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关键词： 泻肺利水汤   网络药理学   心力衰竭   分析对接   UHPLC-Q-Exactive-MS/MS  

摘要： 目的通过UHPLC-Q-Exactive-MS/MS结合网络药理学和分子对接方法探讨泻肺利水汤治疗心力衰竭的主要活性成分、靶点及作用机制。方法利用UHPLC-Q-Exactive-MS/MS快速鉴定泻肺利水汤水提物的化学成分,SwissADME筛选可能具有活性的成分,SwissTargetPrediction数据库预测成分潜在的作用靶点,GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD等数据库筛选心力衰竭疾病相关靶点。将药物靶点与疾病靶点取交集,构建“药物-活性成分-靶点”调控图,构建蛋白互作网络,筛选出核心基因,利用R语言对核心作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析,最后利用分子对接技术进行初步验证。结果共鉴定化合物82个,黄酮类37个,酚酸类10个,香豆素类7个,生物碱类5个,皂苷类5个,其他类18个;网络药理学研究筛选出活性成分37个,药物-疾病共同靶点135个;PPI及网络分析显示TNF、AKT1、EGFR、VEGFA、ESR1等5个靶点为主要作用靶点,PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、癌症中的蛋白聚糖、Rap1信号通路为主要信号通路。分子对接结果表明,主要活性成分及核心靶点之间具有良好的亲和力。结论本研究初步揭示了泻肺利水汤是通过多成分、多靶点、多通路的机制治疗心力衰竭,为其进一步开发利用及临床应用提供了生物学信息基础。

关键词： 清咳平喘颗粒   COVID-19   网络药理学   分子对接   麻黄碱   苦杏仁苷  

摘要： 目的利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用(PPI)网络及筛选核心靶点,并开展基因本体(GO)注释功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1508个、152个,涵盖Toll-like receptor(TLR)信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。

关键词： 阿尔茨海默病   柴胡-白术   网络药理学   靶点   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学方法探讨柴胡-白术药对治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:通过TCMSP平台筛选出柴胡、白术的活性成分及靶点,挖掘GeneCards等数据库与阿尔茨海默病的相关靶点,并利用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-有效成分-靶点网络图,利用CytoNCN进行网络拓扑分析,找到柴胡-白术药对治疗阿尔茨海默病的关键靶点,进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络及活性成分-阿尔茨海默病作用靶点网络的构建。采用基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析柴胡-白术药对治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制。结果:共获得16种主要活性成分、167个化合物靶点、8730个与阿尔茨海默病发病相关的靶基因。利用网络拓扑分析最终筛选出40个关键靶点,GO富集分析得到313条信号条目,KEGG富集分析得到104条信号通路。结论:初步验证和预测柴胡-白术药对治疗阿尔茨海默病多成分、多靶点、多途径的作用特点,为进一步探讨其作用机制提供思路与参考。

关键词： 课程思政   药理学   教学设计  

摘要： 高等教育要将专业课程与思政课程同向同行,才能实现立德树人的根本任务。该文在药理学教学中从家国情怀、哲学思想的培养、医德教育、创新精神培养、药品法律法规教育等知识点契入,探索药理学课程思政的内容及融入路径,为丰富课程思政内容提供方法。

关键词： 护骨胶囊   骨质疏松症   网络药理学   分子对接   作用机制   地黄苦苷元   大黄素甲醚   甲基异茜草素  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨护骨胶囊治疗骨质疏松症潜在的活性成分和作用机制。方法利用TCMSP数据库结合《中国药典》2020版筛选候选活性成分,并通过文献检索进行补充和删减得到最终成分,并通过Swiss Target Prediction数据库预测和筛选出活性成分的潜在的作用靶点。通过权威数据库(Genecard、Drugbank、TTD)检索骨质疏松症相关靶点,通过Cytoscape 3.9.0软件建立中药–成分–靶点网络模型进行网络分析,并将交集靶点导入至String在线数据库进行蛋白相互作用(PPI)网络构建并进行分析。利用David数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。结果共筛选出护骨胶囊59个活性成分、78个交集靶点。PPI网络分析表明,肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、非受体酪氨酸激酶(SRC)、酪氨酸蛋白激酶3(MAPK3)、雌激素受体α(ESR1)等可能是护骨胶囊治疗骨质疏松症的关键靶点。GO和KEGG富集分析表明护骨胶囊主要通过细胞外空间、质膜、宿主细胞核等细胞组分参与细胞生存、生长、分裂等众多生物学过程,继而与蛋白质特异性结合,发挥调节核受体活性、过渡金属离子结合、类固醇结合等分子功能,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等。分子对接结果表明,地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元核心成分与TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1核心靶点均具有良好的结合能力。结论护骨胶囊中的地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元等可能是治疗骨质疏松症的物质基础,能够作用于TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1等多个靶点,通过调节糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等参与骨骼重塑、抑制破骨细胞的形成与分化、促进骨形成和抗炎作用,进而发挥治疗骨质疏松症的作用。

关键词： 网络药理学   分子对接   高血压   生脉饮(党参方)   靶点   信号通路  

摘要： 目的:通过网络药理学以及分子对接技术探索生脉饮(党参方)辅助治疗高血压(Hypertension)的活性成分和潜在作用机制。方法:借助TCMSP、Pubchem、SwissTargetPrediction数据库筛选党参、麦冬、五味子的活性成分及靶点。通过CTD、GeneCards、OMIM数据库获取与高血压相关的靶点。利用Venny在线分析工具得到治疗高血压的潜在作用靶点,在Cytoscape3.2.1中构建中药-活性成分-作用靶点-疾病网络等多层次网络图。采用STRING数据库检索生脉饮(党参方)治疗高血压的间接靶点。借助Cytoscape中的ClueGO插件进行GO分析、通过DAVID数据库进行KEGG通路富集分析,并运用Omicshare平台绘制气泡图。利用RCSB PDB、Autodock Vina 1.1.2等软件进行分子对接研究。结果:生脉饮(党参方)治疗高血压的潜在作用靶点有184个,主要涉及循环系统中的血管调节、第二信使信号介导、血压调节等过程,cGMP-PKG信号通路、神经活性配体—受体相互作用通路、cAMP信号通路、蛋白聚糖在癌症中的作用通路等通路。分子对接结果显示生脉饮(党参方)的主要活性成分均与高血压的受体具有较好的结合力。结论:生脉饮(党参方)通过多成分、多靶点发挥治疗高血压的作用,为生脉饮(党参方)辅助治疗高血压提供了理论依据。

关键词： 生津颗粒   原发性干燥综合征   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨生津颗粒治疗原发性干燥综合征的作用机制。方法在TCMSP、TCMID与TCMIP数据库检索生津颗粒活性成分,分别通过UniProt、GeneCards数据库获得活性成分及原发性干燥综合征相关基因。通过Venn Diagram获得活性成分-原发性干燥综合征共同靶点。利用Metascape数据库进行GO分析和KEGG富集分析。运用Cytoscape构建活性成分-核心靶点-作用通路网络。利用AutoDock1.5.6进行分子对接。结果获得生津颗粒活性成分201个,疾病-活性成分交集靶点144个。利用CytoNCA分析获得RELA、JUN、TNF、HSP90AA1、AKT1等核心靶点及槲皮素、木犀草素、山柰酚等核心活性成分。GO分析及KEGG分析显示,AGE-RAGE信号通路、Th17细胞分化通路富集基因数最多、显著性较高。分子对接结果表明,槲皮素、木犀草素、山柰酚与关键靶点可自发结合。结论生津颗粒中槲皮素、木犀草素、山柰酚等活性成分可能通过RELA、JUN、TNF、HSP90AA1、AKT1等靶点调控AGE-RAGE信号通路、Th17细胞分化等通路,发挥治疗原发性干燥综合征作用。本研究为明确生津颗粒治疗原发性干燥综合征作用机制奠定理论基础。

关键词： 克罗恩病   中医药   用药规律   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:利用数据挖掘和网络药理学技术探究中药治疗克罗恩病(Crohn′s disease,CD)的用药规律及核心药物组合的潜在作用机制。方法:检索中国知网(CNKI)、中国生物医学文献数据库、万方知识服务平台、维普中文期刊数据库(VIP)关于中药治疗CD的文献,利用Microsoft Excel 2019及SPSS Modeler 18.0进行药物类别、性味归经频次和关联规则、聚类分析,提炼核心药物组合。通过网络药理学筛选并预测药物活性成分治疗CD潜在的核心靶点,进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探究其具体作用机制。最后利用分子对接技术对关键成分与核心靶点进行反向验证。结果:数据库筛选获取114首处方,涉及181味中药,使用频次≥34次的中药有10味;药物类别以补虚药、清热药、利水渗湿药为主;药性(四气)以温、平、寒为主,药味(五味)以甘、苦、辛为主,归经以脾、胃、肺、肝经为主;关联规则得到15组高频药对,聚类分析得到4类药物组合。核心药物“党参-黄芪-白术-茯苓-甘草”组合活性成分有槲皮素、山奈酚、木犀草素、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇、7甲氧基-2甲基异黄酮等,作用于肿瘤蛋白p53(TP53)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、RELA原癌基因(RELA)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、FOS原癌基因(FOS)7个核心靶点,涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、辅助性T细胞17分化、癌症、白介素-17、肿瘤坏死因子等信号通路。分子对接结果显示,前5个活性成分与前4个靶点对接效果较好。结论:中医药治疗CD组方多以补虚祛邪、健脾补肺利水为主,辅以清热燥湿温阳,注重标本兼顾;其核心药物组合“党参-黄芪-甘草-白术-茯苓”潜在机制与调控炎症、细胞凋亡与增殖、氧化应激等有关。

关键词： 当归补血汤   血管性痴呆   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的探讨当归补血汤治疗血管性痴呆(VD)的作用机制。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取当归补血汤活性成分,预测其作用靶点,利用GeneCards、OMIM数据库获取VD的疾病靶点;采用R 3.6.1软件获得共有靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-共有靶点网络,并筛选核心成分;通过String数据库构建共有靶点蛋白相互作用(PPI)网络,采用R 3.6.1软件筛选核心靶点和关键靶点,对共有靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用AutoDockVina 1.1.2软件对核心成分与关键靶点进行分子对接。结果共获得当归补血汤活性成分22个(当归2个、黄芪20个),作用靶点142个,疾病靶点3414个,共有靶点81个。成分-共有靶点网络共获得毛蕊异黄酮、芒柄花素、异鼠李素等7个核心成分。PPI网络分析共获得丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、雌激素受体1、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)等10个核心靶点,以及AKT1、血红素加氧酶1(HMOX1)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、PPARγ、信号转导与转录激活因子1(STAT1)6个关键靶点。GO功能富集分析涉及条目包括生物过程1404个,细胞组成53个,分子功能130个。KEGG通路富集分析共涉及通路161条,主要包括脂质和动脉粥样硬化通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路等。分子对接结果表明,芒柄花素与AKT1,槲皮素与HMOX1和STAT1,异鼠李素与MAPK8,MAPK14,PPARγ结合能较高。结论当归补血汤活性成分可能通过作用于多个VD靶点相关通路,调控氧化应激损伤机制或细胞铁死亡,从而缓解或逆转受损细胞的氧化应激过程。

关键词： 两面针   网络药理学   活性成分   作用靶点   抗肿瘤机制  

摘要： 【目的】基于网络药理学构建两面针抗肿瘤的“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”等网络关系,预测其抗肿瘤的作用靶点并对其作用机制进行研究分析。【方法】以口服利用度(OB)及类药性(DL)为限制条件在中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选出两面针主要活性化学成分,在Pharmmapper服务器上筛选和建立两面针靶点数据库。通过OMIM及其他数据库进行抗肿瘤相关基因及蛋白靶点筛选。使用R4.2.1软件做出两面针活性成分、靶点基因和肿瘤。靶点基因相交情况筛选两面针作用靶点。通过Cytoscape3.6.1软件Merge及Union功能,建立了两面针“有效成分--肿瘤靶点”的可视化交互网络。利用STRING数据库构建抗肿瘤靶点之间的交互网络、PPI网络,利用DAVID数据库对靶蛋白进行KEGG通路注释分析,富集出生物通路,构建出“活性成分-抗肿瘤靶点-抗肿瘤通路”网络。选择其中一个关联度较高的活性化合物作为配体、KEGG富集结果中较为显著的信号通路所涉及靶点作为受体,对活性成分与核心靶蛋白进行分子对接验证。【结果】经筛选和分析获得两面针活性成分21个,抗肿瘤靶点14个,包括EGFR、ESR2、ESR1、AR、GSTP1、CYP19A1、PIK3CG、MAPK1等。富集出43条生物通路两面针抗肿瘤的可能通路包括化学致癌-受体活化、雌激素、PI3K-Akt、乳腺癌信号通路等。活性化合物MOL005103作为配体,EGFR作为受体,分子对接验证显示,两者有着较好的结合活性,对接得分7.4766。【结论】结果表明两面针是通过多成分和多靶点的相互作用起到抗肿瘤作用的,也是调控多条通路共同干预实现的,但关键的靶标和具体的调控机制尚待进一步的实验研究加以探索及验证。