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关键词： 网络药理学   分子对接   川崎病   清瘟败毒饮  

摘要： 目的采用网络药理学与分子对接技术探讨清瘟败毒饮治疗川崎病的作用机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及HERB数据库获取清瘟败毒饮的主要成分,并预测药物作用靶点;采用GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库查找川崎病靶点,获得药物与疾病交集靶点,并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;采用Cytoscape3.7.2软件对数据进行可视化分析处理,并将PPI top5的基因与活性成分进行分子对接。结果共获得357个清瘟败毒饮活性成分,275个药物靶点,1127个川崎病靶点,132个交集靶点。丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、V-JUN肉瘤病毒17癌基因同源物(JUN)、白细胞介素-1B(interleukin-1B,IL-1B)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤蛋白53(TP53)基因为清瘟败毒饮对川崎病交集靶点PPI网络中的核心基因,并可与槲皮素成功对接。结论清瘟败毒饮对川崎病具有明显的治疗作用,其作用机制与AKT1、JUN、IL-1B、IL-6、TP53密切相关。

关键词： 四神丸   糖尿病肾病   生物信息学   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:整合网络药理学方法阐释四神丸治糖尿病肾病的潜在机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台、中药分子机制的生物信息学分析数据库、Swiss Target Prediction、STITCH和ChEMBL数据库检索四神丸的药物成分及对应靶点。利用DisGeNET、GeneCards和CTD数据库识别糖尿病肾病的疾病基因;在GEO数据库获取糖尿病肾病的数据集,利用limma包和RRA方法筛选稳健差异表达基因,整合疾病数据得到疾病靶点。构建韦恩图,得到复合靶点。然后,基于STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,根据拓扑学参数筛选四神丸治疗糖尿病肾病的核心靶点。通过Cytoscape软件构建成分-靶点网络和成分-靶点-通路网络。利用DAVID数据库对复合靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,分子对接模拟验证主要活性成分与核心靶标之间的结合力。结果:筛选出有效成分121个,有效成分作用靶点542个,有关糖尿病肾病的靶点3832个。四神丸治疗糖尿病肾病的枢纽基因集为蛋白激酶B1、肿瘤坏死因子、白细胞介素1β等。活性成分为油酸、亚油酸、二氢吴茱萸卡品碱、吴茱萸酰胺等。分子对接模拟显示,核心活性化合物与枢纽基因具有较高的结合活性。结论:四神丸是通过多成分、多靶点和多途径发挥对糖尿病肾病的治疗作用,且作用机制集中体现在晚期糖基化终末产物(AGE)-AGE受体信号通路、TNF信号通路等通路上。

关键词： 三七花   阿尔兹海默病   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的用网络药理学及分子对接方法,研究三七花改善阿尔兹海默病(AD)的作用机制。方法采用TCMSP数据库筛选三七花活性成分和相应靶点,利用DisGeNET数据库和GeneCards数据库查找AD的相关靶点、Cytoscape 8.0软件构建“活性成分-靶点”关联网络,并对关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析。将筛选得到的三七花活性成分和作用靶点通过分子对接验证。结果三七花活性成分中有23个成分对应AD靶点34个。主要通过西多糖苷(Sitogluside)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、β-榄香烯等活性成分调控CHRM1、CHRM2、PTGS2等靶点改善AD,特别是西多糖苷、β-谷甾醇与PTGS2、CHRM2等靶点有较强的结合。结论三七花的活性成分可能通过调控CHRM1、CHRM2、PTGS2、ADRB2、SLC6A4、PTGS1、RELA、IL10等靶标,PI3K-Akt信号通路等多个途径发挥干预AD的作用。

关键词： 药食两用中药   高脂血症   数据挖掘   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:研究中药治疗高脂血症的作用机制。方法:检索2020年版《中华人民共和国药典》与药智数据库,进行处方数据挖掘,构建药物链接关系网络图。从TCMSP数据库中获取药物的主要活性成分及作用靶点,从GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGenet、TTD数据库中获取疾病靶点,取交集后得到药物-疾病交集靶点,并筛选出核心靶点与核心成分。使用Metascape、微生信网站进行GO、KEGG富集分析。利用AutoDock、PYMOL进行分子对接及其构象的可视化分析,探究潜在靶点与活性成分的相互作用。结果:7味中药的核心活性成分为槲皮素、木犀草素、染料木黄酮,25种核心靶点为STAT3、IL1B、INS、PPARG、CASP3、HIF1A等,KEGG通路富集的主要通路为MAPK、EGFR、PI3K-Akt、脂质和动脉粥样硬化、细胞液剪切应力和动脉粥样硬化等通路。结论:7味药食两用中药主要通过调节IL1B等靶点及细胞质剪切应激、动脉粥样硬化、PI3K-Akt等通路表达,来治疗高脂血症。

关键词： 2型糖尿病   胰岛素抵抗   数据挖掘   组方规律   网络药理学  

摘要： 目的:基于数据挖掘和网络药理学研究中药复方治疗2型糖尿病胰岛素抵抗的组方规律及作用机制。方法:从中国知网、万方、维普等数据库收集治疗2型糖尿病胰岛素抵抗的中药复方,利用Excel 2021和SPSS Modeler 18.0对中药数据进行频次分析及关联度分析,获取核心药物,利用TCMSP和Swiss Target Prediction获取中药的活性成分及作用靶点,利用Drugbank、Genecards、OMIM、TTD等数据库获取疾病靶点并绘制Venn图,得到药物-疾病交集靶点并上传至String,利用Cytoscape 3.7.1中的CentiScape筛选出核心靶点,将药物-疾病交集靶点导入David数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析,并构建“药物-活性成分-核心靶点-通路”网络图。结果:共纳入173篇文献,125个中药复方,179味中药。根据数据分析结果,高频中药以健脾益气、滋阴生津、祛湿化浊、活血化瘀药物为主,主要活性成分有65个,药物有效靶点760个,疾病相关靶点1611个,药物-疾病交集靶点共275个,筛选出核心靶点46个。GO功能富集获得细胞组分111个,分子功能226个,生物学过程991个,KEGG富集通路获得177条。根据“药物-活性成分-核心靶点-通路”网络图,主要活性成分有叶酸、2-(4-Hydroxy-3-methoxyphenyl)-5-(3-hydroxypropyl)-7-methoxy-1-benzofuran-3-carbaldehyde(Salvinal)、海风藤酮、木犀草素等,作用于EGFR、PIK3CA、ESR1等靶点,通过对癌症通路、脂质和动脉粥样硬化通路、PI3K-Akt信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等进行调节实现治疗2型糖尿病胰岛素抵抗。结论:中药复方对2型糖尿病胰岛素抵抗治疗以健脾益气、滋阴生津、祛湿化浊、活血化瘀为主,其中黄芪-丹参-山药可实现多靶点、多通路的治疗效果。

关键词： 膈下逐瘀汤   网络药理学   分子对接   胃癌   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接探讨膈下逐瘀汤治疗胃癌的作用机制。方法利用TCMSP、化学专业数据库筛选膈下逐瘀汤所有药物的有效活性成分及相关靶点,采用GeneCards、OMIM数据库筛选胃癌的作用靶点,将其与药物的有效活性成分及相关靶点取交集,筛选疾病-药物的共同靶点。将筛选出的共同靶点在STRING数据库中构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape3.9.1软件绘制药物活性成分-靶点网络,运用R4.2.1软件对潜在作用靶点进行GO和KEGG富集分析,运用AutoDockTools-1.5.7软件将膈下逐瘀汤治疗胃癌的关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果获得药物活性成分173个(槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、黄芩素、柚皮素、柱头甾醇、异鼠李素等),胃癌作用靶点1463个,药物-疾病共同靶点139个(TP53、AKT1、ESR1、VEGFA、MYC、CTNNB1、TNF等)。根据GO、KEGG富集分析显示这些靶点主要富集在细胞凋亡、PI3K-Akt、TNF、IL-17、AGE-RAGE等信号通路上。分子对接结果显示膈下逐瘀汤的关键活性成分均能与胃癌的核心靶点产生稳定的结合。结论膈下逐瘀汤可能通过PI3K-Akt、TNF、IL-17及AGE-RAGE等信号通路诱导细胞凋亡发挥抗胃癌作用。

关键词： 益气养阴通络方   类风湿关节炎   网络药理学   分子对接   PI3K-AKT信号通路  

摘要： [目的]采用网络药理学与分子对接探究益气养阴通络方干预类风湿关节炎(RA)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)和文献查阅获得复方活性成分与靶点,采用Genecards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)等数据库获得疾病靶点,然后采用数据库计算出益气养阴通络复方成分与疾病的交集靶点。对交集靶点施行功能和通路富集分析,选取益气养阴通络方核心药物靶点与关键化合物施行分子对接。[结果]网络药理学共筛选出益气养阴通络方的83种活性成分和779个潜在靶点,RA相关靶点5393个,交集靶点465个,其中交集核心靶点9个(分别为SRC、STAT3、MAPK3、MAPK1、HSP90AA1、PIK3R1、GRB2、AKT1、PIK3CA)。富集得出PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用等通路,其中PI3K-AKT信号通路可能是复方干预RA的关键通路之一。对接计算表明,益气养阴通络方的11种主要活性成分与关键靶点SRC、STAT3、PIK3R1、AKT1均有较稳定的结合,其中与AKT的结合可能最大。[结论]益气养阴通络方通过多成分-靶点-通路的方式干预RA,PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用通路均为可能的作用通路。

关键词： 糖尿病肾病   姜黄素   网络药理学   分子对接  

摘要： 运用网络药理学以及分子对接技术研究姜黄素治疗糖尿病肾病的作用机制。方法 运用相关数据库及软件分别筛选姜黄素及糖尿病肾病作用靶点并取交集;构建“姜黄素-糖尿病肾病-靶点”及PPI网络图;筛选核心靶点后选取部分靶点与姜黄素进行分子对接;对姜黄素与糖尿病肾病交集靶点蛋白进行GO功能及KEGG通路富集分析。结果 姜黄素与糖尿病肾病交集靶点107个;GO功能及KEGG通路富集分析示姜黄素参与糖尿病肾病的生物过程共有2787个,信号通路177条。分子对接示姜黄素与STAT3、CTNNB1、AKT1、ESR1、IL-6等主要潜在靶点均能较好结合。结论 姜黄素可能通过抗氧化、调节炎症等主要生物学过程,通过调节STAT3、ESR1、AKT1、CTNNB1、IL-6等主要潜在靶点的表达,以及通过影响糖尿病并发症AGE-RAGE、IL-17、HIF-1、Toll样受体、FoxO、PI3K?Akt等信号通路,发挥治疗糖尿病肾病的作用。

关键词： 灯银脑通胶囊   认知功能障碍   有效成分   作用机制   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学探讨灯银脑通胶囊治疗认知功能障碍的有效成分及作用机制。方法利用中医药研究综合数据库(TCMID),中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),网络药理学数据分析数据挖掘系统(TCM-Mesh)等收集灯银脑通胶囊的化学成分,利用DrugBank,毒性与基因比较数据库(CTD),STITCH,BindingDB,Swiss Target等数据库收集相关成分的靶点。采用DisGeNET,PharmGKB,CTD数据库收集认知功能障碍相关基因,整合中药化学成分、化学成分靶点、疾病相关基因及蛋白互作数据,利用Cytoscape 3.2.1软件构建灯银脑通胶囊治疗认知功能障碍的药物-活性成分-靶点网络。通过KEGG通路富集分析和GO生物学过程富集分析发现灯银脑通胶囊治疗认知功能障碍的关键信号通路,将MCC和Stress两种算法排名前10的交集作为灯银脑通胶囊治疗认知功能障碍的关键靶点。结果共收集灯盏细辛、银杏叶、三七、满山香4种中药的化学成分133个,涉及靶点588个,筛选出治疗认知功能障碍的成分62个。KEGG通路富集分析和GO生物学过程富集分析结果显示,灯银脑通胶囊治疗认知功能障碍涉及肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素17(IL-17)及凋亡等25个信号通路及1191条生物过程。基于MCC和Stress 2种算法发现血管内皮生长因子A(VEGFA)、胱天蛋白酶3(CASP3)、胰岛素(INS)、白细胞介素6(IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、TNF、白蛋白(ALB)和肿瘤蛋白P53(TP53)靶点为灯银脑通胶囊治疗认知功能障碍的关键靶点。结论灯银脑通胶囊通过多成分、多靶点、多通路治疗认知功能障碍。灯银脑通胶囊、活性成分、靶点与认知功能障碍之间的联系可为认知功能障碍的治疗提供参考。

关键词： 蒿芩清胆汤   新冠病毒   中医药   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学、分子对接探究蒿芩清胆汤治疗新型冠状病毒的作用机制,为临床运用蒿芩清胆汤治疗新冠肺炎提供理论依据。方法:通过TCMSP、PDB等数据库筛选蒿芩清胆汤中的中药有效成分及其作用靶点;通过Genecards、OMIMS数据库筛选出新型冠状病毒的疾病靶点;使用String数据库、Cytoscape3.7.2软件构建“药物-靶点-疾病”网络和核心靶点相互作用关系;通过R语言对潜在靶标进行KEGG富集和GO富集;通过Autodock vina等进行分子对接。结果:经筛选、去重挖掘出蒿芩清胆汤中化合物176个,344个药物靶点,COVID-19相关靶点259个,二者交集靶点54个,关键化合物涉及槲皮素、山奈酚、木犀草素、汉黄芩素和刺芒柄花素,关键靶点涉及IL6、TNF、MAPK1、STAT1、TP53、STAT3、MAPK14、AKT1等;GO富集分析共得到628个条目,KEGG通路富集共筛选出137条信号通路;分子对接结果显示,蒿芩清胆汤核心化合物与SARS-CoV-23CL水解酶和血管紧张素转化酶II都≤-5 KJ/mol。结论:蒿芩清胆汤能通过多成分、多靶点、多通路作用于新型冠状病毒。