课程文献中心 更多>>

关键词： 桂枝茯苓丸   卵巢癌   网络药理学   细胞凋亡   PI3K/Akt信号通路  

摘要： 目的通过网络药理学和体外实验探索桂枝茯苓丸作用于卵巢癌的分子机制。方法从公共数据库中获取桂枝茯苓丸的活性成分以及桂枝茯苓丸和卵巢癌的潜在靶点,然后构建蛋白-蛋白质相互作用(PPI)网络、活性成分-靶点网络及疾病-药物-活性成分-靶点网络,并通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,利用AutodockTools软件对核心活性成分和核心靶点进行分子对接。基于网络药理学结果,选择不同浓度桂枝茯苓丸含药血清干预SKOV3细胞,以流式细胞术检测细胞凋亡水平,通过蛋白免疫印迹法对PI3K/Akt通路及凋亡相关蛋白进行验证。结果筛选得到桂枝茯苓丸476个与活性成分关联的靶点,117个与卵巢癌相关基因,其中有20个共同靶点,这些靶标与细胞凋亡、细胞增殖和分化、蛋白质密切相关,并可能通过癌症中的蛋白聚糖、癌症中的碳代谢、粘着斑、PI3K/Akt信号通路、ErbB信号通路等25个相关途径发挥作用。体外细胞实验证实,桂枝茯苓丸能以浓度和时间依赖性地抑制SKOV3细胞增殖,可以抑制PI3K/Akt通路从而促进SKOV3细胞凋亡。结论桂枝茯苓丸可通过多成分、多靶点、多通路治疗卵巢癌,初步验证桂枝茯苓丸能抑制PI3K/Akt通路促进细胞凋亡,发挥治疗卵巢癌的作用。

关键词： 楤木多糖   痛风   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 目的:探讨楤木多糖组分影响痛风的可能机制。方法:在知网、万方、TCMSP、PubChem、PharmMapper、disgenet、GeneCards等数据库检索楤木多糖组分靶点以及痛风的相关人类靶点。将交集靶点导入STRING中进行蛋白互作分析,在Cytoscape 3.9.1软件构建相关网络。利用Auto Dock Tools软件actodock vina算法计算结合能,对接活性成分和靶点目标,最后利用PyMOL软件进行可视化分析。结果:得到1569个痛风相关靶点和1567个楤木多糖组分预测靶点,化合物和疾病共同靶点5个。分子对接显示3种活性成分和5个靶点呈现较好的结合活性。结论:楤木多糖组分影响痛风的关键靶点有CRP、TNF、HSPA8、LDHA、MBLAC1。楤木多糖组分影响痛风具有“多靶点、多通路”的特点,本研究在一定程度上为实验研究提供了理论基础。

关键词： 缺血性脑卒中   疏血通注射液   网络药理学   分子机制  

摘要： 目的构建疏血通注射液活性成分—作用靶点和蛋白质相互作用网络,分析疏血通注射液治疗缺血性脑卒中(CIS)的作用机制。方法通过BATMAN-TCM数据库收集疏血通注射液中水蛭和地龙的成分并查阅文献进行补充,通过SwissADME平台筛选获得疏血通注射液活性化合物;通过SwissTargetPrediction预测活性成分的潜在靶点,并与GeneCards数据库中CIS的疾病靶点数据取交集获得共同靶点,进行蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)分析,使用Cytoscape构建“药物—靶点—疾病”网络并进行分析;通过DAVID数据库对共同靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析。采用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.2.0将得到的关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果筛选得到疏血通注射液活性成分88个和治疗CIS潜在靶点351个及主要活性成分10个;疏血通注射液治疗CIS的关键靶点为SRC、ESR1、SIRT1、CTNNB1、STAT3等;可能参与的通路有癌症途径、神经元神经活性配体—受体相互作用、脂质与动脉粥样硬化、钙离子信号、CAMP信号等通路。结论疏血通注射液的主要活性成分为(S)-2-{[(苄氧基)羰基]氨基}-5-乙氧基-5-氧代戊酸、水蛭素A等,可能通过作用于SRC、ESR1等关键靶点,在癌症途径等通路发挥治疗CIS的作用。

关键词： 大肠癌   芍药汤   肠道菌群   液相色谱-质谱联用法   网络药理学  

摘要： 目的:从肠道菌群(IF)角度探讨芍药汤(SYD)防治大肠癌(CRC)的活性成分、关键靶点及主要通路。方法:采用液相色谱-质谱联用法(LC-MS)检测SYD的化合物,结合文献,并使用SwissADME数据库进行筛选,最终确定SYD主要活性成分;使用PubChem及Swiss Target Prediction数据库筛选并预测SYD主要活性成分的靶点基因;使用GeneCards、OMIM及TTD数据库预测CRC和IF的靶点基因;通过Venn图获得SYD、CRC和IF的交集靶点基因,并通过String和Metascape数据库以及Cytoscape软件,获得PPI网络图、富集分析结果及药物-疾病-成分-靶点-通路图等;通过AutoDockTools及Pymol软件,将Hub靶点基因与SYD主要活性成分进行分子对接,进一步验证作用机制。结果:LC-MS共检测出SYD中717个化合物,包括没食子酸、芍药苷、小檗碱、槟榔碱等18个主要活性成分,进一步筛选后获得11个主要活性成分,并预测出SYD主要活性成分靶点基因共500个;筛选得CRC靶点基因1122个,IF靶点基因463个;最终获得SYD、CRC和IF交集靶点31个,Hub基因6个(ALB、TNF、IL1B、MMP9、PTGS2、PPARG),对应8种SYD主要活性成分(没食子酸、芒柄花黄素、小檗碱、白杨素、大黄素、异甘草素、汉黄芩素、洋川芎内酯A)。富集结果显示,前20条显著的KEGG通路富集主要包括癌症、IL-17、TNF、NF-κB等信号通路。前10条GO-BP功能分析主要包括炎症反应调节、防御反应调节、细胞内信号转导负调控等生物学过程;前10条GO-CC功能分析主要包括转录调节复合物、核膜及蛋白激酶复合物等细胞组分;前10条GO-MF功能分析主要包括血红素结合、四吡咯结合、雌激素2-羟化酶活性等分子功能。SYD主要活性成分和Hub靶点基因共对接15次,其结合自由能均低于-4 kcal/mol,显示出较好的结合活性。结论:SYD可能通过调控IF参与相关炎症通路(如IL-17、NF-κB等)防治CRC。

关键词： 狼疮性肾炎   三七注射液   三七总皂苷   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学与分子对接技术探讨三七注射液治疗狼疮性肾炎(LN)的作用机制。方法通过检索《中华人民共和国药典》和多个数据库查询三七注射液的主要成分三七总皂苷(PNS)的活性化学成分及其作用靶点,通过OMIM^(■)、GeneCards^(■)、DrugBank数据库筛选LN的相关靶点,取两者的共同靶点。使用Cytoscape 3.8.2软件构建共同靶点及其对应活性化学成分的“活性成分-靶点”网络和共同靶点的蛋白-蛋白相互作用网络,筛选PNS治疗LN的主要活性化学成分和潜在核心靶点。对共同靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock 1.5.7软件对潜在核心靶点与主要活性化学成分进行分子对接分析。结果共得到PNS的活性化学成分11个及其作用靶点250个,LN相关靶点1329个,两者共同靶点49个。PNS治疗LN的主要活性化学成分包括人参皂苷Rg1、三七皂苷R1、人参皂苷Re、人参皂苷Rb1等,潜在核心靶点包括白细胞介素(IL)-6、IL-1β、IL-10、丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、Toll样受体4(TLR4)、肿瘤坏死因子(TNF)、NFKB抑制剂α(NFKBIA)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等。GO功能富集分析结果显示,共同靶点涉及的分子功能包括细胞因子活性等,生物过程包括炎症反应等,细胞组分包括质膜外侧等。KEGG通路富集分析得到4条信号通路,分别为IL-17信号通路、酪氨酸蛋白激酶/信号转导与转录激活因子(JAK/STAT)信号通路、中性粒细胞胞外陷阱信号通路、补体和凝血级联信号通路。分子对接结果显示,除三七皂苷R1外,PNS治疗LN的主要活性化学成分与潜在核心靶点AKT1、IL-6、IL-1β、TNF具有良好的结合活性(结合能均<-4 kJ/mol)。结论PNS的人参皂苷Rg1、三七皂苷R1、人参皂苷Re、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rg3、人参皂苷Rh1等主要活性化学成分,可能通过IL-6、IL-1β、IL-10、AKT1、TLR4、TNF、NFKBIA、MMP9等潜在核心靶点,作用于IL-17信号通路、JAK/STAT信号通路、中性粒细胞胞外陷阱信号通路、补体和凝血级联信号通路等多条通路,起到治疗LN的作用。

关键词： 银翘马勃散   喉源性咳嗽   网络药理学   通路   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学挖掘银翘马勃散治疗喉源性咳嗽的作用机制。方法:运用TCMSP数据库,并将生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为筛选条件,从而获得银翘马勃散的主要有效成分和作用靶点,同时将获得的作用靶点导入UniProt数据库提取相应的基因名称;运用GeneCards平台获得喉源性咳嗽的相关靶点;运用Venny 2.1.0在线工具将所获得的药物和疾病靶点取交集,并通过Cytoscape 3.8.0软件,构建中药成分-靶点网络图;运用STRING数据库构建银翘马勃散治疗喉源性咳嗽的蛋白PPI网络互作图;进行拓扑分析并筛选出银翘马勃散治疗喉源性咳嗽的核心靶点;利用Metascape数据库对药物、疾病交集核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:筛选出银翘马勃散治疗喉源性咳嗽的76个有效成分,相对应的基因靶点215个;喉源性咳嗽相关靶点1399个;其中,木犀草素、槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素、汉黄芩素、柱头甾醇等可能是银翘马勃散治疗喉源性咳嗽的关键成分;涉及AKT1、TP53、TNF、ESR1、MYC、EGFR、IL6、CAV1等26个核心靶点。KEGG通路富集结果提示这些靶点参与TNF信号通路、C型凝集素受体信号通路、RIGI样受体信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、IL-17信号通路等。结论:银翘马勃散中的活性成分能通过多靶点、多通路起到治疗喉源性咳嗽的作用。

关键词： 当归补血汤   β‐谷甾醇   槲皮素   肺纤维化   网络药理学  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接研究当归补血汤治疗肺纤维化的有效成分及其作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索当归补血汤的活性成分及其对应靶点,分别运用GeneCards数据库和DisGeNET数据库搜索肺纤维化相关靶点,将药物有效分成分和疾病靶点取交集得到核心靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件构建药物‐成分‐疾病‐靶点网络,使用R语言ClusteProfiler程序包对核心靶点分别行GO富集分析和KEGG通路富集分析,对KEGG通路构建药物‐成分‐靶点‐通路图,用Autodock Vina对核心靶点和药物活性成分行分子对接验证,预测二者之间的相互作用。结果:获得当归补血汤中22种有效活性成分,115个潜在靶点,其中与肺纤维化密切相关的重要成分为β‐谷甾醇和槲皮素,核心靶点BCL2、CHRM3、PLAU、HSP90AA1和PRKCA,通过GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析发现,这些核心靶点主要参与PI3K‐Akt信号通路等。通过分子对接验证表明部分活性成分与核心靶点之间具有良好的结合性。结论:系统阐述了当归补血汤治疗肺纤维化的潜在药理机制,提示其可能通过多成分、多靶点、多途径的形式对肺纤维化发挥治疗作用,为进一步研究提供前期思路和科学依据。

关键词： 药食同源   网络药理学   复方鲜石斛颗粒   酒精性肝病   分子机制  

摘要： 目的结合网络药理学方法和实验验证探讨复方鲜石斛颗粒防治酒精性肝病(ALD)的作用靶点及潜在机制。方法借助TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库及文献报道检索复方鲜石斛颗粒的化学成分,利用Swiss ADME数据库筛选优效目标化合物,并通过Swiss Target Prediction数据库对活性成分靶点进行预测。通过GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库获取ALD相关疾病靶点,采用String数据库和Cytoscape软件构建靶点相互作用网络图(PPI)及“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图,将预测的潜在作用靶点通过DAVID数据库进行GO/KEGG功能富集分析预测作用机制。构建酒精性肝损伤小鼠模型,通过病理染色、ELISA检测、qPCR及Western blot来验证网络药理学富集分析结果。结果通过数据库及文献报道共筛选获得73个关键活性成分,与ALD交集靶点有720个,根据P<0.05,FDR<0.05的GO注释分析得到789个BP信息,93个CC信息,204个MF信息,194个KEGG信号通路,主要涉及代谢过程、PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路、cAMP信号通路、钙信号通路等。体内实验表明,与对照组相比,模型组小鼠肝细胞索排列紊乱,肝小叶界限不清,肝细胞出现明显炎性细胞浸润和脂肪空泡,血清中ALT、AST活力,肝组织TG、TCHO含量及IL-1β、CXCL10、Srebp-1c的基因表达水平显著升高,CPT1基因表达水平显著降低,炎症通路蛋白p-AKT、p-mTOR、p-p65蛋白表达水平升高。复方鲜石斛颗粒治疗后,小鼠肝细胞炎性细胞浸润和脂肪空泡数量减少,肝脏恢复正常细胞结构,血清中ALT、AST活力,肝组织TG、TCHO含量及IL-1β、CXCL10、Srebp-1c的基因表达水平显著降低,CPT1基因表达水平显著升高,同时p-AKT、p-mTOR、p-p65蛋白表达水平也显著降低。结论复方鲜石斛颗粒能有效改善酒精性肝损伤小鼠的肝脏炎症和脂质代谢,并可能通过调节PI3K/Akt信号通路抑制组织炎症。该研究初步揭示了复方鲜石斛颗粒防治ALD的作用机制,为临床用药和后续研究提供参考依据。

关键词： 青黛   带状疱疹   网络药理学   机制  

摘要： 青黛是治疗疱疹、腮腺炎以及银屑病等的主要中药材之一.本文基于网络药理学方法,分析青黛治疗带状疱疹机理和分子靶点.通过多个数据库的数据挖掘筛选青黛主要化合物及其靶点并获得带状疱疹相关交集靶标基因,利用Cytoscape 3.7.2软件构建靶蛋白互作网络图和青黛-带状疱疹-靶点-通路网络图,并对青黛治疗带状疱疹潜在作用靶标进行GO分类和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.数据挖掘结果表明:青黛治疗带状疱疹有27个候选活性成分、233个潜在作用靶标及176条通路,为后续研究青黛治疗带状疱疹的作用机制提供了新的研究方法.

关键词： 当归   当归炭   UPLC   指纹图谱   化学模式识别   网络药理学   质量标志物   主成分分析   偏最小二乘法-判别分析   色氨酸   绿原酸   阿魏酸   洋川芎内酯I   洋川芎内酯H   藁本内酯   5-羟甲基糠醛  

摘要： 目的筛选当归Angelicae Sinensis Radix炮制前后差异特征成分,建立当归炮制前后差异质量标志物(quality markers,Q-Marker)的定量分析方法,为当归和当归炭Angelicae Sinensis Radix Carbonisata的质量评价提供依据。方法采用UPLC法分别构建当归和当归炭的指纹图谱,运用化学模式识别技术筛选当归炭炮制前后的主要差异成分,结合中药Q-Marker“五原则”和网络药理学分析筛选潜在的差异Q-Marker,并进行定量分析。结果15批当归UPLC指纹图谱共标定19个共有峰,当归炭UPLC指纹图谱共标定10个共有峰,指认7个成分。采用主成分分析(principal component analysis,PCA)可明显区分当归和当归炭;偏最小二乘法-判别分析(partial least squares method-discriminant analysis,PLS-DA)辨识出影响当归与当归炭差异的10个主要色谱峰,按VIP值大小排序依次为峰23、22、10、16、7、3、2、1、4、11。结合中药Q-Marker“五原则”和网络药理学分析,筛选出色氨酸、绿原酸、阿魏酸、洋川芎内酯I、洋川芎内酯H、藁本内酯、5-羟甲基糠醛为当归炭炮制前后差异的Q-Marker。Q-Marker定量结果表明,当归炒炭后色氨酸、绿原酸、阿魏酸、洋川芎内酯I、洋川芎内酯H、藁本内酯含量均明显下降;同时产生了新成分5-羟甲基糠醛,其质量分数在0.7206~3.9890 mg/g。结论建立的UPLC指纹图谱可有效地对当归和当归炭进行区分,结合中药Q-Marker“五原则”和网络药理学分析当归和当归炭的主要差异成分群,可为当归和当归炭的Q-Marker研究和质量评价提供参考。