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关键词： 黄精   阿尔兹海默症   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 为了从多成分、多靶点、多通路的角度探究黄精治疗阿尔兹海默症的潜在作用机制,从TCMSP数据库检索黄精的活性成分以及对应的作用靶点,并且在GeneCards数据库中以“Alzheimer′s disease”为关键词检索阿尔兹海默症的相关靶点.将检索到的2类靶点相互映射得到交集靶点,通过STRING平台构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,依据degree值选取PPI网络中的核心靶点并在Cytoscape3.8中进行可视化分析.借助David 6.8数据库,对交集靶点进行GO与KEGG富集分析.最后使用Schrodinger软件对核心靶点与关键活性成分进行分子对接验证.结果显示:①从黄精中筛选出了黄芩素、β-谷甾醇和甘草素3个关键活性成分,从GeneCards数据库中筛选出了阿尔兹海默症的3个核心靶点,即AKT1、CASP3和TP53;②GO与KEGG富集分析发现,靶点多集中于癌症通路、细胞凋亡以及PI3K-Akt信号通路;③依据分子对接部分的对接分数判断出黄芩素和甘草素与AKT1和TP53的对接效果更好.以上结果表明,黄精中的有效成分黄芩素和甘草素更有可能靶向AKT1和TP53,并通过调节细胞凋亡以及PI3K-Akt等信号通路达到抗阿尔兹海默症的效果.

关键词： 网络药理学   分子对接技术   雷公藤多甙   类风湿性关节炎  

摘要： 目的基于网络药理学探讨雷公藤多甙治疗类风湿性关节炎(RA)的作用机制。方法利用SwissTargetPrediction、STITCH、Comparative Toxicogenomics等数据库检索筛选雷公藤多甙靶点基因。从GEO数据库中获取RA与药物的差异表达基因(DEG)。使用STRING数据库构建雷公藤多甙与DEG交集靶点的PPI网络,采用Cytoscape(v3.7.2)软件对PPI网络进行可视化分析。交集靶基因采用GO功能富集和KEGG通路分析。结果共鉴定出雷公藤多甙靶点基因260个,获取DEG 3687个。雷公藤多甙与DEG相交集的靶基因共99个,雷公藤多甙的靶蛋白中识别出5个关键靶点。GO富集分析结果显示,生物过程主要富集于药物应答、平滑肌细胞增殖正向调控和炎症反应;细胞成分主要富集于胞外空间、胞质和胞外区域;分子功能主要富集于相同的蛋白结合、细胞因子活性和转录因子结合。KEGG通路主要富集于脂质和动脉粥样硬化、癌症通路、癌症中的蛋白聚集糖等等。结论雷公藤多甙可能通过5个关键靶点,调节多条信号通路,发挥抑制炎症、调节免疫反应、保护关节组织等作用,为其治疗RA提供了新的理论支持。

关键词： 原阿片碱   肺纤维化   A549细胞   上皮-间质转化   网络药理学  

摘要： 目的:基于网络药理学和体外实验探究原阿片碱(protopine,PTP)抑制肺纤维化的作用机制。方法:采用网络药理学筛选出PTP抗肺纤维化的核心靶点,对PTP抗肺纤维化的相关通路进行预测。通过转化生长因子-β1(transforming growth factor beta1,TGF-β1)诱导人A549细胞构建体外肺纤维化模型,对网络药理学的研究结果进行验证。实验分为对照组、TGF-β1组、吡非尼酮(pirfenidone,PFD)处理组、PTP处理组。CCK8法检测细胞增殖活性;倒置显微镜观察细胞形态;细胞划痕实验检测细胞迁移能力;实时荧光定量PCR检测E-钙黏蛋白(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)、纤维连接蛋白(fibronectin,FN)mRNA及Ⅰ型胶原(collagenⅠ)mRNA的表达水平;蛋白质印迹技术(Western blotting)评估E-cadherin、Vimentin、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)以及纤维连接蛋白(FN)的表达量。正置荧光显微镜下观察E-cadherin、FN蛋白的表达情况。结果:网络药理学结果显示PTP主要作用于ALB、AKT1、EGFR、HSP90AA1、SRC等核心靶点和癌症通路、PI3K-Akt等信号通路。体外研究发现,相较于未处理的对照组,经TGF-β1处理后,A549细胞呈现出从典型的上皮细胞形态向成纤维细胞样形态的转换,间质细胞标志物α-SMA、Vimentin、FN及CollagenⅠ表达升高,上皮细胞标志物E-cadherin表达降低,细胞迁移能力增强。经PTP处理后,PTP能显著抑制TGF-β1诱导的A549细胞的增殖及迁移能力;上调细胞中E-cadherin的蛋白及基因表达水平,同时下调Vimentin、α-SMA、FN的蛋白表达水平。结论:PTP可能通过抑制TGF-β1诱导的上皮-间质转化改善肺纤维化。

关键词： 匹伐他汀   肝细胞癌   网络药理学   分子对接   细胞实验   表皮生长因子受体   白蛋白   热休克蛋白  

摘要： 目的通过网络药理学、分子对接及体外细胞实验验证匹伐他汀治疗肝细胞癌的药效及其分子机制。方法使用PharmMapper网站预测匹伐他汀的作用靶点。通过GeneCards、OMIM及DisGeNet数据库获得肝细胞癌的潜在靶点采用STRING数据库获得匹伐他汀与肝细胞癌交集靶点的蛋白相互作用网络(PPI),并通过Cytoscape软件筛选关键靶点。使用分子对接评估匹伐他汀与关键靶点间的亲和力。在体外肝癌细胞系中验证匹伐他汀对细胞存活率的影响。结果共筛选得到匹伐他汀靶点286个,肝细胞癌靶点609个,二者交集靶点37个。通过PPI共筛选得到ECFR、ALB、HSP90AA1靶点。匹伐他汀与3个关键靶点均有较强的亲和力。40μmol·L^(-1)匹伐他汀处理24h可抑制HepC2肿瘤细胞的生长。结论匹伐他汀具一定的抗肝癌作用,可能与调控ECFR、ALB、HSP90AA1多种靶点有关。

关键词： 乙肝肝硬化   数据挖掘   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 目的:基于数据挖掘和网络药理学方法分析治疗乙肝肝硬化的核心药对及其分子生物学机制。方法:检索中国知网、万方数据库和维普科技期刊2000年1月至2022年12月所有应用中医药治疗乙肝肝硬化相关的文献,对符合标准的处方进行用药规律的研究,将得出的常用核心药对进行药理分析,预测出活性成分、主要靶点、作用通路等,最后在计算机上采用分子对接技术模拟验证。结果:筛选出治疗乙肝肝硬化方剂275首,分析得出中药治疗乙肝肝硬化的常用药物有黄芪、丹参等13种,核心组合模式28组,发现槲皮素、木犀草素、山柰酚等成分是核心药对治疗乙肝肝硬化的主要成分,涉及丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(protein kinase B,AKT1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、肿瘤蛋白P53(tumor protein p53,TP53)、白介素-6(Interleukin-6,IL-6)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、半胱氨酸蛋白酶3(Caspase-3,CASP3)等核心靶点和磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase,PI3K/Akt)、TNF、白介素-17(Interleukin-17,IL-17)等信号通路。结论:乙肝肝硬化的治疗原则是扶正消积,运用数据挖掘得到核心药对“黄芪-丹参”,可以通过干预PI3K-Akt、TNF、IL-17等信号通路发挥调控细胞生长、增殖和存活与炎性反应等作用,从而达到延缓乙肝肝硬化病变进展的目的。

关键词： 肠痈   中药   数据挖掘   网络药理学   分子对接   用药规律  

摘要： 目的:利用数据挖掘与网络药理学方法,探究中药治疗肠痈的用药规律及潜在作用机制。方法:整理《中国百年百名中医临床家丛书》中的肠痈医案,通过中医传承辅助平台分析药性、药味、归经等。利用TCMSP平台筛选药物活性成分与靶点,结合多数据库获取疾病靶点,进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用分子对接技术验证药物与靶点的结合。结果:纳入102首处方,中药性味以寒、温、苦、甘为主,多归脾经和肝经。GO功能和KEGG通路富集分析表明,这些药物主要通过调节炎症因子、参与肿瘤坏死因子和白细胞介素-17等信号通路,发挥对肠痈的抗炎作用。分子对接验证槲皮素、山柰酚与核心靶点结合紧密。结论:中药治疗肠痈以活血化瘀、清热解毒为主,其潜在作用机制主要涉及炎症反应过程,为肠痈的中药治疗提供了科学依据。

关键词： 傣医   雅解沙把   湿疹   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的:通过网络药理学与分子对接探讨傣医经方“雅解沙把(百解胶囊)”治疗湿疹的作用机制。方法:参考文献结合TCMSP、PubChem、SwissADME及SwissTargetPrediction数据库筛选雅解沙把防治湿疹的活性成分及相关靶点。对多个疾病数据库检索获取湿疹相关靶点。将疾病交集靶点导入Metascape数据库进行基因注释及富集分析,结合KEGG富集结果,利用STRING数据库及Cytosacpe 3.9.1构建相关网络图及PPI互作网络。最后通过AutoDock与PyMOL软件对活性成分与PPI核心靶点进行分子对接并可视化。结果:雅解沙把活性成分巴马汀、小檗碱可能以STAT3、MMP9、MTOR、ICAM1等34个核心靶点,通过调控PI3K/Akt、脂质与动脉粥样硬化、趋化因子以及JAK/STAT、钙离子、TRP通道的炎症介质调节等信号通路干预湿疹。分子对接表明活性成分与核心靶蛋白结合活性均佳。结论:雅解沙把可通过多靶点、多通路协同作用,调节免疫、抗炎、抗过敏、调节肠道菌群、抗氧化以及调节糖、脂代谢等途径解除热毒、食物毒治疗湿疹。

关键词： “翻转课堂”   药理学   课程思政   教学模式   思政教育  

摘要： 在药理学课程思政建设过程中,“翻转课堂”不仅从资源、方式等方面为学生提供支持,还给学生和课程带来一定挑战。药理学是医药、护理等专业开设的重要课程,以培养并输送高质量医学人才给医学界为目的,加强课程思政建设,是基于医学界人才需求,强化从业者职业道德的重要举措和必要工作。鉴于此,本文基于重要性分析,在“翻转课堂”教学模式的支持下,重点探究药理学课程思政教学模式构建、创新的有效策略,希望能助力课程教师全面育人。

关键词： 大黄   卵巢癌   网络药理学   GEO数据集   靶点  

摘要： 目的:运用网络药理学和GEO测序数据研究大黄抗卵巢癌的作用机制。方法:在TCMSP数据库获取大黄活性成分与相关靶点,借助GeneCards和OMIM数据库以及GSE18520数据集差异基因结果筛选卵巢癌的可能治疗靶点。使用String数据库和Cytoscape软件构建大黄-靶点网络图以及靶点蛋白互作网络图,R软件对大黄治疗卵巢癌靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,Cytoscape的CytoNCA插件进行计算中介中心性、接近中心性和点度中心性值来获取关键靶点。使用PyMOL和Autodock软件进行模拟分子对接。结果:筛选出大黄治疗卵巢癌的32个潜在靶点,主要参与TP53信号通路等。进一步筛选获取12个关键靶点,并且对重要靶点TP53与大黄活性成分进行分子对接,发现其与Daucosterol、Beta-sitosterol等5个活性成分有良好的结合潜能。结论:大黄的活性成分通过多靶点、多通路起到抗卵巢癌的作用。

关键词： 玉屏风散   变应性鼻炎   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学及分子对接技术探讨玉屏风散治疗小儿变应性鼻炎(AR)的作用机制。方法利用TCSMP筛选收集玉屏风散的活性成分及作用靶点;从GeneCards、OMIM、DrugBank数据库获得AR相关靶点,使用Venny2.1在线作图工具平台绘制韦恩图,得到玉屏风散与AR的交集靶点,上传至STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络;采用Metascape数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析;利用Cytoscape3.10.1软件构建中药-活性成分-靶点网络,通过AutoDuck Vina 1.1.2软件进行分子对接,并使用PyMOL2.5软件绘制分子对接模式图。结果获取玉屏风散治疗小儿AR潜在靶点83个,核心活性成分为槲皮素、山柰酚、汉黄芩素、β-谷甾醇,核心靶点为AKT1、JUN、TNF、IL6、MAPK8。玉屏风散治疗AR主要通过Toll样受体、IL17及AGE-RAGE等信号通路发挥抑制炎症反应、减轻黏膜炎症细胞浸润、调节免疫的作用。分子对接显示,核心靶点与核心活性成分具有良好的结合能力。结论玉屏风散可能通过槲皮素、山柰酚等活性成分,发挥抑制炎症反应、减轻黏膜炎症细胞浸润的作用。