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关键词： 心肌缺血损伤   丹参-降香   天香丹   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的 通过网络药理学和分子对接技术探寻“丹参-降香”改善心肌缺血损伤的药效物质基础和分子作用机制。方法 借助TCMSP、UniProt数据库及文献补充筛选“丹参-降香”的主要活性成分,并将与活性成分相联系的靶基因借助UniProt数据库翻译成相应基因。利用GeneCards、OMIM数据库得到疾病相关靶点,采用R软件进行基因本体(GO)及基因组百科全书(KEGG)基因富集分析,最后通过分子对接验证关键靶点和主要活性成分间的潜在机制。结果 筛选“丹参-降香”治疗心肌缺血损伤的102个活性成分和129个潜在作用靶点。PPI筛选得到关键靶点TP53、STAT3、Akt1、JUN、TNF、CASP3、Bcl-2、IL-6、MAPK1、CCND1。GO功能分析发现“丹参-降香”生物过程集中在脂多糖的反应、肌肉细胞增殖、对药物的反应、平滑肌细胞增殖、对金属离子的反应等多个方面。KEGG通路富集分析显示涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等。分子对接显示luteolin与TP53、STAT3、Akt1具有良好的结合活性。结论 “丹参-降香”配伍治疗心肌缺血损伤具有多组分、多靶点、多通路相互协同的特点,可为防治心肌缺血损伤的研究提供参考。

关键词： 弥漫大B细胞淋巴瘤   荷叶碱   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的探讨荷叶碱治疗弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)的核心靶点及作用机制。方法基于GeneCards数据库筛选DLBCL相关的靶基因,通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP),SwissTargetPrediction和PharmMapper网站检索荷叶碱相关的靶基因,取交集后进行富集分析。基于STRING平台进行蛋白质互作分析,利用Cytoscape筛选核心靶点并开展分子对接。细胞增殖实验检测荷叶碱处理后DLBCL细胞的增殖水平,流式细胞学实验检测加药后DLBCL细胞的周期阻滞水平和凋亡水平,Western blot检测其相关蛋白的表达水平。结果筛选出1422个与DLBCL相关的靶基因和247个与荷叶碱相关的靶基因,取交集后共得到50个潜在基因。基因本体论(gene ontology,GO)富集分析、京都基因与基因百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析显示,潜在基因主要富集于细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡等信号通路。随后构建“药物-靶点-通路-疾病”的网络关系图。分子对接提示荷叶碱与核心靶点具有良好的结合活性,通过qRT-PCR进一步验证荷叶碱的表达调控作用。CCK-8实验表明,荷叶碱可以抑制DLBCL细胞的增殖,且抑制作用呈浓度依赖性和时间依赖性。流式细胞学实验发现,荷叶碱以浓度依赖性的方式诱导DLBCL细胞在G2/M期阻滞,细胞凋亡率增加,且具有浓度依赖性。Western blot结果表明,荷叶碱可降低DLBCL细胞中c-MYC、Cyclin B1和CDK1的表达水平,升高cleaved-PARP和cleaved-caspase-3的表达水平。结论荷叶碱可以通过调控细胞增殖、细胞凋亡、细胞周期等生物学过程,进而抑制DLBCL的发生、发展,为进一步探究荷叶碱治疗DLBCL的分子机制和临床应用提供了科学依据。

关键词： 玉米须   桑叶   网络药理学   糖尿病   分子对接  

摘要： 目的通过网络药理学和分子对接技术探究“玉米须-桑叶”药对干预糖尿病的重要靶标。方法截至2024年4月通过中药系统药理学数据库检索“玉米须-桑叶”药对活性成分及靶点;通过GeneCard数据库检索糖尿病靶点;构建韦恩图获得交集靶点。在Cytoscape 3.9.1软件中构建“玉米须-桑叶”药对-活性成分-靶点网络图;构建蛋白质互作网络筛选核心靶点,借助David数据库对交集靶点进行基因本体富集和京都基因与基因组百科全书通路分析,通过CB-Docks软件进行分子对接。结果得到“玉米须-桑叶”药对有效成分40个,靶点1457个,糖尿病相关靶点4062个,交集靶点620个,核心靶点5个。分子对接分析发现红厚壳(种)内酯与磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基α(PIK3CA)结合能力最强。结论“玉米须-桑叶”药对可能通过热休克蛋白90α家族A类成员1、酪氨酸蛋白激酶、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、PIK3CA、雌激素受体α等靶标调控表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂耐药性、内分泌的阻力、磷酸化磷脂酰肌醇3-激酶等信号通路多因素共同调控干预糖尿病。

关键词： 华山参   指纹图谱   网络药理学   功效关联物质   质量控制   莨菪碱   山莨菪碱   东莨菪内酯  

摘要： 目的建立华山参的HPLC指纹图谱,并结合化学计量学和网络药理学方法对华山参的功效关联物质进行预测分析。方法采用HPLC法建立指纹图谱,匹配共有峰并进行指认。构建“成分-靶点-通路”网络,并根据连接度筛选活性成分。结合化学计量学方法对样品进行分类,预测华山参潜在的功效关联物质。结果共标定了14个共有峰,其中5个为经对照品比对确认。初步预测莨菪碱、山莨菪碱、东莨菪苷、东莨菪内酯可能通过调节磷脂酰肌醇-3-激酶p110α催化亚基(PIK3CA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B2(AKT2)等多个靶点以及人巨细胞病毒感染、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、松弛素信号通路等达到止咳平喘的作用。结论本研究发现华山参的4个成分与其功效属性密切相关,为深入研究华山参的作用机制提供参考。

关键词： 优韧集胶囊   骨质疏松   双侧卵巢去势模型   网络药理学   蛋白质组学  

摘要： 应用网络药理学与蛋白质组学技术,探讨优韧集胶囊(Yourenji Capsules,YRJ)改善骨质疏松可能的药效作用机制。将SD大鼠随机分为空白对照组和700 mg·kg^(-1)YRJ组,灌胃给予相应药物,利用UPLC-Q-TOF-MS/MS比较空白血清、含药血清和YRJ样品,分析主要入血成分。基于YRJ入血成分进行网络药理学分析,获取入血成分相关靶点及骨质疏松疾病涉及靶基因,绘制韦恩图获取药物作用靶点与疾病靶点的交集。采用STRING数据库进行潜在作用靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析,构建PPI网络。利用Enrichr进行GO功能富集和KEGG通路富集,探究YRJ的潜在作用机制。采用双侧卵巢去势法(OVX)构建大鼠骨质疏松模型,分为假手术组、模型组和700 mg·kg^(-1)YRJ组,灌胃给予相应药物。取大鼠股骨进行非标记蛋白质组学技术(Label-free)检测各组间差异蛋白的表达,并进行差异蛋白的GO功能和KEGG通路富集分析。结合网络药理学和蛋白质组学结果预测YRJ改善骨质疏松的作用机制。入血成分结果显示,YRJ血清入血成分23个,入血成分网络药理学结果显示,涉及肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤抑制蛋白53(TP53)、蛋白激酶(AKT1)、基质金属蛋白酶9(MMP9)等核心靶点,主要参与破骨细胞分化、雌激素信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路等;蛋白质组学涉及过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)信号通路、β-丙氨酸代谢等重要通路。网络药理学和蛋白质组学共同揭示了YRJ改善骨质疏松的作用机制可能与调控炎症、成骨细胞和破骨细胞代谢通路密切相关,主要通路包括NF-κB信号通路、MAPK信号通路、PPAR信号通路等。

关键词： 辛夷   网络药理学   变应性鼻炎   肥大细胞   作用机制  

摘要： 目的:探讨辛夷通过抑制肥大细胞脱颗粒治疗变应性鼻炎(AR)的作用机制。方法:将P815细胞分为对照组(nc)、模型组(mc)、阳性药组(pc)及辛夷水提物低(0.01 mg/ml)、中(0.1 mg/ml)、高(1 mg/ml)剂量组,检测其对P815肥大细胞脱颗粒的抑制作用。利用TCMSP、UniProt、SwissTargetPrediction数据库及文献查阅等检索辛夷的活性成分和相关靶点;利用GeneCards、OMIM、MelaCards、TTD数据库获取AR的疾病靶点。构建共同靶点蛋白相互作用网络(PPI),对关键作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:辛夷对P815细胞脱颗粒具有明显的抑制作用(P<0.05)。成分靶点370个,肥大细胞脱颗粒靶点1940个,AR靶点2740个,共同靶点90个,其中TNF、SRC、AKT、STAT3、EGFR为关键靶基因。GO富集分析发现炎症应答、磷酸化、蛋白质磷酸化、质膜等参与AR的发生与治疗。KEGG通路富集分析显示,与EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、胰腺癌、非小细胞肺癌、fcεRI信号通路密切相关。结论:辛夷能抑制肥大细胞脱颗粒发并通过多靶点途径发挥治疗AR的作用。

关键词： 网络药理学   分子对接   扶脾柔肝颗粒   肝纤维化   血管新生  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接探讨扶脾柔肝颗粒(FRG)抗肝纤维化血管新生的物质基础及其分子机制。方法:从TCMSP、GeneCards和OMIM数据库中筛选FRG和肝纤维化血管新生的靶点,并运用Draw Venn Diagram数据库获得FRG与肝纤维化血管新生的共同靶点。使用Cytoscape软件构建“中药-成分-共同靶点”网络及PPI网络,并筛选出其关键成分和核心靶点。使用Metascape数据库对共同靶点进行GO和KEGG富集分析。通过AutoDock Vina软件对关键成分与核心靶点进行分子对接验证。结果:筛选得到105个FRG活性成分和285个靶点,FRG与肝纤维化血管新生有116个共同靶点。“中药-成分-共同靶点”网络分析得出关键成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等;PPI网络分析得出核心靶点为STAT3、IL-6、TNF、VEGFA、IL1B。GO富集分析主要涉及缺氧反应、炎症反应及类固醇代谢等生物过程;KEGG富集分析主要涉及PI3K/Akt信号通路、HIF-1信号通路、IL-17信号通路等。分子对接结果表明,关键成分和核心靶蛋白之间具有良好的结合能力。结论:FRG可能通过作用于STAT3、VEGFA、TNF等蛋白来干预肝纤维化血管新生,其机制可能与其抑制P13K/Akt/HIF-1α信号通路有关。

关键词： 网络药理学   三黄泻心汤   大黄   黄芩   黄连  

摘要： 探讨中药复方“三黄泻心汤”对高脂血症和动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的治疗机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)平台筛选收集三黄泻心汤中各药主要活性成分,通过数据库Gene Cards筛出疾病靶点,用Cytoscape 3.6.1构建化合物的成分-靶点网络,分析其度(degree)值。通过Cytoscape 3.8.2软件和String数据库做蛋白相互作用网络图,然后通过数据库Web Gestal对基因靶点做GO富集及KEGG富集分析。结果显示,三黄泻心汤的抗AS和高脂血症的成分-靶点-信号通路网络中有成分283种,靶点36个、信号通路168条。度值较高的候选化合物分子如芦荟大黄素(Rhein)等,主要靶点主要有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)等,涉及信号通路主要包括IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等。研究发现,三黄泻心汤通过调节IL-17、PI3K-Akt等信号通路,参与高脂血症和AS的发生发展。

关键词： 中药化学成分   茅莓根   UPLC-MS/MS   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的基于超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)技术分析茅莓根成分,并结合网络药理学方法探讨其治疗感冒高热、咽喉肿痛、炎症相关疾病的作用机制。方法根据质谱信息结合对照品、文献和数据库对茅莓根化学成分进行指认。采用网络药理学法分析其化学成分对应靶点及相关通路,绘制“活性成分-靶点-通路”网络。通过PyMOL 2.5.7软件对活性成分与核心靶点进行分子对接。结果经UPLC-MS/MS鉴定出20个化学成分,通过网络药理学获得茅莓根治疗感冒高热、咽喉肿痛、炎症的23个核心靶点,15个潜在活性成分,分别为己内酰胺、(E)-3-吲哚丙烯酸、隐绿原酸、原花青素C2、原花青素B3、表儿茶素、3-O-阿魏酰奎宁酸、辛二酸、鞣花酸、壬二酸、2α,3β,19α,23-四羟基乌苏-12-烯-28-羧酸、己二酸二(2-乙基己)酯、金色酰胺醇酯、邻苯二甲酸二异壬酯、野鸦椿酸。分子对接结果显示,5个经对照品比对的成分均能较好地与疾病靶点结合。结论茅莓根中的己内酰胺、(E)-3-吲哚丙烯酸等15个活性成分可能通过作用于AKT1、TNF等靶点,发挥对感冒高热、咽喉肿痛、炎症的治疗作用,为后续茅莓根的临床应用提供了一定参考。

关键词： 柏苓化浊丸   慢性前列腺炎   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接探讨柏苓化浊丸改善慢性前列腺炎(CP)的作用机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选柏苓化浊丸的有效成分和作用靶点,从GeneCard数据库和比较毒理基因组学数据库获取疾病靶点,与作用靶点取交集,将交集基因上传至检索基因/蛋白相互作用(STRING)数据库进行蛋白相互作用分析,采用Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络和活性成分-交集基因网络。采用R软件进行基因本体(GO)生物学功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测柏苓化浊丸的作用机制。采用PyMOL、AutoDockTools和Vina软件进行分子对接验证。结果柏苓化浊丸共获得交集靶点103个,药物活性成分98个。关键活性成分为槲皮素、汉黄芩素、木犀草素等,核心靶点为V-JUN肉瘤病毒癌基因同源物(JUN)、雌激素受体1(ESR1)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、细胞周期素D1(CCND1)等。柏苓化浊丸可通过调控磷脂酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)、白介素(IL)-17、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Janus激酶信号转导与转录激活因子(JAK-STAT)等多条信号通路改善CP。分子对接结果显示,关键活性成分与核心靶点结合力较好。结论柏苓化浊丸可通过多靶点、多信号通路抑制炎性因子的产生,调控细胞凋亡、免疫反应和氧化应激,从而改善CP。