课程文献中心 更多>>

关键词： 刺五加   阿尔茨海默病   生物信息学   网络药理学   炎症反应  

摘要： 目的基于生物信息学和网络药理学方法筛选刺五加治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s Disease,AD)的潜在药物靶点和信号通路,初步验证其药效。方法文献检索获取刺五加成分,利用Swiss ADME对成分进行筛选,通过Swiss Target Prediction预测潜在靶点;由GSE28146数据集筛选AD差异表达基因;对刺五加靶点和AD靶点进行映射,构建“药物-成分-潜在靶点-疾病”网络及蛋白质互作网络;利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析;采用Autodock软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。采用D-半乳糖联合氯化铝诱导AD小鼠模型,Morris水迷宫试验检测各组小鼠学习记忆能力,并观察小鼠海马体的病理学变化。结果筛选获得刺五加治疗AD活性成分24个,潜在靶点74个;“药物-成分-潜在靶点-疾病”网络提示槲皮素、山奈酚等为刺五加治疗AD的主要成分,蛋白质互作网络提示STAT3、MAPK1、PIK3CA等为关键靶点;得到GO富集条目(P<0.01)366条,KEGG富集通路(P<0.01)109条;主要涉及PI3K-AKT、AGE-RAGE和TNF等通路。分子对接结果显示,刺五加主要活性成分与主要靶点具有较好的结合活性。体内药理实验结果表明,刺五加可显著提高小鼠学习记忆能力,减轻海马组织损伤,降低海马组织中TNF-α、IL-6、IL-1β含量。结论刺五加可能通过抑制炎症因子表达和减少炎症损伤发挥抗AD作用。

关键词： 白芷   偏头痛   网络药理学   分子对接   动物模型  

摘要： 目的:基于网络药理学预测白芷治疗偏头痛的主要成分及相关靶点通路,并考察白芷对实验性偏头痛大鼠的作用及机制。方法:在中药系统药理学数据库(TCMSP)平台收集白芷的活性成分及其对应的靶点,检索GeneCards、DrugBank数据库得到偏头痛相关靶点,将白芷活性成分靶点与偏头痛靶点取交集,采用Cytoscape软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络;通过String数据库构建蛋白相互作用网络。通过DAVID平台,进行基因功能(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;选取关键靶点及核心活性成分,使用AutoDock软件进行分子对接。用硝酸甘油建立偏头痛大鼠模型,设置正常对照组、模型对照组、盐酸氟桂利嗪0.001 g/kg组、白芷水煎液0.83、3.33 g/kg组,应用酶联免疫吸附法检测大鼠血清中降钙素基因相关肽(CGRP)、5-羟色胺(5-HT)、一氧化氮(NO)、内皮素(ET)和脑组织中5-羟色胺(5-HT)、多巴胺(DA)、去甲肾上腺素(NE)的含量;通过上述指标变化评价白芷对偏头痛大鼠的干预作用。结果:网络药理学筛选得到18个白芷对偏头痛有效的活性成分,其中β-谷甾醇、豆甾醇、别欧前胡素、珊瑚菜素、异珊瑚菜素这5种为治疗偏头痛的核心成分;筛选出31个共有靶点,其中雌激素受体(ESR1)、半胱氨酸蛋白酶(CASP3、CASP8)、前列腺素内过氧化物酶(PTGS2)、即早表达基因(JUN)为潜在药效靶点;通路注释分析得到38条信号通路,其中神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触信号通路等20条与偏头痛有关。将上述5种成分与5个靶点进行分子对接,其亲和力均小于-3 kcal/mol。动物实验结果显示,白芷能显著降低偏头痛模型大鼠血清中CGRP、5-HT、NO、ET和脑组织中5-HT、DA、NE含量。结论:白芷对大鼠的偏头痛症状有显著改善作用,其主要有效成分可能为植物甾醇及珊瑚菜素、异珊瑚菜素等香豆素类成分;其作用机制可能与作用于5-HT受体,影响5-羟色胺能突触等信号通路,进而降低5-HT等递质的含量有关。

关键词： 安神定志方   创伤后应激障碍   网络药理学   分子对接   机制研究  

摘要： 目的采用网络药理学方法和分子对接技术探讨安神定志方(Anshen Dingzhi Prescription,ADP)干预创伤后应激障碍(post-traumatic stress disorder,PTSD)的作用机制。方法使用TCMSP、TCMID等筛选ADP的有效成分及靶点,借助TTD和GeneCards等数据库收集PTSD靶点;将ADP成分靶点与PTSD疾病靶点取交集靶点;通过STRING数据库构建靶点互作网络筛选核心靶点;对交集靶点进行GO功能分析和KEGG富集分析,构建“中药—成分—靶点—通路”网络;选取疾病关键靶点与ADP主要活性成分进行分子对接,并开展动物实验验证。结果ADP防治PTSD的网络中共有145个活性成分、188个交集靶点、75个关键靶点、238个生物过程、54个细胞组分、62个分子功能。对PTGS2、ESR1、MAPK14与ADP关键活性成分进行分子对接,结果显示具有较好的结合活性。在动物实验中,与正常对照组比较,ADP可明显改善PTSD的焦虑样行为与突触功能,同时增加AKT/mTOR蛋白的表达水平。结论ADP治疗PTSD可能通过调控AKT/mTOR信号通路影响突触能传递、钙信号转导、蛋白合成等发挥作用。

关键词： 小儿清热止咳口服液   网络药理学   病毒性肺炎   分子对接  

摘要： 目的:利用中药网络药理学和分子对接技术探索小儿清热止咳口服液抗病毒性肺炎的作用机制。方法:结合中国药典(2020版)、中药系统药理学数据库和分析平台及中药分子机制生物信息学分析工具、DisGeNET数据库等在线数据库收集活性成分及对应靶点,进行网络构建、核心靶点筛选以及信号通路富集分析,最后对重要化合物进行分子对接预测。结果:研究共发现化合物221个、相应靶点262个、核心靶点62个;KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析显示,55个靶标的疾病通路中,与病毒感染及肺部损伤相关的有12个;分子对接分析结果提示,麻黄碱和黄芩苷与抗病毒重要靶点对接活性良好。结论:小儿清热止咳口服液主要活性成分与核心作用靶点具有较为稳定的结合,可为临床合理应用提供一定的理论依据。

关键词： 蜂毒肽   肿瘤   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 目的 基于网络药理学和HPEPDOCK技术,运用在线数据库研究蜂毒肽治疗肿瘤的潜在作用机制。方法 通过PubChem、PharmMapper、STITCH、OMIM、Drugbank和Genecards数据库分别获取蜂毒肽和肿瘤的相关靶点,取二者交集,使用STRING数据库获得交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络图,对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。采用Cytoscape 3.8.2软件构建化合物-靶点-通路-疾病网络模型。结合点筛选与通路富集筛选核心靶点,使用HPEPDOCK软件对蜂毒肽和重要靶点进行分子对接。结果 获得蜂毒肽和肿瘤交集靶点44个,PPI网络图表明交集基因关系密切。富集分析GO功能注释得到317个条目,其中生物过程为231个,细胞组成为31个,分子功能为55个,KEGG通路富集通路以肿瘤相关凋亡通路、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路的富集靶点较多。综合核心靶点筛选与通路富集,选择表皮生长因子受体(EGFR)、胱天蛋白酶3(CASP3)和RELA进行HPEPDOCK分析,结果表明蜂毒肽与EGFR、CASP3和RELA这3个重要靶点均能稳定结合。结论 本研究从网络药理学的角度结合HPEPDOCK技术探讨了蜂毒肽抗肿瘤可能通过作用于GFR、CASP3和RELA等核心基因,影响凋亡通路、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路等发挥对肿瘤的治疗作用,为蜂毒肽的进一步研究提供了思路。

关键词： 网络药理学   痛风性关节炎   豨桐丸   炎症  

摘要： 目的基于网络药理学方法,分析豨桐丸治疗痛风性关节炎的物质基础及分子作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献挖掘方法,预测豨桐丸的主要活性成分和作用靶点,利用uniprot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-靶点基因”多维网络图,通过Genecards、DisGeNET、DrugBank、OMIM数据库查询痛风性关节炎相关靶点基因;并运用Cytoscape中Bisogenet插件分别构建药物和疾病的靶点蛋白互作(PPI)网络,运用“Merge”工具取交集网络图并用CytoNCA插件做中央网络拓扑分析。运用Metascape数据库对豨桐丸和痛风性关节炎的共同靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从豨桐丸中共筛选到22个活性成分,包括槲皮素(quercetin)、芹菜素(apigenin)、木犀草素(luteolin)、冠狗牙花定碱(Coronaridine)、金合欢素(acacetin)等,作用于226个靶点,得到具有治疗痛风性关节炎功能的候选关键靶标55个,GO和KEGG通路富集分析发现豨桐丸治疗痛风性关节炎可能与癌症信号通路(Pathways in cancer)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)等有关,推测其可能为豨桐丸治疗痛风性关节炎的相关分子作用机制。结论网络药理学方法初步计算了豨桐丸多靶点、多途径的抗痛风机制,为相关实验研究提供思路。

关键词： 肝纤维化   金丹健肝胶囊   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的利用网络药理学和分子对接技术阐明金丹健肝胶囊治疗肝纤维化可能的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(http://***/***)和HERB数据库(http://***)检索金丹健肝胶囊活性成分和靶点,通过DisGeNET、药物靶点数据库(Therapeutic Target Database,TTD)筛选肝纤维化疾病靶点;将金丹健肝胶囊活性成分的药物靶点与疾病靶点匹配,所得共同靶点导入STRING数据库平台构建蛋白质相互作用(protein pro⁃tein interaction,PPI)网络;利用Cytoscape3.9.1软件CytoNCA工具进行拓扑分析,筛选关键靶点;应用Cytoscape3.9.1软件构建“中药-关键活性成分-关键靶点”网络图;通过DAVID平台(https://***)对关键靶点进行KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;采用LeDock软件对活性成分与靶点进行分子对接验证。结果筛选获得金丹健肝胶囊180个潜在活性成分,1340个靶点,肝纤维化疾病1060个靶点,两者共同靶点273个。PPI网络互作筛选出与肝纤维化相关的关键靶点29个,并通过KEGG分析及分子对接验证。金丹健肝胶囊通过异牡荆素、槲皮素7-O-β-D-葡萄糖苷、(3S,6S)-3-(苄基)-6-(4-羟基苄基)哌嗪-2,5-醌、6-O-丁香酰基-8-O-乙酰基山栀苷甲酯、丹参新酮Ⅱ、降丹参酮、茵陈色原酮、依靛蓝酮等活性成分,作用于EGFR、MMP9、PTGS2、ESR1、PIK3CA、F2、PPARG、PTPN11等关键靶点,具体机制可能与HIF-1信号通路、C型凝集素受体信号通路、Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、松弛素信号通路以及FoxO信号通路等有关。结论金丹健肝胶囊可通过多成分、多靶点和多通路方式抗肝纤维化。

关键词： 辣椒   心律失常   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨辣椒改善心律失常作用机制。方法:检索文献查找辣椒的主要活性成分,利用pubchem和Swiss Target Prediction预测辣椒活性化合物的靶点基因;借助Gene Cards、OMIM数据库筛选心律失常靶点信息;利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物–成分–靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白相互作用(PPI)网络图;使用David数据库对共同靶点进行GO、KEGG通路富集分析;最后将活性成分与核心靶点进行分子对接,初步验证网络药理学结果。结果:检索文献选出常见的5种辣椒碱(辣椒碱、二氢辣椒碱、降二氢辣椒碱、高二氢辣椒碱和高辣椒碱),15个辣椒素类物质治疗心律失常核心靶点(AKT1, HSP90AA1, ESR1, STAT3, ERBB2, PRKCA, HIF1A, MMP9, GRIN2B, RAC1, SLC6A4, CNR1, CHRNA7, TRPV1, NR3C2)。KEGG通路富集结果显示,辣椒素改善心律失常通路涉及神经活性配体–受体相互作用、钙信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示,辣椒碱、二氢辣椒碱、降二氢辣椒碱、高二氢辣椒碱和高辣椒碱均与核心靶点的结合性较好,推测这些成分可能为治疗心律失常的主要活性成分。辣椒碱可能通过作用于AKT1、HSP90AA1、ESR1、STAT3、ERBB2、PRKCA、HIF1A、MMP9、GRIN2B、RAC1、SLC6A4、CNR1、CHRNA7、TRPV1、NR3C2等关键靶点,调节神经活性配体–受体相互作用、钙信号通路、PI3K-Akt信号通路等3条信号通路来改善心律失常,初步揭示辣椒改善心律失常的潜在作用机制。

关键词： 苦味叶下珠   植物学   植物化学研究   药理活性  

摘要： 以苦味叶下珠的药效物质、临床活性、临床应用等为关键词,以Web of Science、谷歌学术、百度学术、中国知网等为数据来源,查阅了与其相关的研究文献,对苦味叶下珠的植物化学研究、药理活性、毒理学评估和禁忌证进行了分析整理,发现苦味叶下珠含有许多有价值的化学成分,且这些化学成分显示出广泛的药理活性,具有较高的抗肿瘤、抗菌、抗氧化、健胃止泻和抗溃疡活性,同时具有增强记忆力的作用,并对避孕、修复肝损伤、降血糖具有临床意义.

关键词： 嘎拉图呼和   胃癌   气相色谱-质谱   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的通过提取蒙药嘎拉图呼和挥发油部位,进行化学成分鉴定,结合网络药理学分析探讨传统蒙药嘎拉图呼和抗胃癌潜在作用机制。方法采用气相色谱-质谱(GC-MS)联用法定性分析嘎拉图呼和挥发油部位成分,并结合Pubchem和Swiss TargetPrediction数据库,进行活性成分靶点的筛选;在Gene Cards、OMIM、Pharm Gkb、TTD、DrugBank数据库中检索胃癌相关的靶点;利用在线Venn将查到的靶点信息取交集;Cytoscape 3.9.0软件构建成分-靶点-疾病网络图筛选关键成分;STRING 11.0数据库构建蛋白互作网络筛选核心作用靶点,利用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用Discovery Studio 2019进行核心靶点与相应小分子化合物之间分子对接。结果通过GC-MS共鉴定出嘎拉图呼和挥发油部位中56种成分;以GC-MS结果为基础,通过化学成分靶点预测数据库搜索并获得46个活性成分,150个活性靶点;化学成分靶点与胃癌相关靶点取交集,获得135个潜在治疗基因;进行GO功能富集与KEGG通路分析,获得包括G蛋白偶联信号通路、乙酰胆碱受体信号通路等多条胃癌相关信号通路;PPI蛋白互作筛选核心基因,结果显示VEGFA、KDR、PTGS2和MAPK14为挥发油治疗胃癌的潜在作用靶点。结论蒙药嘎拉图呼和挥发油中的46个有效成分可能通过调控VEGFA、KDR、PTGS2和MAPK14参与多条信号通路共同发挥抗胃癌作用。本研究为进一步探讨蒙药复方抗胃癌作用机制提供了数据依据。