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关键词： 消瘅片   胰岛素抵抗   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的 利用网络药理学构建消瘅片药效成分、胰岛素抵抗、靶点及信号通路间的网络关系,探讨消瘅片改善胰岛素抵抗的作用机制。方法 利用中药系统药理分析平台查询消瘅片的药效成分及对应靶点,从GeneCards数据库获取胰岛素抵抗相关靶点,用Cytoscape软件绘制活性成分—疾病靶点关系网络,使用R语言及相关脚本对潜在靶标进行GO、KEGG通路富集分析。结果 消瘅片的药效成分有106种,以黄酮类成分为主;其改善胰岛素抵抗的关键靶点有白介素-6、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶、表皮生长因子受体、过氧化物酶体增殖物激活受体、缺氧诱导因子-1α转录因子、血管内皮生长因子A等。GO功能富集分析后得到消瘅片与生物过程相关的有细胞对缺氧的反应、类固醇激素的调节、酮的调节、转录的调控等。KEGG通路主要涉及消瘅片主要调控脂质和动脉粥样硬化、多种癌症、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、缺氧诱导因子-1、PI3K-Akt、肿瘤坏死因子、乙型肝炎、酒精性肝病、内分泌抗性、胰岛素抵抗等信号通路。结论 消瘅片主要通过调控氧化应激、抑制炎性因子释放、调整糖脂代谢、胰岛素信号等多种途径起到改善胰岛素抵抗的作用。

关键词： 五子衍宗丸   阿尔茨海默病   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的探讨五子衍宗丸治疗阿尔茨海默病(AD)的可能作用机理。方法通过TCMSP、Swis⁃sTargetPredicition数据库得到五子衍宗丸的活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库中收集AD的疾病靶点,通过在线工具Venny 2.1.0获取二者交集靶点。使用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-交集靶点”网络及蛋白-蛋白互作网络(PPI),并利用内置插件CytoNCA筛选出关键成分及关键靶点。在matespace数据库中完成交集靶点的GO功能及KEGG通路富集分析,并使用AutoDock软件进行分子对接验证。结果五子衍宗丸的关键成分有高车前素、槲皮素、欧前胡素、异鼠李素等,作用主要涉及TNF、AKT1、IL-6等18个关键靶点。GO功能富集分析显示五子衍宗丸主要通过膜筏、树突、突触后、受体复合物等细胞成分参与磷酸化正向调节、炎症反应调节等生物学过程,发挥激酶结合、核受体活性等分子功能。KEGG通路富集分析得到阿尔茨海默病、2型糖尿病以及高级糖基化终末产物-受体(AGE-RAGE)、Janus激酶-信号传导及转录激活蛋白(JAK-STAT)、核因子κB(NF-κB)、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触等信号通路。分子对接结果提示五子衍宗丸关键成分与关键靶点有较好的结合活性。结论五子衍宗丸可能是通过减轻氧化应激、改善神经炎症、抑制神经细胞凋亡、调节突触功能等方面发挥治疗AD的作用。

关键词： 抑郁症   栀子   刺五加   网络药理学  

摘要： 目的通过网络药理学方法研究“栀子-刺五加”药对调节重度抑郁症(MDD)的药理机制,为MDD的治疗提供新的辅助治疗手段。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取栀子、刺五加的有效成分,并通过Pubchem数据库、Swiss Target Prediction数据库获取其作用靶点;通过GeneCards数据库获取MDD的疾病靶点,再通过Bioinformatic数据库绘制“栀子-刺五加”有效成分靶点与MDD疾病靶点韦恩图获取两者的交集靶点即为潜在治疗靶点;通过STRING获取潜在治疗靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络图并进行拓扑分析;借助David数据库及R语言包对潜在治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过R语言从GEO数据库获取MDD的差异表达基因(DEGs)并进行差异分析,再通过Bioinformatic数据库获取“栀子-刺五加”调节MDD的核心DEGs并进行统计学分析。结果筛选出栀子有效成分32个,刺五加有效成分31个,有效成分靶点572个,MDD疾病靶点10033个,两者取交集共得到潜在治疗靶点497个;据Degree值筛选出核心成分有齐墩果酸(Oleanolic Acid)、熊果酸(Ursolic Acid)、烯醇酸B(Gardenolic Acid B)等;PPI网络拓扑分析显示关键治疗靶点有Akt1、白蛋白(ALB)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)等;GO功能富集分析共获取条目3705个,其中生物过程(BP)3200条、细胞组分(CC)151条、分子功能(MF)334条,KEGG通路富集分析共获取180条通路;通过Bioinformatic数据库获取5个MDD的核心DEGs,分别为碳酸酐酶Ⅳ(CA4)、鲲氧化还原酶2(NQO2)、内皮PAS区域蛋白(EPAS1)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)及麦芽糖酶糖化酶(MGAM)。结论“栀子-刺五加”调节MDD是多成分、多靶点、多通路的复杂过程,主要通过调控CA4、NQO2、EPAS1、MMP-9、MGAM等靶点,为后续MDD的中药辅助治疗研究提供重要依据。

关键词： 哮喘   网络药理学   肾气丸   炎症  

摘要： 目的:基于网络药理学研究金匮肾气丸治疗哮喘的作用机制。方法:首先使用TCMSP数据库检索金匮肾气丸中各味中药的有效活性成分并转化为蛋白质名称,汇总数据后使用Cytoscape3.9.1软件制作金匮肾气丸成分靶点网络图;其次检索GeneCards数据库获取哮喘相关基因信息,并通过venny网站获得药物活性成分靶点与支气管哮喘靶点基因的交集,将这些靶点信息通过String网站进行分析,可得到蛋白相互作用网络(PPI)图,最后使用DAVID网站进行GO通路分析和KEGG富集分析。结果:金匮肾气丸中8种药材的有效活性靶点214个,筛选后哮喘相关靶点1491个,两者取交集后可得到112个靶点,通过交互作用分析后得到了28个较为紧密的靶点,KEGG富集分析有123条通路,主要聚集于减少炎症、免疫调节两方面。结论:金匮肾气丸通过多靶点、多通路从免疫调节和控制炎症等方面治疗哮喘。

关键词： 玉屏风散   原发性肾病综合征   GEO基因芯片   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 利用GEO基因芯片结合网络药理学和分子对接技术探究玉屏风散(YPFP)治疗原发性肾病综合征(primary nephrotic syndrome,PNS)的作用机制。方法 利用TCMSP数据库、文献挖掘以及靶点预测工具Swiss Target Prediction数据库筛选YPFS活性成分及其对应的作用靶点,通过GeneCards、OMIM、Drugbank数据库检索PNS靶点,再结合GEO基因芯片,汇总得到PNS疾病靶点,将所得活性成分作用靶点与疾病靶点取交集,借助可视化软件Cytoscape 3.9.1软件构建“YPFP-药物成分-交集靶点”网络,应用STRING数据库进行蛋白互作分析,获取核心靶点,利用Metascape数据库对核心靶点进行GO基因功能以及KEGG信号通路富集分析。应用AutoDock Tools-1.5.6软件进行分子对接分析。结果 得到YPFP活性成分56个,与PNS的交集靶点136个,拓扑分析提示YPFP治疗PNS的核心成分为槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、升麻素、β-谷甾醇等。获取核心靶点40个,TP53、SRC、JUN、RELA、AKT1等可能是关键靶点。GO富集分析得到1 192个生物过程,66个分子功能,44个细胞组分。KEGG通路富集分析得到糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号通路、TGF-β信号通路、Wnt信号通路等165条相关信号通路。分子对接结果显示YPFP的核心成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 YPFP治疗PNS具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,本研究为今后治疗PNS的深入研究提供科学依据。

关键词： 八味沉香散   缺血性心脏病   线粒体自噬   网络药理学   PI3K-AKT   机制  

摘要： 目的基于网络药理学结合分子对接技术及细胞实验验证,探讨八味沉香散经线粒体自噬途径抗缺血性心脏病(ischemic heart disease,IHD)的潜在机制。方法利用Swiss target prediction平台预测八味沉香散入血成分靶点;从GeneCards、NCBI、OMIM数据库中筛选缺血性心脏病、线粒体自噬相关靶点;取三者交集得到八味沉香散经线粒体自噬途径抗缺血性心脏病的潜在靶点。构建“成分-疾病-潜在靶点”网络及蛋白质相互作用网络,分别进行网络分析筛选出关键活性成分和核心靶点,并进行分子对接。利用DAVID数据库进行GO富集及KEGG富集分析。构建H9C2细胞缺氧模型,考察八味沉香散含药血清对H9C2细胞存活率、自噬水平及关键通路相关蛋白表达的影响。结果筛选得到八味沉香散经线粒体自噬途径抗IHD的关键活性成分9种,核心靶点8个;分子对接结果显示关键活性物质和核心靶点均有较好的结合活性。KEGG结果显示八味沉香散经线粒体自噬途径抗IHD的作用可能与EGFR、PI3K-Akt、MAPK、FoxO等信号通路有关。细胞实验结果表明八味沉香散可增加缺氧条件下H9C2细胞的细胞活性,明显降低细胞中LC3、p62的蛋白相对表达量,升高p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT的蛋白相对表达量。结论八味沉香散可能通过槲皮素、山奈酚、柚皮素、去氢二异丁香酚等活性成分作用于AKT1、STAT3、MAPK3,EGFR等多个靶点调控线粒体自噬发挥抗缺血性心脏病的作用,其具体机制可能与PI3K-AKT信号通路相关。

关键词： 绝经后骨质疏松症   补骨脂-淫羊藿药对   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:采用网络药理学方法分析补骨脂-淫羊藿药对抗绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)的作用机制。方法:利用TCMSP数据库,TCM Database@Taiwan数据库和BATAMAN-TCM数据库检索并筛选补骨脂和淫羊藿的有效成分,然后预测有效成分的靶蛋白,构建有效成分-靶蛋白网络。利用GeneCards数据库,OMIM数据库,GKB数据库和TTD数据库检索PMOP的相关蛋白和基因,找到补骨脂-淫羊藿药对治疗PMOP的相关靶点,进行富集分析。结果:补骨脂-淫羊藿药对共获得51个有效成分和292个靶蛋白,其中节点度>5的共有21个有效成分与26个靶蛋白相连,其中槲皮素,山柰酚,木犀草素,异补骨脂甲素和脱水淫羊藿素处于核心位置。对补骨脂-淫羊藿药对与PMOP共有的132个共同靶标分析显示,共同靶点主要富集在转录因子活性、类固醇激素受体活性、蛋白激酶结合和营养水平等,主要富集的信号通路有糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症相关途径、流体剪切应力与动脉粥样硬化、内分泌耐药和PI3K-Akt信号通路。结论:补骨脂-淫羊藿药对可能通过AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力、PI3K-Akt信号通路和调节内分泌系统多靶点、多途径治疗PMOP。

关键词： 网络药理学   黄芪–当归   非小细胞肺癌(NSCLC)   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学的方法探讨“黄芪–当归”药对治疗非小细胞肺癌(Non-Small Cell Lung Cancer, NSCLC)的潜在机制。方法:通过在线生物信息学工具获得黄芪–当归药对的活性成分和其相对应的靶点,以及NSCLC相关靶点,进而获得黄芪–当归药对与NSCLC的共有靶点,用以构建蛋白–蛋白相互作用(PPI)网络和筛选出核心靶点,并进行基因本体论(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最终建立药对–成分–靶点–通路网络。结果:筛选出黄芪–当归药对治疗NSCLC的主要活性成分和核心靶点。黄芪–当归药对治疗NSCLC的主要活性成分为槲皮素、紫花前胡醇当归酯和前胡素,其核心靶点为SRC、STAT3、AKT1、TP53、HSP90AA1、PIK3CA等。此外,黄芪–当归药对在NSCLC治疗中可能作用于PI3K/Akt和JAK/STAT信号通路。结论:黄芪–当归药对可能通过多成分、多靶点、多途径在NSCLC的治疗中发挥作用,为进一步的实验验证提供了思路与思考。

关键词： 中国药理学会   药效动力学   药物治疗学   新药研究   药物基因组学   定量药理学   征订启事   幅面尺寸  

摘要： 本刊为中国科学技术协会主管,中国药理学会主办的全国性、学术性刊物。月刊,幅面尺寸:280 mm×205 mm,120页,CN34-1206/R,ISSN1009-2501。以从事新药研究、临床药理学与治疗学工作的高中级医疗、科研、教学人员为主要读者对象。设有专论、综述与讲座、基础研究、定量药理学(包括药代动力学、药效动力学及药物临床评价等)、临床药理学(包括药物基因组学及药物蛋白组学等)、药物治疗学、短篇论著、读者·作者·编者等栏目。

关键词： 金果胃康胶囊   网络药理学   分子对接   慢性萎缩性胃炎   胃上皮内瘤变  

摘要： 目的 运用网络药理学和分子对接方法研究自拟复方金果胃康胶囊治疗胃炎-癌转化中慢性萎缩性胃炎(CAG)及胃上皮内瘤变(GIN)阶段的潜在活性成分及作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCMID数据库及上海有机所化学数据库,经文献整理筛选金果胃康胶囊的活性化学成分,并通过Swiss Target Prediction数据库检索各成分并预测靶点。借助OMIM、GenCards数据库获取CAG及GIN靶点。利用String数据库结合Cytoscape软件绘制“靶点-疾病”网络和蛋白互作网络(PPI)。采用Metascape平台进行GO、KEGG富集分析,获得金果胃康胶囊治疗CAG及GIN的潜在作用通路,利用Cytoscape 3.7.1构建成分-靶点-通路图。运用AutoDuck Vina软件等工具进行核心靶蛋白与重要化合物的分子对接验证。结果 金果胃康胶囊中含有70个活性成分,作用靶点共251个。金果胃康胶囊治疗CAG和GIN的共有核心成分为山奈酚、槲皮素、木犀草素等,共有核心靶点为EGFR、AKT1等,在慢性萎缩性胃炎及胃上皮内瘤变中,共有通路为癌症通路、蛋白多糖肿瘤通路等。分子对接结果表明,重要化合物与核心靶蛋白对接均有较强的结合能力。结论 金果胃康胶囊治疗CAG、GIN具有中药复方多成分-多靶点-多通路的特点,为金果胃康胶囊的临床应用提供了初步的理论基础。