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关键词： 网络药理学   分子对接   阿尔茨海默病   三黄泻心汤  

摘要： 运用网络药理学方法探讨三黄泻心汤治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease, AD)的作用机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三黄泻心汤的有效成分及作用靶点。通过GeneCards数据库检索并筛选出AD相关靶点,维恩图获取药物与疾病交集靶点。使用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息。使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图,通过DAVID数据库对共同靶点进行GO(gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。筛选出三黄泻心汤47个有效成分,71个药物与疾病交集靶点,主要活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、汉黄芩黄素、黄芩新素、半枝莲种素、苏荠苎黄酮,核心靶点为IL-6、TNF、IL-1β、VEGFA、TP53。GO功能分析主要涉及药物反应、缺氧反应、细胞迁移的正向调节、一氧化氮生物合成过程的正调控等生物过程,KEGG分析主要涉及癌症通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路等通路。分子对接结果显示,β-谷甾醇、半枝莲种素等核心成分,与TP53、IL-6等核心靶点之间有着较强的结合能力。初步阐释了三黄泻心汤可通过调节HIF-1、TNF等信号通路,从而抑制Aβ聚集与tau磷酸化、阻断乙酰胆碱酯酶活化、抑制炎症进而干预阿尔茨海默病。

关键词： 糖尿病周围神经病变   阳和汤   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学方法分析阳和汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的分子机制。方法:通过TCMSP数据库及相关文献获取阳和汤的活性化合物及其靶点,利用Cytoscape3.9.0软件进行可视化分析;通过Gencards、OMIM、TTD数据库获取DPN主要靶点,利用STRING11.5平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络。借助David数据库进行GO及KEGG通路功能富集分析。结果:阳和汤治疗DPN的核心活性成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇等,核心靶点有TNF-α、AKT1、TP53等。阳和汤治疗DPN的生物学通路主要作用于流体剪切力与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号通路等通路。结论:该研究初步揭示了阳和汤治疗糖尿病周围神经病变的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为阳和汤的临床应用提供理论基础。

关键词： 黑顺片   炮制   生物碱   质量标志物   指纹图谱   化学模式识别   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:结合指纹图谱、网络药理学和分子对接技术,初步分析黑顺片中的潜在质量标志物(Q-Marker)。方法:运用高效液相色谱法(HPLC)建立黑顺片饮片指纹图谱,确认共有峰并进行指认,同时进行聚类分析及主成分分析,运用网络药理学方法构建“活性成分-靶点-通路”网络,预测Q-Marker,采用分子对接验证。结果:建立了25批黑顺片饮片指纹图谱,确认了8个共有峰,通过对照品指认6个色谱峰,分别为苯甲酰新乌头原碱、苯甲酰乌头原碱、苯甲酰次乌头原碱、新乌头碱、次乌头碱、乌头碱,指纹图谱相似度为0.922~0.999。聚类分析将25批样品大致聚为2类,主成分分析显示S4、S10、S11批次的样品质量显著区别于其他批次;网络药理学分析表明,次乌头碱等6种成分均是黑顺片发挥药效的主要活性成分,主要发挥抗肿瘤、抗炎、保护心血管等作用,分子对接表明以上成分与关键靶点均有较强的结合活性,可能是黑顺片潜在Q-Marker。结论:本实验从多层面综合获取黑顺片的质量信息,对其质量标志物进行初步预测及验证,为进一步研究黑顺片作用机制,全面控制饮片质量提供参考。

关键词： 润燥止痒胶囊   网络药理学   湿疹   动物验证  

摘要： 目的 通过网络药理学和动物实验,揭示润燥止痒胶囊(RunZao ZhiYang capsule,RZZY治疗湿疹的药理学机制。方法 选取RZZY中23个成分为研究对象,利用数据库筛选方药靶点,使用Metascape数据库对靶点进行KEGG通路富集分析,Cytoscape软件构建“成分-靶点-通路”网络,筛选湿疹关联通路,开展动物实验评价RZZY对湿疹的疗效,验证RZZY对关键靶点调节作用。结果 RZZY与湿疹关联靶点72个,包括JAK2、STAT3、PIK3R1、AKT1、MAPK1等;KEGG富集得到AGE-RAGE、TNF、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等关键信号转导通路;动物研究发现RZZY显著减轻湿疹模型大鼠皮肤肿胀、表面溃烂和渗透,降低湿疹面积及严重度指数评分、皮肤厚度和病理评分,确证RZZY对湿疹关键靶点JAK2和STAT3蛋白有下调作用,与网络药理学预测结果相一致。结论 本研究联合网络药理学和动物实验验证RZZY对湿疹的作用机理,为其临床应用提供理论依据。

关键词： 课程思政   临床药理学实验   课程建设  

摘要： 临床药理学是临床药学和药学专业学生主要的课程,临床药理学实验课程旨在促进学生更好掌握临床药理学理论知识,同时培养学生严谨的科学态度树立实事求是的科学精神。文章就在临床药理学实验教学过程中融入思政元素,从教学内容的选择、课程教学的实施、课程思政与实验教学实践情况、课程考核改革及未来课程思政改革方向等方面讨论了该校临床药理学实验课程思政建设的基本情况和改革方向,探索课程思政融入临床药理学实验教学中的途径,旨在实现传授专业知识和提高思政水平有机统一。

关键词： 慢性心力衰竭   强心汤   网络药理学   分子对接   核心靶点  

摘要： 目的基于网络药理学、分子对接的方式揭示强心汤治疗慢性心力衰竭的作用靶点和分子机制。方法从TCMSP数据库检索强心汤的活性成分,应用GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库筛选慢性心力衰竭靶点,取交集获得强心汤治疗慢性心力衰竭的交集靶点。采用STRING平台构建蛋白互作网络(PPI),Cytoscape 3.8.0软件网络拓扑计算筛选核心靶点,R 4.2.3进行GO富集分析及KEGG通路富集分析,构建“活性成分-靶点”网络。采用AutoDock 1.5.7进行分子对接预测活性成分和核心靶点的结合性能。结果筛选出强心汤治疗慢性心力衰竭的交集靶点75个,其中核心靶点为雌激素受体1(ESR1,度值=7)、核受体辅激活因子1(NCOA1,度值=8)、糖皮质激素受体(NR3C1,度值=7)、核受体辅激活因子2(NCOA2,度值=7)。GO富集分析结果显示,分子功能中P值最小的前3项有G蛋白偶联胺受体活性、突触后神经递质受体活性、神经递质受体活性(P<0.01);生物过程中P值最小的前3项有腺苷酸环化酶激活肾上腺素受体信号通路、肾上腺素受体信号通路、腺苷酸环化酶调节G蛋白偶联受体信号通路(P<0.01);细胞组成中P值最小的前3项为突触后膜、突触膜、突触前膜的组成部分(P<0.01)。KEGG富集分析显示,关键信号通路前5位的为神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、多巴胺能突触、可卡因成瘾、环状磷酸鸟苷-蛋白激酶G(cGMP-PKG)信号通路。分子对接结果显示,木犀草素、异黄酮与4个核心靶点(ESR1、NCOA1、NR3C1、NCOA2)的结合能更低,结构更稳定。结论强心汤治疗慢性心力衰竭与神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、多巴胺能突触、化学致癌-受体激活、cGMP-PKG信号通路、脂质和动脉粥样硬化、cAMP信号通路等通路相关,木犀草素、异黄酮可能是其治疗慢性心力衰竭的核心活性化合物。

关键词： 二妙方   膀胱过度活动症   网络药理学  

摘要： 目的:通过网络药理学探讨二妙方治疗膀胱过度活动症的分子作用机制。方法:通过查询TCMSP数据库获取二妙方的成分及作用靶点,挖掘Gene Cards数据库膀胱过度活动症的作用靶点,并获取二妙方-膀胱过度活动症的共同靶点基因。利用String平台对共有基因靶点构建蛋白互作网络(PPI),导入Cytoscape软件计算出度中心性和介数中心性得出核心网络,并构建疾病-药物有效作用靶点-核心靶点蛋白互作网络(PPI)。利用Metascape数据库对共有基因进行GO和KEGG富集分析。结果:经筛选二妙方的活性成分19个,靶点蛋白215个;疾病靶点滤过后715个,映射后得到作用于膀胱过度活动症的潜在靶点59个。核心靶点19个,分别是AKT1、IL6、IL1B、VEGFA、HIF1A、PTGS2、EGFR、ESR1、PPARG、MMP9、EGF、IL10、IL4、ERBB2、VCAM1、SERPINE1、NOS3、MAPK14、NR3C1。富集分析显示主要涉及癌症通路、PI3K-AKT信号通路、糖基化信号通路和松弛素信号通路。结论:本研究采用网络药理学分析了二妙方治疗膀胱过度活动症的潜在作用机制,为进一步试验验证提供了参考。

关键词： 龙葵   乳腺癌   网络药理学   分子对接   薯蓣皂苷元   细胞凋亡  

摘要： 基于网络药理学和细胞实验探讨龙葵治疗乳腺癌的作用机制。利用TCMSP数据库、Swiss-Target-Prediction和文献挖掘等方法收集龙葵的活性成分7种,通过GeneCards数据库收集与乳腺癌相关靶基因110个,运用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,将潜在靶点导入STRING 11.5数据库中获取PPI网络,使用DAVID数据库对潜在靶点进行GO及KEGG富集分析。GO功能富集分析发现694个结果。KEGG通路富集分析发现128个结果(P<0.05),涉及癌症、PI3K/Akt、MAPK等相关的信号通路。运用AutoDock-vina 1.1.2软件对龙葵中的7种关键活性成分,梣皮树脂醇、β-胡萝卜素、谷甾醇、薯蓣皂苷元、澳洲茄碱、胆固醇及槲皮素与潜在靶点AKT1、ESR1、EGFR、SRC、MAPK1进行分子对接,结果显示预测的关键成分薯蓣皂苷元与核心靶点AKT1和EGFR等具有较好的结合性。细胞实验结果表明,不同浓度的薯蓣皂苷元可抑制乳腺癌细胞MDA-MB-231的增殖并促进细胞凋亡,薯蓣皂苷元可调控EGFR、AKT1以及p-AKT1蛋白的表达,同时薯蓣皂苷元可下调抗凋亡蛋白Bcl-2表达、上调促凋亡蛋白Bax表达。综上结果表明,龙葵抗乳腺癌的潜在作用机制可能与调控MDA-MB-231细胞增殖及凋亡等过程相关,且通过两个关键靶基因AKT1和EGFR发挥作用。

关键词： 正源方   肝纤维化   网络药理学   分子对接   细胞实验   磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路  

摘要： 目的:基于网络药理学、分子对接技术预测正源方抗肝纤维化的作用机制,并进行细胞水平实验验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获得正源方活性成分,通过PubChem、SwissTargetPrediction、Similarity Ensemble Approach数据库筛选活性成分潜在靶点,通过OMIM、GeneCards疾病数据库收集肝纤维化的相关靶点,运用Venny平台获得正源方与肝纤维化交集靶点,利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape-CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点,利用String数据库进行基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-通路网络,使用AutoDock Vina软件模拟关键候选活性成分与核心基因的结合活性。建立人转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的人肝星状细胞LX2活化模型,噻唑蓝(MTT)比色法检测细胞活性,蛋白免疫印迹法(WB)检测磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路相关蛋白表达。结果:网络药理学筛选得到正源方活性成分145个及相关靶点1109个,肝纤维化靶点1573个,正源方抗肝纤维化潜在作用靶点415个,拓扑分析得关键靶点61个;PPI网络分析核心靶点为Akt1、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等,GO富集分析得到1753个条目,其功能主要与细胞凋亡、细胞增殖、酶结合等有关;KEGG富集分析得到174个条目,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt通路、细胞凋亡通路等;分子对接显示,槲皮素、木犀草素、熊果酸等与Akt1、VEGFA、Jun原癌基因(JUN)等靶点结合活性较强;细胞实验结果表明,不同剂量的正源方给药后,可以显著抑制TGF-β1诱导的LX2细胞的活化,降低磷酸化PI3K(p-PI3K)/PI3K、磷酸化Akt(p-Akt)/Akt蛋白表达,且具有质量浓度依赖性。结论:正源方可能通过多靶点、多通路发挥抗肝纤维化作用,其机制可能与抑制肝星状细胞活化、调控PI3K-Akt信号通路有关。

关键词： 2型糖尿病   核桃楸皮总黄酮   酶抑制实验   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:通过酶抑制实验考察核桃楸皮总黄酮的降糖作用,并利用网络药理学与分子对接的方法研究核桃楸皮总黄酮治疗2型糖尿病的潜在作用机制。方法:提取纯化核桃楸皮总黄酮部位后采用DNS法测定核桃楸皮总黄酮对α-淀粉酶的抑制作用。将文献报道的核桃楸皮的27种黄酮类成分输入中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)进行筛选。将筛选后的活性成分导入Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测。将核桃楸皮黄酮类活性成分与相关靶点导入Cytoscape 3.9.1软件构建“化合物-靶点”网络,并筛选主要活性成分。在Genecards、TTD、DisGeNET数据库中搜集2型糖尿病相关的靶点,利用在线工具Venny 2.1得到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点,并绘制Venn图。在STRING数据库中输入交集靶点得到网络关系,利用Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络并进行拓扑分析。通过Metascape分析平台对交集靶点进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。利用AutoDock Vina 1.2.0对关键成分和核心靶点进行分子对接。结果:核桃楸皮总黄酮粉末纯度为93.85%,核桃楸皮总黄酮对α-淀粉酶具有明显的抑制作用(P<0.05),IC_(50)值为0.776 g·L^(-1)。从TCMSP数据库筛选得到9种活性成分,获得223个活性成分相关靶点。“化合物-靶点”网络分析得到山柰酚、木犀草素、杨梅素、柚皮素、槲皮素可能是发挥作用的主要活性成分。在Genecards、TTD、DisGeNET数据库获得疾病靶点1 360个。利用在线工具Venny 2.1进行取交集处理,得到交集靶点99个。PPI网络分析得到蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)等为核心靶点。GO富集得到5 706个条目。KEGG分析可知磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinases, PI3K)-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等可能是核桃楸皮总黄酮治疗2型糖尿病的主要通路。核桃楸皮总黄酮活性成分与核心靶点均具有一定的相互作用。结论:核桃楸皮总黄酮可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗2型糖尿病的作用,为核桃楸皮总黄酮治疗2型糖尿病的深入研究提供了理论依据。