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关键词： 川芎   丹参   脊髓损伤   网络药理学   PI3K/AKT信号通路   氧化应激  

摘要： 目的:基于网络药理学,预测川芎-丹参配伍治疗脊髓损伤的作用机制。方法:利用网络药理学工具,获得川芎-丹参治疗脊髓损伤的有效成分、核心靶点及信号通路。采用改良Allen重物打击法构建脊髓损伤模型,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)测定各组大鼠活性氧(ROS)、丙二醛(MDA)水平;采用蛋白质印迹法检测各组大鼠脊髓组织中磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)、p-PI3K、蛋白激酶B(AKT)、p-AKT蛋白表达。结果:化合物-靶点网络包含154个化合物和484个相应靶点;基因本体(GO)功能富集分析得447个条目;京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析得到126条信号通路。动物实验结果表明,与假手术组比较,模型组ROS、MDA水平显著增高(P<0.01);p-PI3K、p-AKT蛋白表达显著下降(P<0.01);与模型组比较,中药高剂量组ROS、MDA水平显著下降(P<0.01);p-PI3K、p-AKT蛋白表达显著增高(P<0.01)。结论:川芎-丹参联合治疗脊髓损伤具有多成分、多靶点、多通路的优势,其作用机制可能与调控PI3K/AKT信号通路有关。

关键词： 淫羊藿   肝癌   网络药理学   淫羊藿素  

摘要： 目的 通过网络药理学、分子对接技术和体外实验验证研究淫羊藿及其活性成分治疗肝癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿的活性成分和作用靶点,利用GeneCards、DrugBank等5个数据库筛选肝癌相关靶点。筛选二者共同的潜在功能靶位,运用Cytoscape 3.9. 0软件构建肝癌-淫羊藿活性成分-靶点网络图,使用R语言进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结合STRING数据库和Cytoscape3.9. 0对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。运用AutoDock、Vina和PyMOL软件对淫羊藿关键成分与核心靶点进行分子对接验证。最后通过体外细胞实验验证网络药理学结果。结果 分析获得19个淫羊藿主要活性成分,淫羊藿与肝癌共同靶点139个,靶点经富集分析得到2 347个GO生物学功能和171条信号通路;分子对接结果显示核心成分与关键靶点均有较高的结合能力。体外实验结果表明核心成分淫羊藿素能显著抑制肝癌细胞系MHCC97H和MHCC97L的增殖,并抑制Bcl-2凋亡调节因子(Bcl-2)和细胞周期蛋白D1 (cyclin D1)的表达,增强Bcl-2相关X因子(Bax)的表达。此外,淫羊藿素可能通过抑制细胞外信号调节激酶1/2 (ERK1/2)和p38丝裂原活化蛋白激酶(p38 MAPK)信号通路发挥抗肿瘤作用。结论 淫羊藿及其主要成分淫羊藿素等可能通过多靶点、多通路调控肝癌细胞生长和分化,调节细胞凋亡等应激反应,实现对肝癌的治疗作用。

关键词： 土茯苓   痛风   网络药理学   分子对接   作用机制   信号通路  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓抗痛风的作用机制。方法利用TCMSP、UniProt、OMIM、GeneCards、PharmGkb、DrugBank等数据库预测土茯苓抗痛风的活性成分和推测靶点,进行富集分析以阐明核心靶点的生物学功能和相关途径;同时,利用Cytoscape软件构建了一个“成分靶向通路”网络。结果经分子对接验证显示主要成分与核心靶点紧密结合,阐明了土茯苓抗痛风的分子机制是通过槲皮素、柚皮素和β-谷甾醇等主要成分,作用于IL1B、CXCL8、PPARG、CCL2、PTGS2、IL6、STAT1靶点和多种途径。结论土茯苓可能通过多成分、多靶点、多通路发挥抗痛风作用,为今后进一步阐明土茯苓治疗痛风的作用机制、开展实验验证提供依据。

关键词： 冠心病   网络药理学   芪苈强心胶囊   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学方法结合分子对接技术,探讨芪苈强心胶囊(Qili Qiangxin Capsules)干预冠心病(coronary heart disease,CHD)的潜在药理作用机制。方法:利用BATMAN-TCM在线分析工具数据库,获取芪苈强心胶囊中每味中药的化合物成分和靶点,通过GeneCards在线数据库获得CHD的作用靶点,利用Venny 2.1.0软件得到药物与疾病交集靶点。在STRING 11.5数据库中导入交集靶点并进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,使用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-疾病网络,通过拓扑分析(degree≥中位数)筛选芪苈强心胶囊治疗CHD的靶点,通过DAVID在线数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过AutoDock Tools软件对核心有效成分以及靶点进行分子对接。结果:从芪苈强心胶囊中筛选得到24个治疗CHD的核心成分,包括十三烷酸、豆甾醇、月桂酸、花生四烯酸、十六烷酸、三磷酸腺苷、十五烷酸、1-十四醇、1-庚醇、腺嘌呤等;核心靶点包括ATP1A1、ADH1C、NR3C1、ESR1、AR、PGR、SCN5A、PRKAB1、KCNK4、GATM等;通过GO功能富集分析得到703个生物过程(BP),83个细胞组分(CC)和140个分子功能(MF)。通过KEGG通路富集分析得到通路166条,其中催乳素信号通路、补体和凝血级联、cAMP信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、肾素分泌、cGMP-PKG信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、钙信号通路、心肌细胞中的肾上腺素能信号、内分泌抵抗、糖尿病心肌病、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路为芪苈强心胶囊治疗CHD的核心通路;豆甾醇、β-谷甾醇与ATP1A1对接的结合能分别为-10 kcal/mol、-9.5 kcal/mol,隐黄质与NR3C1、ADH1C对接的结合能分别为-9.6 kcal/mol、-9.0 kcal/mol。结论:芪苈强心胶囊通过抑制血小聚集、改善血管内皮功能、防止血栓形成、抑制血管平滑肌增殖、稳定粥样斑块等作用有效治疗冠心病。芪苈强心胶囊中活性成分豆甾醇、β-谷甾醇、隐黄质等具有很强的活性,作用于CHD的多个核心靶点,具有治疗CHD的潜在重要价值。

关键词： 片仔癀   肝细胞癌   炎症   预后模型   生信分析  

摘要： 目的分析片仔癀治疗肝细胞癌的炎症相关分子靶点,对其机制进行初步探索。方法通过TCMSP和BATMAN数据库获取片仔癀的成分和靶点。通过Genecards、OMIM和TCGA数据库获取肝细胞癌的疾病靶点。对化合物靶点和疾病靶点取交集,得到片仔癀治疗肝细胞癌的靶点。从GSEA数据库获取炎症通路的相关基因,然后对片仔癀治疗肝细胞癌的靶点和炎症相关基因进行相关性分析,筛选出炎症相关靶点,通过GO和KEGG富集分析探索其机制。然后进行单因素cox分析和LASSO回归构建相关预后模型。通过蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络筛选出核心的10个靶点。将模型基因和核心靶点进行交集。通过药物-化合物-靶点网络筛选出核心的化合物。将核心的化合物和靶点进行分子对接验证。构建列线图用以评估患者的预后情况。结果得到片仔癀靶点162个,肝细胞癌靶点522个,片仔癀治疗肝细胞癌靶点20个,炎症相关靶点16个。GO和KEGG富集分析显示其发挥作用主要通过单加氧酶活力功能、氧化还原酶活性等生物学功能,化学致癌-受体激活等通路发挥作用。预后模型ROC曲线计算AUC分别为1年0.780,3年0.688,5年0.642,说明模型具有可靠性。预后模型与PPI核心靶点相交得到5个靶点:PON1、IGF2、NQO1、CCNB1和IGFBP3。列线图使用CCNB1、NQO1和T分期进行构建,其c-index为0.726,说明了模型的可靠性。药物-化合物-靶点网络提示槲皮素是核心的化合物,并且靶向上述2个基因。结论片仔癀治疗肝细胞癌主要通过槲皮素靶向CCNB1和NQO1发挥抗炎作用,其预后模型可用于患者的生存预测。

关键词： 阿尔茨海默病   网络药理学   作用机制   生姜  

摘要： 目的:探讨生姜治疗阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)的潜在主要活性成分、作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP),以“生姜”为检索词,获取生姜活性成分;以AD为关键词,获取OMIM、GeneCards等数据库中AD靶点。取药物治疗AD的核心靶点,将核心靶点导入String库,绘制蛋白互作网络,并筛选出蛋白核心靶点。针对靶点进行GO和KEGG富集分析。结果:检索到生姜主要活性成分5个,共同靶标60个,主要活性成分分别为beta-sitosterol、6-methylgingediacetate2、Stigmasterol、poriferast-5-en-3beta-ol、Dihydrocapsaicin等;基因靶点以IL-6、AKT1、JUN、MAPK8、GASP3、PTGS2、CAT等为主,主要筛选出5条信号通路,包括AGE/RAGE、TNF、IL-17、C-type lectin receptor、Toll样受体等通路。结论:生姜可能通过抗炎、抗氧化、促进神经再生等多层次、多途径、多靶点发挥对AD的治疗作用。

关键词： 从风论治   糖尿病肾病   网络药理学   超高效液相色谱-四级杆静电场轨道阱质谱仪   分子对接  

摘要： [目的]借助超高效液相色谱-四级杆静电场轨道阱质谱仪(UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS)技术结合网络药理学和分子对接技术,分析益气祛风方防治糖尿病肾病(DN)的物质基础和作用机制。[方法]采用UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS鉴定益气祛风方的主要化学成分,采用网络药理学方法构建“主要成分-核心靶点-信号通路”网络,进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。[结果]从益气祛风方共鉴定出115个化学成分,获得40个核心靶点,主要涉及磷脂酰肌醇-3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、脂质及动脉硬化、糖基化终产物及受体(AGE-RAGE)信号通路、趋化因子信号通路及低氧诱导因子(HIF)1信号通路等。分子对接结果表明生松素、荠苧黄酮、槲皮素、N-乙酰多巴胺二聚体-1、N-乙酰多巴胺二聚体-2等成分与部分核心靶点有较好的结合活性。[结论]本研究初步鉴定了益气祛风方治疗DN潜在的有效成分并预测了其作用靶点,为进一步研究中医“从风论治”法和益气祛风方治疗糖尿病肾病的作用机制提供了新的思路。

关键词： 补肺活血胶囊   尘肺病   气虚血瘀证   网络药理学   安全性  

摘要： 目的通过网络药理学和临床研究探索补肺活血胶囊对气虚血瘀型尘肺病的作用和安全性。方法通过TCMSP、ETCM数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点,通过数据平台GeneCards获取尘肺相关靶点,应用韦恩图获得药物-疾病交互基因,通过STRING数据库构建蛋白质互作网络,运用Cytoscape 3.9.1对作用靶点进行分析,获得靶点度值,对核心靶点进行富集分析和可视化处理。临床研究验证网络药理学富集分析结果,同时观察药物安全性。结果网络药理学筛选得到补肺活血胶囊有效成分的候选靶点487个,疾病靶点238个,交集靶点40个,核心靶点24个,前三位为肿瘤坏死因子(TNF-α)、白介素-1β(IL-1β)、白介素-6(IL-6)。临床研究纳入气虚血瘀型尘肺患者共156例,其中补肺活血胶囊治疗组101例,对照组55例,两组患者的年龄、吸烟状态、接尘年限、尘肺分期基线水平无明显差异(P>0.05)。治疗组的中医证候积分和总有效率优于对照组(P>0.05)。两组治疗前的TNF-α、IL-1β、IL-6水平无统计学差异(P>0.05);补肺活血胶囊联合治疗后TNF-α、IL-1β、IL-6水平较治疗前降低(P<0.05),IL-1β、HBP水平较对照组降低(P<0.05)。治疗期间,对照组和治疗组不良反应无显著差异,均未发生严重不良反应。结论补肺活血胶囊可减轻尘肺病气虚血瘀证患者症状,抑制TNF-α、IL-1β、IL-6、HBP水平,在细胞因子-细胞因子受体相互作用中具有重要作用,安全性较好。

关键词： 肉桂精油   抗氧化   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:初步探究肉桂精油的抗氧化作用机制。方法:采用GC-MS分析精油的主要成分,通过网络药理学筛选靶点及通路。结果:肉桂精油主要成分为36个,对应靶点185个,疾病靶点2038个,共有靶点91个。经过蛋白互作及拓扑分析,得到核心靶点10个,核心靶点涉及546个基因功能条目和132条通路。将“活性成分-核心靶点-通路”网络图进行拓扑分析共筛选出甲位异丁酸松油酯、邻苯二甲酸二异丁酯、肉桂酸苄酯、α-紫罗兰酮、反式肉桂醛共5个核心成分,以及MAPK11、PIK3CA、CYP19A1、PIK3CA、MAPK14、MAPK10共6个核心靶点。结论:肉桂精油抗氧化具有多成分、多靶点和多通路的作用特点。

关键词： 网络药理学   黄芩-荆芥药对   激素依赖性皮炎  

摘要： 目的 基于网络药理学的方法探讨黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选出黄芩、荆芥的活性成分及其靶点;通过GeneCards数据库筛选激素依赖性皮炎的潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图;将整合后的黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并通过R语言软件对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 黄芩主要活性成分31种,其对应靶点53个;荆芥主要活性成分9种,其对应靶点93个。激素依赖性皮炎相关靶点2 262个。三者共同靶点25个。PPI网络分析黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎主要靶点有B淋巴细胞瘤-2基因(BCL-2)、白细胞介素6(IL-6)、缺氧诱导因子(HIF-1α)、血管内皮细胞生长因子A(VEGFA)等。GO功能富集分析得到GO条目1 202个,KEGG通路富集分析得到信号通路112条,其中磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路及缺氧诱导因子1α(HIF-1α)信号通路为重要通路。结论 黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎具有多成分、多通路、多靶点的特点,主要活性成分可能为β-谷甾醇、汉黄芩素、黄芩苷、槲皮素和木犀草素,作用机制可能与抑制促炎细胞因子的表达,通过PI3K-Akt信号通路及HIF-1α信号通路调节炎症微环境和免疫微环境有关。