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关键词： 糖尿病肾病   黄芪—鬼箭羽方   网络药理学   体内实验   机制   靶点  

摘要： 目的 应用网络药理学结合体内实验揭示黄芪—鬼箭羽方治疗糖尿病肾病(DN)的相关核心靶点及分子机制,以期为DN的中医治疗提供新途径。方法 利用PubMed、Google Scholar及中国知网数据库搜索和确定黄芪—鬼箭羽方的生物学和分子特征。基于摩尔灵感描述器分析,通过特定的算法和纳入标准,对从黄芪—鬼箭羽方中提取的大分子和小分子进行筛选和鉴定。采用Swiss数据库中的“Homo sapiens”发现黄芪—鬼箭羽方的有效成分。将黄芪—鬼箭羽方中对治疗NE的有效成分的所有定位靶标输入String数据库,进行蛋白—蛋白相互作用(PPIs)的富集分析。使用Bioconductor软件包“GOplot”和“ClusterProfiler”对黄芪—鬼箭羽方治疗DN的总关键靶点的不同生物过程和分子途径进行富集和注释,采用Cytoscape软件绘制表征和关联黄芪—鬼箭羽方治疗DN的有效成分中的关键靶点、生物过程和分子途径,运用全面的图表展示并可视化所有基于网络药理学的发现。选取雄性7周龄C57BL/6小鼠32只,将实验小鼠饲养1周,取8只正常小鼠设为空白对照组,每天仅采用水提取液进行灌胃。取24只小鼠制作DN模型,将其中8只纳入DN组,每天仅采用水提取液进行灌胃;16只每天予黄芪—鬼箭羽方进行灌胃,其中8只给药剂量为10 ml/kg,为小剂量组,8只给药剂量为20 ml/kg,为大剂量组,各组均灌胃4周。比较4组小鼠肾脏指数、血糖、体质量、尿蛋白及血清肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-6(IL-6)水平及Caspase-3(GASP3)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)阳性细胞。结果 通过现有数据库发现2 962个DN敏感靶点,还确定了247个黄芪和172个鬼箭羽有疗效的靶点,进一步分析确定了黄芪—鬼箭羽方和DN的113个相互关联靶点。对黄芪—鬼箭羽方与DN进行拓扑分析后,目标点的中位数自由度为36.839,最大自由度为88。随后,确定核心靶点的标准范围为74~88。黄芪—鬼箭羽方对抗DN的详细核心靶点包括AKT1、IL-6、细胞肿瘤抗原p53、血管内皮生长因子A、肿瘤坏死因子、转录因子AP-1、CASP3。与空白对照组相比,DN组、小剂量组、大剂量组肾脏指数、血糖、尿蛋白及血清TNF-α、IL-6水平升高,体质量降低(P<001);与DN组相比,小剂量组、大剂量组肾脏指数、血糖、尿蛋白及血清TNF-α、IL-6水平降低,体质量增加(P<0.01);与小剂量组相比,大剂量组肾脏指数、血糖、尿蛋白及血清TNF-α、IL-6水平降低,体质量增加(P<0.01)。与空白对照组相比,DN组、小剂量组、大剂量组GASP3和AKT1阳性细胞数增多(P<0.01);与DN组相比,小剂量组、大剂量组GASP3和AKT1阳性细胞数减少(P<0.01);与小剂量组相比,大剂量组GASP3和AKT1阳性细胞数减少(P<0.01)。结论 通过网络药理学揭示了黄芪—鬼箭羽方抗DN的药理机制和靶点,临床前实验表明黄芪—鬼箭羽方可有效治疗DN,尤其是大剂量用药效果更佳。

关键词： 通络化浊丸   高脂血症   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:对通络化浊丸治疗高脂血症的作用机制进行网络药理学分析。方法:通络化浊丸的活性成分和靶点从TCMSP数据库中获取。借助GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD、PharmGkb数据库检索高脂血症的疾病靶点。利用STRING数据库、Cytoscape软件建立交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络和“药物-活性成分-靶点”网络,依据节点度值筛选出核心靶点。对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,运用AutoDock Vina软件对活性成分与核心靶点进行模拟分子对接。结果:通过对100个有效组分、68个潜在靶点的筛选,确定通络化浊丸治疗高脂血症的6种活性成分(槲皮素、芦荟大黄素、人参皂苷Rh2、丹参酮、山柰酚和隐丹参酮)和10个核心靶点(VEGFA、IL1B、MMP9、EGFR、CCL2、EGF、ICAM1、IL6、SERPINE1、TNF)。分子对接结果表明,6种关键活性成分与10个核心靶点的结合活性均优于内源性配体,说明活性成分对核心靶点有良好的选择性和稳定性。结论:从分子层面阐明通络化浊丸防治高脂血症的多组分、多靶点、多途径协同作用特点,其机制主要包括抗炎症反应、抗氧化应激、调节糖脂代谢、抑制血管重塑等。

关键词： 白藜芦醇   肌内脂肪   皮下脂肪   网络药理学   脂肪分配  

摘要： 为了探讨白藜芦醇调控肉牛脂肪分配的差异调控机制,试验基于网络药理学,利用传统中药系统药理学(TCMSP)、传统中药百科全书(ETCM)、美国国家生物技术信息中心公共化学物质(PubChem)数据库获取白藜芦醇的调控靶点;在GEO数据库检索获取肉牛皮下、肌内脂肪沉积的数据集GSE49992,经GEO2R软件分析差异表达基因;利用String数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cystoscope 3.9.1软件进行核心靶点的筛选,构建白藜芦醇靶点-细胞区位-脂质调控网络图,最后利用DAVID平台对白藜芦醇调控肉牛脂肪沉积靶点进行GO功能注释和KEGG信号通路分析。结果表明:白藜芦醇的潜在调控靶点有287个,肉牛皮下、肌内脂肪的差异表达基因有2907个,二者交集共获得81个共同靶点;白藜芦醇调控肉牛皮下、肌内脂肪分配沉积的最核心靶点主要有ALB、AKT1、PPARG、TP53;GO功能注释分析涉及生物质量调节、细胞增殖调节、细胞分化、生物过程调节、心血管系统发育等生物过程,胞外区部位、细胞内部位、大分子复合物、细胞质、细胞器等细胞组分,细胞骨架蛋白质结合、抗氧化活性、氧化还原酶活性、转录激活剂、酶活调节、特异结合蛋白域等分子功能。KEGG信号通路分析涉及与脂肪分配相关的有脂肪细胞因子信号通路、胰岛素抵抗、神经营养因子信号通路、酒精性肝病、脂质与动脉粥样硬化和瘦素信号通路等。说明基于网络药理学预测白藜芦醇调控肉牛脂肪分配机制时,可多靶点、多信号通路在细胞增殖、分化、生物过程调控、炎症反应、细胞因子生成等方面调控脂质分配。

关键词： 新型冠状病毒感染   芩暴红   网络药理学   黄芩   暴马子皮  

摘要： 目的:基于临床病症表现及网络药理学探究芩暴红(黄芩、暴马子皮、满山红)治疗新型冠状病毒感染(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的可行性。方法:首先通过归纳COVID-19各证型的临床表现,总结记载或研究芩暴红功能主治的古籍及现代研究文献,对二者进行对比分析。再通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCM-Taiwan、中国知网、SwissTargetPredictions、Uniprot等数据库收集芩暴红的化学成分及作用靶点,在GeneCards、DisGeNET数据库中得到与COVID-19相关的疾病基因。将药物靶点信息与疾病靶点信息导入DAVID数据库得到共同靶点,进行基因本体论(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:芩暴红具有清热化痰、止咳平喘的功效,其功能主治与COVID-19的湿热蕴肺证、湿毒郁肺、疫毒夹燥的症状相吻合。亦有研究证明芩暴红中含有的黄芩素、木脂素、槲皮素、山柰酚具有预防COVID-19的可能作用。芩暴红与COVID-19共同靶点98个。关键活性化合物有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、汉黄芩素、豆甾醇、黄芩素、金合欢素等。主要靶点为丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)1、MAPK3、热休克蛋白90α家族A类成员1、Jun原癌基因、RELA癌基因、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1。主要涉及IL-17信号通路、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路、癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、TNF信号通路等,涵盖炎症、病毒、代谢等多方面。结论:芩暴红具有通过清热、止咳、化痰、平喘,调节炎症反应、抗病毒、调节糖脂代谢等多方面达到预防和治疗COVID-19的潜力,为临床应用提供理论依据。

关键词： 复方柳菊片   活性成分   网络药理学   抗肺结核作用   靶点  

摘要： 目的:基于网络药理学方法研究复方柳菊片抗肺结核的活性成分、靶点,初步探讨其作用机制。方法:通过文献收集、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME数据库,以口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18、类药性五规则作为活性化合物的筛选条件,借助TCMSP、Swiss Target Predition数据库得到化合物的作用靶点;借助OMIM、Gene Cards、DisGeNet等数据库得到疾病靶点,取交集,筛选出化合物与疾病共有靶点。采用Cytoscape 3.9.1软件构建可视化的“药物-成分-靶点-疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein Interaction,PPI)网络,应用DAVID生物学信息资源对关键靶点进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。通过AutodockTools及Vina对活性成分与关键靶点进行半柔性分子对接。结果:预测筛选出复方柳菊片抗肺结核22个活性成分、126个作用靶点,PPI网络提示肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、IL1B、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)3、白细胞介素-8(C-X-C Motif Chemokine Ligand 8,CXCL8)、前列素内环氧化物合成酶2(Prostaglandin-endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)可能是复方柳菊片抗肺结核的核心靶点。GO功能富集分析显示,差异表达基因富集在细胞间质、细胞表面、细胞质膜、胞质等,通过调控酶结合、细胞因子活性等,在基因表达正向调控、细胞对脂多糖的反应、药物反应、炎症反应等方面发挥作用。KEGG通路富集分析结果显示,复方柳菊片靶点主要富集在疾病信号通路(hsa05161:乙型肝炎、hsa05160:丙型肝炎、hsa05152:肺结核)、信号转导信号通路(hsa01521:EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、hsa04151:PI3K-Akt信号通路、hsa04066:HIF-1信号通路)、免疫信号通路(hsa04668:TNF信号通路、hsa04625:C型凝集素受体信号通路、hsa04659:Th17细胞分化、hsa04620:Toll样受体信号通路)。分子对接结果显示,活性成分与作用靶点均有良好的结合活性,其中luteolin、quercetin、kaempferol与AKT1具有强烈的结合活性。结论:复方柳菊片抗肺结核具有多靶点、多成分的特点。GO功能富集分析及KEGG富集分析显示,复方柳菊片有效成分可能通过多条信号通路,通过调控酶结合、细胞因子活性等发挥抗肺结核作用,同时也提示复方柳菊片在抗结核的同时具有保肝护肝的作用。通过网络药理学筛选,解释了复方柳菊片抗肺结核的作用机制,为后续深入开展其抗菌作用研究奠定了基础。

关键词： 心力衰竭   米力农   药理学   治疗进展   联合治疗  

摘要： 心力衰竭(HF)为一种终末期表现,属心血管类病症,具有较高发生率、死亡率等,且其发病率逐年呈升高形势。临床多用药物治疗HF,最常见的为米力农;该药可扩张血管、改善心室状态,克服一般药物缺点,利用静脉用药发挥作用,并在HF不同类型中获得理想疗效。但尚未明确HF病因机制,且缺乏米力农治疗HF的报道,对此本文就近几年米力农治疗HF进展进行探讨。

关键词： 急性心肌梗死   蔓荆子   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨蔓荆子防治急性心肌梗死(AMI)的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对蔓荆子的有效成分及作用靶点进行筛选,通过SwissTargetPrediction平台进行补充;利用UniPort数据库注释靶点基因;通过GeneCards、DisGeNET、TTD、OMIM数据库获取AMI的疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,采用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-药物化合物-靶点”可视化网络图;应用Rstudio 4.1.3通过Bioconductor数据库对交集靶点进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白相互作用(PPI)分析,利用Cytoscape 3.9.1软件CytoHubba插件对PPI网络进行分析,获得关键靶点。通过AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol 2.4.0对部分关键靶点蛋白受体和化合物配体进行分子对接验证和可视化分析。结果:筛选得到蔓荆子中的活性成分共计27个,药物与疾病交集靶点185个;通过蔓荆子-药物化合物-靶点网络模型发现其防治AMI的主要活性成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、豆甾醇、牡荆素C;GO分析显示主要与调节脂多糖应答的生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与脂质和动脉粥样硬化、糖尿病并发症受体信号通路、血流剪切应力与动脉粥样硬化、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号转导通路有关。结论:蔓荆子对AMI的干预作用具有多成分、多靶点、多通路、多环节的调控特点,可能通过调节脂代谢、抗炎、免疫调节、促进血管生成以及调节细胞自噬等过程发挥治疗作用。

关键词： 甲亢   数据挖掘   关联规则   中药现代复方   网络药理学  

摘要： 目的:探究治疗甲亢的中药复方遣药组方规律,以及核心组方所含关键化合物的潜在分子机制。方法:在PubMed、EBSCO Medline、Cochrane Library、CNKI、万方、维普、CBM等数据库中检索自建库至2023年8月发表的有关现代临床研究中治疗甲亢方剂的文献,基于IBM SPSS Modeler 18.0和Statistics 19.0软件,利用关联规则(Apriori算法)及聚类分析,对这些方剂的用药特点及组方规律进行分析。采用TCMSP、Batman-TCM、Swiss Target Prediction、GeneCards、OMIM平台收集成分作用靶标及疾病靶标,构建中药-成分-治疗甲亢靶点作用网络,采用metascape分析潜在靶点参与的生物过程及信号通路,分析核心组方治疗甲亢的潜在机制。结果:共纳入现代方剂507个,涉及中药267味,组方用药以温寒、苦甘为主,主入肝经,通过聚类分析及关联规则分析挖掘出核心组方的包括白芍、柴胡、栀子、当归、甘草、夏枯草、浙贝母、牡丹皮、牡蛎等9个中药,粗毛甘草素C、芍药苷、槲皮素等成分是核心药物治疗甲亢的主要成分;涉及靶点包括TNF、IL6、MMP9、PTGS2、HIF1A、IGF1R。发挥作用以通过AGE-RAGE信号通路、酪氨酸激酶抑制抵抗、MAPK信号通路、内分泌抵抗、PI3K-AKT信号等抗炎及调节细胞周期的通路为主。结论:甲亢的治疗遵从疏肝解郁、理气化痰、活血祛瘀,同时兼有滋阴养血和补益元气的治疗原则,挖掘的核心组方可能通过增强机体免疫、抑制炎症级联反应、调节甲状腺细胞增殖与凋亡发挥治疗甲亢的功效。

关键词： 茉莉花(Jasminum sambac)   根   挥发油   GC-MS(气相色谱质谱联用仪)   网络药理学   镇静安神作用  

摘要： 基于GC-MS(气相色谱质谱联用仪,Gaschromatography-mass spectrometry)和网络药理学探究茉莉花(Jasminum sambac)根挥发油镇静安神的作用机制。利用GC-MS技术分析茉莉花根挥发油成分;借助TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库筛选出潜在靶点,再通过CTD(http://***/)数据库查询“insomnia”的相关靶点;利用Venny作图软件(https://***/tools/venny/index. html)取交集靶点,利用STRING数据库(https://string-db. org/cgi/input. pl)构建蛋白互作网络(Protein-protein interaction network,PPI),筛选核心作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件绘制活性成分-靶点-通路网络图,经GO注释和KEGG富集分析预测主要靶点及信号通路;最后,利用分子对接软件SYBYL对主要活性成分与其核心靶点进行对接验证。结果表明,从茉莉花根中共鉴定23个化合物,筛选出12个活性成分,77个靶点。主要作用于CYP19A1、NCOA2、PTGS1、AR、SLC6A2、CA1等多个靶点,影响神经活性配体受体相互作用、癌症通路等多条信号通路,从而发挥作用。分子对接结果显示,大部分活性成分与其核心靶点结合性能较好,主要通过疏水键和氢键相互作用。

关键词： 临床前研究   研究论著   银屑病   乳香酸   赛克   外用治疗   上海交通大学医学院   药理学  

摘要： 2023年9月25日,英国药理学期刊British Journal of Pharmacology在线发表了上海交通大学医学院附属第一人民医院王宏林团队的研究论著Identification and pre-clinical investigation of CKBA as a drug for external use to treat psoriasis,公开了天然乳香酸衍生物——赛克乳香酸(CKBA)外用治疗轻到中度银屑病的临床前研究数据。