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关键词： 阿尔茨海默病   桃仁   红花   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的:采用网络药理学和分子对接技术预测桃仁-红花配伍治疗阿尔茨海默病(AD)的作用靶点,探讨其治疗AD的潜在分子作用机制。方法:利用TCMSP、PubChem、SwissTargetPrediction数据库收集药物有效成分及靶点,在GeneCards、DisGeNET数据库检索AD的靶点,通过Venny软件取交集靶点;采用Cytoscape 3.9.1、Cytoscape 3.7.2软件和STRING数据库构建药物-活性成分-靶点网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过Metascape平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Autodock、Pymol软件进行分子对接预测。结果:共筛选到桃仁-红花治疗AD的有效成分29个、靶基因423个,AD的靶点2561个,交集靶点共216个;筛选出的主要活性成分为除虫菊酯、木脂蛋白、槲皮素、黄芩素、6-羟基山柰酚等,核心靶点为细胞肿瘤抗原P53(TP53)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基α(PIK3R1)、转录信号转导和激活因子3(STAT3)等;GO功能富集分析获得1841条生物过程,110条细胞组分,185条分子功能。KEGG通路富集分析获得186条通路。分子对接结果显示,AKT1与除虫菊酯、槲皮素、黄芩素、6-羟基山柰酚具有良好的结合活性。结论:桃仁-红花能够通过多靶点、多途径发挥抗AD的作用。

关键词： 温胆汤   网络药理学  

摘要： 本研究旨在利用网络药理学方法预测温胆汤在治疗痰浊中阻型PCIV的潜在作用机制。利用多个数据库、分析平台及文献检索,收集出温胆汤中各中药成分靶点与疾病靶点,取其共同交集靶点,并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)的富集分析,同时使用相关软件分别构建出成分–疾病–通路靶点网络和蛋白质–蛋白质相互作用网络图。经分析筛选后,在温胆汤中发现49种活性化合物,其中与PCIV相关的共139个靶点。药物主要成分包括柚皮苷、槲皮素、木犀草素、黄芩苷,关键核心靶点包括IL6、TNF、STAT3等。KEGG信号通路包括癌症的途径、脂质和动脉粥样硬化、化学致癌作用–受体激活、IL-17信号等。结论:温胆汤对PCIV的治疗作用可能是通过柚皮苷、黄芩苷等成分及调节IL6、TNF等靶点从而参与抗炎、促进脂质代谢等多条途径。This study aimed to predict the potential mechanism of warm bile soup in the treatment of sputum resistant PCIV. Using multiple databases, analysis platform and literature retrieval, collect the Chinese medicine composition targets and disease targets, take the common intersection targets, and gene ontology (GO) and Kyoto gene and genome encyclopedia (KEGG) enrichment analysis, at the same time using the related software to build components-disease-pathway target network and protein-protein interaction network diagram. After analytical screening, 49 active compounds were found in bile soup, including a total of 139 targets associated with PCIV. The main components of the drugs include naringin, quercetin, luteolin, and baicalin, and the key core targets include IL 6, TNF, and STAT 3. KEGG signaling pathways including cancer pathway, lipids and atherosclerosis, chemical carcinogenesis-receptor activation, IL-17 signaling, etc. Conclusion: The therapeutic effect of bile soup on PCIV may be through naringin, baicalin and other components and targets such as IL 6 and TNF to participate in anti-inflammation and promote lipid metabolism.

关键词： 半枝莲   网络药理学   肺纤维化   靶基因   信号通路  

摘要： 目的以网络药理学为工具,筛选半枝莲有效成分作用靶点,明确其作用于肺纤维化的机制,进一步为肺纤维化的临床诊疗提供理论基础。方法在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中检索半枝莲,下载其有效化学成分及其对应的作用靶点信息。在GeneCards数据库中搜索得到肺纤维化有关的靶点基因,筛选出二者重叠的靶点,利用Cytoscape软件对重复靶点进行分析,构建“成分-靶点-疾病”相互作用网络。将半枝莲治疗肺纤维化的可能靶点导入STRING数据库进行蛋白相互作用网络分析、筛选出关键靶点。在R studio中加载ClusterProfiler软件包,对筛选出的共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果共获得半枝莲29个活性化合物,作用于人体的不重复的靶点191个。半枝莲治疗肺纤维化的5个关键靶点为AKT1、IL-6、IL-1β、VEGFA、JUN。结论半枝莲治疗肺纤维化的药理机制可能与其协同调节氧化应激、脂质代谢、炎症反应、细胞凋亡、细胞周期、分化、血管生成密切相关。

关键词： 网络药理学   糖尿病   生地黄   天花粉   PPAR信号通路   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学及分子对接技术研究生地黄-天花粉治疗糖尿病的主要成分和作用机制。方法:通过TCMSP、herb、Swiss Target Prediction数据库获得生地黄-天花粉的主要活性成分和作用靶点。通过GeneCard、OMIM等数据库筛选糖尿病的主要靶点,利用Venn图获得二者的交集靶点,绘制PPI网络,构建药物-活性成分-靶点网络,进一步获得生地黄-天花粉治疗糖尿病的核心靶点和成分,通过David数据库进行基因本体(GO)和京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并运用AutoDock-Vina对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证。结果:从生地黄-天花粉药对中筛选出15个不重复的有效成分和464个作用靶点,并与1455个糖尿病相关靶点相交,得到157个交集靶点。生地黄-天花粉治疗糖尿病的核心有效成分有:高良姜萜醛A(Galanal A)、菠菜甾醇(Spinasterol)、4-乙酰氧基-6-羟基-3-(1-羟基-1-甲基乙基)-6,10,12a-三甲基-1,2,3,3a,4,5,6,9,10,12a-十氢环戊烷并环十一烷[6-Hydroxy-3-(1-hydroxy-1-methylethyl)-6,10,12atrimethyl-1,2,3,3a,4,5,6,9,10,12a-decahydrocyclopenta[a]cycloundecen-4-yl acetate]、甾醇(Schottenol)等,关键靶点是IL1B、PPARG、DPP4、PTGS2、EGFR等。信号通路分析得出生地黄-天花粉可通过Pathways in cancer(癌症通路)、Insulin resistance(胰岛素抵抗)、PPAR signaling pathway(PPAR信号通路)等多种信号通路干预糖尿病。分子对接结果显示,筛选的主要活性成分及靶点蛋白具有较好的结合活性。结论:生地黄-天花粉药对可以通过多种成分、多种靶点和多种途径对糖尿病起到治疗效果。

关键词： 姜黄素   光动力技术   网络药理学   作用机制   信号通路  

摘要： 通过网络药理学探究姜黄素光动力技术的作用和分子机制,为进一步研究姜黄素光动力技术的分子机制提供理论指导。文章通过PharmMapper、SwissTargetPrediction、STITCH、GeneCards等在线分析平台预测姜黄素与光动力技术相关靶点,基于DAVID数据库进行GO功能注释和KEGG富集分析筛选姜黄素运用于光动力的可能机制,使用cytoscape 3.9.1软件构建蛋白—蛋白互作(PPI)网络图,获取核心靶点。结果显示:网络药理学分析可预测78个姜黄素与光动力技术共同靶点,GO富集分析的结果主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正与负调控、凋亡过程的正与负调控、信号转导、对药物的反应、对外来刺激的反应、蛋白质磷酸化、炎症反应等173个相关生物过程;KEGG通路富集分析得到癌症的途径、PI3K-Akt信号通路、癌症中的蛋白聚糖、乙型肝炎、脂质与动脉粥样硬化、MAPK信号通路等90条潜在作用通路;PPI网络分析预测核心靶点包括AKT1、TNF、CASP3、STAT3、EGFR、ESR1、SRC、PTGS2、MMP9、ANXA5等。

关键词： 二仙汤   雌激素   顺铂   肌肉质量下降   磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B/磷酸化叉头框蛋白O3a  

摘要： 目的通过网络药理学分析和动物实验研究,预测并验证二仙汤通过雌激素受体介导磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)/叉头框蛋白O(forkhead box O,FoxO)信号通路对顺铂诱导卵巢衰老大鼠骨骼肌的保护作用及其分子机制。方法利用网络药理学方法筛选二仙汤的有效成分及其靶点和肌肉质量下降(肌肉减少)的相关靶基因,将筛选出的关键靶点进行京都基因与基因组百科全书和基因本体论富集分析。动物实验选取40只7周龄SD雌性大鼠,随机分为空白对照组、模型对照组、阳性对照(戊酸雌二醇)组、二仙汤低剂量组、二仙汤高剂量组,每组8只。除正常对照组外,剩余各组均采取腹腔注射顺铂制备卵巢衰老模型,正常对照组与模型对照组灌胃生理盐水,二仙汤低剂量组与二仙汤高剂量组每天分别予以7.8 g/kg、15.6 g/kg灌胃,阳性对照组每天给予戊酸雌二醇0.09 mg/kg灌胃,各组持续给药28天。28天实验结束后麻醉、取材。苏木精—伊红染色法染色观察大鼠后肢骨骼肌形态学变化,并计算骨骼肌横截面面积;蛋白印迹法检测PI3K/Akt/FoxO信号通路相关蛋白表达情况。结果(1)网络药理学检测结果表明,二仙汤治疗肌少症的主要通路有雌激素信号通路、PI3K/Akt信号通路、FoxO信号通路等。(2)动物实验结果表明:与空白对照组相比,模型对照组骨骼肌肌纤维横截面积明显降低(P<0.05);与模型对照组相比较,二仙汤低剂量组骨骼肌肌纤维横截面积明显增加(P<0.05),阳性对照组和二仙汤低剂量组磷酸化FoxO3a及磷酸化Akt/Akt蛋白表达显著升高(P<0.01),二仙汤低剂量组PI3K及B淋巴细胞瘤-2蛋白表达显著升高(P<0.01)。结论二仙汤可以明显改善顺铂诱导的卵巢衰老大鼠骨骼肌肌肉质量,其作用机制与激活雌激素受体介导的PI3K/Akt/磷酸化FoxO3a信号传导通路和抗凋亡作用密切相关。

关键词： 急性咽炎   牛黄利咽丸   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 基于网络药理学与分子对接探寻牛黄利咽丸治疗急性咽炎的作用机制,为临床应用和实验研究提供理论依据。方法 利用TCMSP数据库与HERB数据库获取牛黄利咽丸的活性成分及靶点;通过GeneCards与OMIM数据库收集急性咽炎相关靶点;通过jvenn在线平台获得上述靶点的交集靶点。通过Cytoscape软件构建“药物-活性成分-靶点”网络,并筛选出牛黄利咽丸治疗急性咽炎的潜在活性成分。通过STRING数据库构建交集蛋白互作网络,并运用Cytoscape对网络进行拓扑分析并获取核心靶点。通过DAVID数据库对潜在作用靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。采用AutoDockTools软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共得到牛黄利咽丸的67个有效活性成分,140个牛黄利咽丸治疗急性咽炎的潜在作用靶点。分析出槲皮素、山柰酚、黄芩素、柚皮素等关键活性成分;TP53、Akt1、TNF、白细胞介素-6(IL-6)、CASP3等核心靶点;潜在作用靶点参与细胞凋亡、炎症反应等生物过程,涉及白细胞介素-17(IL-17)、TNF、细胞凋亡等信号通路。主要活性成分槲皮素、山柰酚、黄芩素与TNF、TP53等靶蛋白有较好的结合活性。结论 牛黄利咽丸可通过多成分、多靶点、多途径共同治疗急性咽炎,为临床应用以及药理学实验提供了理论依据。

关键词： 乌药   原发性痛经   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学结合分子对接技术探讨乌药治疗原发性痛经的作用机制。方法通过检索数据库获取乌药成分及药物靶点,在GeneCards、DrugBank数据库中筛选疾病靶点,并将药物和疾病靶点取共同靶点。将共同靶点导入STRING网站进行蛋白质互作(PPI)分析,并用Cytoscape 3.7.1软件分析核心靶点。Metascape网站进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,根据“药物-成分-靶点-通路-疾病”关系构建网络图。采用AutoDock Vina 1.2.5软件行分子对接验证相关成分与核心靶点的结合活性。结果筛选得到8种乌药活性成分、55个共同靶点,包括MAPK1、AKT1、MYC、HIF1A、TP53等关键靶点。GO生物过程涉及对氧反应、对激素反应等,KEGG通路主要涉及雌激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接的8种成分与10个核心靶点具有较好结合活性。结论乌药能通过多成分、多靶点、多途径改善原发性痛经。

关键词： 四逆汤   腹泻   分子对接   网络药理学  

摘要： 基于网络药理学和分子对接技术分析四逆汤的有效成分及其防治畜禽腹泻的作用机制,预测四逆汤组方中药干姜,附子,甘草的有效成分、作用靶点、靶点与腹泻靶点关系以及富集的通路。结果显示四逆汤可能通过美迪紫檀素、甘草酚、柚皮素、山奈酚、槲皮素等潜在活性成分,作用TP53、AKT1、STAT3等靶点,通过干预AGE-RACE,IL-17,TNF等抗炎相关通路在畜禽机体中发挥抗腹泻作用。

关键词： 醒脑治瘫胶囊   气虚   血瘀   中风   网络药理学   分子对接  

摘要： [目的]中药复方醒脑治瘫胶囊在临床上被广泛用于治疗各种气虚血瘀型中风,但其整体药理学的作用机制研究相对较少。本文通过网络药理学、分子对接以及实验验证手段探索醒脑治瘫胶囊的整体药理作用机制。[方法]检索中药系统药理学(TCMSP)数据库和中医药信息数据库(TCM-ID)中醒脑治瘫胶囊各味中药口服生物利用度大于30%,类药性大于0.18的有效化学成分及其对应的作用靶点;在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD等数据库中检索气虚血瘀型中风对应的靶点;使用Cytoscape软件构建醒脑治瘫胶囊中药-活性成分-气虚血瘀型中风潜在靶点网络;使用STRING软件构建蛋白-蛋白相互作用网络;使用DAVID软件进行靶点基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDock Vina和Discovery Studio Visualizer软件进行分子对接和作用模式分析;评价醒脑治瘫胶囊提取物对氧糖剥夺/复糖复氧(OGD/R)诱导人源性神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)生存率、乳酸脱氢酶(LDH)释放率和网络药理学分析出的部分相关基因的影响。[结果]网络药理学分析显示PTGS2、PTGS1、HSP90AA1、NCOA2、ADRB2、CHRM1等靶点是醒脑治瘫胶囊发挥药效的潜在主要靶点;槲皮素、山柰酚、木犀草素等化合物是醒脑治瘫胶囊发挥药理作用的潜在有效成分。分子对接显示木犀草素与β2-肾上腺素能受体(ADRB2)、槲皮素与环氧合酶-2(PTGS2)、黄芩素与M1受体(CHRM1)、隐丹参酮与环氧合酶-1(PTGS1)具有潜在的结合可能。醒脑治瘫胶囊提取物可剂量依赖性地修复OGD/R对SH-SY5Y细胞的损伤,提高细胞生存率,降低LDH释放率,并能下调OGD/R引起的细胞PTGS2/PTGS1/HSP90AA1基因的mRNA和蛋白的高表达。[结论]网络药理学研究结果、分子对接技术结合实验验证为阐明醒脑治瘫胶囊药效物质基础和整体药理机制提供了新的研究方向。