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关键词： 非奈利酮   糖尿病肾脏疾病   网络药理学  

摘要： 目的基于网络药理学探讨新一代非甾体类盐皮质激素受体拮抗剂非奈利酮治疗DKD的作用机制。方法中日友好医院肾病科通过Chemical Book平台、SwissTargetPrediction服务器获取非奈利酮基本信息和作用靶点,使用GeneCards和CTD数据库筛选DKD靶点,相关平台及数据库数据更新截止于2022年9月。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。对共同靶点进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果共获取非奈利酮作用靶点104个,DKD靶点6753个,交集靶点83个,PPI网络核心靶点41个。GO富集分析共获取962个富集结果,其中生物过程主要涉及蛋白质磷酸化及自磷酸化、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路等,细胞组成主要涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合体、膜筏、膜微域等,分子功能主要涉及蛋白激酶活性、以醇为受体的磷酸转移酶活性、内肽酶活性等;KEGG富集分析共获取148条信号通路,主要涉及癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、松弛素信号通路等。结论非奈利酮可通过多靶点与多通路治疗DKD。

关键词： 新型冠状病毒肺炎   “金银花-连翘”药对   网络药理学  

摘要： 目的:利用网络药理学的技术和方法探索“金银花-连翘”(简称“银翘”)药对对防治新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)作用的活性成分及其作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine system pharmacology,TCMSP)根据口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)检索中药“金银花”“连翘”中的化学成分和作用靶点,并在人类基因数据库(genecards:the human gene database)数据库中寻找“novel coronavirus pneumonia”的相关靶点,将“银翘”药对作用靶点与COVID-19相关靶点进行映射分析,筛选“银翘”药对防治COVID-19的活性成分和作用靶点。并用Cytoscape 3.7.2软件建立“中药活性成分-作用靶点-疾病”网络、通过STRING平台构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络、通过DAVID分析平台,对靶点基因GO富集分析和KEGG代谢通路进行分析,探究“银翘”药对防治COVID-19的作用机制。结果:从“金银花”中筛选化合物23个,“连翘”中化合物23个,二者有效作用靶点204个,通过Venn图获得与COVID-19有关的作用靶点44个,PPI网络发现IL-6、IL-1B、MAPK1、MAPK8、CXCL8、RELA、CCL2、IL10、ICAM1、IL-2、PTGS2、CASP3、MAPK14、STAT1、EGFR、FOS、IL-4等可能是“银翘”药对防治COVID-19的作用靶点。GO功能分析发现79个条目,涉及转录因子活性、受体活性、细胞因子活性、酶活性及生物合成过程的调控等方面。KEGG通路分析发现44个疾病药物交集靶点显著富集在146条通路上(P<0.01),涉及炎症、免疫、凋亡、自噬、激素代谢、肿瘤等方面,通路包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、C型凝集素受体信号通路、HIF-1信号通路、NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路等经典信号通路,此外还参与细菌或病毒感染通路,如甲型流感、丙肝、百日咳、结核、巨细胞病毒感染、EB病毒感染等。这些作用通路可能是“银翘”药对防治COVID-19的依据。结论:初步验证了“银翘”药对防治COVID-19的作用机制,“银翘”药对相须配伍具有多个活性成分,能通过多个靶点、多个通路以发挥抗病毒、抑菌抗炎、调节免疫作用来防治COVID-19。

关键词： 白花蛇舌草   半枝莲   胰腺癌   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学、分子对接方法研究“白花蛇舌草-半枝莲”药对对胰腺癌的潜在药理作用靶点及作用机制,为基础研究及临床应用提供依据。方法:利用TCMSP数据库,查找到“白花蛇舌草-半枝莲”药对的药物活性成分,并对其进行靶点预测,预测数据库为SwissTargetPrediction。同时,应用OMIM、DisGeNet、DRUGBANK及GeneCards数据库获取胰腺癌疾病靶点,利用Uniprot数据库对靶点进行校正;并利用VENNY2.1网站绘制韦恩图,取得化合物-疾病交集。分别使用Cytoscape3.7.2、STRING数据库平台构建活性成分-靶点网络图和共有靶点蛋白互作网络(PPI),通过相互关系大小来确定核心靶标。利用DAVID对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。对主要活性成分与靶点,使用AutoDock软件进行分子对接。结果:“白花蛇舌草-半枝莲”药对共收集到36个有效成分,网络分析得到57个靶点基因与胰腺癌密切相关,这些靶点主要涉及激酶活性的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、细胞增殖的正调节,并主要富集在PI3K-Akt信号通路上。分子对接结果表明,“白花蛇舌草-半枝莲”药对主要活性成分与AKT1和TNF具有良好的结合能力。结论:“白花蛇舌草-半枝莲”药对治疗胰腺癌具有多成分、多靶点、多途径的特点,为基础研究和临床应用提供了科学依据。

关键词： 获得性免疫缺陷综合征   贞芪扶正胶囊   网络药理学   分子对接模拟  

摘要： 目的利用网络药理学方法及分子对接技术分析贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病的分子机制。方法通过TCMSP获取贞芪扶正胶囊组方药物活性成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM及DrugBank数据库获取艾滋病相关靶点;通过STRING 11.5数据库构建交集靶点PPI网络,并采用Cytoscape 3.9.1软件进行网络拓扑分析;采用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape 3.9.1构建贞芪扶正胶囊成分-靶点-通路网络;利用Autodock Tools软件对核心靶点与活性成分进行分子对接。结果获得贞芪扶正胶囊31个活性成分及180个作用靶点,确定TNF、IL6、AKT1、IL1B、TP53、VEGFA、RELA、EGFR、CASP3为核心靶点。GO功能富集分析获得生物过程1436条、细胞组分53条、分子功能117条。KEGG通路富集分析获得167条通路,与癌症、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等密切相关。分子对接结果显示,AKT1、TNF等核心靶点与槲皮素、山柰酚、木犀草素等成分有良好的结合活性。结论贞芪扶正胶囊治疗艾滋病的主要活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素,可能通过IL-17信号通路辅助治疗艾滋病。

关键词： 三七   网络药理学   抗肿瘤转移   药理作用分子作用机制(中药)  

摘要： 目的利用网络药理学方法探讨三七抗肿瘤转移的作用机制。方法检索TCMSP筛选三七的有效成分及靶点,运用GeneCards数据库筛选抗肿瘤转移相关靶点,将有效成分靶点与疾病靶点进行Venn分析,得到三七抗肿瘤转移的关键靶点。借助Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络。运用STRING数据库构建PPI网络。借助Bioconductor对靶点基因进行KEGG信号通路和GO生物过程富集分析。结果从三七中筛选出活性成分119个,符合条件的有效成分8个,对应162个相关靶点,与抗肿瘤转移有关靶点121个,PPI网络筛选出关键靶点30个,包括AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6等。GO功能富集分析主要涉及细胞因子受体结合、血红素结合、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素蛋白连接酶结合、类固醇激素受体活性等生物过程,KEGG通路富集分析得到与三七抗肿瘤转移相关的信号通路149条,主要涉及AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路,以及乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染等多种病毒感染及多种肿瘤。结论三七可通过人参皂苷f2、人参皂苷rh2、β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素等多个活性成分,通过AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6等多个靶点作用于PI3K-Akt等信号通路,发挥抗肿瘤转移作用。

关键词： 牡丹皮   抗抑郁   网络药理学   作用机制  

摘要： 基于网络药理学探究牡丹皮抗抑郁的潜在作用机制。方法 在TCMSP平台筛选牡丹皮的活性成分和靶点;在DisGeNET和Gene Card数据库以“depression”作为关键词收集抑郁症疾病靶点,绘制venny图和成分-靶点网络图;利用String数据库构建PPI网络图;通过DAVID平台进行GO分析和KEGG分析。结果 获得6个关键化合物,156个靶点,158个生物学过程,144条信号通路。结论 牡丹皮可能作用于AKT1、TNF等靶点,介导癌症通路、AGE-RAGE信号通路等信号通路,达到抗抑郁作用。

关键词： 白藜芦醇   创伤性颅脑损伤   网络药理学   分子对接   生物信息学  

摘要： 目的基于网络药理学探讨白藜芦醇治疗创伤性颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法检索TCMSP、BATMAN-TCM、SuperPred、PharmMapper、SwissTargetPrediction和Drugbank数据库筛选获得白藜芦醇作用靶点577个,检索TTD、Drugbank、CTD、GeneCards、OMIM和Malacards数据库获得TBI相关靶点1100个,利用UniProt数据库获得交集靶点(即白藜芦醇治疗TBI的作用靶点)165个,构建药物-靶点-疾病网络。采用STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)。采用Metascape数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用AutoDockTools 1.5.6、Pymol 2.4.0、DiscoveryStudio 2020软件进行白藜芦醇与核心靶点的分子对接分析。结果165个交集靶点中,PPI排名前10的节点(即核心靶点)包括胰岛素(INS)、胰岛素样生长因子1、肿瘤坏死因子、TP53、白蛋白、白细胞介素(IL)-6、SRC、信号转导和转录活化因子3、血管内皮生长因子A、基质金属蛋白酶(MMP)-9。交集靶点的GO富集分析显示,生物过程主要涉及转移酶活性的正调控、细胞迁移的积极调控、活性氧代谢过程、对受伤的反应、内皮细胞增殖等;分子功能主要涉及激酶结合、蛋白激酶活性、蛋白磷酸酶结合、细胞因子受体结合、蛋白酶结合、转录因子结合等;细胞组分主要涉及膜筏、囊泡腔、突触后膜、树突、内质网腔、细胞间连接等。交集靶点的KEGG富集分析显示,信号通路主要涉及癌症途径、AGEs-RAGE信号通路、FoxO信号通路、补体与凝血级联等。分子对接显示白藜芦醇与IL-6、MMP-9、INS、SRC均有较好的结合活性。分子对接结果显示,白藜芦醇与10个核心靶点成功对接,其中白藜芦醇与IL-6、MMP-9、INS、SRC的对接结合能<-5 kJ/mol。结论白藜芦醇可能通过多靶点、多通路发挥减轻TBI和促进神经功能恢复的治疗作用。

关键词： 枳实   肝内胆汁淤积   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨枳实治疗肝内胆汁淤积的有效活性成分及其潜在作用机制,并对枳实黄酮类粗提物治疗胆汁淤积的药效进行验证。方法:从TCMSP数据库和中国知网文献中检索出枳实的有效活性成分并收集其靶点;通过GeneCards和OMIM数据库收集肝内胆汁淤积相关的疾病靶点,将与药物靶点重复的靶点作为潜在靶点,使用Cytoscape构建“药物-有效成分-靶点-疾病”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络(PPI);借助Metascape数据库进行GO富集与KEGG通路富集分析,最后利用AutoDock vina进行分子对接进行初步验证。观察枳实黄酮粗提物对胆汁淤积大鼠谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总胆汁酸(TBA)、总胆红素(TBIL)、直接胆红素(DBIL)和碱性磷酸酶(ALP)指标的影响。结果:筛选得到35个活性成分,相关潜在靶点161个,疾病靶点1248个,枳实治疗肝内胆汁淤积潜在靶点87个,主要作用于AKT1、TP53、TNF、CASP3、VEGFA、IL6、HIF1A等19个核心靶点,这些共同作用靶点富集于4405个生物过程和246条信号通路,分子对接结果显示,枳实主要活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。药效学验证显示,枳实黄酮提取物高、中剂量组的各生化指标与模型对照组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:枳实治疗肝内胆汁淤积的作用机制具有多成分、多靶点、多通路的特点,且经验证,枳实黄酮粗提物对大鼠胆汁淤积模型有治疗作用,为进一步探究枳实有效成分与体内靶点之间的作用机制奠定了理论基础。

关键词： 半夏泻心汤   失眠   网络药理学   富集分析   分子对接   作用机制  

摘要： 基于网络药理学及分子对接技术探究半夏泻心汤治疗失眠的作用机制。方法:通过TCMSP数据库,获取半夏泻心汤中各药物的活性成分及其作用靶点,利用UniProt数据库规范靶点名称。在OMIM、TTD、DrugBank、GeneCards数据库中检索失眠的相关靶点。运用在线Venny作图平台,得到半夏泻心汤治疗失眠的潜在作用靶点。将得到的作用靶点导入String数据库构建PPI网络,将所得蛋白互作信息导入Cytoscape3.9.1进行图像优化及提取核心基因,并构建疾病–药物–成分–靶点网络图。利用Metascape平台分别对交集靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。将核心成分及靶点运用Autodock软件进行分子对接验证。结果:得到半夏泻心汤有效成分184个,靶点249个,失眠相关靶点1701个,交集靶点95个,24核心靶点。富集分析得到GO条目1567条,KEGG通路185条,主要涉及神经活性配体–受体相互作用通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示,上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。结论:本研究初步表明了半夏泻心汤可以通过多成分、多靶点、多通路治疗失眠,为临床用药和进一步研究提供了一定参考。

关键词： 藿香正气方   金花清感方   连花清瘟方   疏风解毒方   清肺排毒方   新型冠状病毒   新型冠状病毒肺炎   网络药理学  

摘要： 文章总结了近几年对抗新型冠状病毒五种中药方(藿香正气方、金花清感方、连花清瘟方、疏风解毒方、清肺排毒方)治疗新型冠状病毒肺炎的活性成分、潜在作用靶点及作用机制的网络药理学分析成果。藿香正气方所含的槲皮素、柚皮素、山柰酚、β-谷甾醇、汉黄芩苷、甘乌内酯等活性成分,能通过与新冠病毒的ACE2受体结合并作用于前列腺素内过氧化物合酶2、热休克蛋白90AB1、雄激素受体、钙调蛋白调节血影蛋白关联蛋白2C等靶点而调节多条信号传导通路,从而发挥对新冠肺炎的预防和治疗作用。金花清感方所含的黄芩素、山柰酚和千层纸黄素A等活性成分,能通过与ACE2受体结合而作用于PTGS2、BCL2和半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶等靶点调节多条信号通路,发挥对新冠肺炎的治疗作用。连花清瘟方的活性成分山柰酚、槲皮素和木犀草素与3CL水解酶有较好结合力,豆甾-1-醇、甘草次酸和靛蓝与ACE2有较好结合力。疏风解毒方主要是通过黄酮类成分和植物甾醇类成分作用于IL-1B、IL-6、CCL2、MAPK1、MAPK8、MAPK14、CASP3、ALB等靶点调节炎症反应、氧化应激、细胞凋亡、肺纤维化等过程,减轻肺损伤而治疗新冠肺炎。清肺排毒方的主要活性成分槲皮素、山奈酚、木犀草素、柚皮素和异鼠李碱主要是通过MAPK1、MAPK3、MAPK8、MAPK14、IL-6、信号转导与转录激活因子1等靶点调控TNF、NF-κB等信号通路而抑制炎症反应、调节免疫功能,减轻肺损伤而达到治疗新冠肺炎的目的。