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关键词： 半夏泻心汤   网络药理学   慢性萎缩性胃炎  

摘要： 本文采用网络药理学方法和分子对接技术对夏苍和胃颗粒剂治疗慢性萎缩性胃炎(chronic atrophyic gastritis, CAG)的作用机制进行探讨。通过在线数据库挖掘筛选得到颗粒剂的主要活性成分作用的潜在靶点以及CAG相关的疾病靶点。在筛选得到颗粒剂与疾病的交集基因的基础上构建“疾病–中药–主要成分–关键靶点(基因)”网络关系以及PPI互作网络。并且进行GO富集分析和KEGG通路分析,利用Auto Dock Vina软件进行进一步分子对接验证。最终筛选得到颗粒剂217种活性成分、275个相关靶点以及818种疾病基因。取交集筛选得到药物–疾病交集靶点100个,通过PPI蛋白互作分析得到颗粒剂治疗CAG可能与AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA、CASP3等靶点有关。GO富集分析涉及434条注释,KEGG富集分析得到191条相关信号通路信息。分子对接发现木犀草素与TP53、IL6的对接活性最高。本文利用网络药理学方法和分子对接技术验证了夏苍和胃颗粒剂能够通过多种组分、多个靶点、多条通路对CAG起到治疗作用,为进一步改良药物提高疗效提供依据和有益参考。

关键词： 何首乌   阿尔茨海默病   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学结合分子对接方法探讨中药何首乌改善阿尔茨海默病(AD)的有效成分及作用机制。方法利用文献检索获取何首乌活性成分,运用SwissADME和SwissTargetPrediction数据库对其相关靶点进行筛选、预测,并通过GeneCards、DisGeNET及OMIM数据库搜集AD疾病相关靶点;利用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建药物-疾病交集靶点蛋白互作网络;通过Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape3.7.1软件构建“成分-靶点-通路”网络,分析获取网络中的关键靶点和对应成分,并利用分子对接进行初步验证。结果文献检索收集到何首乌化学成分131个,经筛选后得到何首乌改善AD潜在活性成分36个,预测得到靶点494个,改善AD潜在作用靶点206个,核心靶点8个;GO生物功能富集分析涉及生物过程2471个、细胞组分165个、分子功能270个,KEGG通路富集分析得339条通路,主要作用于表皮生长因子受体(EGFR)信号通路、AD、5-羟色胺能突触通路等;通过分子对接发现何首乌主要活性成分与核心靶蛋白结合并展现出较好的亲和力。结论中药何首乌改善AD的作用机制主要是通过保护神经、抑制炎症、延缓衰老等途径发挥作用,可为中药何首乌改善AD的进一步研究提供科学依据。

关键词： 艾灸   经皮吸收成分   慢性阻塞性肺疾病   网络药理学   分子对接   信号通路   活性成分  

摘要： 目的采用网络药理学方法探索艾灸经皮吸收成分干预慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法检索TCMSP数据库获得艾叶的有效成分,在UniProt数据库转换为统一靶点名。分别检索DrugBank、OMIM、DisGeNET、GeneCards数据库获取COPD主要靶点;经Venny2.1.0映射后在STRING数据库得到初步PPI网络关系,再用Cytoscape软件分析网络拓扑学特征属性、挖掘内部聚类。经筛选确定艾叶作用于COPD的关键化合物成分。通过DAVID6.8软件对合并得到的靶点分别进行GO、KEGG分析。构建“艾叶成分-COPD靶点-通路”网络关系。并利用分子对接技术对结果进行验证。结果筛选出5个艾叶燃烧时活性成分,得到靶点215个,分析得出槲皮素、异泽兰黄素和阿亚黄素为核心成分;筛选出COPD相关靶点1280个;最终预测出艾灸治疗COPD的核心靶点72个,构建“药物活性成分-靶点-通路”网络,得到176个作用靶点,32942个相互关系。分析显示,瞬时受体电位热传导通道、Toll样受体信号、缺氧诱导因子-1信号、磷脂酰肌醇3’-激酶-Akt、核糖体介导是主要通路。分子对接结果显示,艾叶中槲皮素、异泽兰黄素、阿亚黄素等与主要靶点PIK3CD、PIK3CA、PIK3CG、AKT1、MAPK1结合活性强,艾叶受体生物大分子与配体小分子有相互作用关系。结论艾灸过程中黄酮类的多个成分经皮吸收,与COPD多个靶点通过热传导瞬时受体电位、抗炎、调节氧平衡稳态、影响细胞功能、防止骨骼肌萎缩等多种途径协同发挥治疗作用。

关键词： 网络药理学   分子对接   少腹逐瘀汤   盆腔炎   作用机制   含量测定  

摘要： 目的 基于网络药理学和分子对接技术分析少腹逐瘀汤治疗盆腔炎潜在的分子作用机制,并利用高效液相色谱-二极管阵列检测器(HPLC-DAD)建立功效物质基础含量的测定方法。方法 根据网络数据平台对少腹逐瘀汤的各味中药成分进行收集和筛选,获得了218种活性成分,得到了199个药物成分的靶点,建立“中药-药物成分-靶点”交互作用网络,筛选出关键功效物质基础。同时查找到2 558个盆腔炎相关的治疗靶点,取交集后得97个少腹逐瘀汤和盆腔炎的作用靶点,建立蛋白交互作用网络,筛选出70个核心蛋白,其中包括SRC、MAPK1和HSP90AA1。通过Metascape数据库对交集靶点进行富集分析。采用AutoDock Tools、Pymol等软件对以上过程所得结果进行分析和验证。此外,还对功效成分建立含量测定方法完成对少腹逐瘀汤中功效成分的含量测定。结果 少腹逐瘀汤与盆腔炎的共同生物学过程包括激素的响应、激酶活性的调节等;作用通路主要为癌症通路、脂质代谢与动脉粥样硬化通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接的结果显示功效成分能与核心蛋白稳定的结合,并通过相关的残基进行对接,发生相互作用。结论 该研究为少腹逐瘀汤治疗盆腔炎的作用机制提供了思路,建立的功效成分含量测定方法准确、稳定,为临床应用中质量控制环节提供参考。

关键词： 茵陈蒿汤   自身免疫性肝炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学的方法,探讨使用茵陈蒿汤治疗自身免疫性肝炎可能发挥作用的关键成分以及分子机制,并通过分子对接验证结果的可靠性。方法使用TCMSP数据库筛选茵陈蒿汤有效化学成分和作用靶点,使用OMIN、DRUGBANK、Genecards和DisgenNET数据库获得自身免疫性肝炎靶点。将获得的药物与疾病靶点标准化后,使用VENNY 2.1线上工具获取交集靶点,通过Cytoscape 3.7.1软件,构建茵陈蒿汤治疗自身免疫性肝炎有效成分—靶点网络。将靶点的交集导入String,构建蛋白质相互作用网络。借助Metascape数据库对靶点进行京都基因和基因组数据库、基因本体细胞成分、基因本体分子功能和基因本体生物过程富集分析。使用Autodock Vina软件对关键化学成分和核心靶点进行分子对接。结果筛选得到茵陈蒿汤有效成分29个,其治疗自身免疫性肝炎的核心靶点分别是:白细胞介素-6、P53蛋白、肿瘤坏死因子、蛋白激酶Bα亚型和白细胞介素-1β。结论茵陈蒿汤可能通过槲皮素、山柰酚等成分作用于白细胞介素-6、P53蛋白、肿瘤坏死因子、蛋白激酶Bα亚型和白细胞介素-1β靶点,进而影响肿瘤相关信号通路、核因子κB信号通路、活性氧信号通路和趋化因子信号通路等多种相关信号通路治疗自身免疫性肝炎,该研究为深入研究茵陈蒿汤治疗自身免疫性肝炎的机制提供理论依据。

关键词： 昆仑雪菊   小胶质细胞   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:研究昆仑雪菊干预小胶质细胞功能的作用机制。方法:采用CCK-8法检测昆仑雪菊总黄酮对BV2细胞的增殖抑制活性,Griess法和ELISA检测细胞炎症因子一氧化氮(NO)、白细胞介素-6(IL-6)的分泌。借助自建昆仑雪菊成分-靶点数据集对昆仑雪菊中9个主要黄酮成分和相关作用靶点进行筛选。通过GeneCards、GENE、STRING数据库及R语言收集并筛选小胶质细胞功能靶点,筛选昆仑雪菊改善小胶质细胞功能的靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape软件的NetworkAnalyzer功能筛选核心靶点。利用基因集富集分析(GSEA)软件对分子特征数据库MSigDB中的相关靶点进行Hallmark基因分析。使用Bioconductor数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:昆仑雪菊黄酮类提取物在4μg·mL–1时可以显著抑制小胶质细胞激活分泌NO和IL-6。昆仑雪菊黄酮类成分可能作用于蛋白激酶B(Akt)、肿瘤坏死因子(TNF)、IL-6、TP53、酪氨酸激酶C(SRC)、表皮生长因子受体(EGFR)、JUN、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、CTNNB1等靶点干预小胶质细胞的功能。涉及的通路包括磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路、信号转导子和转录激活子(JAK)-STAT信号通路等。结论:昆仑雪菊黄酮类成分可能通过参与调控PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等的相关靶点,实现调节胶质细胞活化的作用。

关键词： 柏子养心丸   网络药理学   分子对接   槲皮素   山柰酚   木犀草素   丝裂原激活的蛋白激酶   CXC型趋化因子配体8  

摘要： 目的采用网络药理学方法及分子对接技术探讨柏子养心丸治疗失眠症的潜在分子机制。方法通过TCMSP数据库收集柏子养心丸的主要化学成分,经ADME筛选活性化合物并获取其作用靶点;搜索GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank数据库归并失眠症相关疾病基因;使用R语言程序对药物与疾病靶点取交集并上传至STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,应用Cytoscape软件进一步判别其核心模块;基于R语言平台对交集靶点进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape软件构筑"柏子养心丸活性成分-失眠症基因"网络,并使用CytoNCA工具分析其关键药效组分与核心靶点;运用AutoDock套件进行网络关键成分与靶点的分子对接验证,并追溯PPI核心模块与其关联成分实行潜在成分与靶标的二次挖掘。结果共筛选出槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芩素、柚皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮等柏子养心丸的有效成分,治疗失眠症的作用靶点为前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、雌激素受体1(ESR1)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)、环加氧酶1(PTGS1)等,各靶点与对应成分的对接活性较强。生物学通路主要涉及神经活性配体-受体相互作用通路、神经退行性变-多种疾病通路、脂质和动脉粥样硬化通路等。结论从多角度全方位阐明柏子养心丸以"多成分、多靶点、多途径"的模式干预失眠症的潜在机制,可为其质量标准完善和机制深入考察夯实基础。

关键词： 泽泻   网络药理   分子对接   抗炎   分子机制  

摘要： 目的:应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨泽泻发挥抗炎作用的活性成分及其对应靶点和相关通路。方法:通过TCMSP筛选出泽泻的活性成分,运用Swiss Target Prediction数据库预测活性成分相关靶标,同时采用GeneCards数据库得到炎症相关靶点,再将所得的活性成分靶点和炎症靶点导入VENNY2.1得到药物治疗疾病的潜在靶点;再运用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建简化后的药物治疗疾病的靶蛋白互作图(PPI)并筛选关键靶点;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,再用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-通路”图并筛选核心成分与核心靶点;最后运用Auto Dock Vina和Pymol将核心成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得10个药物活性成分,得到相关潜在靶点284个,疾病潜在靶点11414个,药物治疗疾病的相关靶点260个;有SRC、HSP90AA1、PIK3CA、MAPK1、AKT1、LCK、FYN、JAK1、PLCG1、JAK1等关键靶点58个;涉及PI3K-AKT信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等133条通路。结论:泽泻发挥抗炎的作用机制可能是一方面通过调控PIK3、AKT、m-TOR等相关蛋白,激活PI3K-AKT信号通路,从而抑制细胞凋亡;另一方面可能通过调控EGFR相关蛋白,介导ErbB信号通路,从而干预炎症细胞生长。本研究基于网络药理学方法和分子对接技术,阐释泽泻通过多种成分、多靶点、多信号通路发挥抗炎作用与机制,为该药的进一步研究提供有益参考和科学依据。

关键词： 中药   卵巢储备功能下降   数据挖掘   网络药理学   机制  

摘要： 目的基于数据挖掘技术和网络药理学方法探索中医药治疗卵巢储备功能下降(DOR)的用药规律,总结疾病特点和用药思路,揭示临床常用药物的物质基础和作用机制。方法从中国知网(CNKI)中收集中医药治疗卵巢储备功能下降相关临床文献,提取方药信息,建立用药数据库,对证型分布、用药规律进行分析。运用网络药理学方法阐明具有补肾滋阴养血功效的高频药物组合治疗肝肾阴虚型卵巢储备功能下降的关键靶点和分子机制。结果数据库筛选得到64首方剂,120味中药,得到治疗卵巢储备功能下降常用的强关联性药物组合熟地、当归、白芍、菟丝子、枸杞子、淫羊藿。6味高频药物组合含有活性成分40个,治疗肝肾阴虚型卵巢储备功能下降靶点共163个,涉及PGR、ESR1、VEGFA等。关键信号通路主要包括癌症通路、细胞因子及其受体的相互作用、孕激素介导的卵母细胞成熟等。结论初步解析了中医治疗DOR谨守“肾虚”本质,用药以补肾滋阴为主,兼以理气、化瘀、健脾、疏肝为辅的配伍规律。并在分子水平揭示了具有补肾滋阴养血功效的高频药物组合治疗肝肾阴虚型DOR的机制。为后续治疗DOR药物开发和临床应用提供理论基础。

关键词： 脑水肿   娑罗子   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术分析探讨中药娑罗子治疗脑水肿的潜在靶点及作用机制。方法:基于HERB数据库收集娑罗子化学成分及其靶标基因;通过OMIM、GeneCards、Drug Bank等数据库获取脑水肿疾病靶标基因;将成分靶标、疾病靶标交集部分上传至STRING数据库,构建中药成分靶标-疾病靶标蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并计算网络特征值,筛选出关键靶标。借助Metascape分析平台对关键靶标进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用AutoDock软件进行分子对接验证。结果:共获取娑罗子有效活性成分24个,治疗脑水肿交集靶标108个,GO功能富集分析得到2634条生物过程(BP)条目、183条分子功能(MF)条目、72条细胞组分(CC)条目。KEGG通路富集分析结果显示,娑罗子治疗脑水肿涉及的通路包括癌症通路、脂质动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等。分子对接结果验证了有效成分和关键靶点的相互作用,其中七叶皂苷苷元A、七叶皂苷苷元C与脑水肿相关通路的关键蛋白有较强的对接活性。结论:中药娑罗子治疗脑水肿的效应机制可能与炎症反应、抗氧化应激等相关。