课程文献中心 更多>>

关键词： 阳和汤   肺结节   活性成分   生物信号通路   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学分析方法探讨阳和汤治疗肺结节的作用靶点与通路,并利用分子对接技术进行验证,为阳和汤的基础研究提供依据,并为肺结节的新药开发提供新方向。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取阳和汤的各中药成分的主要化合物与作用靶点,利用GenCards、OMIM数据库获取肺结节治疗相关的主要靶点,利用STRING平台构建阳和汤和肺结节相互作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,DAVID数据库进行功能和信号通路的富集分析。将上述所得交映靶点导入Cytoscape 3.8.2软件进一步挖掘其核心蛋白质,构建成分、靶点、通路之间的相互作用网络图。最后通过AutoDock Vina软件进行分子对接验证上述结果的可行性,利用PyMOL将最佳对接结果可视化处理。结果:阳和汤治疗肺结节的核心活性成分为槲皮素、山柰酚、柚皮素、美迪紫檀素、谷甾醇等;核心靶点有信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)、JUN原癌基因(Jun Proto-Oncogene,JUN)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)等;主要生物学作用通路集中在癌症相关通路、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:本研究初步揭示了阳和汤可以通过各成分、靶点及其通路参与肺结节相关细胞的增殖、浸润与凋亡等生物过程的调控。

关键词： 加味孔圣枕中丹   痴呆   网络药理学   分子对接   体内实验   AMPK信号通路   VEGF信号通路  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术研究加味孔圣枕中丹(JWKSP)治疗痴呆的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药百科全书数据库(ETCM)筛选JWKSP活性成分及靶点;利用DrugBank、disGeNET数据库以及治疗靶点数据库(TTD)筛选痴呆靶点。活性成分作用靶点和疾病靶点交集获得JWKSP治疗痴呆的潜在作用靶点,Metascape数据库进行潜在作用靶点的基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路归类分析。Cytoscape 3.6.0软件构建JWKSP-中药-活性成分-潜在作用靶点-通路网络。AutoDock 4.2.6软件进行分子对接验证实验。体内复制大鼠血管性痴呆(VD)模型,JWKSP灌胃给药干预30 d,Morris水迷宫实验评价其记忆力,免疫组织化学法检测大脑皮质脑源性神经营养因子(BDNF)表达水平。结果:筛选获得JWKSP活性成分88个,对应痴呆潜在作用靶点80个,主要涉及血液循环、血管直径调节、化学突触传递调控等生物过程;铵离子结合、儿茶酚胺结合、神经递质结合等分子功能以及膜微区等细胞组分。通路分析显示,JWKSP可能通过神经活性配体-受体相互作用、间隙连接、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、AMP活化蛋白激酶(AMPK)信号通路等发挥抗痴呆作用。分子对接结果显示,JWKSP活性成分槲皮素、熊果酸、丹参酮ⅡA等分别与其对应的潜在作用靶点白蛋白(ALB)、白细胞介素-6(IL-6)、BDNF等具有较好的结合力和稳定性。体内实验结果表明,JWKSP可延长VD大鼠象限内游泳时间,提高大脑皮质BDNF表达水平。结论:JWKSP通过神经活性配体-受体相互作用、AMPK、VEGF等信号通路发挥调节胆碱能系统、抑制凋亡、改善神经炎症、血管新生等作用,这可能是JWKSP治疗痴呆的作用机制。

关键词： 黄芩   呼吸道合胞病毒   网络药理学   Q-Markers   药效物质基础   灰色关联度分析  

摘要： 目的 探讨黄芩抗呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)的药效物质基础。方法 运用网络药理学分析黄芩抗RSV的作用靶点;UPLC-QTOF-MS/MS定量表征黄芩的共有成分,建立RSV肺炎小鼠模型,检测小鼠体质量、肺指数、肺部病理切片以及IL-6的含量,采用灰色关联度方法对50批次黄芩样品谱-效数据进行关联分析,挖掘黄芩抗RSV肺炎小鼠的有效成分。结果 蛋白互作网络结果确定黄芩抗RSV核心靶点为AKT1、IL-6、TNF、MAPK3、SRC、HSP90AA1、PTGS2;整体动物实验证明,黄芩可不同程度地下调肺指数及炎性因子IL-6含量;灰色关联度分析显示黄芩中抗RSV的化学成分主要为黄酮苷类成分。结论 采用网络药理学方法确定药效靶点,灰色关联度分析成分-靶标数据,挖掘药效物质基础的方法可行,黄芩苷、汉黄芩苷、白杨素-6-C-阿拉伯糖-8-C-葡萄糖苷、白杨素-6-C-阿拉伯糖-8-C-阿拉伯糖苷、白杨素-7-O-葡萄糖醛酸苷等黄酮苷类成分可作为黄芩的Q-Markers用于质量评价。

关键词： 三七   肝癌   网络药理学   分子对接   蛋白相互作用   GO功能富集   KEGG通路富集   MAPK信号通路  

摘要： 目的基于网络药理学、分子对接技术探究三七干预肝癌的潜在作用靶点及机制。方法采用网络药理学的方法,通过TCMSP、CNKI、PubMed筛选三七的活性成分;通过GeneCard、SwissTarget Prediction获取三七活性成分的作用靶标;采用Cytoscape软件对三七干预肝癌的成分与靶点进行可视化,得到药物-成分-靶点网络图,通过STRING网站构建蛋白相互作用(PPI)网络,再用R软件对三七干预肝癌的靶点基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,最后采用分子对接技术对所得结果进行验证。结果根据生物利用度和类药性从三七成分中共筛选出7个有效成分和253个靶基因,GeneCards中得到与肝癌相关靶基因16964个,二者取交集得到161个三七干预肝癌有效靶点。经GO功能富集分析发现的基因与细胞因子活性、转录因子活性、核受体活性等功能有关,且经KEGG通路富集分析发现其与肿瘤、乙型肝炎、脂质和动脉粥样硬化等通路有关。分子对接结果发现,PPI网络中排名前3位的活性成分与排名前3位的核心靶点蛋白可自发结合,且具有较强的结合活性。结论三七防治肝癌的核心靶点为AKT1、白细胞介素-6等,其机制可能与MAPK信号通路、AKT信号通路等有关。

关键词： 对羟基苯甲酸钠   安全药理学   中枢神经系统   心血管系统  

摘要： 目的观察对羟基苯甲酸钠对实验动物中枢神经系统和心血管系统的影响。方法昆明小鼠单次灌胃给予20,50,100 mg·kg^(–1)对羟基苯甲酸钠溶液,通过小鼠甩尾试验、自主活动试验、爬杆试验、协调睡眠试验和Morris水迷宫试验,考察对羟基苯甲酸钠对中枢神经系统的影响。SD大鼠单次灌胃给予14,35,70 mg·kg^(–1)对羟基苯甲酸钠溶液,Beagle犬单次灌胃给予4.2,10.5,21 mg·kg^(–1)对羟基苯甲酸钠溶液,通过检测Beagle犬血压和体温以及SD大鼠的心电,考察对羟基苯甲酸钠对心血管系统和体温的影响。结果对羟基苯甲酸钠对小鼠感觉-运动反射、自主活动行为、协调功能、戊巴比妥钠阈下睡眠剂量小鼠入睡率和学习记忆能力无明显影响;对Beagle犬血压、体温以及SD大鼠心电均无明显影响。结论本实验条件下,单次灌胃给予对羟基苯甲酸钠溶液对实验动物中枢神经系统和心血管系统无明显影响。

关键词： 七龙天胶囊   巨噬细胞RAW264.7   急性肺损伤   UPLC-Q-TOF-MS/MS   网络药理学   分子对接  

摘要： 基于网络药理学预测和体外细胞实验验证探讨七龙天胶囊治疗急性肺损伤(acute lung injury,ALI)的作用机制。首先采用UPLC-Q-TOF-MS/MS分析七龙天胶囊的主要化学成分,利用相关数据库获取化学成分作用靶点及ALI疾病靶点,使用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,Metascape数据库进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析;采用AutoDock软件对主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。然后采用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)刺激RAW264.7细胞模型进行体外细胞实验,以MTT法检测细胞活力,DCFH-DA法检测ROS水平,Griess法检测NO含量,RT-PCR检测IL-1β、IL-6、TNF-α的mRNA表达,通过研究七龙天胶囊对下游细胞因子的影响,初步验证上述预测的相关靶点。UPLC-Q-TOF-MS/MS共鉴定到84个化合物,数据库筛选出作用于ALI的有效成分44个,潜在目的基因589个,ALI疾病靶点560个,交集靶点65个。PPI网络拓扑分析得到与ALI相关的STAT3、JUN、VEGFA、CASP3、MMP9等10个核心靶点,KEGG富集分析结果显示七龙天胶囊主要通过调控癌症通路、AGE-RAGE、MAPK和JAK-STAT等信号通路发挥抗ALI作用。分子对接结果表明七龙天胶囊中主要活性成分大花红天素,人参皂苷F1、Rb_(1)、Rd、Rg_(1)、Rg_(3),三七皂苷Fe、G、R_(1)、R2、R_(3)与对应的蛋白靶点STAT3、JUN、VEGFA、CASP3、MMP9具有良好的结合能力。细胞实验表明0.1、0.25、0.5 mg·mL^(-1)的七龙天胶囊可以减少NO的释放,0.25、0.5 mg·mL^(-1)的七龙天胶囊可以降低ROS的产生,抑制IL^(-1)β、IL-6、TNF-α的mRNA表达,抑制炎症级联反应。综上,七龙天胶囊可能通过多成分、多靶点发挥治疗ALI的作用。

关键词： 痹宁汤   网络药理学   转录组学   痛风肾  

摘要： 目的:痛风肾是一种因血尿酸产生过多或排泄减少而导致大量血尿酸沉积于肾小管而引起的常见肾小球疾病。痹宁汤是治疗痛风肾的有效方剂。然而,其作用机制尚不明确。本研究运用网络药理学、分子对接技术以及转录组学分析,探讨痹宁汤治疗痛风肾的潜在分子机制、方法。方法:首先,使用网络药理学方法找到痹宁汤对痛风肾的潜在靶点:从公共数据库TCMSP获取痹宁汤相关9味中药有效化合物靶点,从OMIM、GenBank、GeneCards、Disgenet数据库中获取痛风肾相关基因靶点,进一步筛选和聚类。然后,将网络药理学预测的痹宁汤靶点与筛选的痛风肾相关基因重叠,利用Venny2.1.0获取相交靶标,找到交集靶点,然后利用Cytoscape软件构建活性成分——靶标网络。通过String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白–蛋白相互作用(PPI)网络。然后,通过DAVID数据库进行《京都基因与基因组百科全书》(KEGG)的基因本体(GO)和途径富集分析。最后,使用Discovery Studio 2019 Client进行分子对接。另外,以动物实验的方法进行痛风肾建模,以痹宁汤对痛风肾小鼠进行治疗,并采集样本进行分析。将其结果以转录组学方法进行测序实验分析,并作出表达量差异分析。结果:根据筛选标准,共筛选出痹宁汤的413个活性化合物和1085个潜在靶点。发现了118个基因。在活性成分–靶点网络中,β-谷甾醇beta-sitosterol、谷甾醇sitosterol、甘露醇Mandenol、豆甾醇Stigmasterol是重要的活性成分。在PPI网络中,MAPK8、JAK2、PTPN11、ESR1、HSP90AA1、MAPK14是核心靶点。将其进行分子对接,发现MAPK8与化合物豆甾醇Stigmasterol有比较好的结合亲和力,且豆甾醇Stigmasterol化和物广泛存在于痹宁汤中黄柏、山慈菇、薏苡仁中药成分中。因此在分子对接方面,痹宁汤活性成分与核心靶点具有良好的亲和力。将转录组学数据与118个靶基因相交,推测PPAR信号通路可能是痹宁汤的有效机制。体内实验中痹宁汤治疗后的痛风肾小鼠肾功、尿蛋白有显著改善。这些结果证实痹宁汤主要通过PPAR信号通路在痛风肾疾病中发挥有效作用。结论:本研究初步预测了痹宁汤治疗痛风肾的主要有效成分、潜在靶点、信号通路,为进一步研究痹宁汤对痛风肾的保护机制及临床应用提供新的思路。

关键词： 香砂六君子汤   幽门螺杆菌相关性胃炎   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 利用网络药理学和分子对接方法分析香砂六君子汤的有效活性成分及其治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库筛选香砂六君子汤的药物活性化合物、药物作用靶点基因及幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,并对药物作用靶点和疾病相关靶点进行维恩分析;应用Cytoscape软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-潜在靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。通过AutoDock PyMOL等软件对关键成分和作用靶点进行分子对接。通过吉姆萨染色法和CCK-8法测定细胞凋亡率,WesternBlot检测相关靶蛋白表达。最终筛选出香砂六君子汤方中槲皮素、木犀草素和山柰酚等122种药物活性化合物,可能通过作用于STAT3、TP53、AKT1等101个潜在靶点以及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、T细胞受体信号通路等109条通路参与螺杆菌相关性胃炎的治疗。分子对接显示药物活性成分槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素与靶点蛋白STAT3、TP53、AKT1有较好的亲和力。与模型组比较,用香砂六君子汤处理后,GES-1细胞的细胞核深染加深,细胞凋亡率显著下降,p-STAT3蛋白表达也显著降低。研究认为香砂六君子汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎以多成分、多靶点、多途径发挥其抑菌、抗炎的作用。

关键词： 葛根   人参   雪莲   网络药理学   抗皮肤衰老  

摘要： 目的:探讨御丰膏中葛根、人参、雪莲3种药用植物对女性皮肤抗衰老的作用机制。方法:利用TCMSP、UniProt数据库、GeneCards数据库及Cytoscape 3.9.1,过滤和收集葛根-人参-雪莲的活性成分和靶点以及与雌激素、内分泌和抗氧化相关靶点,并进行通路富集分析,建立可视化网络图。经AutoDock Tools 1.5.7软件将关键成分和核心靶点进行分子对接并可视化。结果:共获得有效成分33个,相关靶点100个;神经活性配体-受体相互作用等9个核心信号通路。分子对接结果显示,山奈酚、木犀草素、槲皮素与血管内皮生长因子(VEGFA)、肿瘤坏死因子(TNF)等核心靶点可以较好地结合。结论:通过网络药理学分析预测葛根-人参-雪莲抗皮肤衰老的作用机制,为探索药食同源方法延缓皮肤衰老提供参考。

关键词： 网络药理学   附子   变应性鼻炎   Toll样受体信号通路   IL-6   TNF-α  

摘要： 目的:研究附子治疗变应性鼻炎(allergic rhinitis,AR)的关键作用靶点基因和信号通路。方法:使用TCMPS和PubChem数据库,用口服生物利用度和药物相似度作为筛选条件筛选出附子的活性成分及作用靶点基因,使用GeneCards数据库筛选出AR的靶点基因。利用在线工具Venny2.1筛选出附子治疗AR的作用靶点基因;利用STRING数据库获取药物疾病作用靶点的蛋白互作(Protein-protein interaction,PPI)网络,通过MCC算法找出关键靶点基因。通过GO富集和KEGG富集分析找到潜在的生物学过程和信号通路。最后,进行了动物实验证明附子对AR的治疗作用。结果:使用TCMSP、PubChem和GeneCards数据库筛选出附子中21种活性化合物成分和附子对AR的潜在治疗靶点基因68个。PPI网络分析找出前十个关键靶点基因,分别为:PTGS2、TNF、IL6、AKT1、ALB、STAT3、CCL2、CXCL8、VEGFA和JUN。GO功能和KEGG通路富集分析显示附子对AR的作用靶点显著富集的功能和通路与AR密切相关。最后通过动物实验验证附子对AR的治疗是有效的。结论:AR患者鼻黏膜组织中IL-6和TNF-α的表达增加,与变应性鼻炎疾病活动相关指标呈正相关。附子通过抑制小鼠鼻黏膜中Toll样信号通路的活化,降低IL-6和TNF-α的表达活性,从而改善了AR小鼠的炎症改变。