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关键词： 慢性心力衰竭   益气泻肺汤   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学方法分析郭维琴教授经验方益气泻肺汤治疗慢性心力衰竭的潜在作用机制。方法:借助TCMSP、SwissTargetPrediction、DrugBank等数据库,检索益气泻肺汤主要药物的活性成分作用靶点;利用GeneCards、DrugBank、DisGeNET等数据库检索慢性心力衰竭的相关靶点;借助Cytoscape 3.2.1软件构建益气泻肺汤活性成分靶点-慢性心力衰竭疾病靶点网络;通过基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测益气泻肺汤治疗慢性心力衰竭的潜在分子生物过程和信号通路。结果:筛选得到益气泻肺汤活性成分靶点795个,慢性心力衰竭疾病靶点356个,取交集得到94个关键靶点,构建益气泻肺汤活性成分靶点-慢性心力衰竭疾病靶点网络,得到肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤抑制蛋白(TP53)、内皮素1(EDN19)、沉默调节蛋白1(SIRT1)、血管紧张素原(AGT)、C反应蛋白(CRP)、类胰岛素生长因子(IGF1)、连环蛋白(CTNNB1)8个核心靶点,此为益气泻肺汤治疗慢性心力衰竭的重要潜在靶点;GO功能和KEGG通路富集分析显示益气泻肺汤治疗慢性心力衰竭可能的潜在通路主要有钙信号通路、肾素分泌等。结论:本研究初步揭示了益气泻肺汤有效成分通过多靶点调控、参与多种信息通路和生物学过程治疗慢性心力衰竭的作用机制。

关键词： 夏枯草   肝纤维化   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术预测夏枯草抗肝纤维化(HF)的有效成分、靶点及通路。方法:在TCMSP数据库中筛选夏枯草的主要成份和靶点;利用GeneCards、Disgenet、OMIM和TTD数据库获取疾病靶点,使用SREING构建PPI网络实现蛋白交互作用分析;在Metascape平台解析夏枯草抗HF所涉及的生物过程和通路;最后在Autodock Tools1.5.7软件中进行分子对接试验。结果:夏枯草抗HF的成分主要有山奈酚、木犀草素和槲皮素等;分子对接证明,山奈酚与MAPK1的结合活性最强。结论:本研究初步确定了夏枯草改善HF的多个分子靶点和途径。

关键词： 咳嗽变异性哮喘   益气疏风降肺方   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于分子对接技术及网络药理学来分析益气疏风降肺方治疗咳嗽变异性哮喘(cough variant asthma,CVA)的主要成分、潜在靶点及作用通路。方法通过中药系统药理学数据和分析平台(TCMSP)、HERB数据库(http://***/Search/)筛选益气疏风降胃方的活性成分及潜在靶点,利用Genecards、Drugbank、MOIM、Disgenet数据库检索CVA的相关靶点,将二者的靶点取交集,运用Cytoscape 3.7.1及STRING平台构建活性成分-靶点、蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络。借助Metascape对共同靶点进行基因本体(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,最后由Autodeck Vina 1.1.2实现主要活性成分及核心靶点的分子对接。结果发现益气疏风降肺方活性成分200个、潜在作用靶点619个,CVA相关靶点2236个,筛选两者共同靶点331个。331个候选治疗靶点共富集到182条KEGG通路(P<0.01)和3316个GO细胞生物学过程,涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase/protein kinase B,PI3K/AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protien kinase,MAPK)信号通路等,与细胞的缺氧反应、炎症反应及凋亡等生物学过程有关。益气疏风降肺方中活性较强、利用度较高的关键分子包括槲皮素、鞣花酸等,分子对接显示主要活性成分与CVA潜在靶点具有较好的结合活性,表明本方可能通过作用于核转录因子κB(nuclear factor-kappaB,NF-κB)、信号转导和转录激活因子(signal transducer and activator of transcription,STAT)3等关键蛋白分子,影响PI3K-AKT、TNF、MAPK等信号通路,从而减少炎症因子的释放、减轻气道炎性渗出、阻止气道重塑,对CVA起到治疗作用。结论本研究初步揭示了益气疏风降肺方的活性成分与CVA发病的关键蛋白之间存在一定关系,通过多成分-多靶点-多通路的综合调控网络发挥治疗CVA的作用。

关键词： 网络药理学   分子对接   都梁丸   偏头痛  

摘要： 目的运用网络药理学方法与分子对接技术探讨都梁丸抗偏头痛的分子作用机制。方法依据反向药效团匹配方法预测活性成分靶点信息,通过DrugBank、GeneCards、NCBI数据库对比筛选抗偏头痛靶点,通过Rv 3.5.1软件进行潜在靶点基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络图,通过String数据库获取蛋白相互作用,用Systems dock Web Site对其进行分子对接验证。结果网络药理学分析结果表明都梁丸中的活性成分可通过干预22个潜在靶点和调节肾素-血管紧张素系统、胰岛素抵抗、MAPK信号通路发挥抗偏头痛作用。分子对接结果中dockingscore>4.25占76%,说明活性成分与靶点之间有一定的结合活性。结论都梁丸可能通过“多成分-多靶点-多通路”调控MME、肾素-血管紧张素系统、激素受体等发挥抗偏头痛作用。

关键词： 癌,非小细胞肺   网络药理学   肺岩宁方   信号通路  

摘要： 目的通过网络药理学筛选肺岩宁方治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在靶点和相关通路并通过实验验证其可能的作用机制。方法检索TCMSP数据库和相关文献,获取肺岩宁方的有效化学成分和潜在作用靶点,查询Genecards、DisGeNET疾病数据库预测非小细胞肺癌疾病相关靶点。以非小细胞肺癌疾病靶点与肺岩宁方潜在作用靶点的交集靶点作为研究对象,采用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,通过设置拓扑参数筛选出肺岩宁方治疗非小细胞肺癌的重要靶点,进行GO和KEGG分析,通过GEPIA数据库得到与肺癌病人生存相关的核心靶点。制备不同浓度的肺岩宁方干预HCC827细胞,采用CCK8法检测细胞增殖情况并计算IC_(50);平板克隆形成实验检测肺岩宁方对HCC827细胞克隆形成能力的影响;Transwell侵袭实验检测肺岩宁方对HCC827细胞侵袭能力的抑制作用。采用qP-CRarray技术检测网络药理学预测的核心靶点mRNA的表达水平。结果肺岩宁方共有133个活性成分、521个相关靶点作用于非小细胞肺癌,GO和KEGG分析表明肺岩宁方通过11种成分影响71个重要靶点而发挥抗非小细胞肺癌作用,其中有14个靶点与肺癌病人生存相关,可能与PI3K-AKT等多种信号通路相关。肺岩宁方能抑制HCC827细胞的增殖能力,克隆形成能力以及侵袭能力,并下调PI3K-AKT信号通路的关键基因KIT的mRNA水平。结论肺岩宁方治疗NSCLC的作用机制可能是通过下调KIT调控PI3K-AKT信号通路来实现的。

关键词： 丹红注射液   急性脑梗死   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨丹红注射液治疗急性脑梗死(ACI)的作用靶点与分子机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台检索丹红注射液的活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测潜在的作用靶点。采用GEO2R分析ACI的差异基因,在GeneCards、人类孟德尔遗传综合数据库和DisGeNET数据库中筛选ACI的可能潜在作用靶点。采用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,采用Cytoscape软件网络拓扑计算筛选潜在关键靶点,采用R语言进行基因本体功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建中药-活性成分-靶点-信号通路-疾病网络。进行分子对接,预测潜在活性成分与靶点的结合性能。结果:筛选出丹红注射液有效成分77种,潜在基因靶点709个。ACI差异基因3466个,相关靶点2102个。丹红注射液治疗ACI的潜在靶点34个,其中关键靶点为CXCL8、ITGB1、ACE和KDR。KEGG富集分析结果显示,关键信号通路包括血管平滑肌收缩、肾素分泌、肾素-血管紧张素系统和肌动蛋白细胞骨架调控等信号通路。分子对接结果显示,丹参新酮和去氢丹参酮ⅡA可能是治疗ACI的核心活性化合物。结论:丹红注射液通过多组分、多靶点、多通路协同机制干预ACI,与血管平滑肌收缩、肾素分泌和血小板活化等机制密切相关。

关键词： 糖尿病睾丸损伤   银杏叶   网络药理学  

摘要： 目的通过网络药理学分析银杏叶(GB)的活性成分和有效靶点,探索其对糖尿病(DM)睾丸损伤的治疗作用,明确起关键作用的靶点。方法基于中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)等数据库,检索筛选GB靶点,利用微生信(bioinformatics)等平台,进行基因(GO)富集分析与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,通过Cytoscape 3.9.1软件,构建银杏叶治疗DM睾丸损伤的活性成分-作用靶点-通路网络,利用分子对接对个别成分和靶点进行初步验证。结果经筛选得到银杏叶含β-谷固醇、白果内酯等27个主要活性成分,并得到治疗DM睾丸损伤的主要成分是对苯二甲酸二(2-乙基己)酯和十八碳二烯,重要靶点为MAPK1、MAPK8、AKT1、SRC、EGFR等,关键通路是MAPK代谢通路(MAPK signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等。结论银杏叶主要是通过对苯二甲酸二(2-乙基己)酯和十八碳二烯,作用于MAPK1、MAPK8靶点,通过MAPK通路调控DM睾丸损伤,改善男性DM患者的生殖功能。

关键词： 肝癌   肝爽颗粒   网络药理学   慢性乙型肝炎   抗纤维化  

摘要： 利用网络药理学技术和生物信息学方法,探讨肝爽颗粒对治疗肝癌(Liver cancer)的活性成分、作用靶点及分子机制。利用TCMSP、Pubchem、SEA和Swiss Target Prediction数据库筛选肝爽颗粒活性成分和作用靶点;通过GeneCards和OMIM数据库筛选liver cancer疾病靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终筛选出肝爽颗粒的活性成分20个,靶点832个;肝癌相关的疾病靶点594个,与肝爽颗粒的交集靶点共有93个;构建化合物-靶点-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析结果,共筛选出AKT1、PTGS2、TNF、STAT3、VEGFA和JUN等18个关键靶点,GO富集条目391个,主要涉及凋亡过程的负调控、细胞对脂多糖的反应、血管内皮生长因子受体信号通路、肝细胞凋亡过程的负调控、蛋白酪氨酸激酶活性、受体复合物和炎症反应等。KEGG通路显著富集157条,其中与肝癌肝脏相关通路有乙型肝炎、丙型肝炎和肝细胞癌等;与炎症与免疫相关的NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路和AMPK信号通路等;与细胞增殖和凋亡相关的VEGF信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路和细胞凋亡等;以及与氧化应激和脂质过氧化相关的MAPK信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路和脂肪细胞因子信号通路等发挥治疗肝癌的作用。肝爽颗粒可能通过肝脏相关、炎症与免疫、细胞增殖与凋亡以及氧化应激和脂质过氧化等多种机制共同作用,起到对肝癌的综合治疗效果。本研究初步探讨了肝爽颗粒抗肝癌的潜在有效活性成分和作用机制,为肝爽颗粒的进一步研究提供理论依据。

关键词： 羌活   独活   苍术   网络药理学   类风湿性关节炎  

摘要： 目的:基于网络药理学研究羌活、独活、苍术对治疗类风湿性关节炎作用机制。方法:从TCMSP、OMIM、Drugbank、GeneCards、PharmGkb、TTD数据库中确定羌活、独活、苍术潜在活性成分、作用靶点和疾病的差异基因映射筛选出共同靶点,利用Cytoscape 3.8.1软件建立“中药–活性成分–靶点网络–疾病”调控网络图,将筛选得到的靶点在相互作用基因/蛋白质搜索工具平台STRINGV 10.5构建起靶蛋白相互作用(PPI)网络,通过R包进行基因组百科全书(KEGG)信号通路和基因本体(GO)富集分析,以研究其抗炎机制。结果:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)从羌活、独活、苍术药中共筛选得到41个化合成分,211个药物靶标;经OMIM、Drugbank、GeneCards、PharmGkb、TTD数据库分析确定羌活、独活、苍术治疗类风湿性关节炎(RA)共同靶点83个,利用string数据构建羌活、独活、苍术和类风湿性关节炎的靶点。GO分析表明生物过程(BP)涉及对药物的反应、对氧化应激的反应、细胞对化学压力等,细胞成分(CC)涉及膜筏、膜微域、膜区等区域,分子功能(MF)涉及核受体活性、配体激活的转录因子活性、DNA结合的转录因子结合等生物学过程。KEGG结果表明,羌活、独活、苍术对于治疗类风湿性关节炎的途径信号通路包括药物的反应(信号通路包括IL-17途径、TNF)、氧化应激反应、细胞对化学压力的反应、活性氧代谢过程等通路。结论:羌活、独活、苍术对于改善类风湿性关节炎的作用机制是通过影响前列腺素PTGS2、原癌基因(Ctnnb1)、肾上腺素能受体β2 (ADRB2)、原癌基因c-FOS (FOS)、A型γ-氨基丁酸受体α亚基蛋白GABRA1、热休克蛋白、雌激素受体基因(ESR1)、苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、细胞外信号调节激酶(MAPK1)的表达进而调控氧化应激反应、免疫球蛋白、前列腺素反应等途径实现的。

关键词： 栝楼瞿麦丸   糖尿病肾病   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 通过网络药理学和分子对接技术,探讨栝楼瞿麦丸治疗糖尿病肾病的物质基础及潜在作用机制。利用TCMSP数据库筛选栝楼瞿麦丸药物活性成分及作用靶点,再通过DrugBank、DisGeNET、GeneCards和TTD数据库获取糖尿病肾病相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点;将结果通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析;采用DAVID 6.8数据库进行生物信息富集分析;最后通过AutoDock Vina软件进行分子对接。共筛选出27种药物活性成分及52个共同作用靶点,经PPI分析后最终得到8个核心靶点;富集分析结果显示,关键靶点主要富集在HIF-1、PI3K-Akt和VEGF等信号通路,涉及炎症反应、氧化应激反应和基因表达等生物学过程;分子对接结果表明,关键活性成分与核心靶点的结合能均小于-20.93 kJ/mol,具有较强的结合活性。预测栝楼瞿麦丸关键活性成分薯蓣皂苷元、豆甾醇、山蒟酮C和常春藤皂苷元等,通过AKT1、VEGFA、TP53和PTGS2等核心靶点,作用于HIF-1、PI3KAkt和VEGF等信号通路,进而起到干预糖尿病肾病的作用,为进一步研究其作用机制提供理论依据。