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关键词： 慢性萎缩性胃炎   升阳益胃汤   网络药理学  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接方法,探讨升阳益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法用TCMSP、GeneCard、OMIM和String等数据库获取升阳益胃汤中药物的化学成分及靶点、慢性萎缩性胃炎疾病靶点和蛋白互作网络(PPI)信息。通过Cytoscape 3.8.2构建药物-成分-靶点网络信息。基于生物信息学开源软件Bioconductor和R语言对药物作用的生物学过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行富集分析。结果升阳益胃汤的10个核心成分通过调控相关通路对慢性萎缩性胃炎进行治疗,且RELA、JUN、MAPK1、STAT3、TP53等靶蛋白是其治疗慢性萎缩性胃炎的关键基因。结论升阳益胃汤可能通过多靶点、多通路调控治疗慢性萎缩性胃炎,为临床治疗提供了科学依据。

关键词： 酸枣仁-五味子   抗焦虑   药效学   网络药理学   机制研究  

摘要： 目的:明确酸枣仁-五味子对孤养结合束缚应激(RS)模型大鼠的抗焦虑药效,并预测酸枣仁-五味子药对配伍后治疗焦虑症的作用靶点和信号通路。方法:采用RS模型大鼠,设置空白组、模型组、阳性药组、酸枣仁组、五味子组、酸枣仁-五味子合煎液组,通过旷场实验和高架十字迷宫实验对酸枣仁-五味子药对配伍前后治疗焦虑症的药效学进行评价;并对大鼠脑内神经递质、脑源性神经营养因子含量进行测定。通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献挖掘获得酸枣仁、五味子主要化学成分,通过SwissTargetPrediction平台预测药物相关靶点,利用GeneCards、TTD、DisGeNET、OMIM数据库获得焦虑症的潜在靶点。取药物-疾病交集基因,再利用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。根据拓扑学参数筛选酸枣仁、五味子配伍后治疗焦虑症的关键靶点。通过DAVID进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.8.0构建药物-活性成分-疾病-靶点-通路网络。结果:药效学实验结果显示,与空白组相比,模型组可造成大鼠焦虑;与模型组相比,酸枣仁-五味子药对明显增加RS模型大鼠进入旷场中央区的次数及停留时间(P<0.05),显著增加大鼠进入开臂次数的百分比(P<0.01);明显降低模型大鼠脑内5-羟色胺(5-HT)的含量(P<0.05);明显提高模型大鼠脑内多巴胺(DA)的含量(P<0.05),显著提高脑源性神经营养因子(BDNF)的含量(P<0.01);但对γ-氨基丁酸(GABA)、谷氨酸(Glu)、Glu/GABA、促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)和皮质酮(CORT)含量没有显著影响。网络药理学结果显示,药物-活性成分-疾病-靶点-通路网络中包含酸枣仁、五味子有效成分13个,有酸枣仁碱、当药黄素、胡萝卜甾醇、五味子乙素、五味子丙素、戈米辛A等,潜在作用靶点148个,包括Akt丝氨酸/苏氨酸激酶1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、钠依赖型5-HT转运蛋白(SLC6A4)、钠依赖型多巴胺转运蛋白(SLC6A3)等,主要涉及的通路包括神经递质配体-受体相互作用通路、含血清素神经突触信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、环磷酸鸟苷酸-环磷酸鸟苷酸效应蛋白激酶G(cGMP-PKG)信号通路,还涉及与激素调节相关的通路,如雌激素信号通路、促性腺激素分泌通路、催乳激素信号通路。结论:酸枣仁-五味子药对配伍后抗焦虑药效显著,其抗焦虑作用机制与调节5-HT、DA、BDNF等含量,调控多条信号通路密切相关。本研究为酸枣仁-五味子药对治疗焦虑症的临床应用提供了理论和实验依据。

关键词： 苦参碱   结直肠癌   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的应用网络药理学及分子对接技术探讨苦参碱注射液治疗结直肠癌的作用机制。方法从Swiss Target Prediction数据库、SuperPred数据库和中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库获得苦参碱的潜在靶点。从基因表达综合(GEO)数据库得到的差异基因结合GeneCards、OMIM、DrugBank和CTD数据库收集结直肠癌相关靶点。建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络来筛选核心靶点。利用R语言的Bioconductor进行基因本体(GO)富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。并通过分子对接技术评估苦参碱和核心靶点之间的相互作用。结果确定了63个苦参碱靶点,获取14198个结直肠癌疾病靶点。PPI网络的拓扑分析揭示了5个核心靶点分别为髓细胞增生蛋白(MYC)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶3(CASP3)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)和双调蛋白(AR)。GO富集分析显示,生物过程(BP)主要包括过氧化氢的反应、细胞对过氧化氢的反应和细胞对化学应激的反应等;细胞组分(CC)主要包括脂筏、膜微区和突触膜等;分子功能(MF)主要包括转录协同调节因子结合、突触后神经递质受体活性和核心启动子序列特异度DNA结合等。KEGG通路富集分析表明,苦参碱的作用是由化学致癌-受体激活、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和Toll样受体信号通路介导的。分子对接显示苦参碱与筛选的核心靶点之间具有良好的结合能力。结论苦参碱作用MYC、IL-6、CASP3、mTOR和AR等靶点,通过调节化学致癌-受体激活、TNF信号通路和Toll样受体等信号通路发挥抗结直肠作用。

关键词： 自拟方   网络药理学   抑郁症,  

摘要： 通过网络药理学及分子对接技术探索解郁方治疗抑郁症分子层面的作用机制。方法 利用TCMSP数据库及相关文献获取解郁方所含中草药的成分,使用多个药物靶点数据库获取药物相关靶点,通过多个疾病数据库获取疾病靶点基因信息,借助韦恩图获取解郁方治疗抑郁症的可能作用靶点;建立PPI网络、构建核心靶点网络后对所获取核心靶点进行GO分析、KEGG富集分析,并进行分子对接验证。结果 得到46个有效成分、237个成分靶点基因和1745个疾病靶点基因,两者取交集后获取119个交集靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件最终得到AKT1,IL6,TNF,VEGFA共4个核心靶点。GO分析和KEGG富集分析得到多条作用通路。结论 解郁方可通过多个成分作用于多个靶点发挥抗炎、抑制细胞凋亡等作用,进而实现抗抑郁的作用。

关键词： 灵芝   骨质疏松   网络药理学   生物过程   信号通路  

摘要： 目的:应用网络药理学方法对灵芝治疗骨质疏松症的主要活性成份及可能作用机制进行预测分析。方法:分别在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、OMIM等数据库检索并筛选灵芝的活性成份及骨质疏松症相关靶点;利用Cytoscape3.2.1软件构建“灵芝活性成份-骨质疏松症-共同靶点”网络,采用String数据库构建蛋白质相互作用网络筛选关键靶点,利用David数据库对共同靶基因进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果:筛选得到灵芝与骨质疏松症相关的61种活性成份和21个共同靶基因。其中β-谷甾醇、环氧灵芝醇B、环氧灵芝醇C、麦角甾-4,7,22-三烯-3,6-二酮、灵芝酮三醇、灵芝醇A、Lucialdehyde A、LucialdehydeB是灵芝治疗骨质疏松症的主要活性成份;MAPK3、MAPK1、NR3C1、ESR1、AR、CYP19A1、NOS3、HIF1A是骨质疏松症的治疗中的核心靶点。GO分析和KEGG分析显示,灵芝治疗骨质疏松症主要涉及核受体的活性、配体激活的转录因子活性、类固醇结合、类固醇激素受体活性、DNA结合转录激活剂活性、RNA特异性聚合酶Ⅱ等生物学过程,通过参与调节催乳素信号通路、雌激素信号通路、肾细胞癌、乳腺癌等发挥抗骨质疏松作用。结论:通过网络药理学初步预测了灵芝治疗骨质疏松症的潜在活性成份及其可能机制,揭示其可通过多成份、多靶点、多途径的方式发挥作用,为进一步开展灵芝抗骨质疏松作用机制的研究提供了新思路和新方法。

关键词： 医院获得性肺炎   抑痰丸   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接技术探讨抑痰丸治疗医院获得性肺炎(HAP)的作用机制。方法:利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选抑痰丸的有效成分及作用靶点,从GeneCards、PharmGkb、DrugBank数据库获取HAP相关靶点,使用Venny 2.1.0平台筛选药物与疾病作用的交集靶点,采用Cytoscape软件绘制化学成分-靶点-通路-疾病交互网络,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;将所获得的交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,利用AutoDockTools软件对抑痰丸核心活性成分及HAP关键靶点进行分子对接。结果:获得抑痰丸化学成分146种,抑痰丸药物靶点1824个,HAP疾病相关靶点132个,抑痰丸-HAP共同靶点44个。抑痰丸主要活性成分包括麻黄碱、贝壳杉烯、胸腺嘧啶、羟基芜花素、泻根醇酸、贝母素等。治疗HAP的关键靶点包括白蛋白、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、重组人趋化因子8、基质金属肽酶9(MMP9)、Toll样受体4、C反应蛋白(CRP)等,主要涉及调控细胞凋亡及增殖、抗炎和免疫等生物过程及炎症及免疫等通路。分子对接结果显示抑痰丸中麻黄碱与白细胞介素-10、白细胞介素-2、TNF、IL-6,胸腺嘧啶与前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、CRP、IL-1β、TNF,黄芩素与MMP9、PTGS2,β谷甾醇与PTGS2均具有较好的结合能力。结论:抑痰丸通过多成分-多靶点-多通路治疗HAP,为更加深入研究抑痰丸的药效基础和实验研究提供理论依据。

关键词： 补肾活血汤   中枢性老年性聋   网络药理学   听皮层   衰老   PI3K/AKT/mTOR信号通路   细胞凋亡   小鼠  

摘要： 目的结合网络药理学与实验研究探究补肾活血汤(Bushen Huoxue Decoction,BSHXD)治疗中枢性老年性聋的潜在分子机制。方法通过TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库检索和筛选BSHXD的活性成分及作用靶点;通过Genecards、DisGeNET数据库检索老年性聋相关靶点;通过在线工具Venny 2.1获得BSHXD与老年性聋的共同靶点;通过Cytoscape软件构建BSHXD治疗中枢性老年性聋的“药物-成分-靶点-疾病”网络;使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析;STRING数据库进行蛋白互作分析。采用自然衰老的C57BL/6J小鼠构建中枢性老年性聋的动物模型,以BSHXD进行灌胃干预。HE染色观察各组听皮层的病理改变;免疫印迹法检测听皮层组织PI3K、AKT、mTOR、p-PI3K、p-AKT、p-mTOR、Bax和Caspase-3的蛋白表达;免疫荧光染色观察听皮层Caspase-3的表达;TUNEL染色观察听皮层细胞的凋亡。结果通过网络药理学预测得BSHXD活性成分219种,BSHXD与老年性聋共同靶点1118个。GO与KEGG富集发现在BSHXD可能通过调控PI3K/AKT/mTOR信号通路与细胞凋亡途径治疗中枢性老年性聋。与对照组比,自然衰老小鼠听皮层p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT、p-mTOR/mTOR的比值升高(P<0.01,P<0.001),Bax和Caspase-3的表达明显上调(P<0.001),听皮层细胞凋亡明显增加(P<0.001),病理改变明显。BSHXD可明显降低p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT、p-mTOR/mTOR比值(P<0.01,P<0.001),并下调Bax与Caspase-3的表达(P<0.05,P<0.01,P<0.001),减少细胞凋亡并改善听皮层病理改变。结论BSHXD可以通过调控PI3K/AKT/mTOR信号通路与细胞凋亡途径延缓听皮层的衰老。

关键词： 质谱法   六君安胃方   化疗相关性腹泻   网络药理学   分子对接模拟  

摘要： 目的探究六君安胃方防治化疗相关性腹泻的潜在关键靶点及其对化疗相关性腹泻小鼠小肠组织NF-κB与iNOS蛋白的影响,揭示其抗炎止泻活性成分及分子作用机制。方法采用高分辨质谱技术对六君安胃方的化学成分进行定性分析。检索PubChem数据库获得六君安胃方活性成分,利用Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测;检索DisGeNET、OMIM、GeneCards数据库获得化疗相关性腹泻相关靶点;将六君安胃方活性成分靶点与腹泻疾病相关的靶点取交集,得到六君安胃方治疗化疗相关性腹泻的潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.1软件构建PPI网络及“成分-靶点-通路”网络;DAVID数据库对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析;利用Autodock软件将网络中预测到的潜在活性成分和靶点进行分子对接验证。将60只C57BL/6J雄性小鼠按随机数字表法分为空白组、模型组、阳性对照组及六君安胃方高、中、低剂量组,每组10只。除空白组外,其余各组小鼠腹腔注射氟尿嘧啶注射液50 mg/kg制备化疗相关性腹泻小鼠模型。各组给予相应药物干预14 d后,采用Western blot法检测小鼠空肠NF-κB、iNOS蛋白表达。结果共鉴定出197个化学成分,经筛选得到156个六君安胃方防治化疗相关腹泻的关键成分,涉及82个潜在作用靶点,主要通过NOS2等关键靶点,癌症通路、PI3K-Akt、NF-κB信号通路发挥作用。实验结果显示,六君安胃方可降低化疗相关性腹泻小鼠肠组织NF-κB、iNOS蛋白表达。结论揭示了六君安胃方的药效物质基础,可通过降低NF-κB及iNOS水平,影响肠道组织的炎症反应,改善肠黏膜屏障功能,进而改善化疗相关性腹泻。

关键词： 白头翁   奶牛乳腺炎   蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图   KEGG信号通路  

摘要： 利用网络药理学研究方法探究白头翁治疗奶牛乳腺炎的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。检索白头翁的所有化学成分及作用靶点,构建药物-疾病-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图、靶点-通路气泡图,综合数据信息分析得出白头翁治疗奶牛乳腺炎的作用机制。结合数据结果推测,白头翁中以异鼠李素为主的各活性成分通过影响表皮生长因子受体(EGFR)、肝X受体(LXRs)、雌激素受体1(ESR1)、Toll样受体等关键基因靶点,对促分裂原活化蛋白激酶(MARK)信号通络、蛋白酪氨酸激酶(JAK)-转录活化因子(STAT)信号通路、磷酯酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)、核因子κB(NF-κB)信号轴等通路及T细胞膜糖蛋白分子CD4、细胞色素P450、一氧化氮合酶NOS2等基因进行靶点调控,从而发挥降低炎症反应、调节乳腺上皮细胞生长的作用,达到对乳腺炎的治疗效果。通过网络药理学研究方法探索白头翁活性成分、药物和疾病影响靶标及其映射关系,分析药物治疗疾病的影响通路,为奶牛乳腺炎的治疗提供参考。

关键词： 数据挖掘   艾滋病   免疫重建不良   网络药理学   中药   用药规律  

摘要： 目的探索中药治疗艾滋病免疫重建不良的用药规律及核心药物对免疫重建不良的作用机制。方法通过六大中英文数据库,包括中国医学生物文献数据库、万方数据库、中国期刊全文数据库、PubMed、Cochrane Library、Web of Science,检索从建库以来有关中药治疗艾滋病免疫重建不良的研究文献。利用IBM SPSS Statistics22.0及IBM SPSS Modeler 18.0软件进行数据分析挖掘。分析用药规律、核心药对,运用网络药理学手段研究其机制。结果纳入文献9篇,包含30味中药。频次前8味中药分别是黄芪、党参、灵芝、枸杞子、紫花地丁、人参、西洋参、冬虫夏草菌丝体,归经以肺、脾、肾为主,以甘、苦、辛味排前三,药性以平性、温性为主。核心药对组合是“灵芝-党参”,其主要通过7-甲氧基-2-甲基异黄酮、苍术内酯iii、果酮A、木犀草素、(1R)-2,3,4,9-四氢-1H-$b-咔啉-1-羧酸、黄豆黄素等成分作用于MAPK14、TNF、MAPK1、EGFR、AR、VEGFA等疾病靶点,调节免疫功能主要通过HIF-1、T cell receptor、Rap1、VEGF、MAPK等信号通路。结论中药治疗艾滋病免疫重建不良以补益肺脾肾为核心,通过多成分、多靶点、多途径对免疫重建不良发挥作用。