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关键词： 贯叶金丝桃   慢性前列腺炎   网络药理学   槲皮素  

摘要： 目的:基于网络药理学探讨贯叶金丝桃治疗慢性前列腺炎的作用机制。方法:通过查询中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与本草组鉴网站(HERB)分别获取贯叶金丝桃的活性成分及作用靶点,通过人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGenet数据库获取慢性前列腺炎的作用靶点,运用Venny 2.1.0平台得到贯叶金丝桃与慢性前列腺炎的交集靶点,运用Cytoscape软件构建成分-靶点网络,筛选核心成分;以STRING平台数据为基础,运用Cytoscape软件对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选核心靶点;运用David平台对交集靶点进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:获得贯叶金丝桃活性成分6个、作用靶点193个,慢性前列腺炎的相关靶点8940个,映射后得到贯叶金丝桃作用于慢性前列腺炎的潜在靶点185个,相关度较高的靶点为肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、JUN原癌基因(Jun Proto-Oncogene,JUN)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)3、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、雌激素受体1(Estrogen receptor 1,ESR1)、MAPK1、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF),主要富集在调控糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-AGE受体(AGE Receptor,RAGE)信号通路、白细胞介素(Interleukin,IL)-17信号通路、TNF信号通路。结论:贯叶金丝桃可能通过抑制炎症反应、提高抗氧化能力、抑制抑郁过程减少雌激素分泌,从而治疗慢性前列腺炎。

关键词： 补肾清热育阴方   原发性干燥综合征   网络药理学   分子机制   通路   靶点基因  

摘要： 目的:基于网络药理学的方法对补肾清热育阴方治疗原发性干燥综合征(p S S)的分子机制进行探讨。方法:检索T C M S P数据库获取相关化学成分及基因,未涉及的中药及无靶点基因信息的化合物,使用Pubchem数据库获取相关化合物的分子式,使用SwissADME数据库筛选,符合条件的化学物使用SwissTargetPrediction数据库进行靶标预测,使用Uniprot数据库规范基因名称。检索GenCards、OMIM及DrugBank数据库获取疾病基因信息,并将其与药物靶点映射。将共有基因导入String数据库获取PPI网络,导入Metascape数据库进行富集分析。使用Cytoscape 3.6.0绘制“药物-化学成分-靶标”网络图。使用NetworkAnalyzer工具对主要成分及靶点进行网络拓扑学分析。结果:筛选获得槲皮素、β-谷甾醇及豆甾醇等10个主要成分,PTGS2及PTGS1等10个主要靶点;KEGG通路富集分析结果显示,补肾清热育阴方可能是通过AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、NF-κB信号通路、MAPK信号通路及JAK-STAT信号通路等多个生物过程对pSS患者起到治疗作用。结论:补肾清热育阴方可能通过相关化合物、基因及通路对pSS患者的炎症反应、外分泌腺体损伤、唾液腺分泌不足、细胞凋亡、免疫抑制及凝血起到调控作用。

关键词： 冠心病   三参通脉合剂   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的主要化合物成分及复杂作用机制。方法:通过HERB数据库、SwissADME平台检索并筛选三参通脉合剂的潜在活性化合物,通过SwissTargetPrediction平台预测作用靶点。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank及TTD数据库检索并筛选冠心病相关靶点。取药物预测靶点与疾病相关靶点的交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络;导入STRING 11.5数据库构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.9.1、CytoNCA插件进行拓扑分析。通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.1.2等进行分子对接分析。结果:共筛选得到三参通脉合剂365个活性成分,可能作用于320个冠心病相关靶点。根据“中药-成分-靶点”网络、PPI网络及相关文献筛选5个关键靶点与11个主要活性成分进行分子对接,结合能均<-20.93 kJ/mol,即关键靶点与主要活性成分结合活性均较佳。KEGG富集分析主要包括脂质和动脉粥样硬化途径、流体剪切应力和动脉粥样硬化途径、Ca^(2+)信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、辅助性T细胞17(Th17)细胞分化通路、核因子κB(NF-κB)信号通路、脂肪细胞脂解调节途径等,涉及蛋白质磷酸化的正调节、细胞迁移的正调节、循环系统过程等生物进程。结论:三参通脉合剂通过多成分、多靶点、多通路治疗冠心病。

关键词： 乌金胶囊   肝细胞癌   网络药理学   分子机制  

摘要： 目的构建乌金胶囊活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能以及通路进行分析,探讨乌金胶囊抗肝细胞癌作用机制。方法通过TCMSP数据库(http://***/***)获取乌金胶囊中延胡索、郁金、黄芪、山楂和通关藤的主要活性成分及其靶点,通过GenCards、OMIM、TTD、DRUGBANK数据库获取肝细胞癌疾病相关靶点。采用Cyto-scape构建活性成分-肝细胞癌靶点网络,并分析核心成分和靶点;利用String(http://***)平台进行蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台对靶点进行GO及KEGG通路分析。结果筛选得到乌金胶囊活性成分66个,作用于139个肝细胞癌靶点;核心活性成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素和刺芒柄花素等,核心靶点包括TGS2、HSP90AA1和RXRA等;GO分析结果表明,乌金胶囊抗肝细胞癌的靶点主要涉及细胞对氮化合物的反应、蛋白质磷酸化的正向调节、细胞对有机环状化合物的反应、细胞对生长因子刺激的反应和细胞对化学应激的反应等生物过程。KEGG分析结果显示,乌金胶囊抗肝细胞癌作用的靶点主要涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路和肿瘤坏死因子等信号通路。结论乌金胶囊抗肝细胞癌作用具有多成分、多靶点与多通路的特点,其可能通过调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、丝裂原活化蛋白激酶和肿瘤坏死因子等相关通路发挥作用。

关键词： 黄连温胆汤   缺血性脑梗死   网络药理学   分子对接   肿瘤坏死因子(TNF)信号通路   缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路   作用机制  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接方法预测黄连温胆汤治疗缺血性脑梗死的潜在机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)等数据库资料,并查阅文献获取黄连温胆汤的成分与靶点,导入Cytoscape 3.7.2软件创建中药-活性成分-靶点-疾病网络。借助在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因综合数据库(GeneCards)、治疗目标数据库(TTD)、DisGeNET和药物靶标数据库(DrugBank)等数据在线平台获取疾病相对应的靶点,基于STRING线上平台构建黄连温胆汤与缺血性脑梗死重合的蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络图。运用DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后,利用PyMOL及Auto Dock等软件进行分子对接。结果获得黄连温胆汤活性成分167种,包括豆甾醇和β-谷甾醇等,相对应的作用靶标322个;缺血性脑梗死疾病靶点2529个,如肿瘤坏死因子(TNF)及细胞肿瘤抗原p53(TP53)等;药物与疾病交集靶点167个;GO富集分析共得到407条基因功能信息,KEGG富集分析发现133条通路,包括TNF信号通路及缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等;分子对接结果表明,豆甾醇、β-谷甾醇与白细胞介素-1β(IL-1β)、TNF及非受体酪氢酸蛋白激酶(SRC)等核心靶点结合活性较强。结论黄连温胆汤可能通过作用于IL-1β和TNF等靶点,调控TNF和HIF-1等关键信号通路发挥抗炎、抗凋亡机制治疗缺血性脑梗死。

关键词： 冠心病   麻黄附子甘草汤   网络药理学   伤寒论   金匮要略  

摘要： 麻黄附子甘草汤作为仲景经方的代表,在《伤寒论》、《金匮要略》中均有论述。《伤寒论》302条有云:“少阴病,得之二三日,麻黄附子甘草汤微发汗。以二三日无里证,故微发汗也。麻黄附子甘草汤方,麻黄二两(去节),甘草二两(炙),附子一枚(炮,去皮),右三味,以水七升,先煮麻黄一两沸,去上沫,内诸药,煮取三升,去滓,温服一升,日三服[1]。”《金匮要略水气病脉证并治第十四》中16条原文则说:“水之为病,其脉沉小,属少阴;浮者为风,无水虚胀者为气;水,发其汗即已。脉沉者宜麻黄附子汤;浮者宜杏子汤。麻黄附子甘草汤方,麻黄三两甘草二两,附子一枚(炮),右三味,以水七升,先煮麻黄,去上沫,内诸药,煮取二升半,温服八分,日三服[2]。”原文两方组成各有不同,历代医家纷述颇多,但针对原文方药论述的使用结合仲景方药理论认识,诸多医家提出了本方病症及方药配伍使用的分析,例如,闫朝光等[3]认为麻黄附子甘草汤主要治疗少阴寒化、脉微、手足凉且无明显里证表证的病症态。

关键词： 地五养肝胶囊   肝硬化   血小板减少   铁死亡   网络药理学  

摘要： 目的:基于中医“肝藏血”理论运用网络药理学初步探究地五养肝胶囊抗肝硬化血小板减少的潜在活性成分与生物学基础。方法:利用TCMSP、PharmMapper数据库查阅相关文献,共同检索地五养肝胶囊胶囊活性成分及对应靶点,通过GeneCards、NCBI和DisGeNET数据库及相关文献检索肝硬化血小板减少症相关作用的靶点,利用STRING数据库构建地五养肝胶囊抗肝硬化血小板减少潜在的作用蛋白的相互作用网络。利用R语言的clusterProfiler软件包对地五养肝胶囊抗肝硬化血小板减少潜在靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因及基因组百科全书(KEGG)富集通路分析,并构建出药物与疾病映射靶基因及通路网络。结果:筛选出地五养肝胶囊抗肝硬化血小板减少的活性成分120个,包括槲皮素、异甘草苷、甘草次酸、绿原酸、五味子乙素、去甲氧基姜黄素等;潜在作用蛋白47个,包括TP53、Alb、TNF、IL6等。GO分析总共富集到1 551条生物过程(BP)相关,37项细胞组成相关和195项分子功能相关。KEGG富集通路分析共富集到151条信号通路。地五养肝胶囊“肝生血”抗肝硬化血小板减少主要涉及调控铁死亡相关信号通路、MAPK信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等信号通路。结论:地五养肝胶囊可能通过以槲皮素、异甘草苷、甘草次酸、绿原酸、五味子乙素等生物活性成分调控TP53信号通路的铁死亡抗肝硬化血小板减少。

关键词： 党参-甘草   断奶仔猪   网络药理学   免疫调节  

摘要： 【目的】基于网络药理学结合分子对接技术探究党参-甘草提取物对断奶仔猪免疫功能的影响及其作用机制。【方法】28日龄断奶仔猪随机分为对照组和党参-甘草低、中、高剂量组,每组12只,对照组饲喂基础饲粮,党参-甘草低、中、高剂量组分别在基础饲粮基础上添加0.5%、1%、1.5%党参-甘草提取物,连续饲喂28 d,统计各组断奶仔猪平均日增重、料重比,检测血清中IgA、IgM和IgG含量。通过TCMSP及SwissTargetPrediction数据库筛选党参-甘草潜在活性成分及其作用靶点,通过OMIM和GeneCards数据库检索免疫抑制相关靶点,获得党参-甘草增强免疫作用的潜在作用靶点,利用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AutoDock 1.5.6和PyMOL软件对部分关键作用靶点进行分子对接验证和可视化处理,并对其结果进行验证。【结果】与对照组相比,党参-甘草提取物中剂量组断奶仔猪平均日增重、血清中IgA、IgM和IgG含量显著增加,料重比显著降低(P<0.05)。网络药理学研究表明,党参-甘草主要活性成分可能为槲皮素、山柰酚、木犀草素和蒲公英赛醇,其与免疫抑制疾病交集的关键靶点有95个。党参-甘草调节免疫PPI网络中关联度最高的为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素6(IL6)和肿瘤坏死因子α(TNF-α)。GO功能富集分析显示,关键靶点共富集到1778个条目,主要涉及钙化醇1-单氧酶活性的正向调节、缺氧反应中RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录进行正向调节、丝氨酸蛋白酶抑制剂复合物、Bcl-2家族蛋白复合物、肽酶抑制剂复合物等。KEGG通路富集分析显示,党参-甘草调节免疫主要富集在PI3K-Akt、TNF、MAPK等信号通路。分子对接结果显示,槲皮素、山柰酚、木犀草素和蒲公英赛醇与关键作用靶点IL6、VEGFA和TNF-α具有较好结合活性。【结论】饲粮添加党参-甘草提取物可提高断奶仔猪生长性能,增强免疫力,其作用机制可能与干预PI3K-Akt、MAPK、NF-κB等信号通路相关。

关键词： 网络药理学   黄连-木香-肉豆蔻   分子对接   溃疡性结肠炎   作用机制  

摘要： 背景“黄连-木香-肉豆蔻”(Huanglian-Muxiang-Roudoukou,HMR)组方出自《小儿药证直诀》,能改善溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)临床症状,采用网络药理学等方法研究其具体的生物学作用机制有助于更好地挖掘中医药资源,促进中药防治UC的现代化开发与应用.目的通过基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中的基因芯片分析结合网络药理学及分子对接方法探究HMR治疗UC的潜在分子机制.方法采用GEO数据库获取UC芯片数据,运用R语言综合分析筛选出疾病差异表达基因,获得UC的疾病靶标数据库;利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)分别检索HMR的活性成分及其作用靶点;取疾病差异表达基因与药物作用靶点间的交集基因,通过Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-疾病-靶点”网络和蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络并进行拓扑分析,以此筛选出主要活性成分及核心靶点;同时利用Metascapes数据库进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书通路(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;最后使用AutoDock vina软件对主要活性成分和核心靶点进行分子对接.结果共筛选得到UC差异表达基因967个,HMR活性成分29种,对应的靶点163个.“中药-活性成分-疾病-靶点”网络中有活性成分24个,主要活性成分涉及槲皮素、豆甾醇、小檗碱、β-谷甾醇、巴马汀等;PPI网络中有蛋白26个,核心靶点涉及白介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、白介素6(interleukin-6,IL-6)、CC趋化因子配体2[chemokine(C-C motif)ligand 2,CCL2]、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、基质金属蛋白酶9(matrix metallopeptidase 9,MMP9)等;GO富集分析主要涉及脂多糖刺激变化等生物过程,质膜外侧面等细胞成分,细胞因子活性等分子功能;KEGG通路分析主要涉及TNF信号通路、核转录因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)通路、Toll样受体(toll-like receptor,TLR)信号通路等;运用分子对接模拟证实排名前5的主要活性成分与核心靶点之间均具有较强的结合活性.结论HMR可能是通过槲皮素、豆甾醇及小檗碱等多成分,作用于IL-1β、IL-6、CCL2等多靶点,调节TNF信号通路、NF-κB信号通路、TLR信号通路等多条信号通路,从抗炎和调节肠道免疫等方面发挥对UC的治疗作用.

关键词： 网络药理学   苍术   桂枝   非酒精性脂肪性肝炎   作用机制  

摘要： 目的网络药理学筛选苍术-桂枝治疗非酒精性脂肪性肝炎的有效成分和靶点。方法应用TCMSP和Swiss查找苍术、桂枝的活性成分的靶点,通过OMIM和GeneCards数据检索非酒精性脂肪性肝炎的靶点,获取交集靶点,利用Cytoscape 3.6.0构建苍术-桂枝与非酒精性脂肪性肝炎的“药物-成分-疾病-靶点”的网络图,筛选出关键靶点,进行GO和KEGG富集分析,最后利用分子对接验证关键靶点。结果得到苍术-桂枝有效活性成分16个,交集靶点77个,蛋白互作分析(PPI)得到ACE、APOB、CAT、TP53、EGFR、PPARG等16个核心靶点。KEGG和GO结果显示:主要影响脂质颗粒、细胞外间隙、内质网等10种细胞成分,脂肪酸结合、肝素结合、脂质转运体活性等10种分子功能,作用于炎症反应、胆固醇稳态、胆固醇代谢过程等10种生物过程,主要通过脂质与动脉粥样硬化、胰岛素抵抗、非酒精性脂肪肝等13种通路对非酒精性脂肪性肝炎起作用,分子对接结果证明,16中有效成分与靶点具有较强的结合能。结论苍术-桂枝改善非酒精性脂肪性肝炎的作用机制可能通过胰岛素抵抗、非酒精性脂肪肝等通路实现的,具有多个靶点,多个成分,多条通路的特点。