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关键词： 氨中毒   网络药理学   木犀草素   分子对接   细胞焦亡  

摘要： 借助网络药理学和分子对接技术探讨木犀草素干预鸡氨气暴露后细胞焦亡的机制.先使用反向药效团匹配方法(PharmMapper)和中药系统药理学分析平台(TCMSP)预测木犀草素相关靶点;采用GeneCards数据库、OMIM数据库搜集氨气中毒疾病的相关靶点,并通过比对已知文献对其进行整理与筛选;其次通过利用Cytoscape 3.82软件,搭建“木犀草素-氨气中毒-靶点”网络图;在STRING数据库中对所得靶点进行检索,以得到各个靶点互作的网络关系数据,再使用Cytoscape 3.82工具绘制PPI图;然后靶点被上传到DAVID数据库中完成富集分析;最后木犀草素和核心的靶蛋白被上传到Schr9dinger Maestro软件中进行了分子对接.结果显示,筛选得到共62个相关靶点,其中核心靶点有ALB、TP53、CASP3、JUN、VEGFA、NFκBIA等;这些靶点主要涉及相同蛋白结合、酶结合等分子功能及白细胞介素-17信号通路从而发挥木犀草素干预氨气暴露后细胞焦亡的作用.结果表明,木犀草素可以通过多靶点、多途径干预鸡氨气暴露后细胞焦亡的发生.

关键词： 网络药理学   中药   前列腺癌   作用机制   通路  

摘要： 目的基于网络药理学数据挖掘临床研究中运用的中药复方,探讨其治疗前列腺癌(prostate cancer,PCa)的作用机制。方法基于网络药理学研究PCa的临床治疗中运用的中药复方活性成分、药物作用靶点集作用通路。通过中国知网(China National Knowledge Infrastructure,CNKI)筛选治疗PCa复方;通过中医传承计算平台(Chinese herbal compound Inheritance computing platform,TCMiCS)统计分析药物;通过美国国家生物信息技术中心的高通量基因表达(Gene Expresion Omnibus,GEO)数据库筛选前列腺癌的疾病靶点;通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据筛选治疗PCa药物。进而对这些靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集和京都基因和基因组编码(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,从而揭示现阶段中医药治疗PCa的作用机制。结果共纳入160味药517药次,其中出现8次及以上的共16味,其中黄芪、熟地黄、姜黄出现频次排名前三位。从152个活性成分中找到对应PCa病变的35个靶点。GO富集分析得到612个生物过程(biological process,BP)、53个细胞组成(cellular component,CC)、37个分子功能(molecular function,MF)富集通路,KEGG富集分析得到最显著富集的20个通路。结论网络药理学为阐明中药复发治疗PCa作用机制提供了新方法,有助于中医药现代化研究的开展。

关键词： 兽医药理学   课程思政   立德树人  

摘要： 《兽医药理学》是动物医学和动物药学专业的一门基础性课程,专业性极强。本文通过深挖兽医药理学这门专业课所蕴含的隐形思政元素,并将这些思政元素有机地融入到课程教学中,让兽医药理学这门课程既能传授专业知识又能进行思想政治教育,使兽医药理学教学与思想政治教育同向发力,从而达到立德树人的效果。

关键词： 网络药理学   柴胡   酒精性肝病   作用机制  

摘要： 目的运用网络药理学的方法研究中药柴胡抗酒精性肝病(ALD)的分子作用机制。方法借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Uniprot数据库获取柴胡的成分和作用靶点;结合GeneCrads、OMIM数据库获取并筛选柴胡治疗ALD的靶点;运用Cytoscape 3.9.1软件对柴胡活性成分-作用靶点进行可视化;通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI);运用Metascape平台对交集基因靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果筛选得到12个柴胡活性成分,槲皮素、豆甾醇、山柰酚可能是重要活性成分。涉及治疗ALD的作用靶点111个。具体过程涉及188条信号通路、1582个生物过程、79个细胞组分、139个分子功能富集等多层次功能,其中富集通路主要涉及癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化、白介素17信号通路等。结论本研究初步研究了柴胡抗ALD的分子机制,体现了柴胡多成分-多靶点-多通路的作用特点,为其进一步研究提供理论依据。

关键词： 网络药理学   芍药甘草汤   肾绞痛  

摘要： 目的:通过网络药理学探究芍药甘草汤有效成分、肾绞痛之间的网络关系,探究芍药甘草汤的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)筛选芍药苷草汤有效成分及相应的靶点;从GeneCards、DisGeNET、OMIM、数据库中获取泌尿系结石疾病相关靶点;使用在线软件平台Venny2.1绘制药物、疾病的交集靶点维恩图;通过Metoscape数据库对交集靶点进行基因本体功能(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过STRING在线数据库构建PPI网络,同时导入Cytoscape3.9.1获取核心靶点;通过Cytoscape3.9.1绘制活性成分–靶点网络。结果:芍药甘草汤93种活性成分,共作用于228个靶点;疾病靶点549个,疾病和药物交集靶点41个;核心靶点包括血管内皮生长因子A (VEGFA)、前列腺素内过氧化物合酶-2 (PTGS2)、白细胞介素6 (IL6)、白介素-1β (IL1β)、肿瘤坏死因子(TNF)等;GO富集分析在BP上主要为炎症反应、血液循环等的生物学过程,在CC上表现为膜筏、膜筏、膜微区等结构的细胞定位,在MF上表现为细胞因子活性、受体配体活性、信号受体激活剂活性等分子功能;KEGG富集分析主要包括AGE-RAGE、缺氧诱导因子1、白细胞介素-17等通路。结论:芍药甘草汤有效成分可能通过炎症相关通路作用,缓解炎性因子相关性疼痛,从而达到治疗肾绞痛的目的。

关键词： 软肝饮   网络药理学   肝癌   凋亡   增殖  

摘要： 目的基于网络药理学及细胞实验研究软肝饮治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制。方法基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN数据库及Drugbank数据库筛选出软肝饮有效成分及靶点基因。通过GeneCards、OMIM数据库及Liverome、***数据库筛选出HCC的疾病靶点基因,运用Cytoscape构建化合物-基因靶点网络;并将有效成分靶目与疾病靶点上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),使用R语言进行核心基因的筛选并对关键靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析。基于网络分析结果,使用体外细胞实验方法对药物治疗关键靶点作用进行验证。结果(1)预测得到软肝饮治疗肝癌的有效成分59个及共作靶点1301个。有效成分中度值较高的为新隐丹参酮Ⅱ、脱氧新胰蛋白酶酮、次甲丹参醌、反式刚酸、槲皮素、茯苓甾醇、β谷甾醇等;共作靶点及PPI网络图核心基因为AKT1、TP53、PIK3CA、EGFR、JUN等;GO分析有血管收缩舒张调节、分泌颗粒腔、磷脂酶C活性等;KEGG通路分析有氨基酸代谢、神经活性配体-受体相互作用、MAPK信号通路、癌症关连通路等显著通路。(2)细胞实验表明,软肝饮含药血清处理肝癌Hu-7、HepG2细胞后,细胞增殖、迁移能力显著降低;Western Blot检测肝癌细胞经软肝饮含药血清处理后,细胞中Cleaved Caspase-3、Cleaved PARP凋亡相关蛋白表达相较肝癌细胞组和正常血清对照组升高;p-c-Raf、p-c-MEK、p-c-Myc、p-c-Fos蛋白表达相较肝癌细胞组和正常血清对照组下降。结论(1)生信学提示软肝饮和肝癌具有丰富的关联靶点,并通过多通路调控肝癌细胞的发生过程;(2)软肝饮可能借升高Cleaved Caspase-3、Cleaved PARP凋亡蛋白表达,下调p-c-Raf、p-c-MEK、p-c-Myc、p-c-Fos肿瘤相关基因表达,从而促使肝癌Hu-7、HepG2细胞株凋亡,抑遏肝癌Hu-7、HepG2细胞株的增殖迁移侵袭能力,进而起到治疗肝癌的作用。

关键词： 化疗所致恶心呕吐   中药   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学筛选治疗化疗所致恶心呕吐(CINV)的潜在靶点、化合物及中药,并分析中药的性味归经以及中药治疗CINV的作用机制。方法利用PubChem、Swiss Target Prediction平台获得具有致吐风险的化疗药物靶点;基于Gene Cards、Drugbank及OMIM数据库收集CINV疾病靶点,取“疾病-药物”交集靶点,并通过临床指南获得CINV治疗药物靶点,将交集靶点及治疗药物靶点视为治疗CINV的潜在靶点。通过TCMSP平台筛选化合物和中药。利用Cytoscape 3.7.2建立“靶点-化合物-中药”网络图,使用网络分析功能获得重要靶点、化合物及中药,并对中药性味归经进行频率分析。结果获得35个潜在靶点、799种候选化合物和395味中药。395味中药以苦味、辛味及温性为主,主要分布在肝经和肺经中,其次是脾经及胃经。结论运用中药治疗CINV具有广阔的发展空间,该研究为CINV的中药治疗及新药的开发提供了思路及理论依据。

关键词： 中兽药复方乳康颗粒   奶牛乳房炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 【目的】探究中兽药复方乳康颗粒(RKG)治疗奶牛乳房炎的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、中医药百科全书(ETCM)平台获取中兽药复方乳康颗粒中黄芪、王不留行、益母草的有效成分及靶点,利用Cytoscape v 3.7.2构建中兽药复方乳康颗粒中药-成分-靶点网络图,从NCBI、OMIM、GeneCards、MalaCards平台获取奶牛乳房炎靶点,使用Cytoscape v 3.7.2中的Bisogenet插件对中兽药复方乳康颗粒成分靶点及奶牛乳房炎的靶点进行综合分析,构建蛋白互作(PPI)网络图,并使用DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,探讨其治疗奶牛乳房炎的作用机制。采用分子对接对网络药理学预测结果进行初步验证。【结果】通过网络药理学筛选出槲皮素、山奈酚、异鼠李素等23个中兽药复方乳康颗粒相关的活性成分,文献检索得到奶牛乳房炎相关靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)、白细胞介素17A(IL17A)等49个,通过Bisogenet插件对其进行PPI分析后得到中兽药复方乳康颗粒作用于奶牛乳房炎的关键靶点77个,涉及到靶点肿瘤蛋白P53(TP53)、核因子κB P65(RELA)及乳腺癌1号基因(BRCA1)等。GO功能富集分析结果表明,生物过程富集在DNA修复、蛋白质泛素化等;主要通过泛素蛋白连接酶结合、ATP结合等分子功能发挥作用;细胞组分条目涉及胞浆、细胞质和细胞核等。KEGG通路富集分析结果表明,中兽药复方乳康颗粒主要调节丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)、PI3K-Akt等信号通路。分子对接结果表明,槲皮素、山奈酚、异鼠李素与BRCA1、RELA和TP53之间均形成了氢键,且结合能<-3 kJ/mol,其中RELA与上述成分亲和力最强。【结论】网络药理学分析表明,中兽药复方乳康颗粒主要通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等有效成分作用于TP53、MAPK、BRCA1、RELA等靶点,调节MAPK、PI3K-Akt等信号通路,从而达到治疗奶牛乳房炎的作用。

关键词： 栀子   IgA肾病   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学研究方法,探讨中药栀子治疗IgA肾病(immunoglobulin A nephropathy,IgAN)的潜在靶点及作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选栀子的有效成分和靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据库查找与IgAN相关的靶点。利用Cytoscape软件分析栀子治疗IgAN的作用靶点与有效成分之间关系网络,通过DAVID数据库分析栀子治疗IgAN的有效靶点的生物学功能和作用机制。结果:根据口服利用度和药物相似性原则筛选出栀子有效成分15个,筛选出的有效成分作用靶点95个。在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据库中筛选出有关IgAN靶点1346个。通过DAVID数据库进行的基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析产生了涉及晚期糖基化终末产物(advanced glycosylation end products,AGEs)-受体(receptor of AGEs,RAGE)信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、乙型肝炎、前列腺癌、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路等关键信号通路。结论:栀子通过多靶点、多通路治疗IgAN,其有效作用靶点主要通过炎症因子、血管内皮生长因子、蛋白激酶、细胞凋亡相关因子等作用于多条信号通路,其中AGEs-RAGE信号通路是其发挥治疗作用的重要通路。栀子可能直接或间接参与调节炎症、细胞凋亡等作用机制治疗IgAN。

关键词： 网络药理学   熄风清火活血化痰方   缺血性脑卒中  

摘要： 目的基于网络药理学方法探讨熄风清火活血化痰方治疗缺血性脑卒中(Ischemic stroke,IS)潜在的作用机制,并对其潜在的功能靶点进行实验验证。方法采用TCMSP平台、ETCM平台、TCMID平台、BATMAN-TCM、文献筛选熄风清火活血化痰方中各中药的活性成分,利用TCMSP靶点预测模型、STITCH、SwissTarget、SEA数据库预测活性成分的潜在靶点;利用Genecards、OMIM、Disgenet数据库检索缺血性卒中的相关靶点并筛选得到疾病靶点,取疾病靶点与药物靶点的交集,利用STRING 11.0对药物与疾病的交集靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建,通过Cytoscape 3.6.0软件进行拓扑分析获得熄风清火活血化痰方治疗缺血性卒中的关键靶点;利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。通过Western blot检测对网络药理学的富集分析结果进行验证。结果共得到有效成分203个,药物靶点3971个,筛选缺血性脑卒中靶点1798个,最终获得关键靶点60个,KEGG通路富集分析筛选得到前20条信号通路。熄风清火活血化痰方治疗缺血性卒中主要成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、木樨草素、豆甾醇等,关键靶点AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、MAPK8等。关键的信号通路可能包括AGE-RAGE信号通路、流体剪切力与动脉粥样硬化信号通路、NF-kB信号通路、PI3k-Akt信号通路、VEGF信号通路等。Western blot检测结果表明,与空白组比较,模型组p-AKT1、p-P53、p-JNK1、p-ERK2表达升高,差异有统计学意义(P<0.05),与模型组比较,中药组p-AKT1、p-P53、p-JNK1、p-ERK2、IL-6表达降低,AKT1表达升高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论揭示了熄风清火活血化痰方多成分、多靶点、多途径治疗缺血性卒中的机制,初步证实了该方对靶点蛋白AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、MAPK8表达的影响,为熄风清火活血化痰方的临床开发利用提供了依据。