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关键词： 黄精(Polygonati Rhizoma)   衰老   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 利用网络药理学和分子对接揭示黄精(Polygonati Rhizoma)抗衰老的物质基础及作用机制。通过TCMSP数据库获取黄精的化学成分,借助Swiss target prediction数据库收集黄精的化学成分对应的相关靶点;在GeneCards、OMIM、DiGSeE、HAGR数据库中筛选衰老疾病的相关靶点;利用Venny 2.1在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.8.2软件绘制药物-成分-靶点-疾病网络;利用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;通过DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,运用AutoDock软件对关键的活性成分和作用靶点进行分子对接验证。结果表明,黄精的12个有效成分通过调控81个靶点和79条信号通路产生抗衰老作用,5个关键的化学成分为黄芩素、4′,5-二羟基黄酮、甘草素、(2R)-7-羟基-2-(4-羟基苯基)-苯并四氢吡喃-4-酮、zhonghualiaoine 1,可通过EGFR、VEGFA、HIF1A、ESR1、STAT3等关键靶蛋白介导癌症途径,癌症中的蛋白多糖、HIF-1、Ras、癌症的中枢碳代谢、PI3K-Akt、FoxO、Rap1等信号通路发挥抗衰老作用。分子对接表明筛选的靶点蛋白与有效活性成分具有较好的结合活性。

关键词： 课程思政   中药药理学   教学探索  

摘要： 新一代青年是中医药的重要传承者和发展者,教学是传承中医药的重要方式,在教学中将中医药特色思政元素及本学科最新进展融入教学内容,可提升学生的学习兴趣及个人综合能力。因此为了贯彻“全程育人,全员育人,全方位育人”理念,以中药药理学为例,深入挖掘该门课程的思政元素,通过强化课程思政的设计、加强与思政课程老师的联系、改革课程思政的教学方法、围绕课程思政进行教学教材的开发、建立完善评价体系等方面,探索适合西医院校中医药类专业学生的教学方法。其中,具体实践有:重视医药古籍,坚持医药融通;充分利用线上资源,提高学生积极性;培养科研思维;培养合作意识与团队精神;培养爱国情感,树立中医药文化自信。

关键词： 阿尔茨海默病   小续命汤   网络药理学   分子对接   通路  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接探讨中药复方小汤治疗阿尔茨海默病的有效成分、潜在靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)收集小续命汤中药物的有效化学成分及蛋白质靶点,并在UniProt数据库中进行基因名称转换,从在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、基因名片(GeneCard)数据库中寻找阿尔茨海默病相关的疾病靶点。取小续命汤和阿尔茨海默病的交集靶点,并利用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.2拓扑方法分析并获得关键靶点。在Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建药物-成分-作用靶点-疾病网络图,将关键活性成分与关键靶点利用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果:筛选出小续命汤活性成分182种,基因272个,其中,槲皮素、山柰酚、木樨草素、汉黄芩素、β-谷甾醇是其治疗阿尔茨海默病的关键活性成分,信号转导和转录激活因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)是该方治疗阿尔茨海默病的关键靶点。GO富集分析显示,小续命汤治疗阿尔茨海默病主要通过膜筏、囊腔等部位。KEGG富集分析显示,小续命汤治疗阿尔茨海默病主要与脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路(AGE-RAGE)、神经退行性病变等通路有关。结论:本研究揭示了小续命汤多成分、多靶点、多通路治疗阿尔茨海默病的机制,为小续命汤的临床开发利用提供了依据。

关键词： 补肾健脾方   2型糖尿病   氧化应激   细胞凋亡   胰岛素抵抗   网络药理学   实验验证   小鼠  

摘要： 【目的】综合生物信息学、网络药理学和分子对接探讨补肾健脾方(由淫羊藿、鹿角胶、黄芪、山药等组成)改善2型糖尿病(T2DM)的作用机制,并通过动物实验验证。【方法】通过Mfuzz分析正常样本由糖耐量异常转变为T2DM的模块基因,并通过差异分析进一步筛选T2DM的疾病靶点;通过TCMSP、BATMAN数据库筛选补肾健脾方的活性成分及其作用靶点,随后获取补肾健脾方治疗T2DM的靶点并分析生物功能。比较补肾健脾方治疗组db/db小鼠胰岛功能、氧化应激指标、胰腺细胞凋亡与对照组的差异。【结果】共筛选出77个补肾健脾方的作用靶点,通过富集分析,77个靶点与氧化应激过程关系密切,并进一步筛选出2个核心靶点FOS、NOTCH1,通过分子对接证明了补肾健脾方主要活性成分与核心靶点结合稳定。最后,通过动物实验证明,与对照组比较,治疗组db/db小鼠稳态模型评估的胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)升高,氧化应激指标丙二醛(MDA)降低、超氧化物歧化酶(SOD)活性升高,胰腺组织FOS、NOTCH1表达量降低,胰腺组织凋亡蛋白Bax和Caspase-3表达量降低、凋亡抑制蛋白Bcl-2表达量升高(P<0.05或P<0.01)。【结论】补肾健脾方可通过减轻氧化应激,降低胰岛细胞凋亡,从而改善胰岛素抵抗以延缓T2DM的进展。

关键词： 益肠散结汤   结直肠癌   分子对接   网络药理学  

摘要： 基于网络药理学和分子对接技术探讨益肠散结汤对结直肠癌的作用机理。使用TCMSP、B atman-TCM和Swiss Target Prediction数据库获得益肠散结汤成分和作用靶点并进行筛选,以“colorectal cancer”、“colorectal carcinoma”和“colon cancer”为关键词在Therapeutic Target Database、Gene Cards和Drugbank数据库中得到疾病关联靶点,并获取交集靶点,可视化中药-成分-靶点-疾病网络,然后使用STRING数据库分析靶蛋白互作,再采用Cytoscape 3.7.1软件绘制互作图;利用R语言对GO功能和KEGG富集分析;使用Auto Dock和PyMOL软件可视化分子对接预测结果。筛选获取益肠散结汤有效成分76个,靶点188个,结直肠癌靶点11853个,交集靶点153个,GO功能富集分析生物过程2244个、细胞组成1 260条和分子功能203条,KEGG富集通路171条,分子对接结果显示槲皮素与TP53、EGFR、TNF和IL-6结合较好。益肠散结汤中槲皮素、木犀草素、柚皮素、β-谷甾醇和常春藤皂苷元等活性成分可能调节TP53、EGFR、TNF、ESR1、VEGFA、PTGS2和EGF等靶点,通过IL-17信号通路,肿瘤坏死因子信号通路,Th17细胞分化通路,HIF-1信号通路等通路参与细胞凋亡、细胞迁移和细胞侵袭,调控肿瘤血管生成。

关键词： 网络药理学   白花蛇舌草   半枝莲   卵巢癌   槲皮素  

摘要： 目的 基于网络药理学及分子对接技术,探究白花蛇舌草和半枝莲药治疗卵巢癌的作用机制。并对药对活性成分槲皮素进行体外细胞实验,验证其对卵巢癌的作用。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)数据库筛选白花蛇舌草和半枝莲的活性成分并找出对应的靶点;在GeneCards数据库中检索出卵巢癌相关靶点;用jvenn在线作图工具得到药对和疾病相同的靶点交集;将交集靶点导入STRING平台,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)关系,用Cytoscape做出白花蛇舌草和半枝莲药对治疗卵巢癌的主要靶点图,用Metascape数据库对主要靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。用分子对接对结果进行验证。并对白花蛇舌草-半枝莲活性成分槲皮素进行CCK-8细胞增殖实验和流式细胞术检测细胞凋亡实验。结果 与卵巢癌相关的白花蛇舌草-半枝莲药对成分-靶点网络中包含30种成分、109个靶点。其相关性位于前3位的候选化合物分子为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇。这些成分通过AKT1、BCL2L1、CASP3、CASP7等信号蛋白来抑制卵巢癌细胞的生长和转移,涉及信号通路有癌症的途径、乙型肝炎、脂质和动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的应用、PI3K-AKT信号通路等。分子对接结果显示核心成分与核心靶点均有较好的结合能力。不同浓度槲皮素可明显抑制卵巢癌细胞增殖,且浓度越高细胞抑制率越高,细胞凋亡率也随浓度增高,数据结果差异有统计学意义(P<0.01)。结论 从网络药理学和分子对接技术得出白花蛇舌草和半枝莲药对可通过多成分、多靶点、多通路治疗卵巢癌的作用机制。槲皮素能有效抑制卵巢癌细胞并促进其凋亡。

关键词： 膜肾协定方   特发性膜性肾病   网络药理学   信号通路  

摘要： 目的采用网络药理学方法探讨膜肾协定方治疗特发性膜性肾病(IMN)的分子机制。方法应用BATMAN-TCM、TCMSP、TCMID、Swiss Target Prediction、CNKI等数据库收集膜肾协定方相关成分及靶点。应用GeneCards数据库和CTD数据库筛选IMN的靶点;通过在线Venn获得复方-疾病的共同靶点。使用STRING数据库在线预测共同靶点的相互作用,并使用R studio的cluster Profiler包对所筛选靶点进行GO和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件绘制膜肾协定方成分调节的网络图。结果发现膜肾协定方中34个成分,通过作用于PIK3CB、MAPK14、MAPK8、MAPK11等靶点,经Hepatitis B、AGE-RAGE信号通路、cAMP信号通路、FoxO信号通路等177条通路参与调节细胞凋亡、脂质代谢、氧化应激等进程来治疗特发性膜性肾病。结论膜肾协定方通过多成分作用多靶点,调节多条信号通路发挥对特发性膜性肾病的治疗作用。

关键词： 淫羊藿–女贞子   网络药理学   分子对接   绝经后骨质疏松   靶点   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术分析淫羊藿–女贞子治疗绝经后骨质疏松的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿–女贞子的有效活性成分及对应靶点。人类基因数据库(Genecards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库获取绝经后骨质疏松的相关靶点。使用Venn2.1.0在线平台获取药物与疾病的交集靶点,利用STRING在线数据库构建交集靶点的蛋白相互作用关系,并使用Cytoscape3.9.1软件构建网络图。通过Metascape数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析并使用微生信平台绘图,使用Cytoscape3.9.1软件构建淫羊藿–女贞子治疗绝经后骨质疏松的“药物成分–靶点–通路”网络图。最后运用PyMOL等软件对淫羊藿–女贞子的主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:共得到淫羊藿–女贞子活性成分27个,活性成分相关靶点233个;GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库得到绝经后骨质疏松相关靶点1083个,经Venn2.1.0在线平台得到交集靶点80个。共筛选到27中有效成分,主要有效成分有:槲皮素(quercetin)、木犀草素(luteolin)、山奈酚(kaempferol)、大黄素(emodin)、脱水淫羊藿素(Anhydroicaritin)等,AKT1 (蛋白激酶1)、IL-6 (白细胞介素-6)、TNF (肿瘤坏死因子)、VEGFA (血管内皮生长因子)、IL-1β (白细胞介素-1β)、MMP9 (基质金属蛋白酶-9)、PTGS2 (前列腺素内过氧化物合酶2)、CCL-2 (淋巴细胞趋化因子-2)、CXCL8 (白细胞介素-8)、EGF (表皮生长因子),为淫羊藿–女贞子治疗绝经后骨质疏松的核心靶点。GO和KEGG分析结果表明淫羊藿–女贞子治疗绝经后骨质疏松主要涉及细胞分化的负调控、细胞对脂质、脂多糖、细菌来源的反应等生物过程;主要通过参与癌症通路、肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素-17信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等作用于绝经后骨质疏松。分子对接结果表明,羌活胜湿汤中槲皮素、山柰酚、木犀草素等5个主要活性成分与AKT1、IL-6、TNF等5个关键靶点有着较好的亲和力。结论:淫羊藿–女贞子可以通过槲皮素(quercetin)、木犀草素(luteolin)、山奈酚(kaempferol)、大黄素(emodin)、脱水淫羊藿素(Anhydroicaritin)等成分与AKT1 (蛋白激酶1)、IL-6 (白细胞介素-6)、TNF (肿瘤坏死因子)、VEGFA (肿血管内皮生长因子)、IL-1β (白细胞介素-1β)、MMP9 (基质金属蛋白酶-9)、PTGS2 (前列腺素内过氧化物合酶2)、CCL-2 (过淋巴细胞趋化因子-2)、CXCL8 (白细胞介素-8)、EGF (表皮生长因子)等靶点产生相互作用,调节AGE-RAGE信号通路、TNF、PI3K-Akt、GFR等通路实现治疗绝经后骨质疏松的作用。

关键词： 动脉粥样硬化   益气活血化痰方   网络药理学   机制研究  

摘要： 目的:采用网络药理学探讨益气活血化痰方治疗动脉粥样硬化(AS)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)及文献检索,筛选出黄芪、丹参、全瓜蒌、黄连及水蛭的有效成分,借助有机小分子生物活性数据库(PubChem)、基因名片数据库(GeneCards)等获得本方及疾病靶点,绘制韦恩图后获得共同靶点,利用SRTING数据库及Cytoscape 3.9.1软件构建药物-疾病靶点蛋白质互作(PPI)网络图,筛选出关键靶点。使用David数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以Cytoscape 3.9.1行可视化分析。结果:获取益气活血化痰方与AS的共同靶点265个、关键靶点36个,其中,蛋白激酶B1(AKT1)、禽肉瘤病毒17假定转化基因(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、p38丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、核因子Kappa Bp65(RELA)、肿瘤坏死因子(TNF)等在益气活血化痰方抗AS过程中尤为重要。获得122条相关通路,主要包括癌症的通路、脂质和AS通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路在糖尿病并发症中的应用、卡波西肉瘤相关性疱疹病毒感染、蛋白质聚糖在癌症中的应用等。结论:益气活血化痰方通过多靶点、多通路发挥抗AS作用,可为益气活血化痰方治疗AS的临床应用提供理论依据。

关键词： 当归-火麻仁-枳壳-莱菔子   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接技术探究当归-火麻仁-枳壳-莱菔子治疗儿童FC的潜在作用机制。方法:运用TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、STRING等数据库及Metascape平台分析四味中药治疗儿童FC的网络药理学机制,并进行分子对接验证。结果:(1)网络药理学得出核心药物活性成分12个,作用靶点168个,儿童FC作用靶点1745个,疾病和药物交集靶点103个,筛选出核心靶点40个;GO富集分析得到生物过程979条,细胞组分39条,分子功能68条;KEGG通路富集分析得到159条通路。(2)分子对接结果显示AKT1、TNF等核心靶点与其对应成分均有良好的结合活性。结论:当归-火麻仁-枳壳-莱菔子治疗儿童FC具有多成分、多靶点及多通路效应,本研究初步揭示了核心药物治疗儿童FC的潜在靶点与潜在机制,为深入研究开展实验及临床应用提供参考。