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关键词： 急性胰腺炎   大肠湿热型   大黄牡丹汤   丝裂原活化蛋白激酶p38   蛋白激酶-2   人组织抗原R  

摘要： 目的:揭示大黄牡丹汤对大肠湿热型急性胰腺炎大鼠胰腺损伤的干预作用,并结合网络药理学探讨其可能机制。方法:随机将96只SPF级Wistar大鼠分为6组,空白组、模型组、大黄牡丹汤低、中、高剂量组(3.5、7、14 g·kg^(-1))、清胰利胆颗粒组(3 g·kg^(-1))每组16只。除空白组外,其余各组大鼠采用“高温高湿环境+高糖高脂饮食+5%牛磺胆酸钠逆行胰胆管注射法”建立大肠湿热型急性胰腺炎(AP)大鼠模型。空白组、模型组大鼠给予等体积蒸馏水灌胃,治疗组于造模前1 h、造模后12、24 h分别给药,末次给药1 h后采集样本。观察大鼠一般情况;评价大肠湿热型模型;采用生化法检测血清淀粉酶(AMS)、C反应蛋白(CRP)含量情况;苏木素-伊红(HE)染色观察胰腺组织病理形态;采用网络药理学预测大黄牡丹汤干预急性胰腺炎的可能靶点,并采用分子生物学技术验证相关靶点。结果:与空白组比较,模型组大鼠精神萎靡、毛发杂乱且无光泽、粪便软黏、黄而恶臭、肛温升高并伴有弓背扭体反应,血清中AMS、CRP含量明显升高(P<0.05),光镜下可见胰管走形异常、小叶间隙紊乱及炎症细胞浸润,腺泡细胞水肿、充血、坏死等病理改变;与模型组比较,各治疗组大鼠一般生存状况有不同程度改善、扭体反应减轻、粪便软黏、黄而恶臭明显改善,胰腺组织水肿、坏死程度减轻,血清中AMS、CRP含量降低(P<0.05),以大黄牡丹汤高剂量组效果最明显(P<0.05)。网络药理学预测结果表明常春藤皂苷元、β-谷甾醇、槲皮素是与疾病靶点连接最为广泛的活性化合物,而蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)发现蛋白激酶B(Akt)、肿瘤蛋白P53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、转录激活因子(JUN)、血管内皮生长因子α(VEGFα)、白细胞介素-1β(IL-1β)、血管内皮细胞黏附分子1(VCAM1)是“药物-疾病”中较为关键靶点,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集发现丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路的响应可能是大黄牡丹汤干预急性胰腺炎的核心机制。分子生物学检测表明与空白组比较,模型组小鼠胰腺组织中TNF-α、IL-6、VCAM-1含量明显上升(P<0.05),丝裂原活化蛋白激酶p38(p38 MAPK)、蛋白激酶2(MK2)、人组织抗原R(HUR)基因蛋白表达水平明显升高(P<0.05);与模型组比较,各治疗组大鼠胰腺组织中TNF-α、IL-6、VCAM-1含量下降(P<0.05),p38 MAPK、MK2、HUR基因蛋白表达水平均降低,以大黄牡丹汤高剂量组效果最明显(P<0.05)。结论:大黄牡丹汤激活并调控p38MAPK/MK2/HUR信号通路进而抑制炎症因子释放,最终改善胰腺损伤。

关键词： 杜仲   睡眠障碍   网络药理学   分子对接  

摘要： 利用网络药理学分析方法,经过动物试验验证,探究杜仲改善小鼠睡眠障碍的作用机制。通过TCMSP数据库获得杜仲的潜在作用靶点,利用OMIM和GeneCards数据库获得睡眠障碍潜在靶点。将两个靶点合集交集后构建蛋白互作网络,筛选核心靶点。通过David在线平台进行基因本体功能(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用Cytoscape软件构建杜仲成分-睡眠障碍靶点-通路网络,之后采用分子对接技术进行检验。最终通过PCPA小鼠睡眠障碍模型进行体内试验验证。网络药理学和分子对接结果显示,杜仲有效成分烟碱单宁、表奎宁定等通过调节多巴胺D2受体基因(DRD2)和GABAA受体α亚基基因(GABRA1)的表达,发挥镇静安神、抗焦虑的作用。动物试验结果显示,杜仲显著减少了睡眠障碍小鼠的运动量(P<0.05),下调睡眠障碍小鼠下丘脑组织中DRD2基因的表达(P<0.01),上调GABRA1基因的表达(P<0.01)。预测并验证了杜仲改善睡眠障碍的作用机制,为其临床应用提供了一定的参考依据。

关键词： 新型冠状病毒肺炎(COVID-19)   三仁汤   UHPLC-Q-Orbitrap HRMS技术   网络药理学  

摘要： 目的通过UHPLC-Q-Orbitrap HRMS技术明确经典名方三仁汤中的主要化学成分,并通过网络药理学进一步探讨其治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法根据UHPLC-Q-Orbitrap HRMS技术得到的二级质谱裂解碎片信息,对三仁汤进行分析鉴定。在PubChem数据库中下载质谱定性分析出的化合物的2D结构,导入Swiss ADME平台进行初步筛选,并借助Swiss Target Prediction数据库寻找三仁汤潜在作用靶点。通过Gene Cards数据库检索与新型冠状病毒肺炎(Corona virus disease 2019,COVID-19)相关的疾病靶点。使用Draw Venn Diagram网站,获取三仁汤和COVID-19共同作用的靶点。使用STRING数据库构建共同靶点互作网络(PPI),Cytoscape 3.7.2软件构建三仁汤“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图。最后通过Metascape平台对三仁汤治疗COVID-19相关靶点进行KEGG和GO富集分析。结果通过质谱法从三仁汤8味中药中鉴定了37种化学成分。进一步筛选出22个活性成分,将三仁汤的533个潜在作用靶点与COVID-19的482个COVID-19靶点基因的靶点进行交集,得到了58个共同靶点,其中出现频次较高的有AVEGFA、EGFR、IL-6、AKT1、JUN、ICAM1等。通过GO富集分析得到了551条(P<0.05)信号通路,KEGG富集分析得到了118条(P<0.05)信号通路,其基因数目在与炎症反应及肺损伤保护相关的多条通路上富集较多,与冠状病毒、SARS-CoV-2、人巨细胞病毒、甲型流感、乙型肝炎病毒感染相关。结论本研究基于UHPLC-Q-Orbitrap HRMS技术对三仁汤的成分进行系统分析,能够充分表征三仁汤的药效物质;三仁汤可通过多靶点、多通路达到对新型冠状病毒肺炎的治疗作用。

关键词： 五味沙棘散   慢性阻塞性肺病   广泛靶向代谢组学   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用广泛靶向代谢组学技术、网络药理学方法和分子对接技术探讨五味沙棘散治疗慢性阻塞性肺病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法:采用广泛靶向代谢组学技术鉴定五味沙棘散的化学成分。通过SEA数据库预测五味沙棘散活性成分的潜在靶点;通过GeneCards数据库、Drugbank数据库等数据库筛选五味沙棘散治疗慢性阻塞性肺病的核心靶标,利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,应用Cytoscape 3.8.2软件构建“成分-交集靶点-关键通路-疾病”网络,并通过Discovery Studio 2019软件对五味沙棘散的关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果:采用广泛靶向代谢组学鉴定了472种化学成分。其中,有18个成分与慢性阻塞性肺病密切相关,分别为Benzyl acetate、1-Naphthylacetic acid、Ferulic acid、Moschamine、Ethyl trans-p-methoxycinnamate、1,3-Diphenyl-2-propen-1-one、Methyl cinnamate、Acetovanillone、3-Indolebutyric acid、Benzocaine、Nicotinic acid、Herniarin、2-Phenylacetamide、Benzoylagmatine、Methoxyindoleacetic acid、Zingerone、3-Hydroxy-4-methoxycinnamic acid、6-Hydroxymelatonin。共筛选得到CYP1B1、ABCG2、CYP1A1等29个核心靶点。五味沙棘散干预慢性阻塞性肺病可能与Chemical carcinogenesis-receptor activation、Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450、Chemical carcinogenesis-DNA adducts、Drug metabolism-cytochrome P450、Retinol metabolism等多条通路有关。结论:五味沙棘散可能通过Benzyl acetate、1-Naphthylacetic acid、Ferulic acid等代谢成分作用于CYP1B1、ABCG2、CYP1A1等靶点,通过作用于Chemical carcinogenesis-receptor activation、Metabolism of xenobiotics by cytochrome P450等信号通路发挥对慢性阻塞性肺病的治疗作用。

关键词： 淫羊藿   下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤   网络药理学   富集分析   分子对接  

摘要： 目的:采用网络药理学方法联合分子对接技术分析淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤药物有效化学成分及其作用靶点,并初步阐明其作用机制。方法:采用中药系统药理学(TCMSP)数据库和分析平台结合相关文献资料获取淫羊藿的有效化学成分及其对应的靶点蛋白,采用Uniprot数据库将靶点蛋白信息标准化得到对应的标准基因名,检索GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤的相关靶点基因,采用Cytoscape3.7.1软件绘制淫羊藿有效化学成分和疾病作用靶点关系的网络图,采用STRING数据库绘制药物与疾病的交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,采用基迪奥生物信息平台(OmicShare)进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用Pymol软件和Autodock Tools软件进行淫羊藿药材有效化学成分与下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤靶点蛋白的分子模拟对接和可视化。结果:筛选得到27个淫羊藿有效化学成分和217个相对应作用靶点,下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤靶点基因465个,其中62个靶点基因与淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤有密切关联。得到淫羊藿关键有效成分为槲皮素、木樨草素、山柰酚和淫羊藿苷等,关键靶点蛋白为含半胱氨酸的半胱氨酸蛋白酶3 (Caspase-3)、白细胞介素6 (IL-6)、低聚糖(FOS)、肿瘤坏死因子(TNF)、低氧诱导因子1α (HIF1A)、血管内皮生长因子A (VEGFA)、白细胞介素1B (IL-1β)、雌激素受体1 (ESR1)、前列腺素内过氧化物合酶2 (PTGS2)和基质金属蛋白酶9 (MMP-9)等。KEGG信号通路富集分析,其共同靶点主要富集于免疫炎症、激素调节和能量代谢等相关通路上。分子对接,淫羊藿中的潜在有效成分与IL-6、PTGS2、醛糖还原酶(AR)和促分裂原活化蛋白激酶1 (MAPK1)等靶点蛋白有较好的亲和作用。结论:淫羊藿可通过多靶点和多通路在抗炎免疫、激素调节及能量代谢等方面对下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤发挥潜在的治疗作用。

关键词： 半夏   茯苓   药对   癫痫   网络药理学   分子对接  

摘要： 利用网络药理学和分子对接方法,探究半夏-茯苓药对治疗癫痫的作用机制。方法 在TCMSP数据库中获得半夏-茯苓药对的活性成分和对应靶点,使用Cytoscape3.8.2构建“药物-活性成分-靶点网络”。在DisGeNet、OMIM、GeneCards数据库中获得癫痫的靶点。对药物和疾病的靶点取交集,获得“半夏-茯苓”治疗癫痫的潜在靶点。在STRING数据库中,获得药物和疾病蛋白互作数据,使用Cytoscape3.8.2对数据进行可视化,选择Degree值排名第1的靶点作为核心靶点。用R3.6.3软件对治疗靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;使用Autodock和AutoVina软件对核心靶点和有效成分进行分子对接。结果 获得“半夏-茯苓”药对84个活性成分,共 59个与癫痫治疗靶点。PPI显示,CASP-3,IL-6,INS等靶点在治疗中发挥主要作用。GO和KEGG分析显示治疗靶点主要影响金属离子应答、药物应答等功能,参与神经退化的途径、刺激神经组织的中的交互作用、PI3K-Akt信号通路等通路。分子对接显示CASP-3和有效成分间具有较强的结合能。结论 “半夏-茯苓”药对通过多靶点、多通路对癫痫进行治疗作用,研究为进一步探究“半夏-茯苓”治疗癫痫的分子作用机制提供了新思路。

关键词： 兽医药理学   信息化教学模式   实践教学  

摘要： 随着信息化技术的发展,传统教学模式受到极大挑战,尤其是疫情期间,很多学科都要借助信息化模式完成教学。本文主要描述本人在“兽医药理学”实践教学中采用了虚拟仿真、微课、教学平台等信息化手段,深刻体会到信息化给教学带来的益处,包括直观、方便、有趣、信息量大、节省资源和经费等优点;同时也感受到信息化手段的局限性,包括喧宾夺主、需要很强的自制力等。本文通过研究与探讨,谋求扬长避短,将信息化模式更好地应用于“兽医药理学”实践教学中。

关键词： 异病同治   类风湿关节炎   骨关节炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:分析新风胶囊(XFC)“异病同治”类风湿关节炎(RA)和骨关节炎(OA)的分子机制。方法:TCMSP数据库筛选XFC的活性成分及靶点,疾病数据库中筛选RA和OA的靶点,构建药物-成分-靶点网络。构建交集靶点的蛋白互作网络,进行功能富集分析和分子对接。绘制XFC治疗RA和OA信号通路。结果:共鉴定103种化合物和217个靶点,槲皮素、蜈蚣素、山柰酚、谷甾醇α1、芒柄花黄素、雷公藤甲素、豆甾醇、山海棠二萜内酯A等11个化合物与≥30个靶基因相关联,其中9个靶基因(STAT3、MAPK14、NR3C1、JUN、FOS、MYC、TNF、RELA和MAPK1)是网络中的核心靶基因。富集分析表明IL-17、TNF、Th17、Toll和NF-κB信号通路可能是关键信号通路。分子对接表明山海棠二萜内酯A、槲皮素、雷公藤甲素、谷甾醇α1、蜈蚣素与NR3C1、FOS、STAT3、MAPK1和TNF靶点具有良好的结合活性。结论:XFC “异病同治”RA与OA的机制与抗炎、免疫调节、减少骨破坏等相关,具有多系统、多成分、多靶点的作用。

关键词： 安宫牛黄丸   网络药理学   指纹图谱   分子对接   质量标志物   UPLC   小檗碱   黄芩苷   黄芩素   汉黄芩素  

摘要： 目的通过网络药理学与指纹图谱预测安宫牛黄丸中的潜在质量标志物(Q-Marker)。方法应用网络药理学筛选和分析安宫牛黄丸活性成分及临床适应证(卒中、高热昏迷、脑炎、脑出血及癫痫)的作用靶点和通路,并寻找关键活性成分;应用超高效液相色谱(UPLC)构建安宫牛黄丸的指纹图谱,结合网络药理学预测其潜在的Q-Marker,并使用Auto Dock Vina软件对潜在的Q-Marker与关键靶点进行分子对接验证。结果收集得到安宫牛黄丸活性成分128个,经过筛选得到10个核心靶点(STAT3、AKT1、MAPK1等)和7个关键活性成分(小檗碱、槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、熊果酸、黄芩苷及麝香酮),涉及炎症反应、细胞免疫、脂质代谢等相关机制。安宫牛黄丸的UPLC指纹图谱,标定22个共有峰,并指认出15个色谱峰,结合网络药理学筛选出的关键活性成分初步预测4个成分为其潜在的Q-Marker,分别是小檗碱、黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素,涉及的关键生物通路包括AGEs-RAGE通路、PI3K-Akt通路以及MAPK通路等。结论借助网络药理学结合UPLC指纹图谱分析预测得到安宫牛黄丸潜在的Q-Marker分别为小檗碱、黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素,为其全面质量控制提供依据。

关键词： 白细胞减少症   石韦大枣汤   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术探究石韦大枣汤治疗白细胞减少症的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选石韦大枣汤治疗白细胞减少症的活性成分和潜在靶点,构建石韦大枣汤与白细胞减少症蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),分析基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,采用分子对接技术对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果:石韦大枣汤中有效成分28种,93个靶点作用于白细胞减少症,关键靶点有靶向细胞周期蛋白D1(CCND1)、可调控信号传导和转录激活子3(STAT3)、半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶3(CASP3)、缺氧诱导因子1A(HIF1A)等,涉及KEGG富集分析确定信号通路包括脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K Akt)信号通路、晚期搪基化终产物及其受体(AGE RAGE)信号通路、Janus激酶-信号转导与转录激活因子(JAK STAT)信号通路等多条通路。分子对接结果显示,槲皮素与血管内皮生长因子A(VEGFA)大分子蛋白,β-谷甾醇与CASP3有良好的结合性。结论:石韦大枣汤治疗白细胞减少症具有多靶点、多通路的特点,为深入研究其作用机制提供了新依据。