课程文献中心 更多>>

关键词： 黄芪甲苷   胃癌   网络药理学   分子对接   PI3K/AKT信号通路   MAPK信号通路   体外实验  

摘要： 目的基于网络药理学方法及体外实验探讨黄芪甲苷治疗胃癌的分子机制。方法(1)通过SwissTarget、TargetNet、Super-PRED、pharmMapper数据库检索黄芪甲苷作用靶点;利用OMIM、GeneCards、TTD数据库筛选胃癌疾病相关靶点;取上述二者的交集靶点(共同靶点),即为黄芪甲苷治疗胃癌的潜在作用靶点。将交集靶点通过STRING平台建立蛋白互作(PPI)网络,并筛选出黄芪甲苷治疗胃癌的核心靶点。利用R语言包clusterProfiler软件进行潜在作用靶点的GO功能及KEGG通路富集分析,利用Cytoscape 3.8.2软件绘制“疾病-药物-通路-靶点”网络图。使用AutoDock 1.5.6软件进行核心靶点与黄芪甲苷的分子对接验证,并对关键靶点进行体外实验验证。(2)使用不同浓度(20、40、80、120、160、200μg·mL^(-1))黄芪甲苷分别干预MKN-45、HGC-27胃癌细胞24、48、72、96 h后,采用MTT法检测细胞增殖情况。采用80、120、160μg·mL^(-1)黄芪甲苷分别干预MKN-45、HGC-27胃癌细胞48 h后,采用Western Blot法检测细胞PIK3R1、PIK3CA、HSP90AA1、MAPK1、HRAS蛋白表达水平。结果(1)共得到87个黄芪甲苷治疗胃癌的潜在作用靶点;筛选出20个黄芪甲苷治疗胃癌的核心靶点;其中PIK3R1、PIK3CA、HSP90AA1、MAPK1、HRAS等核心靶点与黄芪甲苷的结合能<-5.0 kcal·mol-1,有较好的结合活性;潜在作用靶点主要涉及蛋白激酶信号通路、氧化、化学应激等生物学过程,以及PI3K/AKT信号通路、MAPK信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等多条通路。(2)与对照组比较,黄芪甲苷在20~200μg·mL^(-1)浓度范围,分别干预24、48、72、96 h后,MKN-45、HGC-27细胞相对活力均明显降低(P<0.05,P<0.01),且呈现明显的时间、浓度依赖性。与对照组比较,120、160μg·mL^(-1)黄芪甲苷分别干预MKN-45、HGC-27胃癌细胞48 h后,PIK3R1、PIK3CA、HSP90AA1、MAPK1、HRAS蛋白表达水平均明显降低(P<0.05,P<0.01),且呈现明显的浓度依赖性。结论黄芪甲苷通过PIK3R1、PIK3CA、HSP90AA1、MAPK1、HRAS等多靶点,调控PI3K/AKT信号通路、MAPK信号通路等多通路,发挥治疗胃癌的作用。

关键词： 慢性肾衰竭   三七-黄芪   炎症反应   网络药理学   作用机制  

摘要： 运用网络药理学分析方法探讨三七-黄芪治疗慢性肾衰竭(chronic renal failure,CRF)的作用机制。方法 借助TCMSP筛选三七-黄芪的活性成分以及相关靶标,以“慢性肾衰竭”为关键词从GeneCards获取CRF相关基因,运用STRING数据分析平台进行PPI网络分析,运用R软件进行GO富集分析以及KEGG通路富集分析,并对所得结果进行分析。结果 共获取三七-黄芪相关活性成分22种,核心成分包括槲皮素、芒柄花黄素、山奈酚、7-0-甲基异马齿苋醇等,活性成分所涉及的靶标共有191个,CRF相关靶点2088个,成分相关靶点与疾病相关靶点取交集获得交集靶点127个。对127个交集靶点进行GO生物过程和分子功能富集分析、KEGG富集分析分别得到1922、138、155条结果,并对炎症相关因子进行整合。GO富集结果包括脂多糖、细胞对化学应激的应答、细胞对氧化应激的应答、活性氧代谢过程、氧化应激、细胞因子活性、DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、氧化还原酶活性及与分子氧结合或还原等,并主要富集在PI3K-Akt通路、MAPK通路、TNF通路、JAK-STAT通路、TGF-β通路等信号通路。AKT1、MAPK类、IL6、VEGFA、ESR1等编码的蛋白作为靶点分别与药物主要活性成分进行对接,对接结果良好。结论 三七-黄芪主要通过控制炎症因子、抑制肾纤维化、调控氧化与化学应激应答、调节免疫反应及干扰纤维化相关蛋白表达等方式治疗CRF患者。

关键词： 网络药理学   厚朴温中汤   脾胃虚寒型胃病   分子对接   细胞验证   潜在靶点和机制  

摘要： 目的探究厚朴温中汤治疗脾胃虚寒型胃病的潜在靶点和机制。方法运用TCMSP数据库、疾病数据库和化合物靶点预测平台,收集活性成分、疾病靶点,预测潜在作用靶点;应用Cytoscape 3.7.2和String平台进行关键化学成分和核心靶点筛选,构建PPI网络图;将degree值大于30的活性成分与关键靶点进行分子对接,并进行细胞实验。结果厚朴温中汤治疗脾胃虚寒型胃病的关键活性成分包括橙皮苷、厚朴酚、6-姜辣素等;关键靶点包括JUN、AKT1、IL-8等;相关通路主要涉及免疫应答、信号转导、细胞增殖与凋亡等;分子对接显示关键活性成分与关键靶点结合活性较好。细胞实验结果显示,厚朴酚、橙皮苷、6-姜辣素均对IL-8有很好的抑制作用,且呈剂量依赖关系。结论推测厚朴温中汤可能通过关键活性成分作用于关键靶点,参与PI3K-AKT、NF-κB等信号通路调控,实现治疗脾胃虚寒型胃病相关疾病作用;首次发现6-姜辣素能够与多个治疗脾胃虚寒型胃病的疾病靶点(如AKT1、IL-8等)稳定结合,提示6-姜辣素值得进一步研究;根据IL-8细胞实验结果,推测厚朴酚、橙皮苷、6-姜辣素可能通过降低胃黏膜中IL-8含量,对幽门螺杆菌感染引起的胃病产生作用。

关键词： Word文档   授权书   单位公章   稿件署名   版权   投稿   英文稿件  

摘要： 结合本刊的稿约及平时常见的问题,编辑部温馨提示:1.在线(http://***)投稿成功后,请尽快在线上传“版权专有使用授权书”,编辑部收到全部材料后方开始稿件的处理工作。2.“版权专有使用授权书”可在本刊网站的“投稿指南”下载;签名作者的顺序一定要与稿件署名顺序一致;不方便签字者,可由第一作者或通讯作者代签;加盖单位公章。3.本刊中英文稿件兼收,优秀英文稿件优先刊出。4.为方便修改,文稿要采用Word文档格式.

关键词： 乳香   急性肾损伤   网络药理学   TLR4   NF-κB  

摘要： 基于网络药理学研究乳香对急性肾损伤(acute kidney injury,AKI)疾病的作用机制,并根据结果建立人肾小管上皮细胞(HK-2)体外模型进行验证。通过TCMSP数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选出223个药物靶点;应用OMIM、DisGeNet、DrugBank及GeneCards数据库收集到1245个疾病靶点,通过韦恩图工具获取药物-疾病靶点72个。通过String数据库构建蛋白互作PPI网络;利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG通路分析;通过Cytoscape 3.7.2软件构建网络关系图;通过Autodock进行分子对接。涉及Toll样受体、TNF、NF-κB等相关信号通路。基于此,通过细胞活性检测(CCK-8)法检测HK-2的增殖情况并以此确定分组,Hoechst33258荧光染色法检测细胞凋亡率,酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测IL-1β、TNF-α的表达情况,聚合酶链式反应(Q-PCR)法检测MAPK3、PPARG mRNA相对表达。实验结果表明,在CCK-8实验与模型组相比,低、中、高剂量组的细胞活力逐渐增加(P<0.05);Hoechst33258、ELISA以及Q-PCR实验中,与模型组相比,低、中、高剂量组的细胞凋亡率、细胞炎性因子的产生能力和JAK2、STAT3蛋白分子量与mRNA相对表达均显著降低(P<0.05)。综上,乳香抗急性肾损伤具有多靶点、多途径的特点,为后续该药的临床应用提供了研究基础。

关键词： 玉蝉卫肺丸   变应性鼻炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的运用网络药理学方法和分子对接技术分析玉蝉卫肺丸治疗变应性鼻炎(Allergic rhinitis,AR)的潜在作用机制。方法使用TCMSP数据库筛选玉蝉卫肺丸的活性成分及作用靶点,从OMIM、GeneCards、Drug⁃Bank和Disgenet数据库中筛选AR疾病的相关靶点,获取二者交集靶点,即玉蝉卫肺丸治疗AR的主要靶点。使用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络,并分析网络中的关键活性成分;使用STRING数据库获得蛋白互作关系,用Cytoscape 3.9.1软件分析核心靶点;采用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,通过AutoDockVina软件进行分子对接验证。动物实验验证,对大鼠鼻黏膜进行HE染色,免疫组化验证核心靶点。结果筛选获得槲皮素、山奈酚、欧前胡素、毛蕊异黄酮、黄芪甲苷等关键活性化合物;IL-6、TNF、IL-1B、IL-4、IFNG等核心靶点;关键靶点主要富集在IL-17、NF-κB信号通路、TNF信号传导途径;分子对接结果验证大部分成分与靶点具有较好的结合活性。动物实验结果表明,与空白组比较,模型组大鼠鼻黏膜中IL-4表达水平升高,IFN-γ表达水平降低,与模型组比较,玉蝉卫肺丸组IL-4表达水平降低,IFN-γ表达水平升高。结论玉蝉卫肺丸具有多成分,多靶点的特点,可改善AR大鼠的鼻部症状和鼻黏膜病理形态,可调控核心靶点IL-4、IFN-γ,为AR的治疗和药物开发提供了方向和依据。

关键词： 红景天   急性髓系白血病   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的探讨红景天治疗急性髓系白血病(AML)的药理作用机制。方法检索中医药整合药理学研究平台(TCMIP)、本草组鉴平台(HERB)及相关文献,收集红景天的有效成分;利用Swiss TargetPrediction数据库获取各有效成分的潜在作用靶点。利用GeneCards数据库检索AML的疾病相关靶点,将药物与疾病的共有靶点导入String网站,构建共有靶点蛋白相互作用(PPI)网络,并导入Cytoscape 3.8.1软件使网络可视化,筛选关键靶点。利用DAVID数据库中对共有靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Vina软件对核心靶点蛋白与对应药物有效成分进行分子对接,并用PyMOL软件对其结果进行可视化分析。结果共得到红景天有效成分160个及其作用靶点336个,AML疾病相关靶点874个,共有靶点81个。其中有效成分主要包括山柰酚、槲皮素、草质素、柽柳素、毡毛美洲茶素、麦黄酮等,核心靶点主要包括GAPDH,TP53,AKT1,VEGFA,EGFR。GO功能富集分析结果获得生物学过程209项,分子功能56项,细胞组分36项。KEGG通路富集分析结果得到相关信号通路101条,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示,5个关键靶点与其对应的有效成分亲和力均良好。结论红景天的有效成分可能通过与核心靶点GAPDH,TP53,AKT1等的良好结合,作用于PI3K-Akt等信号通路,从而发挥对AML的潜在治疗作用。

关键词： 小儿喘息性支气管炎   泻白散   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学方法分析中医名方泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的作用机制。方法:通过TCMSP数据库获取泻白散的有效成分及其作用蛋白-基因靶点,通过GeneCards、Drug Bank等数据库获取主要疾病靶点。利用STRING数据平台进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,运用Metascape数据平台进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件建立“中药-共同靶点-主要通路”网络。结果:获得泻白散治疗小儿喘息性支气管炎的主要活性成分为山柰酚、槲皮素、甘草查尔酮A、柚皮素、18α-羟基甘草酸等;其核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、核因子κ-B激酶亚基β抑制剂(IKBKB)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)、半胱天冬酶-3(CASP3)和丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)等。通过分子对接验证,大部分靶点与化合物都有较好的结合效果。靶点富集通路包括白细胞介素-17信号通路(IL-17 signaling pathway)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)和缺氧诱导因子-1信号通路(HIF-1 signaling pathway)等诸多炎症通路。结论:泻白散可通过多靶点、多通路的互相作用,降低喘息性支气管炎的炎症风暴,并缓解气道痉挛。本研究结果为泻白散治疗小儿喘息性支气管炎提供了理论基础。

关键词： 挥发油   片姜黄   当归   化学成分   膝骨关节炎   液相色谱-质谱法   网络药理学  

摘要： 目的提取“片姜黄-当归”药对挥发油,使用液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)对提取的挥发油进行化学成分定性分析,并运用网络药理学探讨药对挥发油防治膝骨关节炎(knee osteoarthritis,KOA)的作用机制。方法采用水蒸气蒸馏法提取“片姜黄-当归”药对挥发油,并使用LC-MS对挥发油成分进行分析。借助Pubchem、Swiss Target Prediction、GeneCards、DAVID等数据库预测有效成分防治KOA的作用靶点及通路,对核心基因进行基因本体(Geneontology,GO)分析与京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并使用Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”可视化网络图。运用AutoDock及Pymol对度值靠前的靶点与活性成分进行分子对接验证。结果“片姜黄-当归”药对挥发油中共鉴定出59种化合物,主要成分为莪术酮、异姜黄醇、藁本内酯等;通过网络药理学筛选出挥发油作用于KOA的28个潜在靶点,包括CTSK、PTGS1、PTGS2和ESR1等关键靶点;KEGG富集分析预测“片姜黄-当归”药对挥发油主要通过肿瘤坏死因子信号通路、破骨细胞分化、白介素17信号通路、松弛素信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路来发挥治疗KOA的作用。分子对接结果显示筛选的活性成分与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。结论使用LC-MS结合网络药理学的方法初步探明了“片姜黄-当归”药对挥发油中的主要有效成分及其干预KOA的潜在靶点与作用机制,为“片姜黄-当归”后续的深入研究提供思路。

关键词： 六味地黄丸   多囊卵巢综合征   网络药理学   分子对接  

摘要： 基于网络药理学和分子对接探讨六味地黄丸治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法 采用TCMSP、Swiss Targetprediction预测六味地黄丸活性成分的作用靶点,使用GeneGards和Drugbank数据库搜索多囊卵巢综合征疾病靶点。利用软件Cytoscape3.3.0构建“药物-成分-疾病基因”的网络图。利用软件SYBYL-X 2.0进行分子对接。结果 共筛选得到六味地黄丸69个活性成分,285个靶点。多囊卵巢综合征相关的疾病靶点有800个,六味地黄丸与多囊卵巢综合征共有靶点有101个。对其中的关键靶点进分子对接,结果显示疾病靶点AKT1、TNF、IL-6、MAPK1、ESR1与药物中成分槲皮素、山奈酚、豆甾醇、四氢鸭脚木碱等具有较好的结合能力,其中以MAPK1与各个活性成分的结合能力是最好的。结论 六味地黄丸是通过多化合物-多靶点-多通路的调控方式来治疗多囊卵巢综合征,为使用中药六味地黄丸治疗多囊卵巢综合征提供理论参考。