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关键词： 中国药理学会   弋矶山医院   皖南医学院   定量药理学   治疗学   中国临床药理学   特聘教授  

摘要： 《中国临床药理学与治疗学》是由中国科学技术协会主管、中国药理学会主办、皖南医学院弋矶山医院承办的国家级学术性月刊(ISSN 1009-2501,CN 34-1026/R),创刊于1996年6月,创刊人是全国著名定量药理学家孙瑞元教授,现任主编为国家杰出青年基金获得者复旦大学特聘教授黄志力。

关键词： 动脉粥样硬化   三叶青   网络药理学   分子对接   PPI网络分析  

摘要： [目的]本研究基于网络药理学与分子对接技术,系统探讨三叶青对动脉粥样硬化的潜在抗病机制,明确其主要有效成分、作用靶点及相关信号通路,为三叶青的药理作用研究提供理论依据。[方法]通过TCMSP数据库并结合特定筛选条件,确定三叶青的主要有效成分及其对应的靶点,并构建“有效成分–靶点网络”。进一步利用GeneCards和OMIM数据库筛选与动脉粥样硬化相关的疾病靶点,从中获取药物靶点与疾病靶点的交集。在此基础上,对交集靶点进行蛋白质互作(PPI)网络分析、基因本体(GO)生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。同时应用Cytoscape 3.7.2软件中的“Analyze Network”工具,构建“有效成分–靶点–通路”网络。最后,通过分子对接方法验证关键有效成分与核心靶点之间的亲和力。[结果]筛选出三叶青的9种主要有效成分,其中7种成分与靶点具有明确的对应关系,而2种因药代动力学而舍弃。通过分析获得2084个与动脉粥样硬化相关的疾病靶点,并筛选出77个药物靶点与疾病靶点的交集。PPI网络分析显示,AKT1、PPARG、PTGS2、EGFR和ESR1等是主要的核心靶点。GO生物功能富集分析中,共获得285个与生物过程相关的条目、44个与细胞成分相关的条目以及108个与分子功能相关的条目。KEGG信号通路富集分析筛选出108条显著富集的信号通路,主要涉及内分泌抵抗、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性以及花生四烯酸代谢等关键通路。分子对接结果显示,槲皮素、山柰素、异鼠李素和山奈酚与AKT1靶点具有较高的结合亲和力,表明这些成分可能是三叶青发挥药理作用的核心成分。[结论]研究结果表明,三叶青中的核心有效成分槲皮素、山柰素、异鼠李素和山奈酚可能通过调控脂质代谢与动脉粥样硬化相关的关键信号通路,作用于核心靶点AKT1,从而在蛋白质结合、酶结合及可识别蛋白结合等生物学功能中发挥抗动脉粥样硬化的作用。本研究为三叶青的进一步开发和利用提供了理论支持。Aim: This study systematically investigates the potential anti-atherosclerotic mechanisms of Tetrastigma hemsleyanum (San Ye Qing) using network pharmacology and molecular docking approaches. It aims to identify the primary active components, potential targets, and associated signaling pathways, providing a theoretical foundation for the pharmacological research of Tetrastigma hemsleyanum. Methods: The main active components of Tetrastigma hemsleyanum and their corresponding targets were identified through the TCMSP database with specific screening criteria, and the “active component-target network” was constructed. Subsequently, disease targets related to atherosclerosis were retrieved from the GeneCards and OMIM databases, and the intersection of drug targets and disease targets was obtained. Protein-protein interaction (PPI) network analysis, Gene Ontology (GO) biological function enrichment analysis, and KEGG pathway enrichment analysis were performed on the intersected targets. The “active component-target-pathway network” was constructed using the Analyze Network tool in Cytoscape 3.7.2. Finally, molecular docking was employed to verify the bindin

关键词： 鼻咽癌   黄连碱   铁死亡   网络药理学   STAT3信号通路  

摘要： 目的:探讨黄连碱对鼻咽癌细胞5-8F与6-10B的铁死亡诱导效应及其作用机制。方法:运用网络药理学方法筛选黄连碱与鼻咽癌的共同靶点,构建蛋白质互作网络(PPI),通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析预测其潜在作用机制。将筛选所得靶点与铁死亡相关基因进行交集分析,并采用分子对接研究黄连碱与关键靶点的结合能力。随后采用MTT法评估黄连碱对鼻咽癌细胞的增殖抑制作用,并测定细胞内谷胱甘肽(GSH)、活性氧(ROS)和丙二醛(MDA)水平。采用Western blotting检测铁死亡关键蛋白谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)、溶质载体家族7成员11(SLC7A11)和信号转导与转录激活因子3(p-STAT3)的表达。结果:网络药理学分析显示,黄连碱与鼻咽癌共有150个共同靶点,其中热休克蛋白90α1(HSP90AA1)、热休克蛋白90β1(HSP90AB1)、信号转导与转录激活因子1(STAT1)、核因子κB1(NF-κB1)和前列腺素内酰胺合酶2(PTGS2)为关键靶点。KEGG富集分析发现趋化因子信号通路显著富集,提示STAT3信号通路可能参与调控铁死亡过程。PTGS2、核因子E2相关因子2(NFE2L2)等靶点为调控铁死亡关键靶点。分子对接结果显示黄连碱与PTGS2、NFE2L2具有良好的结合亲和力,结合能分别为-7.46、-6.76 kcal/mol(1 cal=4.2 J)。黄连碱能抑制鼻咽癌细胞的增殖活性,同时诱导鼻咽癌细胞内ROS和MDA水平升高,GSH水平下降,表明其具有诱导铁死亡的作用。Western blotting验证结果显示,黄连碱能降低鼻咽癌细胞GPX4、SLC7A11和p-STAT3蛋白表达水平,进一步证实了黄连碱通过调控STAT3信号通路诱导铁死亡的作用机制。结论:黄连碱能诱导鼻咽癌细胞5-8F与6-10B铁死亡,其可能机制为抑制STAT3信号通路。

关键词： Berchemia lineata   hepatic fibrosis   isorhamnetin   molecular docking   naringenin   UPLC-Q-TOF-MS/MS  

摘要： Objective To explore the underlying mechanism of Berchemia lineata in its anti-hepatic fibrosis effects, thereby furnishing a scientific rationale for its potential clinical utilization. Methods To identify the chemical constituents of Berchemia lineata by using UPLC-Q-TOF-MS/MS technology. To screen the active components through Swiss ADME platform, CNKI, Wanfang Data, and VIP databases, predict the component targets and disease targets by using platforms such as Swiss Target Prediction and GeneCards, and construct a “drug–active component–target”. To establish the PPI network by using the STRING database, and screen core targets through Cytoscape 3.7.0 software. GO functional and KEGG pathway enrichment analyses were performed using the DAVID database. Molecular docking technology was employed to validate the binding of active components to core targets. Results 100 Active ingredients of Berchemia lineata were identified, 72 active ingredients and 152 drug-disease targets were screened. PPI network screened the core targets of STAT3, TNF, CASP3, Akt1, TP53, ALB, Bcl-2, etc. It mainly involves biological processes such as extracellular matrix decomposition, receptor complex, enzyme binding, cell components and molecular functions, as well as hypoxainduced molecule-1 signaling pathway, apoptotic lipids and atherosclerosis, hepatitis B, cancer pathways, and PI3K/Akt signaling pathway. Molecular docking showed that the lower the binding energy between the active ingredient and the core target, the more stable the binding. Conclusion Main active components of Berchemia lineata (such as naringenin, isorhamnetin, etc.) exert anti-hepatic fibrosis effects by regulating core targets (including STAT3, CASP3, etc.) and modulating signaling pathways such as hypoxia-inducible factor-1, hepatitis B, and PI3K/Akt. These findings provide a scientific basis for further research on the anti- hepatic fibrosis mechanisms of Berchemia lineata. © 2025 Tianjin Press of Chinese Herbal Me

关键词： 丹参益心胶囊   彝药   冠心病   网络药理学   分子对接   脂质与动脉粥样硬化  

摘要： 目的本研究通过网络药理学和分子对接技术研究独家彝药产品丹参益心胶囊治疗冠心病的作用机制。方法对丹参益心胶囊、冠心病相关作用靶点进行筛选,应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction数据库、Metascape数据库、Cytoscape 3.8.0软件分析药物与疾病交集基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并构建“有效成分-靶点-疾病”图,分析丹参益心胶囊治疗冠心病的作用机制;最终,使用AutoDock软件对核心靶点和关键活性成分进行分子对接模拟验证,通过Py MOL可视化呈现分子对接结果。结果丹参益心胶囊通过70个有效成分作用于329个冠心病相关靶点。主要通过槲皮素、白藜芦醇、芹菜素等8个主要活性成分,作用于TP53、Akt1、STAT3等20个核心靶点,通过调控脂质与动脉粥样硬化通路、PI3K/Akt信号通路、cAMP信号通路起治疗冠心病作用。结论彝药丹参益心胶囊通多成分、多靶点,多途径发挥抗动脉粥样硬化作用,从而治疗冠心病。

关键词： 新生儿黄疸   小儿退黄汤   网络药理学   分子对接   靶点预测  

摘要： 目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨小儿退黄汤治疗新生儿黄疸的作用机制。方法:通过TCMSP、SwissTargetPrediction、PharmMapper数据库获取小儿退黄汤的化学成分及其靶点;依托GeneCards数据库、OMIM数据库、DisGeNET数据库获取新生儿黄疸的相关靶点;利用STRING数据库获取两者共有靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件可视化;利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDock 4.0软件进行分子对接并用PyMOL软件进行可视化分析。结果:共筛选出39个有效成分和170个潜在靶点。小儿退黄汤中的刺槐素、芫花素、木犀草素等活性成分分别作用于肿瘤蛋白P53(TP53)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活因子-3(STAT-3)、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、磷酸酶及张力蛋白同源基因(PTEN)等多个蛋白,主要通过干预磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Janus激酶-信号传导和转录激活因子(JAK-STAT)、Ras、脂质和动脉粥样硬化等信号通路发挥作用。分子对接显示核心成分与关键靶点结合能力良好。结论:本研究初步揭示了小儿退黄汤治疗新生儿黄疸的可能作用机制,即通过多成分、多靶点、多信号通路的作用模式起到治疗作用,为深入开展小儿退黄汤的临床相关研究提供理论基础和研究方向。

关键词： 网络药理学   分子对接   马齿苋   骨关节炎   作用机制  

摘要： 利用网络药理学探讨马齿苋(Portulaca oleraceaL.)治疗骨关节炎(osteoarthritis,OA)的相关作用机制.首先,利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库获取马齿苋的活性成分及作用靶点,并通过Uniprot数据库对靶点基因进行校正;其次,从GeneCards、DisGeNET数据库筛选骨关节炎的疾病靶点,并结合STRING平台、GO功能与KEGG通路富集分析马齿苋治疗骨关节炎的作用机制;最后,分子对接实验探究马齿苋活性成分与骨关节炎靶蛋白的亲和力与结合模式.结果初步表明马齿苋能够通过多成分、多靶点及多通路机制对骨关节炎进行干预.这一发现为后续深入探讨马齿在骨关节炎治疗中的应用奠定了理论基础.

关键词： 网络药理学   八宝丹胶囊   肝细胞癌   分子对接   STAT3  

摘要： [目的]采用网络药理学方法探究八宝丹胶囊治疗肝细胞癌的作用机制。[方法]使用多数据库及文献收集八宝丹胶囊化学成分、药物靶点和肝细胞癌疾病靶点。Cytoscape 3.9.0软件构建“药物-成分-靶点”网络。选取药物靶点与疾病靶点交集基因构建蛋白质相互作用(PPI)网络。选取网络高Degree值基因完成基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,运用Autodock tools和Pymol对八宝丹胶囊的核心成分与核心靶点进行分子对接验证;最后结合细胞实验验证八宝丹胶囊的作用靶点与作用途径。[结果]从八宝丹胶囊中获取115个潜在活性化合物,393个作用靶点,其中与肝细胞癌疾病交集靶点共346个。通过构建并分析网络图,确定八宝丹胶囊主要活性成分有雌二醇、槲皮素、鹅去氧胆酸、三七皂苷、熊果酸等,核心靶点为信号转导和转录激活因子3(STAT3)、肿瘤蛋白p53(TP53)、连环蛋白1(CTNNB1)等10个。通过富集分析得到GO生物过程2781条、细胞组分119条、分子功能275条,得到KEGG通路187条。分子对接结果表明八宝丹胶囊中雌二醇、槲皮素、熊果酸等核心成分与STAT3、TP53、CTNNB1等核心靶点均有良好的结合活性。细胞实验确证八宝丹胶囊通过调控STAT3、TP53等靶点诱导肝脏癌细胞凋亡。[结论]八宝丹胶囊治疗肝细胞癌的主要药效物质包括皂苷类、胆酸类、黄酮类等,具体作用机制与调控STAT3等靶点及肿瘤坏死因子-α/核因子-κB(TNF-α/NF-κB)等信号通路有关。

关键词： 百蕊颗粒   上呼吸道感染   支气管炎   肺炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:运用网络药理学和分子对接技术,探讨百蕊颗粒治疗呼吸系统疾病(上呼吸道感染、支气管炎、肺炎)的作用机制。方法:通过本草组鉴、BATMAN-TCM和化学专业数据库,同时对维普数据库、中国知网等数据库进行检索,以筛选化合物成分,并利用Swiss Target Prediction对化合物靶点进行预测,采用GeneCards、DisGeNET、OMIM等数据库筛选上呼吸道感染、支气管炎和肺炎的相关靶点。将药物与疾病的交集靶点导入STRING数据库进行分析,利用Cytoscape软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图、药物成分靶点网络图及药物-成分-靶点-通路网络图等,通过R软件对关键靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,最后采用Autodock进行分子对接。结果:筛选共得到百蕊颗粒的16个化合物,274个化合物相关靶点,核心靶点涉及表皮生长因子受体、半胱天冬酶3、肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶9、蛋白激酶B1、前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因酪氨酸蛋白激酶。分子对接结果表明,核心靶点与关键化合物分子之间亲和力较好。结论:本研究结果验证和预测了百蕊颗粒治疗上呼吸道感染、支气管炎和肺炎的作用机制,为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。

关键词： 附子-白术   膝骨关节炎   网络药理学   分子对接   炎症通路  

摘要： 目的:采用网络药理学及分子对接方法,从扶阳理论探讨附子-白术配伍治疗膝骨关节炎(knee osteoarthritis,KOA)的潜在作用靶点及分子机制。方法:首先运用TCMSP、DisGeNET、GeneCards数据库获取附子-白术配伍的活性成分、作用靶点和KOA疾病的靶点,并通过Venny图获得附子-白术药对与KOA的交集靶点;然后使用Cytoscape 3.9.1可视化软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图,进一步通过STRING平台构建药物-疾病的蛋白质相互作用(PPI)网络图,最后运用DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析,使用Autodock软件对关键成分及关键靶蛋白进行分子对接。结果:附子-白术配伍与KOA交集靶点共有104个,筛选到Karanjin、mesaconitine、denudatine、Aconitine、(R)-Norcoclaurine、Neokadsuranic acid B、Delavaconitine、ignavine、sitosterol核心活性成分,可能涉及MMP2、NOS2、AKT1、mTOR、MAPK、JUN核心靶点。GO和KEGG通路富集分析结果表明,生物过程涉及炎症反应,免疫反应,细胞对脂多糖反应,积极调节炎症反应,胶原蛋白分解代谢过程,同时TNF信号通路、Toll样受体信号通路、细胞凋亡、IL-17炎症信号通路可能是附子-白术发挥治疗KOA的作用机制。分子对接结果中,关键活性成分Karanjin、Sitosterol、Aconitine与靶蛋白PPARG、PTGS2、MAPK14具有较好的结合能力。结论:附子-白术配伍可干预软骨代谢过程、调节炎症信号通路进而发挥治疗KOA的作用,为临床附子-白术配伍治疗KOA提供基础。