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关键词： 香砂枳术丸   功能性消化不良   网络药理学   作用机制   分子对接   同源蛋白结合   细胞凋亡   炎症通路  

摘要： 目的:借助网络药理学的研究思路,探寻香砂枳术丸(XSZZW)治疗功能性消化不良(FD)的作用机制,并使用动物实验进行验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选活性成分和靶点,借助Perl语言与UniProt将靶点进行标准化;通过TTD、DrugBank、OMIM以及GeneCards数据库筛选FD相关靶点;利用Cytoscape构建“中药复方-活性成分-作用靶点”网络;使用STRING数据库分别构建活性成分和疾病相关靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并导入Cytoscape软件,以度值、接近中心性和介度中心性为条件筛选核心靶点;将核心靶点映射到DAVID数据库,进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,使用分子对接和动物实验进行结果验证。结果:获得活性成分75个以及靶点292个,FD相关的疾病靶点666个,经筛选最终获得核心靶点90个;GO富集分析主要在同源蛋白结合、酶结合、蛋白结合等生物学调控方面;KEGG富集分析得到信号通路103条,主要涉及癌症、细胞凋亡、炎症通路等方面。结论:香砂枳术丸可通过调控PI3K-AKT、FoxO、核因子κB、神经营养因子信号通路来预防或治疗FD。

关键词： “互联网+”   药理学教学   改革   创新策略  

摘要： 随着社会经济和信息技术的不断发展,“互联网+”技术逐渐融入人们的生活和工作中,并取得了不可小觑的成就。在我国大力发展教育事业的背景下,随着教育改革的不断深入,传统的教学模式已无法满足教师和学生的需求,而“互联网+”教学可以很大的缓解这一状况。本文就基于“互联网+”视角下高校药理学教学改革创新策略展开研究和讨论,以促进药理学教育与互联网技术的深度合,从而全面推进药理学教学的改革发展。

关键词： 华支睾吸虫病   复方鳖甲软肝片   肝纤维化   网络药理学  

摘要： 为探究复方鳖甲软肝片治疗华支睾吸虫感染所致肝纤维化的药理作用和分子机制,采用TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss、GeneCards等数据库获得复方鳖甲软肝片中11味中药的有效成分和潜在靶点以及华支睾吸虫病和肝纤维化相关靶点,筛选交集靶点构建蛋白质-蛋白质互作网络、中药-成分-靶点-疾病网络,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,取核心靶点与其对应化合物分子对接。结果显示,复方鳖甲软肝片有效成分、华支睾吸虫病和肝纤维化交集靶点17个,度值前5的靶点分别为半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶3(CASP3)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、白细胞介素10(IL-10),与其分子对接结合能最小的化合物分别是黄芩素、汉黄芩素、24-乙基胆甾-4-烯-3-酮、24-乙基胆甾-4-烯-3-酮、24-乙基胆甾-4-烯-3-酮。KEGG和GO功能富集分析显示,复方鳖甲软肝片可调控细胞凋亡和增殖,减轻炎症反应和氧化应激损伤,抑制促纤维化因子的表达等,可通过磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和Janus激酶/信号转导子和转录激活因子(JAK-STAT)等通路发挥治疗华支睾吸虫感染所致肝纤维化的作用。

关键词： 药理学   智慧教育   课程改革  

摘要： 药理学是医学院校课程体系的核心科目,学生普遍反应课程理论深奥、涉面广泛、记忆困难。课题组在“信息化教育”普及的时代大背景下,将智慧教育模式融入药理学教学实践中,针对传统的药理学教学中存在的问题,以学生为本,开展了一系列有意义的尝试。通过近三年的探索,初步建立了适合本校学生学情的药理学智慧教学模式和形成性评价机制,激发了学生的学习兴趣和创新能力,有效提高了药理学教学的效率和质量,为发挥药理学承上启下的桥梁作用,培养“学以致用”、“守正创新”的双一流学科医药人才奠定基础。

关键词： 三桠苦   类风湿性关节炎   入药部位   物质基础   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学与分子对接技术对三桠苦茎与叶治疗类风湿性关节炎的作用特点进行研究与比较。方法通过PubMed与中国知网收集三桠苦茎和叶的化学成分信息并于SwissADME平台进行成分筛选,使用Swiss Target Prediction平台进行靶点预测;利用DrugBank、GeneCards和OMIM数据库检索与类风湿性关节炎相关的疾病靶点并与三桠苦茎和叶的活性成分作用靶点进行映射取交集,通过Cytoscape软件构建“活性成分-有效靶点”网络;将共同靶点导入STRING数据库构建蛋白互作网络;应用Metascape数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析;采用CB-DOCK2进行关键成分与有效靶点的分子对接研究。结果三桠苦茎中筛选得54个活性成分,与类风湿性关节炎交集靶点40个;三桠苦叶中筛选得91个活性成分,与类风湿性关节炎交集靶点102个;在三桠苦茎与叶度值大于二倍中位数的活性化合物群中,不存在共有活性成分;三桠苦茎与叶治疗类风湿性关节炎的核心靶点与关键通路出现交叉并在生物过程中呈现出多向协同作用;预测三桠苦茎干预RA的核心成分4-甲基喹诺酮、藿香黄酮醇、亚油酸等与叶干预RA的核心成分山柰酚、槲皮素、异鼠李素可能通过AKT1、EGFR与MCL1等共同靶点,作用于PPAR、类固醇激素生物合成与NF-κB等共同信号通路干预RA;在分子对接验证中,所有结合能均小于-5 kcal·mol^(-1),其中三桠苦茎中结合能小于-7 kcal·mol^(-1)的有11组,叶中有19组,分别占44%和63%。结论三桠苦茎与叶干预RA的活性成分具有明显差异但作用机制高度协同;三桠苦叶在RA的干预中可能展现出比茎更强的活性。本研究为进一步开展三桠苦入药部位研究及临床应用提供了理论基础。

关键词： 熊果酸   脑胶质母细胞瘤   网络药理学   分子对接   体外实验   机制  

摘要： 基于网络药理学、分子对接和体外实验探讨熊果酸(ursolic acid,UA)治疗脑胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的作用机制.通过TCMSP、SwissTargetPrediction和SuperPred数据库获取熊果酸活性作用靶点,同时采用GeneCards、DisGeNET、TTD和PharmGkb数据库结合两个GEO基因芯片库获取GBM疾病靶点,应用Cytoscape软件,筛选UA治疗GBM的核心靶点.通过GEPIA数据库分析核心靶点在GBM患者组织与正常组织中mRNA表达水平是否有显著差异.并采用David数据对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析.使用Autodock Vina和Pymol实现UA与重要的核心靶点分子对接.最后通过体外实验进一步验证了UA的抗肿瘤活性.结果表明,筛选出92个UA对应的靶点,获得7433个GBM靶点,合并后获得72个潜在靶点.PPI网络和拓扑分析结果表明,CCND1、EGFR、FOS、CASP3、HSP90AA1、IL6、CTNNB1、INS、RELA、VEGFA等10个核心靶标为核心靶点.GEPIA数据库分析显示,GBM组织中CASP3、CCND1、EGFR、FOS、IL-6和VEGFR mRNA的表达显著高于正常组织.GO富集分析发现,UA治疗GBM与细胞对化学应激的反应、膜筏、半胱氨酸型内肽酶活性等密切相关.KEGG通路分析表明,它涉及细胞凋亡、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路等.体外实验结果表明,UA可抑制U251细胞的增殖,IC50值为26.66μmol/***-qPCR和WB的结果表明,UA可以调节U251细胞中CASP3和CCND1 mRNA及蛋白的表达,UA可促进U251细胞CASP3 mRNA和蛋白的过表达,并抑制CCND1 mRNA和蛋白表达.总之,UA可以通过多种靶点和途径治疗胶质母细胞瘤.

关键词： 银杏叶   肝癌   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接方法探讨银杏叶治疗肝癌的活性成分、潜在靶点及作用机制。方法:采用TCMSP、Swiss Target Prediction、DrugBank和Genecards等数据库预测银杏叶的活性成分和肝癌相关疾病靶点,取交集后构建蛋白互作网络,使用String、Cytoscape3.9.1分析平台绘制“成分-疾病-靶点”PPI网络图,采用Metascape分析平台对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,使用Chem BIO 3D和Auto Dock Tools进行分子对接,模拟化合物与疾病靶点间的结合活性。结果:银杏叶活性成分27种主要为黄酮类化合物,关联861个疾病靶点,肝癌疾病靶点1637个,78个银杏叶与肝癌交集靶点,可能通路10条,包括Proteoglycans in cancer、Endocrine resistance、Estrogen signaling pathway等;分子对接结果表明活性化合物与靶点亲和力较好。结论:银杏叶中木犀草素-4'-葡萄糖苷、毛茛黄素、香叶木素等可能是治疗肝癌的关键成分,体现了银杏叶多成分、多靶点治疗肝癌的特点,为今后银杏叶的深度研究与开发提供了参考思路。

关键词： 犀角地黄汤   湿疹   网络药理学   分子对接   通路   靶点  

摘要： 目的运用网络药理学和分子对接方法探讨犀角地黄汤治疗湿疹作用靶点及相关通路,了解其潜在作用机制。方法通过TCMID和TCMSP数据库检索筛选犀角地黄汤药物活性成分,并在SwissTargetPrediction预测潜在靶点,其中“犀角”一味以功效相似的水牛角代替。在GeneCards、OMIM、GEO数据库检索湿疹疾病相关基因。将药物预测靶点与疾病基因取交集,作为犀角地黄汤治疗湿疹潜在作用靶点,采用STRING数据库构建PPI网络图。用Cytoscape3.8.2软件进行可视化并筛选出核心靶点。借助R 4.1.2软件对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析。利用分子对接技术对活性成分及靶点分子进行结合验证。结果共获得犀角地黄汤潜在靶点452个,湿疹相关基因1809个,两者交集靶点蛋白169个,经拓扑分析后获得10个核心靶点。GO功能富集分析得到相关条目生物过程(BP)2185条、分子功能(MF)152条、细胞组成(CC)52条,提示犀角地黄汤治疗湿疹的作用机制主要与炎症反应和细胞间黏附的调节等过程相关。KEGG通路富集分析共得到160条信号通路,其中富集程度最高为脂质与动脉粥样硬化通路。分子对接结果表明核心靶点STAT3、SRC、MAPK3与药物活性成分黄芩素和谷甾醇结合能均小于-5.0 kcal/mol,显示出稳定的结合能力。结论犀角地黄汤可能通过作用于STAT3、SRC、MAPK3等核心靶点,参与脂质和动脉粥样硬化、C型凝集素受体信号通路等来调节炎症反应和免疫应答,减轻细菌对皮肤损害,多途径、多方面地发挥对湿疹的治疗作用。

关键词： 转录组学   沙棘   非酒精性脂肪肝   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学以及分子对接技术对沙棘活性成分干预非酒精性脂肪肝病(non⁃alcoholic fatty liver disease,NAFLD)的分子作用机制深入分析研究。方法:在GEO数据库检索非酒精性脂肪肝病的高通量测序数据,通过R语言edgeR包差异表达分析后,将差异基因与TCMSP数据库检索到的沙棘关键成分对应靶点取交集,得到沙棘干预非酒精性脂肪肝病的潜在靶点。利用基因集富集分析,研究潜在靶点相关细胞功能和信号通路,并使用Cytoscape构建成分⁃靶点⁃通路三者作用网络。随后进行蛋白质互作网络(PPI)和网络拓扑分析Degree确定核心干预靶点,并通过AutoDock Vina和PyMOL开源工具进行核心靶点与核心成分的虚拟对接工作,预测配体与受体之间的分子作用机制。结果:成分⁃靶点⁃通路网络由159个节点以及387对互作关系构建而成。分子对接结果显示,槲皮素、黄酮、山柰酚、亚麻酸、异鼠李素、杨梅黄酮、香豆素、熊果酸、芦丁和豆甾醇共10种活性物质与JUN、MMP9、FGF2、VCAM1、CDKN1A、ACE、SERPINE1、SPP1、NOS3和CCNA210个核心靶点有较高亲和性。功能富集和通路富集分析主要得到脂肪酸合成与代谢的生物过程。沙棘中槲皮素等62种活性成分显示通过调节转录因子JUN等61个靶点影响干预非酒精性脂肪肝病的发展。结论:沙棘中多种活性成分可能通过多靶点、多通路影响脂质积累、减弱炎症反应和清除活性氧从而发挥预防或干预非酒精性脂肪肝病病情发展的作用。沙棘中富含的熊果酸等有机酸干预非酒精性脂肪肝病潜力巨大。

关键词： 心力衰竭   糖尿病   扶正养心方   网络药理学   生物信息学   机制  

摘要： 目的:运用网络药理学与生物信息学方法探讨扶正养心方治疗心力衰竭合并糖尿病的作用成分和机制。方法:基于GEO数据库筛选心力衰竭合并糖尿病与心力衰竭的差异基因;BATMAN-TCM、ETCM数据库检索扶正养心方的药物活性成分和作用靶点,将获得的疾病基因和药物成分靶点取交集绘制Venn图及中药复方调控网络。对交集基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。应用分子对接技术验证扶正养心方和核心靶点之间的关系。结果:共获得差异表达基因108个;扶正养心方中含有活性成分403个、作用靶点2 346个;交集基因15个。缺口受体蛋白1(NOTCH1)为PPI核心网络中的关键蛋白。GO富集分析包括565个生物过程、13种细胞组分、4个分子功能。KEGG通路富集分析主要包括RAS相关蛋白1(RAP1)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路、磷脂酶D信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等18条信号通路,血小板衍生生长因子受体β(PDGFRB)、凝血因子Ⅱ凝血酶受体(F2R)和KIT原癌基因酪氨酸蛋白激酶(KIT)是通路富集最多的基因。分子对接结果显示,扶正养心方的核心成分与NOTCH1、PDGFRB、F2R和KIT具有较好的结合力。结论:扶正养心方干预心力衰竭合并糖尿病具有多成分、多靶点、多通路的特点。