。

关键词： 网络药理学   共同目标   信号通路   细胞凋亡  

摘要： 结肠癌是一种较常见的消化道恶性肿瘤,它侵犯多个内脏器官和组织,对患者的身体造成严重损害。苦参(Sophora flavescens,SF)具有抗肿瘤作用,其具有诱导细胞凋亡、分化、调节免疫功能及发挥抗癌作用。在本研究中,我们利用网络药理学研究了SF在结肠癌治疗中的潜在机制。首先利用TCMSP和PubChem数据库识别潜在的苦参碱蛋白,而GeneCards数据库用于识别可能的结肠癌基因。然后通过STRING数据库和在线工具Venny确定它们的共同靶点,运用Cytoscape构建SF和结肠癌的交互式网络。最后通过GO和KEGG富集分析确定了苦参治疗结肠癌的生物功能途径。经过分析,我们发现SF中的27个生物活性成分和95个潜在靶点与结肠癌重叠,并被认为具有治疗相关性。同时富集途径分析进一步表明,SF治疗结肠癌的过程涉及多种重要的信号通路,包括pathways In cancer,p53信号通路和IL-17信号通路等。综上所述,SF治疗结肠癌是多组分、多靶点、多途径相互作用的结果,其机制与促进肿瘤细胞凋亡、减少炎症损伤有关。

关键词： 两面针   肝癌   网络药理学  

摘要： 目的:通过网络药理学探究两面针治疗肝癌的潜在作用。方法:通过TCMSP、OMIM、Genecards、Drugbank数据库检索筛选两面针的化学成分、靶点、疾病靶点,绘制韦恩图、蛋白互作网络;使用David数据库进行GO与KEGG富集分析;利用分子对接和Western blot分析验证靶点与活性成分的相互作用。结果:获得疾病-药物交集基因39个,各类选取排名前10条目生成GO富集,按P值选择前20条生成KEGG富集;分子对接结果说明两面针主要成分与ESR1均能稳定结合;Western blot结果显示芝麻素能上调肝癌细胞中ESR1的表达。结论:两面针主要成分具有治疗肝癌的潜在作用。

关键词： 红花   缺血性脑卒中   网络药理学  

摘要： 在运用网络药理学技术基础上,揭示红花治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法 我们采用TCMSP、Batman-TCM、TCMID数据库以及查找文献的方法得到红花的化学成分,通过TCMSP数据库预测活性成分的潜在靶点。通过Genecards、Drugbank、OMIM、TTD和PharmGKB数据库获取与脑卒中相关的靶点。建立了红花治疗缺血性脑卒中的潜在靶点蛋白互作网络,并使用R软件对交集靶点进行了GO分析和KEGG通路富集分析。结果 红花中含有21种潜在活性成分,包括木犀草素、槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚和豆甾醇等。此外,我们鉴定出143个潜在的药物作用靶点,包括MAPK1、RELA、JUN、TP53、AKT1和HSP90AA1等。我们使用SYBYL-X2.1.1软件对筛选得到的主要活性成分和关键靶点进行了分子对接验证。结果表明,红花影响了165个信号通路(P<0.05),包括脂质与动脉粥样硬化通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接结果显示红花中的主要活性成分与核心靶点蛋白有良好的结合活性。结论 红花可能通过"多成分-多靶点-多通路"的方式达到治疗缺血性脑卒中的作用。

关键词： 高脂血症   缺血性脑卒中   异病同治   补阳还五汤   分子机制  

摘要： 目的:基于网络药理学探讨补阳还五汤异病同治高脂血症和缺血性脑卒中的作用机制。方法:运用TCMSP数据库筛选补阳还五汤的活性成分并分析其作用靶点,采用Network Analyzer分析补阳还五汤的主要活性成分;检索OMIM、DrugBank、GeneCards、TTD、DisGeNET数据库,筛选出高脂血症和缺血性脑卒中的相关靶点;使用Biogenet对药物与两种疾病靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建,再提取三者的交集网络,得到补阳还五汤异病同治高脂血症和缺血性脑卒中的核心靶点;使用Metascape对核心靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后将筛选出的主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果:获取补阳还五汤活性成分77种、靶点250个,高脂血症靶点1074个、缺血性脑卒中靶点1211个,最终得到核心靶点96个、富集通路150条。补阳还五汤异病同治高脂血症和缺血性脑卒中的作用成分为槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、棕榈酸、豆甾醇等,核心靶点为肿瘤蛋白P53(TP53)、纤连蛋白-1、泛素蛋白,主要通路可能有磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路、脂质和动脉粥样硬化、白细胞介素-17信号通路等。分子对接结果显示,各个成分与靶点均能较好地结合,其中β-谷甾醇与TP53靶点的结合强度最佳。结论:补阳还五汤通过多活性成分、多作用靶点、多有效通路发挥对高脂血症和缺血性脑卒中的异病同治作用。

关键词： 牛黄   前列腺癌   网络药理学   机制   PI3K-AKT  

摘要： 目的牛黄(Calculus bovis,CB)是一种珍贵的中药,在临床上应用已久,已被证实具有显著的治疗中风、抗炎和抗肿瘤作用。但其治疗前列腺癌(Prostate cancer,PCa)的机制仍不清楚。本研究旨在通过网络药理学及体内外实验探讨其在前列腺癌治疗中的作用靶点及作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集牛黄有效化合物。在TCMSP中搜索潜在的化合物靶标。在Drugbank、GeneCards、OMIM、PharmGkb和TTD数据库中搜索前列癌相关的疾病靶点。在STRING数据库中将疾病和化合物靶点进行整合,构建其交互网络(PPI),以揭示化合物治疗前列腺癌的关键靶点。利用Cytoscape软件的插件选择交互基因,利用R语言的clusterProfiler软件包进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,以此来阐明牛黄治疗前列腺癌的机理。通过体内外实验,探讨牛黄治疗前列腺癌的机制。结果共鉴定出11个具有抗前列腺癌活性的化合物,齐墩果酸、熊果酸、麦角甾醇、去氧皮质酮、甲基胆碱和胆绿素是潜在有效成分。共发现367个牛黄化合物靶点和2152个前列腺癌靶点,牛黄治疗前列腺癌的核心靶点包括TP53、STAT3、AKT1、HSP90AA1、ESR1、SRC、JUN、RELA、CCND1、CDKN1A、EGFR、AR等。牛黄的生物学功能主要涉及氧化应激反应、对类固醇激素的反应、细胞对化学应激的反应、肽基-丝氨酸修饰和磷酸化、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性等;牛黄治疗前列腺癌主要涉及到的信号通路有PI3K-AKT信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等。体内外实验结果表明牛黄通过抑制PI3K-AKT信号通路促进前列腺癌PC3细胞的凋亡。结论牛黄具有治疗前列腺癌的作用,其功能与抑制PI3K-AKT信号通路促进癌细胞凋亡有关。