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关键词： 数据挖掘   网络药理学   新型冠状病毒肺炎   恢复期   中医药用药规律  

摘要： 目的基于数据挖掘分析新型冠状病毒肺炎(Corona virus disease 2019,COVID-19)恢复期临床研究、名医经验及官方公布恢复期方药组方规律,应用网络药理学研究核心药物及其化合物在COVID-19恢复期的作用机制,为新冠肺炎恢复期的防治提供指导。方法通过检索中国知网等数据库以构建新冠肺炎恢复期中医处方数据库,采用数据挖掘和关联规则分析等方法,研究新冠肺炎恢复期方药组方规律,筛选核心药组;进一步采用网络药理学方法,通过GO分析和KEGG通路富集分析,研究核心药物的生物信号通路,阐明其作用机制。结果筛选官方公布的新冠肺炎恢复期处方86套,发现13味高频中药,进一步关联分析得到14个高频药组,结合复杂网络分析及聚类分析确定新冠肺炎恢复期核心药组。采用网络药理学方法,研究核心药组作用机制,筛选得到疾病核心作用靶点与主要化合物成分靶点交集34个,GO富集分析367条,KEGG分析108条。结论新冠肺炎恢复期用药规律以补脾益肺,益气养阴为主,祛湿利痰、解毒化瘀为辅,病机以正虚邪恋为特点,“茯苓-半夏-党参-陈皮”为新冠肺炎恢复期处方中的核心药组。网络药理学分析进一步分析发现核心药组的关键成分木犀草素、黄芩素、柚皮素等可调控LI6、TNF、AKT等关键靶点发挥作用,松弛素信号通路、糖尿病并发症AGE-RAG等信号通路可能为其关键通路。

关键词： 健脾通络解毒方   慢性萎缩性胃炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学方法,研究健脾通络解毒方治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台和UniProt数据库,获得健脾通络解毒方活性成分及靶点;检索GeneCards、OMIM和DrugBank数据库获取CAG靶点;将二者取交集,获得药物疾病共同作用靶点;之后导入STRING数据库,通过Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图;进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;再运用AutoDock Vina软件进行分子对接。结果:获得健脾通络解毒方有效成分206个,靶点232个,CAG靶点783个,共同作用靶点91个,关键靶点涉及肿瘤蛋白p53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、Jun原癌基因(JUN)、白细胞介素(IL)6、血管内皮生长因子A、肿瘤坏死因子、信号传导与转录激活因子3、前列腺素内过氧化物合酶2、胱天蛋白酶3、IL-1β、缺氧诱导因子-1和表皮生长因子等。GO功能富集分析结果表明,生物过程2 024个,细胞组成34个,分子功能120个。通过KEGG分析得到161条信号通路。分子对接结果显示结合力良好。结论:健脾通络解毒方主要通过TP53、Akt1、JUN和IL-6等蛋白,磷脂酰肌醇3激酶-Akt、丝裂原激活的蛋白激酶、肿瘤蛋白53和Janus酪氨酸蛋白激酶-信号转导与转录激活因子等信号通路对CAG发挥作用。

关键词： 多囊卵巢综合征   痰湿   闭经   不孕   组织富集分析  

摘要： 目的利用数据挖掘的方法探究历代医家治疗肥胖型多囊卵巢综合征(PCOS)的处方规律,归纳核心处方与药物,并利用网络药理学探讨核心处方的潜在物质基础与作用机制,为中医药治疗肥胖型PCOS提供参考。方法以《中华医典》为资料来源,利用Excel 2018建立肥胖型PCOS处方数据库,借助SPSS Modeler 18及Gephi 0.9.7软件对符合肥胖型PCOS表现的处方药物进行关联分析。利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取核心药对的成分及靶基因,利用人类基因数据库(GeneCard)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取肥胖型PCOS靶基因,进一步获取核心药物靶基因与肥胖型PCOS靶基因的交集基因。利用Cytoscape 3.7.1软件构建核心药物活性成分-交集基因网络,并利用可视化和集成发现数据库(DAVID)进行组织富集分析。结果共得到符合肥胖型PCOS的处方47首,涉及中药98味,使用频次≥5的中药为茯苓、半夏、甘草、陈皮、川芎、香附、白术、当归、苍术、南星、人参、滑石、枳壳、白芍、黄连、地黄、橘红、砂仁;有强关联的核心药对组合为半夏、陈皮、茯苓、甘草(二陈汤)。利用TCMSP数据库获得二陈汤的药物成分125个、靶基因218个,利用GeneCard数据库及OMIM获得肥胖型PCOS靶基因2962个,获得肥胖型PCOS靶基因与核心药物靶基因的交集基因149个。网络药理学分析显示,度值较高的药物活性成分有槲皮素、山奈酚、芒柄花素等,度值较高的靶基因包括前列腺素内过氧化物合酶2、雌激素受体1、雄激素受体等。组织富集分析结果显示,交集靶基因主要富集在胎盘、肝脏、肺、上皮等组织。结论数据挖掘结果提示,历代医家治疗肥胖型PCOS时以益气健脾、燥湿化痰为主要原则,同时佐以养血调经的药物。网络药理学结果验证了古文献分析结果,提示黄酮类化合物可能通过调控激素受体改善肥胖型PCOS。

关键词： 肺癌   网络药理学   中药复方   综述  

摘要： 文章搜集并归纳了近年来国内外关于中药复方防治肺癌的网络药理学研究文献,通过阐述网络药理学的研究思路,分析基于网络药理学的中药复方防治肺癌的研究概况,并对所选文献中涉及的中药复方进行归纳分析。同时针对研究现状,指出目前中医药防治肺癌的网络药理学面临的挑战并进行探讨,期盼为中医药防治肺癌事业的研究提供更多有效的参考思路。

关键词： 肝衰竭   金匮肾气丸   肝硬化腹水   网络药理学  

摘要： 目的:采用网络药理学技术探讨金匮肾气丸治疗肝衰竭(Liver failure)的活性成分、作用靶点及分子机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、PubChem、SEA、SwissTargetPrediction数据库筛选金匮肾气丸活性成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选肝衰竭相关靶点;采用Cytoscape_3.7.2软件构建“化合物-靶点-疾病”网络和蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:最终筛选出金匮肾气丸的活性成分82个,靶点871个;肝衰竭相关的疾病靶点547个,与金匮肾气丸的交集靶点共有76个;通过“化合物-靶点-疾病”网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出IL-6、VEGFA、JUN、MMP9、EGFR、MTOR等20个关键靶点,GO富集条目465个,主要涉及氧化还原酶活性、T细胞受体信号通路、细胞生长的调节、丝氨酸型内肽酶活性、活化T细胞增殖、RNA聚合酶Ⅱ转录因子复合物、炎症反应、免疫反应等。KEGG通路显著富集138条,其中与炎症与免疫相关通路有B细胞受体信号通路、NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路等;与细胞增殖和凋亡相关信号通路包括PI3K-Akt信号通路、VEGF信号通路、Rap1信号通路、ErbB信号通路;与病毒感染相关信号通路包括乙型肝炎、丙型肝炎、冠状病毒病-新冠肺炎等;以及与其他机制相关信号通路包括肝细胞癌、癌症中PD-L1表达和PD-1检查点途径、非酒精性脂肪肝等发挥治疗肝衰竭的作用。结论:金匮肾气丸可能通过炎症与免疫、细胞增殖与凋亡、病毒感染及其他多种机制共同作用,起到对肝衰竭的综合治疗效果。该研究初步预测了金匮肾气丸抗肝衰竭的潜在有效活性成分和作用机制,为金匮肾气丸的进一步研究提供理论依据。

关键词： 土茯苓   乙型病毒性肝炎   网络药理学   分子对接   信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学方法探讨土茯苓治疗乙型病毒性肝炎的机制并通过分子对接的方法加以验证。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选出土茯苓的有效活性成分和对应作用靶点,运用OMIM、GeneCards数据库检索乙型病毒性肝炎的疾病靶点。利用SRTING数据库构建成分-疾病共同靶点蛋白相互作用(PPI)网络。采用Cytoscape3.7.2软件对蛋白相互作用(PPI)网络进行分析,经CytoHubba插件得到关键基因;利用DAVID6.8对PPI网络进行GO功能和KEGG通路富集分析并绘制成分-靶点-通路网络图。采用AutoDock1.5.6软件进行分子对接,验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果共获取土茯苓治疗乙型病毒性肝炎的靶点117个,筛选后得到核心靶点10个hub基因,主要包括蛋白激酶1(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素6(IL6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等。GO和KEGG富集分析分别获得513条和161条结果,主要涉及乙型肝炎、肝癌、IL-17信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等通路。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、柚皮素、薯蓣皂苷元、花旗松素可能是土茯苓治疗乙型病毒性肝炎的核心成分,其与抗HBV核心靶点均有较好的结合能。结论土茯苓可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗乙型病毒性肝炎的作用。

关键词： 艾叶   质量标志物   UPLC   GC-MS   分子对接   主成分分析  

摘要： 该研究基于超高效液相色谱(UPLC)、气相色谱-质谱(GC-MS)和网络药理学方法拟分析预测艾叶潜在的质量标志物(Q-marker)。首先,利用UPLC和GC-MS技术分析33份艾种质资源叶片中的12种非挥发性成分和8种挥发性成分含量,作为艾叶的候选质量标志物。随后,运用网络药理学构建“成分-靶点-通路-疗效”网络筛选出核心质量标志物,再用分子对接方法验证质量标志物的生物活性。最后,根据艾叶中的质量标志物含量对33份艾种质进行聚类分析和主成分分析。结果显示,共筛选出18个候选成分、60个靶点和185个相互关系,作用于72条通路,与11种疾病的治疗有关,并发挥5种其他功效。根据自由度结合成分特有性,共筛选出了异泽兰黄素、桉油精、β-石竹烯、高车前素、棕矢车菊素、氧化石竹烯等6种成分作为艾叶的潜在质量标志物。根据6个质量标志物的含量,通过聚类分析将33份艾种质分为3个类群,并通过主成分分析筛选出了综合品质最高的种质S14。该研究为挖掘艾叶的质量标志物、建立艾叶质量评价体系、进一步研究其药效作用机制和品种选育提供参考。

关键词： 抗衰老片   衰老   氧化应激   网络药理学   磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路   叉头转录因子(FOXO)信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学和体内实验探讨抗衰老片抗衰老的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选抗衰老片中组方药材的主要化学成分及其靶点,并通过文献检索、Pubchem对抗衰老片中药材的主要成分进行补充,经SwissTargetPrediction数据库预测靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取衰老相关靶点;通过Venny2.1.0平台获得抗衰老片成分与衰老的共同靶点;基于STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建药物与疾病共同靶点的蛋白质相互作用网络(PPI);基于R语言进行基因本体(GO)生物功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。以秀丽隐杆线虫为实验对象,观察抗衰老片对N2野生型秀丽隐杆线虫寿命及百草枯诱导的N2野生型线虫及突变体CB1370、CF1038、MQ1333、MQ887、TJ1052寿命的影响,探究抗衰老片抗衰老的作用及潜在的作用机制。结果筛选出抗衰老片221个活性成分和1232个预测靶点,衰老相关靶点12081个,抗衰老片成分和疾病的共同靶点1020个。KEGG富集分析结果主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、晚期糖基化终末产物/晚期糖基化终末产物受体(AGE/RAGE)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等。线虫实验结果表明,抗衰老片可延长正常情况下及百草枯诱导下的N2野生型秀丽隐杆线虫的寿命,提高秀丽隐杆线虫对百草枯的耐性;与相应各对照组相比,抗衰老片无法延长突变体TJ1052和CF1038在氧化应激下的寿命,但突变体CB1370、MQ1333和MQ887在氧化应激下的寿命可被延长。结论抗衰老片对秀丽隐杆线虫具有延长寿命的作用,其潜在的机制可能依赖于PI3K信号通路和叉头转录因子(FOXO)信号通路,而不依赖于胰岛素受体信号通路和线粒体相关信号通路。

关键词： 南五味子   药源性肝损伤   指纹图谱   网络药理学   质量标志物  

摘要： 根据中药质量标志物(Q-marker)的理念,采用超高效液相色谱法(UPLC)建立指纹图谱和多指标定量的方法,结合网络药理学研究,筛选南五味子保肝功效的潜在质量标志物。采用《中药色谱指纹图谱相似度评价系统》软件对15批不同产地的南五味子指纹图谱进行相似度分析,相似度在0.981~0.998。确定了18个共有成分,由聚类分析和主成分分析确定了3个差异性成分;构建“成分-靶点-通路”网络图,预测南五味子保肝的核心成分,筛选出14个与南五味子治疗药源性肝损伤(drug-induced liver injury,DILI)作用相关的核心成分,通过作用于AKT1、CCND1、CYP1A1、CYP3A4、MAPK1、MAPK3、NOS2、NQO1、PTGS2等靶点,调控脂质和动脉粥样硬化、乙型肝炎、白细胞介素-17、肿瘤坏死因子等信号通路发挥保肝作用。结合成分的可测性、特有性、有效性,预测五味子酯甲、安五脂素和五味子甲素是南五味子治疗DILI的质量标志物。15批样品中五味子酯甲、安五脂素和五味子甲素的质量分数分别为0.20%~0.57%、0.13%~0.33%、0.42%~0.70%。综上,该研究综合利用指纹图谱、网络药理学、含量测定等多技术的融合策略,科学合理地推测了南五味子治疗DILI的质量标志物,可为提升南五味子的质量评价标准、探索南五味子治疗DILI的作用机制提供依据。

关键词： 偏头痛   一粒金   滴鼻   网络药理学   瞬时受体电位香草酸亚型1   谷氨酸受体5   大鼠  

摘要： 目的:通过网络药理学与实验验证探讨一粒金经鼻给药治疗偏头痛的潜在作用机制。方法:通过中医药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选一粒金的活性化学成分及其治疗偏头痛的相关靶点;检索GeneCards数据库、OMIM数据库、UniProt数据库、TTD数据库,汇总、去重后得到偏头痛的靶点;采用交集法获得一粒金和偏头痛的相关靶点;利用STRING平台,构建PPI网络;利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析得到核心靶点;利用DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,并对富集结果进行可视化分析。结合网络药理学预测结果,采用大鼠偏头痛模型,观察一粒金经鼻给药治疗偏头痛相关靶点的效果;采用ELISA法检测大鼠大脑皮层中一氧化氮(NO)、一氧化氮合酶(iNOS)、5-羟色胺(5-HT)、内皮素1(ET-1)、降钙素基因相关肽(CGRP)、瞬时受体电位香草酸亚型1(TRPV1)水平;RT-qPCR法检测大鼠大脑皮层及延髓中TRPV1 mRNA、谷氨酸受体5(mGluR5)mRNA表达水平。结果:一粒金中活性成分共计372个。偏头痛靶点共2346个,药物-疾病共同靶点共195个,关键靶点涉及PTGS2、MAPK1、ABCB1、AKT、BCL2、BDNF、CASP3、CCL2、EGFR、TRPV1等基因。GO功能富集分析条目147个,主要涉及肿瘤坏死因子(TNF)产生的正向调控、外周神经系统开发、炎症反应中细胞因子产生的正向调节等;KEGG通路富集分析得到155条路径,包括癌症通路、PI3K/AKT通路、AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17通路、HIF1通路、MAPK通路等通路。动物实验结果显示,一粒金能降低偏头痛模型大鼠大脑皮层中NO、iNOS、ET-1、CGRP、TRPV1水平,升高大脑皮层中5-HT水平,降低大脑皮层和延髓中mGluR5 mRNA、TRPV1 mRNA相对表达量。结论:一粒金具有治疗偏头痛的作用,其机制可能与TRPV1、mGluR5等关键因子相关。