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关键词： 网络药理学   小檗碱   肠炎   分子对接   作用机制  

摘要： 采用网络药理学、分子对接、分子动力学模拟等方法,结合沙门菌攻毒试验初步验证小檗碱(berberine,BBR)干预肉鸡肠炎的潜在靶点及作用机制。首先利用PharMapper数据库和Swisstargets数据库预测药物靶点;通过GeneCards数据库收集疾病靶点,并筛选出药物和疾病靶点的交集,将得到的交集靶点构建蛋白质互作网络及GO与KEGG富集分析;对筛选出的核心靶点进行分子对接验证和动力学模拟;后续建立肉鸡肠道炎症模型,观察其肠道组织形态变化,并利用RT-qPCR验证BBR对靶点蛋白mRNA表达量的影响。结果显示:最终筛选得到BBR潜在靶点374个,与肠炎交集174个;GO与KEGG富集分析分别得到197条目和73条目,主要涉及信号转导、蛋白磷酸化过程及PI3K-Akt、趋化因子及Ras等信号通路;分子对接和动力学模拟结果显示,BBR与核心靶点之间均能较好地结合,主要通过疏水作用力、氢键结合;组织切片结果发现,BBR可显著缓解肠道组织损伤;RT-qPCR结果显示,给药后仔鸡盲肠组织中HSP90AA1表达量显著下降(P<0.001),PIK3CA表达量显著上升(P<0.01)。通过网络药理学和试验验证发现,BBR可能通过调节HSP90AA1和PIK3CA表达量来调控肠道炎症的发生发展,可能涉及PI3K-Akt、cAMP、AMPK等信号通路,为深入进行BBR治疗肠炎的作用机制研究提供新思路与新方法。

关键词： 动脉粥样硬化   巴戟天   网络药理学   分子对接   信号通路  

摘要： [目的]应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)和疾病基因组数据库,结合分子对接技术,预测巴戟天抗动脉粥样硬化(As)的靶点及信号通路。[方法]通过中药网络药理学数据库及小分子药物靶点预测在线平台挖掘巴戟天的有效成分及其所对应的靶点,利用GeneCards、OMIM、Disgenet、UniProt收集并筛选As相关的疾病基因靶点,获取交集基因,将其导入String 11.5数据库中,构建疾病-药物蛋白互作分析(String-PPI)网络图,利用Cytoscape 3.9.1软件对关键靶点网络进行可视化;此外,运用Metascape网络在线平台进行GO、KEGG富集挖掘出其抗As的分子靶点,并通过KEGG数据库绘制通路图。最后,使用Autodock vina 1.1.2软件对核心化合物及核心靶点基因进行分子对接验证。[结果]通过以上数据库共收集得到包括β-谷甾醇和蒽醌在内的17个有效药物化合物、73个核心靶点和1 450个关键疾病基因;取交集后得到巴戟天治疗As的35个核心基因;经String-PPI得到基因间有相互作用的SRC、PGTS2、TGFβ1、REN、ESR1、CASP3等32个基因;KEGG富集到75条信号通路,涉及脂质-动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物及受体、PI3K-Akt信号通路等相关通路;其中脂质-动脉粥样硬化通路主要涉及SRC、BCL2、BAX、CASP3、GSK3B、RXRA等6个靶基因。分子对接结果显示,巴戟天的主要化学成分与核心基因之间有较强的结合活性。[结论]巴戟天可能通过β-谷甾醇、蒽醌等主要有效化学成分调控SRC、PGTS2、TGFβ1、REN、RXRA、ESR1、CASP3等32个主要靶基因表达,减轻血管内皮炎症反应,抑制细胞增殖、迁移和凋亡,发挥抗As的作用。

关键词： 炙甘草   网络药理学   UPLC-TOF-MS   GC-MS   心律失常  

摘要： 目的将炙甘草的化学成分与网络药理学相结合,探讨炙甘草抗心律失常的作用机理。方法运用UPLC-TOF-MS、GC-MS技术分析炙甘草的化学成分。利用TCMSP数据库筛选活性成分,通过Swiss Target Prediction数据库和Gene Cards数据库搜集药物作用靶点和疾病靶点,借助Cytoscape 3.8.2软件筛选核心靶点,对核心靶点进行蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析,使用Cytoscape 3.8.2构建药物-关键成分-核心靶点-通路图,分子对接验证由Autodocking vina 1.2.0软件完成。结果共分析出289种化学成分,其中异甘草素、酪氨酸等16个成分为抗心律失常的关键成分;蛋白互作网络共筛选出ALB、AKT1、VEGFA、EGFR等55个核心靶点,GO富集共获得476个条目,KEGG共得到130条通路。分子对接结果表明,异甘草素、黄豆黄素、蜜桔黄素与核心靶点对接活性较好。结论炙甘草可能通过调节ALB、AKT1、VEGFA、EGFR等多个靶点,以及参与癌症通路、癌症中的蛋白聚糖、内分泌耐药、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等信号通路发挥抗心律失常的作用。

关键词： 苍耳子   血清药理学   肥大细胞脱颗粒   β氨基己糖苷酶A   白三烯C4   组胺   体外实验  

摘要： 目的:探究苍耳子含药血清对免疫球蛋白E(IgE)致敏的肥大细胞脱颗粒的抑制作用和调控途径。方法:小鼠喂服苍耳子水溶液,制备含药血清;MTT法检测不同浓度苍耳子含药血清对肥大细胞活性的影响。IgE致敏肥大细胞,实验分为正常对照组、模型对照组、10%苍耳子含药血清组和富马酸酮替芬组。药物干预后,乳酸脱氢酶(LDH)法和甲苯胺蓝染色检测细胞毒性和脱颗粒率;ELISA检测细胞炎症活性介质β氨基己糖苷酶A(β-hexosaminidase A)、白三烯C4(LTC4)和组胺(histamine)的释放情况;F-actin微丝染色观察细胞形态变化。结果:苍耳子含药血清对正常肥大细胞活性无明显影响(P>0.05)。与正常对照细胞相比,模型对照组细胞毒性和脱颗粒率增加,β氨基己糖苷酶A、白三烯C4、组胺的释放显著增加,细胞变形数量显著增加(P<0.01)。与模型对照组相比,10%苍耳子含药血清和富马酸酮替芬组细胞毒性和脱颗粒率显著降低,β氨基己糖苷酶A、白三烯C4、组胺的释放显著下降,细胞变形数量显著减少(P<0.01)。结论:苍耳子含药血清可抑制肥大细胞变形、脱颗粒,并减少β氨基己糖苷酶A、白三烯C4、组胺的释放。

关键词： 四妙汤   类风湿关节炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学及分子对接探讨四妙汤治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在活性成分及可能的分子机制。方法:使用药理学数据库(TCMSP),预设生物利用度(OB) ≥ 30%,类药性(DL) ≥ 0.18,分别检索并筛选出四妙汤的有效成分及作用靶点,结合uniprot数据库确定标准化靶点的基因名称,利用GeneCard、OMIM、PharmGkb、TTD及DrugBank数据库,获取RA疾病靶点,制作RA疾病与四妙汤有效成分的相交靶点韦恩图,筛选出共同靶点,并以此为桥梁,采用CytoScape 3.9.1软件构建中药复方调控网络,通过数据库平台STRING 11.5绘制PPI网络图,运用R软件包clusterProfiler对治疗RA的核心靶点进行GO、KEGG富集分析。分子对接预测有效成分和靶点的结合活性。结果:筛选出四妙汤有效成分111种,相应基因靶点235个,RA差异基因3968个,靶点3824个。四妙汤治疗RA的潜在靶点144个,其中关键靶点为EGFR、FOS、TP53、MAPK3、STAT3等。KEGG富集分析显示关键信号通路包括AGE-RAGE、PI3k-Akt、IL-17、TNF、HIF-1等信号通路。分子对接结果显示槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、柚皮素(naringenin)、甘草查尔酮A (licochalcone a)、木犀草素(luteolin)等可能是四妙汤治疗RA的核心活性成分。结论:四妙汤多成分、多靶点、多通路协同机制治疗RA,和癌症相关通路、脂质与动脉粥样硬化、氧化应激、炎症信号通路、病毒感染等机制密切相关。

关键词： 补骨脂乙素   2型糖尿病   磷脂肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路   胰岛素受体   胰岛素受体底物1   葡萄糖转运蛋白2  

摘要： 目的通过网络药理学与实验验证相结合的方法探究补骨脂乙素治疗2型糖尿病的作用机制。方法使用ECTM、SwissTargetPrediction、PubChem数据库预测补骨脂乙素的作用靶点,使用GeneCards数据库预测2型糖尿病的潜在靶点。使用Venn数据库进行靶点交互分析,通过STRING数据库计算蛋白相互网络关系(PPI),通过Cytoscape 3.9.1插件MCODE和Cytohubba筛选核心靶点。通过DAVID数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)途径的富集分析。建立胰岛素抵抗的HepG2细胞模型,通过2-NBDG检测细胞对葡萄糖摄取的能力,通过RT-PCR和Western blotting检测网络药理学预测的磷脂肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路相关mRNA及蛋白表达。结果补骨脂乙素和2型糖尿病共同作用的基因92个,PPI网络(交互得分≥0.150)包含补骨脂乙素和2型糖尿病共同目标的86个节点和379个"边"。在MCODE和Cytohubba的筛选结果交叉后,获得了35个共同靶点。聚类分析表明,补骨脂乙素作用于2型糖尿病涉及PI3K/Akt信号通路等多种途径及细胞氧化还原反应等多种细胞进程。补骨脂乙素显著增强了胰岛素抵抗细胞对葡萄糖的摄取能力(P<0.05、0.01)。与模型组相比,补骨脂乙素处理后显著增加了胰岛素受体(INS-R)、胰岛素受体底物1(IRS1)、葡萄糖转运蛋白2(GLUT2)、PI3K、Akt mRNA的表达(P<0.01、0.001)。与模型组相比,二甲双胍组和补骨脂乙素组的INS-R、IRS1、GLUT2、Akt、PI3K、p-Akt、p-PI3K的蛋白表达显著上调(P<0.05、0.01、0.001)。结论补骨脂乙素可能通过PI3K/Akt信号通路增加胰岛素抵抗细胞对葡萄糖的摄取能力,发挥其抗2型糖尿病作用。

关键词： 网络   药理学   丹参酮ⅡA   重症肺炎  

摘要： 目的通过网络药理学探讨丹参酮ⅡA治疗重症肺炎的可能机制。方法通过PubChem数据库查找丹参酮ⅡA化学结构,在Swiss Target Prediction数据库获取丹参酮ⅡA靶点信息。基于GeneCards、OMIM、PharmGkb和Drugbank数据库获取重症肺炎相关疾病靶点,经构建蛋白质相互作用(PPI)网络筛选,选择R语言对共同靶点进行KEGG与GO富集分析。结果共获得47种丹参酮ⅡA与重症肺炎相关靶点,PPI网络中前6位核心基因为AKT1、雄激素受体(AR)、前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、环氧合酶-2(COX-2)、表皮生长因子受体(EGFR)和黄体酮受体(PGR);GO功能富集后富集条目较多的有肿瘤坏死因子(TNF)产生及其调节、细菌来源分子反应、TNF超家族细胞因子产生等;KEGG富集通路分析显示丹参酮ⅡA治疗重症肺炎主要通路有神经活性配体-受体相互作用、癌症中PD-L1表达和PD-1检查点通路、前列腺癌、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等。分子对接提示核心靶点在丹参酮ⅡA治疗重症肺炎上均有潜在作用。结论丹参酮ⅡA可能是通过多靶点、多通路抑制氧化应激、炎症反应来改善重症肺炎,作用于AKT1、AR、PTGS2、EGFR和PGR等相关靶点。

关键词： 丹参   重症哮喘   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:基于网络药理学分析丹参治疗重症哮喘的活性成分、作用靶点及关键通路。方法:通过TCMSP数据库筛选丹参化学成分,并结合Swiss Target Prediction数据库预测其相关靶点;通过Gencards TTD DRUGBANK数据库获取重症哮喘的相关靶点。利用String平台构建PPI网络。采用Metascape平台进行功能与通路富集分析,利用Cytoscape 3.9.0构建“中药-成分-靶标”网络,并进行相关分析。结果:丹参主要通过木犀草素、2-异丙基-8-甲基菲-3,4-二酮、丹参新醌D等活性成分对PTGS2、AR、ESR1等核心靶点进行调控。其作用机制可能是通过PI3K-Akt、钙信号、Th17细胞分化等相关通路实现的。结论:丹参可通过多种成分作用于多靶点来发挥抗炎、抗氧化、调节免疫及抗细胞凋亡等作用,其治疗重症哮喘的潜力较大。

关键词： 杜仲不同部位   指纹图谱   网络药理学   质量标志物   靶点   通路  

摘要： 通过建立杜仲不同部位HPLC指纹图谱分析方法,结合网络药理学预测杜仲潜在质量标志物。基于中药质量标志物(Q-Marker)的理论依据,结合指纹图谱和网络药理学对杜仲Q-Marker进行初步预测分析,对63批杜仲不同部位样品进行相似度评价,同时分别进行主成分分析(PCA)及偏最小二乘法判别分析(PLS-DA);通过网络药理学筛选杜仲相关成分的靶点和通路,构建“成分-靶点-通路”网络图,预测杜仲的Q-Marker。本研究建立了63批杜仲不同部位的指纹图谱,相似度均大于0.900,经筛选得到8个化合物,173个靶点,包括PIK3R1、HRAS、AKT1、EGFR、SRC等11个核心靶点,涉及氨代谢、癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、癌症蛋白聚糖、PI3K-Akt信号通路、卵巢类固醇生成等主要通路,并构建成分-靶点-通路图。预测绿原酸、芦丁、京尼平苷为杜仲叶潜在Q-Marker,桃叶珊瑚苷、京尼平苷酸、松脂醇二葡萄糖苷为杜仲皮潜在Q-Marker,京尼平苷酸、京尼平苷、桃叶珊瑚苷为杜仲雄花潜在Q-Marker,将绿原酸、京尼平苷酸、桃叶珊瑚苷为杜仲果荚潜在Q-Marker。

关键词： 网络药理学   黄连   百草枯中毒   急性肝损伤   分子机制  

摘要： 目的应用网络药理学方法,探讨黄连在治疗百草枯中毒导致的急性肝损伤时的潜在相关分子机制。方法在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中查询并获得黄连活性成分和靶点。通过人类基因数据库GeneCards获取百草枯中毒导致的急性肝损伤的相关靶点基因。采用Cytoscape 3.7软件制作药物-成分-疾病靶点的网络框架图。利用STRING数据库获得交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图。利用DAVID数据库对基因功能和通路富集进行分析。综合考虑靶点和通路富集情况,选取AKT1和p-AKT1进行动物实验验证。结果共收集黄连活性成分14个,相关作用靶点基因278个,其中与百草枯中毒导致的急性肝损伤的交集靶点基因32个。排名前6位的靶点蛋白是AKT1、TOP1、ErbB2、TLR4、PTGS2、MPO。同时富集到有关的信号通路包括催乳素信号通路、胰腺癌、表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药性、FcεRI、膀胱癌、癌症中的中心碳代谢、ErbB信号通路、子宫内膜癌、血管内皮生长因子信号通路等。动物实验结果显示,经过黄连治疗后,百草枯中毒小鼠肝脏病理损伤减轻,炎症指标肿瘤坏死因子-α水平降低,转氨酶水平降低,p-AKT1水平降低。结论黄连在治疗百草枯中毒导致的急性肝损伤中具有多成分、多靶点、多通路的特点。黄连可降低AKT1蛋白的磷酸化水平,从而对百草枯导致的急性肝损伤发挥治疗作用。