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关键词： 补肾促卵方   卵巢颗粒细胞   自噬   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学与分子对接探究补肾促卵方调控卵巢颗粒细胞自噬的分子作用机制。方法采用网络药理学分析补肾促卵方抗卵巢颗粒细胞的主要活性成分与作用通路富集,并通过分子对接进行验证。结果TCMSP数据库中筛选到补肾促卵方有效活性成分靶点725个;GeneCards、CTD、DisGeNET数据库检索到卵巢颗粒细胞自噬疾病靶点551个;筛选两者共同基因靶点154个,GO、KEGG功能分析显示补肾促卵方调控卵巢颗粒细胞自噬的通路主要富集在PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、内分泌抵抗等;分子对接结果显示各基因靶点结合能低于-5.9 kcal/mol,提示补肾促卵方可有效调控卵巢颗粒细胞自噬。结论补肾促卵方或通过靶向PIK3R1、PIK3CA等基因,影响细胞信号传导和蛋白磷酸化来促进或抑制卵巢颗粒细胞自噬。

关键词： 飞龙   掌血   抗炎   网络药理学   机制  

摘要： 目的:利用网络药理学探索飞龙掌血分子的功能,探讨其抗炎作用机制.方法:综合利用中国知网、SwissADME、SwissTargetPrediction、GeneCard、在线人类孟德尔遗传数据系统(OMIM)和GeneCards等数据库,获取和筛选飞龙掌血潜在的活性成药分子和抗炎靶标,利用CytosCape 3.7.2软件构建药物—有效化学成分—药物靶标网络.利用CytosCape 3.7.2和String数据库,构建蛋白质-蛋白质的相互作用网络(PPI).最后,进行基因本体(GO)功能和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将结果可视化,从而揭示飞龙掌血抗炎的分子机制.结果:筛选出了飞龙掌血的43个有效成分和736个靶点.取交集选择了219个基因作为潜在的治疗炎症的靶点,并建立了药物—有效化学成分—药物靶标网络图.根据GO功能富集分析,涉及2334个生物学过程,如正向调控反应中的磷酸化、膜筏的参与,以及蛋白激酶活性的调控等.KEGG通路富集分析结果显示KEGG信号通路203条,主要包括癌症途径脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号传导途径等.结论:飞龙掌血的抗炎药理学机制相当复杂,具有多途径、多靶点作用的特点.通过运用网络药理学,能够有效针对飞龙掌血中的多种成分进行分析,从而筛选出网络靶标并富集信号通路,以更好地研究疾病与中药化学成分之间错综复杂的相互作用关系.

关键词： 活络效灵丹   糖尿病周围神经病变   作用机制   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学及分子对接技术对活络效灵丹治疗糖尿病周围神经病变的有效活性成分及靶点的作用机制进行探讨。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集活络效灵丹有效成分及靶点信息。通过人类基因数据库(GeneCards)获取糖尿病周围神经病变的相关靶点信息,绘制Venny图得到成药–疾病交集靶点。在STRING平台导入交集靶点进行蛋白质–蛋白质相互作用网络的构建,将取得的TSV文件导入Cytoscape 3.8.1软件中,调节度值进行二次建模,颜色亮暗调节,筛选出核心靶点。将交集靶点导入MetaScape平台,进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,筛选出活络效灵丹治疗糖尿病周围神经病变的活性成分。结果:筛选获得活络效灵丹有效成分120个、潜在靶点219个,疾病潜在靶点1360个,药物与疾病交集靶点108个。得到核心靶点细胞肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)等;通过GO富集分析,提示活络效灵丹对生物过程的影响主要体现在对激素的反应、细胞迁移的正向调节、对氧化应激的反应、对细菌来源分子的反应、对氧气水平下降的反应、磷脂代谢的正向调节、凋亡信号通路的调节、程序性细胞死亡的正向调节等。KEGG富集分析显示,活络效灵丹对多条通路发挥治疗作用,其中排名靠前的有癌症的途径、脂质与动脉硬化、晚期糖基化终末产物–糖基化终末产物受体信号通路在糖尿病并发症中的作用、癌症中的蛋白聚糖、化学致癌–受体激活、白细胞介素(Interleukin,IL)–7信号通路等。分子对接结果显示,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)与β–谷甾醇、槲皮素,TP53与β–谷甾醇、槲皮素结合能力均较好。结论:活络效灵丹中含有槲皮素、β–谷甾醇、豆甾醇、木犀草素、丹参酮IIA等多种有效成分,通过作用于TP53、AKT1、信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)等关键靶点,发挥抗氧化应激、调节细胞凋亡、抗炎、调节机体新陈代谢等作用,以此来治疗糖尿病周围神经病变。

关键词： 慢性阻塞性肺疾病   支气管扩张症   补元汤   异病同治   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨补元汤“异病同治”慢性阻塞性肺疾病和支气管扩张症的分子机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台获取补元汤的活性成分,通过PubChem和Swiss Target Prediction平台预测活性成分的作用靶点;基于GeneCards、DisGeNET和人类孟德尔遗传综合数据库等数据库检索慢性阻塞性肺疾病和支气管扩张症的靶点,并将活性成分对应靶点与疾病靶点取交集获得补元方治疗慢性阻塞性肺疾病和支气管扩张症的交集靶点。利用Venny 2.1在线软件构建药物-疾病交集靶点的韦恩图,药物-成分-靶点网络基于Cytoscape 3.9.1软件建立;交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络基于STRING平台建立。利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;主要活性成分和核心靶点分子对接验证基于AutoDock软件进行。结果:共获得补元汤治疗慢性阻塞性肺疾病和支气管扩张症的交集靶点206个。筛选出槲皮素等6种核心成分,肿瘤坏死因子(TNF)等10个核心靶点。GO功能共富集402个结果,包括生物学过程145个,细胞组分93个,分子功能164个;KEGG共富集164条通路,包括晚期糖基化终末产物(AGE)-AGE受体(RAGE)、TNF和缺氧诱导因子-1等信号通路。分子对接初步验证了以上网络药理学结果。结论:补元汤的核心成分槲皮素等可作用于TNF等核心靶点,通过调控AGE-RAGE等信号通路,发挥“异病同治”慢性阻塞性肺疾病和支气管扩张症的作用。

关键词： 枳术汤   儿童肥胖   脂肪组织炎症   巨噬细胞   网络药理学  

摘要： 运用网络药理学和分子对接技术探讨枳术汤调控巨噬细胞极化改善儿童肥胖脂肪组织炎症的作用机制,并进行动物实验验证。使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选枳术汤的活性成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库搜集儿童肥胖脂肪组织炎症相关靶点,绘制药物-疾病靶点交集图;利用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络筛选核心靶点;通过R语言进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;利用AutoDock软件对核心靶点和活性成分进行分子对接分析。将24只SPF级6周龄C57B/6J雄性小鼠适应性饲养1周,随机选取8只作为空白组,其余16只通过8周的高脂饲料喂养构建高脂肪饮食诱导小鼠肥胖模型,造模成功后将16只小鼠随机分为模型组和枳术汤组,每组8只。枳术汤组灌胃给药干预14 d,每日1次,空白组和模型组给予等量无菌双蒸水(ddH2O)灌胃。末次灌胃后取小鼠血清和腹股沟脂肪组织进行检测。通过苏木素-伊红(HE)染色观察腹股沟脂肪组织形态,酶联免疫吸附(ELISA)法检测炎症因子白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量,免疫荧光染色检测巨噬细胞标记分子一氧化氮合酶(iNOS)和表皮生长因子样激素受体1(F4/80)蛋白表达。网络药理学显示,从枳术汤中筛选出木犀草素、柚皮素、川陈皮素等主要活性成分,核心靶点15个;KEGG通路富集分析发现涉及核因子κB(NF-κB)关键信号通路;分子对接显示,枳术汤活性成分与核心靶点结合良好;动物实验显示,与模型组相比,枳术汤组小鼠腹股沟脂肪组织中炎症细胞分布明显减少,血清TNF-α、IL-6含量明显降低(P<0.05,P<0.01),巨噬细胞标记分子iNOS和F4/80蛋白表达明显降低(P<0.05)。结果表明,枳术汤中的活性成分木犀草素、柚皮素和川陈皮素通过抑制脂肪组织巨噬细胞的聚集,下调其经典激活的巨噬细胞(M1)型极化,减少炎症因子IL-6和TNF-α的表达,从而改善肥胖小鼠脂肪组织炎症。

关键词： 糖尿病肾病   参芪降糖胶囊   孟德尔随机化   机器学习   网络药理学  

摘要： 目的:通过网络药理学、机器学习法与孟德尔随机化,探究参芪降糖胶囊(SJC)治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法:利用多个数据平台筛选SJC治疗DN的主要活性成分,对药物与疾病的靶标基因取交集后采用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络图,导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进行拓扑分析寻找核心基因。应用GEO数据库对核心基因进行统计性分析,寻找核心基因中的差异性基因(DEG),并构建机器学习模型,得出分值前5位的基因,进行两样本孟德尔随机化(MR)分析,验证相关靶点与DN的因果关系。结果:SJC治疗DN的主要活性成分为槲皮素、山柰酚等;药物与疾病的交集靶点有89个,核心靶点包括白细胞介素-10(IL-10)、肿瘤坏死因子(TNF)、表皮生长因子(EGF)等,进行统计学分析后得出13个DEG,构建机器学习模型得出分值前5位的基因为EGF、趋化因子配体2(CCL2)、基质金属蛋白酶2(MMP2)、白细胞介素-6(IL-6)、细胞间黏液分子1(ICAM1)。MR分析研究得出IL-6与DN的发生存在因果关系。结论:本研究利用多种方法揭示了SJC通过多靶点作用于DN以发挥药效,并验证了基因与DN的因果关系,可为临床合理用药提供参考。

关键词： 慢性前列腺炎   当归贝母苦参丸   复元活血汤   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术,探讨当归贝母苦参丸合复元活血汤治疗慢性前列腺炎(CP)的作用机制。方法:借助TCMSP数据库筛选中药复方的活性成分及蛋白,并根据Uniprot数据库确定基因靶点,通过Cytoscape 3.8.1软件构建中药-有效成分-靶点网络图。借助GeneCards和OMIM数据库筛选CP的基因靶点,利用STRING数据库构建中药复方治疗CP的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图并进行拓扑分析,筛选核心中药成分和关键靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果:得到中药有效成分171个,对应靶点272个,CP基因靶点1561个,共同靶点167个,GO功能和KEGG通路富集分析表明核心靶点参与细胞代谢、凋亡、疼痛、抗氧化及免疫功能调节等生物过程,主要作用于多种炎症通路。分子对接结果显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。结论:当归贝母苦参丸合复元活血汤通过多靶点、多通路治疗CP,为CP的临床与实验研究提供了参考。

关键词： 水蛭   熊胆   网络药理学   脂质沉积   HepG2细胞  

摘要： 为了探究水蛭与熊胆联合作用于肝胆疾病的可能作用和分子机制,本研究首先利用网络药理学方法筛选水蛭和熊胆成分及其靶点和肝胆疾病的相关靶基因,将筛选出的关键基因进行交互作用网络和GO、KEGG富集分析,然后利用油酸钠诱导的HepG2细胞脂质沉积模型和DL-乙硫氨酸诱导的小鼠脂肪肝模型,在体内外对水蛭熊胆单独处理及联合作用降低肝脂的活性进行评价,并采用Western blot法检测网络药理学提示的关键通路相关蛋白的表达。网络药理学分析结果显示,水蛭、熊胆有效成分与肝胆相关疾病有295个交集靶点,涉及200多条信号通路,其中包括与糖脂代谢密切相关的PI3K/Akt信号通路、磷脂酶D信号通路等。体外验证实验结果显示,水蛭与熊胆单独及联合应用均可显著抑制油酸钠诱导的人肝细胞内脂质沉积,能够降低细胞培养上清TG水平,抑制肝细胞内脂质含量,Nile red染色共聚焦显微镜观察结果表明,水蛭与熊胆联合应用降低肝细胞内脂质沉积的活性相对单独用药更佳。在体内小鼠脂肪肝模型中,水蛭与熊胆联合应用能够更好地降低升高的脏器指数、血脂和肝脂水平,降低血清肝损伤生物标志物含量。本实验所用动物及相关处置符合动物福利的要求,实验开展前经过中国医学科学院药物研究所实验动物管理和使用委员会(IACUC)的审查批准。Western blot实验结果显示,水蛭与熊胆联合应用能够显著上调p-PI3K、p-Akt蛋白的表达水平,增加p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt比值,与网络药理学预测结果一致。水蛭熊胆联合应用有治疗脂肪性肝病的良好潜能,激活PI3K/Akt通路可能是其降低肝细胞脂质沉积的重要机制之一。

关键词： 网络药理学   分子对接   当归–川芎   骨折   作用机制  

摘要： 目的:采用网络药理学和分子对接技术对当归–川芎治疗骨折的作用机制进行研究,为当归–川芎在骨折防治中的应用提供理论依据。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取当归–川芎的有效成分和靶点,通过Gene Cards数据库获取有关骨折愈合的所有靶点,并使用Venny 2.1.0在线软件绘制二者的交集靶点韦恩图。利用STRING数据库得到蛋白质–蛋白质相互作用数据,并使用Cytoscape 3.9.1构建蛋白质–蛋白质相互作用网络图。利用DAVID数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用微生信平台绘制富集分析气泡图。最后运用Py Rx软件对当归–川芎治疗骨折的有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果:获得当归–川芎有效成分6个和药物作用靶点285个,与5428个骨折相关靶点取交集,获得167个潜在靶点。当归–川芎治疗骨折的有效成分是扁桃醇、杨梅酮、川芎醌、β–谷甾醇、谷甾醇和豆甾醇,核心靶点是SRC原癌基因(SRC Proto–Oncogene,SRC)、信号转导和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(Peroxisome Proliferator Activated Receptor Gamma,PPARG)、缺氧诱导因子(Hypoxia–inducible Factor,HIF)–1α。当归–川芎治疗骨折的主要通路有癌症信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3–kinase,PI3K)–蛋白激酶B(Akt)信号通路、HIF–1信号通路、血管内皮生长因子(Vascular Endothelial Growth Factor,VEGF)信号通路等。当归–川芎主要活性成分与靶点蛋白在分子对接中表现出较好的结合活性。结论:当归–川芎可能通过多个靶点、多条通路治疗骨折,为后续研究提供了理论依据。

关键词： 葛根芩连汤   溃疡性结肠炎   肠易激综合征   网络药理学  

摘要： 目的 探讨基于网络药理学和分子对接研究葛根芩连汤“异病同治”溃疡性结肠炎(UC)和肠易激综合征(IBS)的关键靶点及作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索葛根芩连汤中的活性化合物和作用靶点;通过GeneCards、OMIM、GenCLiP数据库获取UC和IBS相关基因;通过Venny2.1.0软件获取药物-疾病共同靶点;通过STRING数据库构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape3.9.1构建葛根芩连汤治疗UC和IBS的靶点关联网络;通过Metascape数据库进行GO富集分析及KEGG通路分析;使用Autodocktools软件进行分子对接。结果 筛选出葛根芩连汤140个活性化合物,检索出213个作用靶点,得到79个药物-疾病靶点。关键化合物为槲皮素、山奈酚、汉黄芩素,核心靶点为白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-1β(IL-1β)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)等。KEGG通路分析显示,葛根芩连汤治疗UC和IBS的机制可能与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路有关。结论 葛根芩连汤“异病同治”UC和IBS可能与IL-6、IL-1β、AKT1、TNF等靶点有关,其作用机制可能涉及IL-17信号通路、TNF信号通路及Toll样受体信号通路。