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关键词： 黄精   阿尔兹海默症   网络药理学   作用机制   分子对接  

摘要： 为了从多成分、多靶点、多通路的角度探究黄精治疗阿尔兹海默症的潜在作用机制,从TCMSP数据库检索黄精的活性成分以及对应的作用靶点,并且在GeneCards数据库中以“Alzheimer′s disease”为关键词检索阿尔兹海默症的相关靶点.将检索到的2类靶点相互映射得到交集靶点,通过STRING平台构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,依据degree值选取PPI网络中的核心靶点并在Cytoscape3.8中进行可视化分析.借助David 6.8数据库,对交集靶点进行GO与KEGG富集分析.最后使用Schrodinger软件对核心靶点与关键活性成分进行分子对接验证.结果显示:①从黄精中筛选出了黄芩素、β-谷甾醇和甘草素3个关键活性成分,从GeneCards数据库中筛选出了阿尔兹海默症的3个核心靶点,即AKT1、CASP3和TP53;②GO与KEGG富集分析发现,靶点多集中于癌症通路、细胞凋亡以及PI3K-Akt信号通路;③依据分子对接部分的对接分数判断出黄芩素和甘草素与AKT1和TP53的对接效果更好.以上结果表明,黄精中的有效成分黄芩素和甘草素更有可能靶向AKT1和TP53,并通过调节细胞凋亡以及PI3K-Akt等信号通路达到抗阿尔兹海默症的效果.

关键词： 乳腺增生   肝郁   调肝理气   疏通乳络   中医药治疗   周仲瑛   临床经验   数据挖掘   网络药理学  

摘要： 目的总结国医大师周仲瑛治疗乳腺增生的用药规律,预测核心中药组合治疗乳腺增生的潜在作用机制。方法整理周仲瑛教授诊治乳腺增生的门诊电子病历,对纳入中药的使用频次、性味归经进行统计,并对其进行关联规则分析和系统聚类分析,总结用药规律及挖掘核心中药组合。利用网络药理学和分子对接技术探究核心中药组合治疗乳腺增生的潜在作用机制。结果共纳入145例患者、386首处方和270味中药。频次统计分析发现周仲瑛教授治疗乳腺增生用药性味以寒、苦为主,归经以肝经为主;关联规则和系统聚类分析获得核心中药组合为香附-柴胡-夏枯草。用网络药理学方法获得核心中药组合的活性成分37个,治疗乳腺增生的潜在作用靶点122个。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析确定了10个核心靶点,包括信号转导及转录激活因子3(STAT3)、磷酸肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)、雌激素受体1(ESR1)等。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析发现,核心中药组合的活性成分主要通过PI3K-Akt、Ras、EGFR等信号通路作用于乳腺增生,并与癌症中的中心碳代谢和蛋白聚糖等途径密切相关。分子对接结果显示,ESR1、SRC、AKT1与β-谷甾醇,ESR1与木犀草素具有良好的结合能力及稳定性。结论周仲瑛教授辨治乳腺增生时抓住“肝郁”的本质,治法以调理肝气,疏通乳络为主,兼以清火、化痰、行瘀。核心中药组合香附-柴胡-夏枯草的主要成分以木犀草素、β-谷甾醇为代表,作用于AKT1、ESR1等靶点,通过PI3K-Akt、Ras、EGFR以及癌症相关信号通路等途径发挥治疗乳腺增生的作用。

关键词： 原花青素A2   前列腺癌   人前列腺癌细胞系   迁移增殖   PI3K/AKT信号通路  

摘要： 目的:基于网络药理学和体外细胞实验探讨原花青素A2(Proanthocyanidin A2,PCA2)对人前列腺癌细胞系(PC-3细胞)增殖和迁移能力的作用及其抗癌潜在的分子机制。方法:采用CCK8实验检测不同浓度PCA2对PC-3细胞的细胞增殖的影响,克隆形成实验和划痕实验检测PCA2对PC-3细胞增殖与迁移的影响。通过Similarity Ensemble Approach等数据库获取PCA2和前列腺癌的预测靶点,应用String构建蛋白相互作用网络,根据OmicShare Tools数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析以预测其作用机制。结果与结论:研究发现PCA2能显著抑制PC-3细胞的增殖和迁移,且抑制作用与PCA2浓度呈正相关。并使用网络药理学方法筛选出PCA2与前列腺癌疾病的交集靶点共95个,其中EGFR、ALB、HSP90AA1和MMP9等是PCA2抗前列腺癌的核心靶点。GO和KEGG富集分析发现其相关的主要机制与磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路有关。

关键词： 桑叶   指纹图谱   HPLC   主成分分析   网络药理学   分子对接   功能成分  

摘要： 目的:建立桑叶指纹图谱,并通过联合网络药理学及分子对接技术,预测桑叶中的潜在功能成分。方法:采用高效液相色谱(HPLC)技术建立桑叶指纹图谱,并进行相似度评价和主成分分析。进一步,结合网络药理学构建“成分-靶点-通路”网络,并通过分子对接进行虚拟验证。结果:通过HPLC技术建立了13批桑叶指纹图谱,并在13个共有峰中指认出1号峰为新绿原酸、3号峰绿原酸、4号峰隐绿原酸、6号峰芦丁、7号峰异槲皮苷、9号峰异绿原酸B、10号峰紫云英苷、11号峰异绿原酸A、12号峰异绿原酸C。主成分分析发现,桑叶指纹图谱中的13个共有峰均可作为特征化学成分参与质量控制过程。网络药理学分析预测得到异绿原酸A、异绿原酸B、异绿原酸C、芦丁、异槲皮苷、紫云英苷可作为桑叶的潜在功能成分,作用于肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、胱天蛋白酶1/3/8(CASP1/3/8)等7个潜在靶点,并通过调节脂质与动脉粥样硬化、癌症和血清素能突触等信号通路发挥抗衰老、保护神经和心血管的效用。分子对接的结果进一步验证了这些核心成分与潜在靶点间具有良好的结合性能。结论:通过HPLC指纹图谱及网络药理学预测了桑叶的潜在功能成分及作用机制,为桑叶的质量控制与功效应用开发提供了科学依据。

关键词： 网络药理学   三物黄芩汤   结直肠癌   靶点   作用机制  

摘要： 目的:运用网络药理学方法探讨三物黄芩汤治疗结直肠癌的物质基础和作用机制。方法:利用TCMSP、TCMID、TCMMesh数据库筛选三物黄芩汤的组成中药的有效化合物及对应靶蛋白。利用Cytoscape3.7.2构建三物黄芩汤有效化合物-靶蛋白网络并进行网络拓扑学分析。借助STRING在线数据库进行蛋白互作(PPI)网络构建并进行分析。结果:共获得81个候选化合物,包含了槲皮黄酮、木犀草素、汉黄芩素、黄芩黄素、芒柄花黄素、β-谷固醇类、豆甾醇等有效组分;181个靶点,关键靶点是AKT1、TP53、IL6、VEGFA、JUN、CASP3、EGFR等;共收集生物过程162个,此过程涵盖了多个方面,例如细胞信号转导、促进细胞增殖与抵抗凋亡的机制、炎症反应的发生、免疫系统的响应、蛋白质分解作用、新血管的生成,以及转录和翻译等生物学过程。结论:三物黄芩汤中的槲皮黄酮、木犀草素、汉黄芩素、黄芩黄素等有效组分与靶点(TP53、VEGFA、CASP3、EGFR、JUN、IL6、AKT1等等)产生作用,对直肠癌细胞增殖产生抑制作用,加速其凋亡,对肿瘤血管进行调节,促进免疫反应,对肿瘤相关炎症(CRI)等生物过程产生抑制作用,改变肿瘤微环境,发挥其抗肿瘤价值,抑制肿瘤相关性炎症(CRI)等生物过程,影响肿瘤微环境,从而发挥抗肿瘤作用,体现了多成分、多靶点的特点。

关键词： 首乌藤   药物性肝损   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:通过网络药理学及分子对接技术探究首乌藤的潜在肝毒性机制。方法:根据文献数据,利用TCMSP、TCMID、HIT等数据库检索首乌藤主要活性成分以及相关靶点、药物性肝损的疾病靶点。对首乌藤靶点及疾病靶点进行交集分析,得核心交集靶点。利用核心交集靶点信息进行蛋白互作网络分析、KEGG及GO富集分析。采用AutoDock 1.5.7版进行分子对接,并应用PyMOL软件对对接结果进行可视化示例;最后利用体外试验、毒理数据库以及体内试验对筛选出的结果进行初步验证。结果:网络药理学确定首乌藤可以结合BCL2和EGFR等靶点通过癌症信号通路、PI3K-AKT等信号通路导致药物性肝损,大黄酚、大黄素和大黄素甲醚苷为重要活性成分。分子对接结果显示活性成分与核心靶点之间的结合力较稳定。体外验证试验结果表明大黄素与大黄素甲醚苷具有细胞毒性,体内验证试验表明大黄素存在一定的潜在肝毒性,与网药筛选结果一致。结论:应用网络药理学及分子对接技术对首乌藤致肝毒成分、机制、靶点、通路进行了初步探索,为进一步对首乌藤的临床应用研究和效应机制提供数据支持。

关键词： 蚕茸柱天胶囊   早泄   网络药理学   分子对接模拟  

摘要： 目的运用网络药理学、分子对接技术将蚕茸柱天胶囊对早泄发挥的药效作用特点进行研究。方法在TCMSP、BATMAN-TCM数据库检索蚕茸柱天胶囊活性成分,在GeneCards、Disgenet数据库检索早泄靶点,绘制活性成分与早泄的交集靶点Vene图,在Cytoscape构建活性成分交集靶点互作网络。在STRING构建交集靶点的PPI互作网络并用Metascape对靶点进行GO功能富集、京都基因与KEGG富集分析。在CB-DOCK2进行分子对接。结果收集到178种活性成分,1597个作用靶点,1296个早泄靶点,440个交集靶点。蚕茸柱天胶囊可能通过蚕蛾激素、淫羊藿苷、山茱萸新苷、金丝桃苷等成分,作用于TP53、AKT1、STAT3等潜在靶点发挥治疗作用;分子对接显示活性成分与早泄潜在靶点结合良好,说明网络药理学结果可靠。结论蚕茸柱天胶囊的多种活性成分可通过多途径、多靶点对早泄发挥药效作用。

关键词： 清肺排毒汤   急性呼吸窘迫综合征   网络药理学   肺动脉血气   丝裂原活化蛋白激酶信号通路  

摘要： 目的:基于网络药理学的方法研究清肺排毒汤对油酸(OA)+脂多糖(LPS)诱导的急性呼吸窘迫综合征(Acute respiratory distress syndrome,ARDS)的作用机制,并通过动物实验进行验证。方法:通过TCMSP、TCMID数据库筛选出清肺排毒汤活性成分及靶点;利用GEO和CTD数据库筛选出ARDS相关潜在靶点;根据韦恩图获取清肺排毒汤与ARDS的交集靶点;利用String数据库构建交集靶点的蛋白互作网络(PPI);通过David数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)分析和基因组百科全书通路(KEGG)富集分析;采用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-通路网络图,选择一条关键通路进行动物实验验证。结果:筛选出清肺排毒汤治疗ARDS的化学成分442个,关键蛋白105个。GO分析得到2790个条目,发现潜在靶点可以作用于活性氧代谢过程的调节、细胞对化学的应激反应、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节等生物过程;KEGG通路分析共富集到182条通路,其中包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、PI3K-AKT信号通路、Kaposi肉瘤相关疱疹病毒感染、脂质和动脉粥样硬化等。动物实验结果显示,清肺排毒汤对ARDS大鼠模型动脉血气指标有明显改善,肺系数、肺通透指数、肺病理评分显著降低,ARDS大鼠肺组织中p-ERK及p-P38MAPK蛋白的表达下调(P<0.05或P<0.01)。结论:清肺排毒汤对ARDS大鼠模型具有很好的保护作用,可通过抑制MAPK信号通路活化缓解大鼠ARDS。

关键词： 厚朴三物汤   腹痛   网络药理学   分子对接   有效成分  

摘要： 为研究厚朴三物汤治疗腹痛的作用机制,通过网络药理学和分子对接技术探究了厚朴三物汤的活性成分、作用靶点及信号通路机制。首先使用相关软件筛选厚朴三物汤的活性成分及腹痛相关靶点,接着利用绘图工具构建“药物成分-靶点”网络图及蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,然后使用用于注释、可视化和集成发现的数据库(database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID)进行生物信息学富集分析,最后进行蛋白分子对接。结果表明,厚朴三物汤治疗腹痛的核心蛋白为AKT1、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、ESR1、BCL2等;有效活性成分为3,4,5,7-四甲氧基黄酮、三甲氧基黄酮、木犀草素、香蜂草苷、异橙黄酮和去氢二松柏醇等;涉及的信号通路包括癌症相关途径、EGFR耐药性、HIF-1信号通路等。分子对接结果揭示了活性成分与靶点之间的高效结合潜力,厚朴三物汤可通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗腹痛的作用。该研究为厚朴三物汤的临床应用提供了依据。