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关键词： 骆驼刺   脓毒症   网络药理学   分子对接   分子动力学   作用机制  

摘要： 目的采用网络药理学和分子对接技术及分子动力学技术,研究骆驼刺治疗脓毒症作用机制,并进行动物实验验证。方法首先筛选骆驼刺有效成分及其作用靶点,同时筛选治疗脓毒症的相关作用靶点,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行拓扑学分析,绘制中药-疾病-靶点网络图。其次对网络图中核心靶点进行京都基因与基因组百科全书富集分析,同时进行基因本体功能富集分析;接着对核心靶点进行分子对接和分子动力学模拟实验验证。最后采用小鼠进行动物实验验证。结果筛选出骆驼刺活性成分30个,度值排名前5为(-)-儿茶素酸酯、金雀异黄酮、山奈酚、槲皮素、表没食子儿茶素,作用靶点196个;脓毒症疾病相关靶点2144个,骆驼刺-脓毒症交集靶点105个,核心靶点为TNF、IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、IL-1β等。涉及PI3K-Akt、TNF、HIF-1、AGE-RAGE、IL-17等信号通路,介导炎症反应、细胞凋亡等生物过程,发挥对脓毒症的治疗作用。分子对接结果显示,骆驼刺黄酮类化合物与各关键靶点结合性能均良好,其中结合能最低最稳定的构象为(-)-epigallocatechin gallate-IL-6和quercetin-IL-6,对两对复合物进行分子动力学模拟,结果表明,通过静电、范德华势能和氢键的共同作用,可以达到稳定结合的效果。动物实验证实骆驼刺可抑制脓毒症小鼠肺组织内PI3K/Akt信号通路的激活,降低Caspase-3、VEGF蛋白表达,减少外周血炎症因子TNF-α、IL-1β、IL-6的分泌,减轻组织及脏器炎性损伤。结论骆驼刺对脓毒症的治疗作用是通过多生物过程、多靶点、多通路来实现的。本研究为骆驼刺的临床应用以及脓毒症治疗提供了一定的理论依据。

关键词： 化瘀软肝胶囊   肝纤维化   网络药理学   细胞自噬   PI3K/Akt/mTOR信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学与实验动物模型验证探讨化瘀软肝胶囊对肝纤维化大鼠的肝脏保护作用。方法通过网络药理学预测化瘀软肝胶囊治疗肝纤维化的作用靶点与信号途径。采用复合因素诱导8周建立肝纤维化大鼠模型,模型复制成功后随机分为模型组、秋水仙碱组(0.2 mg/kg)及化瘀软肝胶囊低、中、高剂量组(0.0315、0.0630、0.0945 g/mL),另设空白组,药物干预6周后处死,HE染色与天狼猩红染色观察肝组织形态学变化及胶原纤维沉积状况,Western blot法检测肝组织PI3K/Akt/mTOR信号通路关键分子及LC3-B、Beclin-1蛋白表达,免疫荧光染色法检测肝组织α-SMA蛋白表达。结果共筛选出化瘀软肝胶囊活性成分128种;预测药物与疾病共有靶点367个;蛋白相互作用PPI网络筛选出23个核心节点;富集分析结果表明,化瘀软肝胶囊主要通过调控PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等途径发挥抗肝纤维化作用。动物实验验证结果表明,与空白组比较,模型组大鼠肝组织纤维桥接形成,且伴有明显的纤维化现象,LC3-B、Beclin-1、α-SMA蛋白表达升高(P<0.01),p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR蛋白表达降低(P<0.01);与模型组比较,各给药组大鼠肝组织纤维化程度减轻,LC3-B、Beclin-1、α-SMA蛋白表达降低(P<0.01),p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR蛋白表达升高(P<0.01)。结论化瘀软肝胶囊治疗肝纤维化具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制主要与激活PI3K/Akt/mTOR信号通路,抑制细胞自噬和阻碍肝星状细胞活化有关。

关键词： 大叶紫珠   化学成分   药理作用   网络药理学   分子对接   止血作用  

摘要： 大叶紫珠化学成分复杂,药理作用广泛,因此本文从大叶紫珠的化学成分、药理作用、质量标准方面进行了综述。由于其止血效果显著,但止血作用机制及止血有效成分尚不明确,因而采用网络药理学结合分子对接技术来预测其治疗出血性疾病的作用机制,发现大叶紫珠的止血成分可能为蛇菰宁、咖啡酸乙酯、松柏醛、莰非醇-3,7,4′-三甲醚、对甲氧基苯甲醛,这些活性成分主要作用于TNF、AKT1、TP53、EGFR、SRC等靶点发挥止血作用。本文旨在进一步为大叶紫珠的开发利用及研究提供参考。

关键词： 男科疾病   五子衍宗丸   机制研究   网络药理学   综述  

摘要： 探讨网络药理学在中药治疗男科疾病中的应用现状,网络药理学在中药治疗男科疾病内在机制研究方面应用广泛,如五子衍宗丸、右归丸、八正散等均被研究通过“多成分-多靶点”机制治疗男科疾病,但目前也存在预测多且缺少验证等问题,需要开展更深入的实验与临床研究加以验证。

关键词： 网络药理学   余甘子   轻症急性胰腺炎   靶点预测   富集分析   疾病通路  

摘要： 目的 基于网络药理学分析余甘子治疗轻症急性胰腺炎作用机制,为临床的药物使用、动物实验、新药提取提供依据。方法 采用TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)数据库获取余甘子的主要活性成分及主要靶点;通过Gencards据库获取轻症急性胰腺炎的疾病靶点;利用Venny平台获取余甘子和轻症急性胰腺炎的共同靶点;在String数据库构建PPI蛋白数据网络;用Metascape平台采用GO与KEGG分析;用Cytoscape 3.7.2软件构建“靶点-通路”网络,分析重要通路;最终获取治疗轻症急性胰腺炎最重要的靶点。结果 余甘子治疗轻症急性胰腺炎的主要活性成分是鞣花酸、儿茶素、山柰酚、槲皮素;关键靶点有MAPK1、RELA、AKT1、JUN、TNF、IL6;主要生物过程有对无机物的反应、运动的正向调节、对激素的反应、对细菌源性分子的反应、对活性氧的反应;主要作用于蛋白激酶活性、蛋白质同源二聚化活性、磷酸转移酶活性,醇基为受体、DNA转录因子结合、蛋白质丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等分子功能;主要富集的通路有癌症的途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症中的蛋白多糖、肿瘤坏死因子信号通路、MAPK信号通路等。结论 通过网络药理学研究初步揭示了余甘子治疗轻症急性胰腺炎是多成分、多靶点、多通路共同作用的结果,为余甘子的药用提供了一定临床依据。

关键词： 四物汤   复发性流产   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接探讨四物汤治疗复发性流产(recurrent spontaneous abortion,RSA)的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)检索四物汤组方中药的活性成分及作用靶点,通过Cytoscape 3.9.0绘制四物汤“活性成分-作用靶点”网络图;从Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)中检索RSA的疾病靶点,运用Venn Diagram获取共同靶点,并导入STRING数据库构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI),使用Cytoscape软件筛选核心靶点。将共同靶点导入DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析。使用AutoDock软件进行分子对接。结果:基于TCMSP获得四物汤活性成分20个,作用靶点103个;从Genecards数据库、OMIM数据库筛选得到1539个RSA靶点。通过Venn Diagram获得64个共同靶点;PPI分析获得12个核心靶点;GO功能富集分析共获得283个生物过程、32个细胞组分及74个分子功能,KEGG富集分析共获得88条信号通路;分子对接表明,山柰酚、β-谷甾醇、杨梅素、豆甾醇与白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、蛋白激酶1(protein kinase1,AKT1)等关键靶点有较好的结合活性。结论:四物汤可能通过山柰酚、β-谷甾醇等活性成分与IL-6、TNF、AKT1等关键靶点作用调控TNF、血管内皮生长因子、Toll样受体等多种信号通路,调节细胞凋亡与炎症反应、改善母胎界面免疫微环境、促进血管生成,从而改善不良妊娠,提高妊娠成功率。

关键词： 中国药理学会   药效动力学   药物治疗学   新药研究   药物基因组学   定量药理学   征订启事   幅面尺寸  

摘要： 本刊为中国科学技术协会主管,中国药理学会主办的全国性、学术性刊物。月刊,幅面尺寸:280 mm×205 mm,120页,CN34-1206/R,ISSN1009-2501。以从事新药研究、临床药理学与治疗学工作的高中级医疗、科研、教学人员为主要读者对象。设有专论、综述与讲座、基础研究、定量药理学(包括药代动力学、药效动力学及药物临床评价等)、临床药理学(包括药物基因组学及药物蛋白组学等)、药物治疗学、短篇论著、读者·作者·编者等栏目。

关键词： 翻白草   2型糖尿病   GEO数据集   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:网络药理学结合GEO数据集探讨翻白草治疗2型糖尿病的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)下载翻白草化学成分信息,经SwissADME对各成分进行筛选和SwissTargetPrediction预测靶点后,得到药物作用靶点。采用R软件下载GEO数据中GSE系列,提取表达矩阵,对原始数据进行归一化处理后提取临床信息,采用limma程序包进行2型糖尿病差异基因分析。通过微生信在线平台获取药物作用靶点和疾病差异基因交集,即为翻白草治疗2型糖尿病的潜在作用靶点,对潜在作用靶点进行生物信息学分析,采用分子对接方法对分析结果进行验证。结果:筛选得到翻白草中20个化学成分,经SwissTargetPrediction预测后,得到374个药物作用靶点,R软件分析获得2型糖尿病差异基因658个,取交集后得到17个潜在作用靶点。经过基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析可知,翻白草有效成分有原儿茶酸、咖啡酸、山柰酚、3,4,5-三羟基苯甲酸、罗索酸,通过作用蛋白激酶C-θ (PKC-θ)、核转录因子-κB p65亚单位(RELA)、核糖体蛋白S6激酶α3 (RPS6KA3)、信号传导和转录激活因子3 (STAT3)、乳酸脱氢酶B (LDHB)和6-磷酸果糖激酶-2/果糖-2,6-二磷酸酶同工酶3 (PFKFB3)靶点,参与胰岛素抵抗通路(P<0.01)、低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路(P<0.01)和脂肪细胞因子信号通路(P<0.01)来发挥治疗2型糖尿病作用。分子对接结果显示,PKC-θ、RELA、STAT3与咖啡酸,RPS6KA3与罗索酸,LDHB与3,4,5-三羟基苯甲酸,PFKFB3与山柰酚之间均具有较好的对接活性。结论:通过网络药理学结合GEO数据集,初步预测了翻白草治疗2型糖尿病的潜在靶点和可能的作用机制,为翻白草治疗2型糖尿病的进一步研究提供理论依据。

关键词： 慢性乙型病毒性肝炎   用药规律   数据挖掘   古今医案云平台   核心药材组合   虎杖   白花蛇舌草   丹参  

摘要： 目的基于古今医案云平台分析中成药治疗慢性乙型病毒性肝炎的用药规律,并基于网络药学方法探究核心药材组合治疗慢性乙型病毒性肝炎的潜在作用机制,为慢性乙型病毒性肝炎的临床用药提供参考。方法收集药融云数据库中收录的治疗慢性乙型病毒性肝炎中成药,对其所含药味、功能主治等信息进行摘录,经过数据筛选、标准化处理,建立标准化医案数据库,利用古今医案云平台,从中药频次、中药属性、聚类分析、药物关联分析等方面进行数据挖掘,总结慢性乙型病毒性肝炎用药特点,筛选核心药材组合。采用网络药理学方法对核心药材进行靶点预测、蛋白质相互作用(PPI)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建“药材-成分-靶点-通路”网络,预测核心药材作用机制。结果药融云数据库共收载治疗慢性乙型病毒性肝炎中成药114种,除去不同剂型,共计80种,涉及中药材279味,其中用药频次较高的中药有黄芪、丹参、虎杖、当归等15味中药。药性多见于寒、平、微寒、温;药味多属甘、苦、辛味;归于肝、脾、肺、心4经的较多;药物功效以清热解毒占比最高。核心药材组合虎杖-白花蛇舌草-丹参的17个主要活性成分可作用于132个核心靶点,调控包括HIF-1、IL-17、PI3-Akt、TNF、乙型肝炎等信号通路。结论临床中成药治疗慢性乙型病毒性肝炎以疏肝健脾、清热利湿为主,同时兼以活血化瘀、补虚止痛,达到虚实同治的良好效果。核心药材虎杖-白花蛇舌草-丹参通过多个成分干预多个靶点、进而调控多条与慢性乙型病毒性肝炎相关的信号通路来发挥治疗作用。

关键词： 口腔黏膜下纤维化   槟榔   网络药理学   癌前病变   基因  

摘要： 目的基于网络药理学分析探讨槟榔促进口腔黏膜下纤维化(OSF)的活性成分以及其潜在的分子作用机制。方法利用中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选槟榔的活性成分和相关潜在靶点;应用GeneCards和DisGeNET数据库建立OSF的基因靶点数据库;进一步采用Venny2.1.0数据处理平台和微生信数据处理平台取槟榔及OSF交集基因;基于槟榔潜在靶点与OSF靶点的匹配结果,构建蛋白质–蛋白质相互作用(PPI)网络,通过拓扑分析来筛选核心靶点;采用基于核心靶点的基因组(KEGG)通路富集分析及基因本体(GO)功能富集分析建立槟榔促进OSF的信号通路图。结果共筛选出槟榔5种活性成分,包括表儿茶素、原花青素B1等;213个槟榔相关的作用靶点以及596个OSF的疾病作用基因。通过取交集,获得31个关键相交基因,主要包括TP53、MDM2、MMP2等。GO功能富集分析显示,槟榔作用靶点共涉及到20条生物学过程,KEGG通路富集筛选出20条信号通路参与OSF的形成。结论初步证实了槟榔具有多成分-多靶点-多途径协同作用的特点以及促进OSF形成发病的潜在分子机制,为进一步探索其作用机制及临床应用奠定基础。