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关键词： 雷公藤   胃溃疡   网络药理学  

摘要： 目的:通过网络药理学方法探究传统中药雷公藤治疗胃溃疡(GU)的潜在活性成分及其作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选雷公藤的活性化合物,构建雷公藤成分-靶点网络。通过GeneCards数据库获取GU的治疗靶点,并筛选出与雷公藤重叠的靶点。利用STRING数据库和Cytoscape软件分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,得到核心靶点。最后进行GO和KEGG通路富集分析,揭示重叠靶点生物学功能和信号通路。结果:成分-靶点网络显示了雷公藤治疗GU的多靶点特性,而PPI网络分析揭示了核心靶蛋白,如肿瘤坏死因子(TNF)、RACα-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、信号转导与转录激活因子3(STAT3)等。GO和KEGG通路富集分析进一步确定了雷公藤活性成分可能通过调节癌症相关通路、脂质代谢通路等发挥作用。结论:雷公藤中的多种活性成分具有治疗GU的潜力,可能通过靶向多个生物学靶点和信号通路发挥作用。

关键词： 淫羊藿苷   前列腺癌   Notch1通路   网络药理学  

摘要： 目的结合网络药理学和动物实验研究淫羊藿苷对前列腺癌的干预作用及其机制。方法通过SwissTargetPrediction数据库预测淫羊藿苷作用靶点;通过String数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.1筛选核心靶点;通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)生物过程富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析以预测作用机制。构建前列腺癌PC-3荷瘤小鼠模型,观察淫羊藿苷单用和联用紫杉醇对肿瘤的抑制作用。结果网络药理学预测淫羊藿苷具有治疗前列腺癌的作用,核心靶点可能是丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、B淋巴细胞瘤-2基因(BCL2)、表皮生长因子受体(EGFR)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、热休克蛋白90α家族B类成员(HSP90AB1)、细胞核因子κB亚基1(NF-κB1)、肿瘤蛋白p53等。动物实验发现,与模型对照组比较,淫羊藿苷组、紫杉醇组小鼠肿瘤生长得到显著抑制,并且血清中肿瘤坏死因子含量明显降低,但睾酮无明显变化;2组均可明显下调Notch1、Jagged1和Hes1的mRNA表达(P<0.05),而联合用药组的抑制作用更为显著。结论网络药理学和动物实验结果均证实淫羊藿苷对前列腺癌有明显的抑制作用,对肿瘤激活的Notch信号通路的抑制作用更显著,这可能是淫羊藿苷发挥抗肿瘤作用的机制之一。

关键词： 深绿卷柏孢子   脂肪酸   气相色谱-质谱联用法   抗氧化   网络药理学  

摘要： 目的:分析深绿卷柏孢子脂肪酸的抗氧化活性成分及作用机制。方法:采用索氏提取法和酸水解法分别提取深绿卷柏孢子中的游离态脂肪和结合态脂肪,分析2种类型脂肪的体外抗氧化活性。利用气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)对游离态脂肪中的脂肪酸成分进行分析。构建“活性成分-靶点”网络,对潜在靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对核心靶点进行分子对接验证。结果:深绿卷柏孢子中不同类型脂肪对DPPH自由基和ABTS自由基均有一定的清除能力,对铁离子也有一定的还原能力,且游离态脂肪抗氧化能力较强;游离态脂肪中脂肪酸组成主要为亚油酸(70.36%)、棕榈酸(8.54%)、硬脂酸(7.43%)和油酸(3.71%);通过网络药理学分析获得与抗氧化相关的134个核心靶点;KEGG富集分析得到18条通路;分子对接结果显示脂肪酸成分与RXRA、PTGS2和ESR1等蛋白能够稳定结合,且不饱和脂肪酸对接得分较高。结论:深绿卷柏孢子富含对人体有益的不饱和脂肪酸,其通过多靶点、多途径协同发挥抗氧化作用。

关键词： 网络药理学   瓜蒌   低氧   大鼠   平滑肌   细胞   增殖   迁移  

摘要： 目的运用网络药理学和体外实验方法探究瓜蒌对低氧诱导的大鼠肺动脉平滑肌细胞增殖、迁移的影响。方法利用TCMSP、Pubchen、Swiss Target Prediction、GeneCards、OMIM、DisGeNET、STRING、PDB等数据库预测瓜蒌作用于低氧性肺动脉高压的潜在靶点基因,筛选出核心靶点基因后进行富集分析,采用分子对接技术验证网络药理学预测结果,通过体外实验观测瓜蒌提取物对低氧诱导的大鼠肺动脉平滑肌细胞增殖、迁移的影响。结果通过综合多个数据库得到210个瓜蒌抗低氧性肺动脉高压潜在靶点基因,进一步筛选得到IL6、ESR1、AKT1、BCL2等43个核心靶点基因。GO、KEGG富集分析结果表明,瓜蒌通过影响PI3K/AKT和FoxO、Ras等信号通路发挥抗低氧性肺动脉高压作用。在分子对接实验中,瓜蒌中的多种成分与多种靶点基因有着良好的结合能力。通过体外实验发现,瓜蒌提取物可以抑制低氧诱导的大鼠肺动脉平滑肌细胞的增殖、迁移。结论瓜蒌提取物可以通过多成分、多靶点、多通路抑制低氧诱导的大鼠肺动脉平滑肌细胞的增殖、迁移,进而对低氧性肺动脉高压发挥保护作用。

关键词： 京尼平苷   动脉粥样硬化   分子对接  

摘要： 目的:本研究旨在通过网络药理学深入剖析京尼平苷(Gen)在抗动脉粥样硬化(AS)过程中的潜在作用机制。方法:检索TCMSP、SwissTargetPrediction等权威数据库,精准预测并筛选出Gen的活性靶点。同时,借助OMIM、GeneCards等数据库,全面收集AS疾病的相关靶点。随后,通过Venny在线工具,高效地找出AS与Gen之间的交集靶点。为了更直观地展示这些关系,使用Cytoscape 3.9.1软件绘制活性成分与靶点的网络图。进一步利用STRING数据库和Metascape数据库,深入分析蛋白-蛋白相互作用(PPI)以及靶点的富集情况。最后,通过SYBYL-X 2.0软件,对关键靶点进行模拟分子对接。结果:预测出Gen的活性靶点171个,AS的靶点则多达5 646个。在这两者之中,发现了118个交集基因。进一步的分析表明,Gen在治疗AS的过程中,主要通过调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路,影响白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素1β(IL-1β)和表皮生长因子受体(EGFR)等关键靶点。分子对接的结果也进一步证实,Gen与丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、JUN和PTEN等靶点具有优异的结合能力。结论:本研究表明,Gen可能通过MAPK信号通路,影响MAPK14、JUN和PTEN等基因,从而在AS的治疗中发挥重要作用。这一发现不仅为AS的治疗提供了新的思路,也为后续的实验研究奠定了坚实的基础。

关键词： 乌梅丸   胃肠疾病   脑疾病   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的基于网络药理学与分子对接探讨乌梅丸能同时治疗胃肠及脑疾病的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PubChem、SwissTargetPrediction、Uniprot、GeneCards、BrainBase、STRING以及Metascape等数据库与Cytoscape构建一系列网络图,筛选核心成分、核心靶点及主要治疗疾病,并对靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,最后通过AutoDock软件对关键活性成分与潜在作用靶点进行分子对接验证。结果获得乌梅丸潜在活性成分102种,治疗胃肠及脑疾病的交集潜在靶点171个。KEGG富集分析主要涉及肿瘤信号通路、钙离子信号通路、乙型肝炎、HIF-1信号通路等。其中,为槲皮素、鬃毛酮、苦楝酮、五味子酯乙和benzoylnapelline可能是乌梅丸能同时治疗胃肠及脑疾病的主要活性成分,核心靶点可能为AKT1、TNF、IL-6、TP53、SRC,治疗针对的疾病主要有结肠癌、功能性胃肠病、胃炎、炎症性肠病等胃肠疾病和神经胶质瘤、阿尔茨海默病、多发性硬化症、癫痫、中风和孤独症谱系障碍等脑疾病。结论乌梅丸可能通过核心成分槲皮素、鬃毛酮等作用于AKT1、TNF、IL-6等核心靶点调节肿瘤、HIF-1、钙离子等信号通路发挥治疗胃肠及脑疾病的作用,体现中医“异病同治”的治病法则。

关键词： 中药药理学   文献计量学   学术迹   专利分析   发展趋势  

摘要： 目的:分析中国中医科学院中药研究所(以下简称“中药所”)中药药理学学科相关文献,评估其研究现状、发展趋势、学科成员学术影响力,以及专利技术情况。方法:检索中国知网(CNKI)、Web of Science(WOS)数据库中2002—2024年以第一作者或通讯(信)作者,且作者单位为中药所的学科成员论文,使用CiteSpace 6.3.R6对年发文量、关键词进行可视化分析;对中药所中药药理学学科成员的论文发文总数、被引次数等测度参数进行统计,得出h指数后计算学术迹,从学术迹T、高被引论文等方面对学科成员学术影响力量化测评;从HimmPat专利数据库检索中药所中药药理学学科2005—2024年的专利数据,采用Excel 2022及Origin 2021对专利整体申请趋势、技术构成等进行可视化分析。结果:在过去20余年,学科论文年发表量整体呈上升趋势,关键词热点包含“动物模型”“作用机制”“网络药理学”等;研究热点聚焦在中药药理机制创新方法、中药防治重大非感染性疾病和中药防治呼吸道病毒性疾病的基础研究等。中药所中药药理学学科成员学术迹T均为正值,个人影响力良好。近几年专利申请趋势增长明显,主要集中在A61K类专利、G01N小类,IPC大组分析显示主要技术应用集中在A61K36、A61K31等领域。结论:中药所中药药理学学科发展稳步向上,学科成员学术影响力尚可,专利成果丰富。未来可继续加强药理学科创新研究和新药研发,开展多学科交融研究,促进中药现代化。

关键词： 槲皮素   结直肠息肉   网络药理学   孟德尔随机化   分子对接  

摘要： 目的采用网络药理学联合孟德尔随机化分析来探讨槲皮素治疗结直肠息肉的关键靶点和作用机制。方法通过DrugBank和SwissTargetPrediction数据库获取槲皮素的药物靶点,通过DisGeNET、Genecards和OMIM数据库获取结直肠息肉疾病靶点,利用Venny获取药物和疾病靶点的交集。使用STRING数据库构建共有靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID数据库和R 4.2.1软件进行基因本体(GO)功能富集和京都基因百科全书基因组学(KEGG)通路分析。通过孟德尔随机化分析筛选关键靶点进行全表型组关联分析,并用CB-Dock2网站进行分子对接验证。结结果100个药物靶点与1520个疾病靶点取交集后,得到46个槲皮素抑制结直肠息肉发生发展的治疗靶点。GO和KEGG分析发现,槲皮素治疗结直肠息肉主要涉及抗氧化应激生物学过程,主要信号通路是PI3K/Akt。孟德尔随机化逆方差加权法结果显示,在12个核心靶点,ABCB1为关键靶点(OR[95%CI]:1.0037[1.0004,1.007],P=0.026)。全表型组关联分析进一步证明本研究结果的可靠性。分子对接研究表明槲皮素对ABCB1有较强的亲和力。结论本研究初步揭示了槲皮素治疗结直肠息肉的潜在分子机制,为后续基础研究提供了参考。

关键词： 红景天   手术应激   促肾上腺皮质激素释放激素   糖皮质激素   槲皮素   前列腺素—内过氧化物合酶2   白细胞介素6  

摘要： 目的基于网络药理学和分子对接分析红景天抑制手术应激过程中促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)、糖皮质激素(GC)释放的有效活性成分及相关靶基因,并探讨其可能的机制。方法使用中药系统药理学数据库、STRING数据库检索红景天的有效活性成分并分析其药物靶基因,NCBI数据库、OMIM数据库分别检索手术应激、CRH和GC的靶基因,二者取交集后得到红景天降低手术应激过程中CRH、GC的核心靶基因,进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用Cytoscape软件绘制蛋白质相互作用网络(PPI)图,根据degree值获得排名前五的核心靶基因,采用分子对接方法分析其与红景天有效活性成分的结合能。结果筛选后得到红景天有效活性成分10个及其药物靶基因191个,其中degree值排名前三的有效活性成分分别为槲皮素、山柰酚和木犀草素。共得到手术应激相关靶基因118个、CRH相关靶基因44个、GC相关靶基因502个,与药物靶基因取交集后获得核心靶基因16个。GO功能分析结果显示,核心靶基因富集在生物过程136个、细胞成分6个、分子功能15个;KEGG通路分析结果显示,核心靶基因主要富集在高级糖基化终产物—高级糖基化终产物受体(AGE/RAGE)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路和人类巨细胞病毒感染等。PPI图中degree值排名前五的核心靶基因分别为前列腺素—内过氧化物合酶2(PTGS2)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素6(IL-6)、分泌磷蛋白1(SPP1)、肿瘤蛋白p53基因(TP53)。槲皮素、山柰酚、木犀草素与PTGS2、IL-6、SPP1、TP53均具有较强的结合作用(结合能均≤-5 kcal/mol)。结论红景天可通过其活性成分槲皮素、山柰酚、木犀草素调节PTGS2、IL-6、SPP1、TP53表达而抑制手术应激过程中CRH、GC释放,其机制可能与AGE/RAGE信号通路有关。

关键词： 消瘀散精简方新组方贴膏   超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱   UPLC-Q-TOF-MS   骨关节炎   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的通过超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术结合网络药理学研究消瘀散精简方新组方贴膏(简称新组方贴膏)治疗骨关节炎的药效基础与作用靶点。方法以UPLC-Q-TOF-MS技术结合文献检索获取消瘀散精简方新组方贴膏的活性成分信息,使用SwissTargetPrediction和Similarity ensemble approach数据库进行作用靶点预测;利用GeneCards和OMIM数据库检索与骨关节炎相关的疾病靶点,并与活性成分作用靶点进行合并去重,通过Cytoscape 3.10.2软件构建“活性成分-有效靶点”网络;将交集靶点导入STRING数据库构建蛋白互作网络;将交集靶点用R(4.2.1)语言进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;采用CB-dock2在线分析软件进行关键成分与有效靶点的分子对接研究。结果通过应用UPLC-Q-TOF-MS技术,从消瘀散精简方新组方贴膏中共鉴别出54个活性成分,与骨关节炎交集靶点332个。预测消瘀散精简方新组方贴膏可能通过菊苣酸、迷迭香酸、咖啡酸、大黄酸、壬二酸、秦皮乙素、藁本内酯、新隐丹参酮和阿魏酸等主要活性成分,作用于蛋白酪氨酸磷酸酶11(PTPN11)、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1(PIK3R1)、磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(PIK3CA)、表皮生长因子受体(EGFR)、Janus酪氨酸激酶2(JAK2)等关键靶点,调控肿瘤坏死因子(TNF)、磷酯酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、表皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶抑制剂耐药等信号通路发挥免疫调节与抗炎镇痛作用;其中PIK3CA与咖啡酸(Caffeic acid)结合能最高,为-9.7 kJ·mol^(-1),表明所筛选的活性成分与核心靶点之间具有较好的结合亲和力。结论消瘀散精简方新组方贴膏可能通过菊苣酸、迷迭香酸、咖啡酸、大黄酸、壬二酸、秦皮乙素、藁本内酯、新隐丹参酮和阿魏酸等主要活性成分,作用于PTPN11、PIK3R1、PIK3CA、EGFR、JAK2等关键靶点,调控TNF、PI3K-Akt、EGFR等信号通路发挥免疫调节与抗炎镇痛作用。