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关键词： 心肌梗死   血管新生   丹参酮ⅡA   网络药理学   分子对接  

摘要： 目的:利用网络药理学和分子对接技术探讨丹参酮ⅡA干预血管新生的作用机制。方法:通过Swiss Target Prediction数据库预测丹参酮ⅡA作用靶点,通过在人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)、GeneCards数据库、遗传药理学和药物基因组学数据库(PharmGKB)获取血管新生的主要靶点,利用Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络,寻找核心靶点。利用R4.3.0软件和微生信平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina和PyMOL 2.5.5软件进行分子对接和结果分析。结果:共获得丹参酮ⅡA干预血管新生的交集靶点54个,PPI网络拓扑分析得到白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、缺氧诱导因子(HIF)-1A、肿瘤蛋白P53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)为关键靶点。GO功能分析提示丹参酮ⅡA主要参与蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性正调控、促分裂原活化蛋白激酶活性的调控、间充质发育等生物过程。KEGG富集分析包括磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路、HIF-1通路、TNF通路、白细胞介素17(IL-17)通路等。分子对接显示核心靶点与活性成分之间结合活性较好。结论:丹参酮ⅡA通过多靶点、多通路干预血管新生,其中靶点VEGFA、TNF、HIF-1A,PI3K-AKT通路、HIF-1通路可能是研究丹参酮ⅡA促血管新生机制的重点。

关键词： 双心病   中医药   数据挖掘   网络药理学   用药规律  

摘要： 目的:基于数据挖掘与网络药理学分析中医药治疗双心病的用药规律及作用机制。方法:检索自建库至2023年12月中国知网、万方数据库、维普数据库收录的中药复方治疗双心病临床研究文献,建立文献数据库,使用Excel 2021、IBM SPSS Modeler 18.0、SPSS IBM SPSS Statistics 27.0.1等软件对其进行中药频数、关联规则和聚类分析,应用网络药理学方法研究核心药对柴胡-郁金-甘草治疗双心病的关键靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用AutoDockTools 1.5.7和PyMol 2.6.0进行分子对接验证及可视化处理。结果:共纳入中药复方155首,涉及中药126味,高频药物19味,其中甘草、柴胡、丹参、郁金、川芎使用频次较多;功效分类以补虚药、理气药、活血化瘀药最为常见;药味以甘、苦、平为主,药性以温为主,多归肝、心经;关联规则分析得到15种关联强度高的药物组合;聚类分析得到4种药物组合。核心药对柴胡-郁金-甘草对治疗双心病有191个关键靶点,206条重要通路。AKT1、TNF、IL-6、TP53、IL-1β等为核心靶点,脂质和动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、神经退行性变的途径-多种疾病等为主要通路。分子对接结果显示核心成分与靶点之间结合良好。结论:中医治疗双心病以疏肝解郁为主,用药多以活血化瘀药、理气药、补虚药相配伍运用,核心药对柴胡-郁金-甘草具有多成分、多靶点、多通路的治疗特点,主要通过抗炎、抗氧化凋亡、保护心脑细胞等机制来发挥对双心病的治疗作用。

关键词： 灯盏花乙素   乳腺癌   网络药理学   分子对接   体外细胞实验   信号通路  

摘要： 采用网络药理学和分子对接技术预测灯盏花乙素(scutellarin,SCU)抗乳腺癌的潜在靶点和作用机制,并结合临床数据以及体外细胞实验进行验证。分别通过SwissTargetPrediction数据库、TargetNet数据库以及GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选SCU的潜在作用靶点和乳腺癌相关疾病靶点,然后利用Venny2.1.0平台获得药物和疾病的交集靶标,作为SCU干预乳腺癌的潜在治疗靶点;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白质-蛋白质互作网络并筛选关键靶点;利用DAVID数据库对交集靶标进行基因本体(GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock Vina软件对排名前两位的核心靶点与SCU进行分子对接验证;通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析核心靶基因在临床样本中的表达情况;最后在细胞水平验证SCU对乳腺癌的抗增殖作用以及对前面获取的关键靶点和通路蛋白表达的影响。经数据库筛选得到90个SCU抗乳腺癌潜在靶点,后续拓扑分析得到度值排名前5的关键靶点,分别为EGFR、TNF、CASP3、PTGS2以及MAPK14;KEGG通路分析提示SCU抗乳腺癌主要涉及C-型凝集素受体信号通路、凋亡信号通路、人巨细胞病毒感染、HIF-1信号通路、IL-17等多条信号通路;分子对接结果显示SCU与关键靶点具有较强的结合能力;临床样本分析显示与健康人群相比,关键靶基因的表达均在乳腺癌患者中发生显著变化(P<0.01)。体外细胞实验表明,SCU在40~160μmol/L浓度范围内以剂量依赖性的方式抑制人乳腺癌细胞MCF-7细胞的增殖(P<0.01或P<0.05),Western blot结果显示SCU上调了MCF-7细胞中EGFR的蛋白表达,下调了TNF-α与HIF-1α的蛋白表达。综上,SCU干预乳腺癌具有多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与下调TNF-α/HIF-1α、上调EGFR通路,继而抑制细胞增殖有关,从而为SCU临床研究和产品开发提供了理论依据和参考。

关键词： 优精种子汤   不育症   少精子症   弱精子症   网络药理学   分子对接   分子动力学  

摘要： 目的 利用生物信息学分析优精种子汤治疗少弱精子症的药物核心成分及其可能作用靶点。方法 利用HERB和SwissADME数据库分析优精种子汤组方中药的主要成分及其药理性质。利用Genecards、TTD和Drugbank数据库预测不育症相关靶点,将筛选后的药物作用靶点与疾病基因靶点相互交集以获取共有靶点。通过STRING平台对共有靶点进行分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Metescape数据库进行GO及KEGG数据分析;构建优精种子汤-不育症“方药-成分-靶点-通路”网络图及桑基图。然后以分子对接分子动力学技术对方剂中核心成分与作用靶点进行分析。结果 优精种子汤治疗不育的有效成分共1 182种,其中潜在作用靶点共6个,分别为细胞周期蛋白A1(CCNA1)、雌激素受体1(ESR1)、雄激素受体(AR)、精氨酸加压素受体1A(AVPR1A)、囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)等。分子作用机制涉及细胞内类固醇激素受体、细胞内雌激素受体以及腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路等。分子对接结果显示AR/血竭素高氯酸、AR/槲皮素、AVPR1A/脱氢阿西林、ESR1/3-羟基补骨脂酚、ESR1/槲皮素为最佳结合组合。分子动力学结果显示AR/血竭素高氯酸、AR/槲皮素、ESR1/3-羟基补骨脂酚、ESR1/槲皮素的结合强度显著。结论 优精种子汤通过多成分、多靶点和多通路起到治疗少弱精子症的目的,其作用机制是通过调控类固醇激素受体、细胞内雌激素受体以及AMPK信号通路而实现的。

关键词： 网络药理学   舒肝宁   口服制剂   胆汁淤积性肝损伤   小鼠  

摘要： 目的探讨舒肝宁口服制剂对胆汁淤积性肝损伤小鼠的保护作用及机制。方法通过筛选舒肝宁中药活性成分靶点及胆汁淤积性肝病靶点,两者取交集;采用String数据库和Cytoscape软件分析交集靶点的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)关系,筛选出关键靶点行基因本体(gene ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析;取雄性昆明种小鼠分成对照组、模型组、舒肝宁高、中、低剂量组及熊去氧胆酸组,每组10只;各组动物按各自剂量每日灌胃给药1次,连续10 d;于给药第8天时,除对照组外的各组小鼠建立1-萘异硫氰酸酯(1-naphthyl isothiocyanate,ANIT)诱导的黄疸淤积型肝损伤模型;给药结束后24 h,检测血清中直接胆红素(DBIL)、总胆红素(TBIL)、总胆汁酸(TBA)含量及血清中碱性磷酸酶(AKP)、谷丙转氨酶(ALT)、谷草转移酶(AST)活力;取肝组织行HE染色;检测肝组织超氧化物歧化酶(SOD)活力、丙二醛(MDA)含量;采用Western blot实验检测肝组织中磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)、蛋白激酶B(AKT)表达水平。结果筛选获得舒肝宁中药活性成分对应靶点224个,胆汁淤积性肝病靶点1295个,两者交集靶点90个;交集靶点PPI网络中,AKT1度值最大;PI3K/AKT信号通路是其中重要的信号通路;动物实验结果显示,与对照组比较,模型组小鼠血清中DBIL、TBIL、TBA含量以及PKA、ALT、AST活性均显著升高(P<0.01),肝组织SOD活性明显降低(P<0.01)、MDA含量明显升高(P<0.01);与模型组比较,舒肝宁高、中、低剂量组及熊去氧胆酸组小鼠血清中DBIL、TBIL和TBA含量及PKA、ALT和AST活性均降低(P<0.05或P<0.01),肝组织SOD活性升高(P<0.05,P<0.01)、MDA含量降低(P<0.05,P<0.01);模型组小鼠肝小叶的汇管周围出现肝细胞肿胀、脂肪样变及局灶性坏死,伴有炎细胞浸润;舒肝宁高、中、低剂量组及熊去氧胆酸组小鼠肝组织病理改变较模型组有不同程度改善;与对照组比较,模型组小鼠肝组织PI3K、AKT表达水平显著升高(P<0.01);与模型组比较,舒肝宁高、中剂量组及熊去氧胆酸组小鼠肝组织中PI3K、AKT表达水平降低(P<0.05,P<0.01)。结论舒肝宁口服制剂可明显改善小鼠胆汁淤积性肝损伤,其机制可能与舒肝宁口服制剂调控PI3K/AKT信号通路有关。

关键词： 隔山消醇提取物   超高效液相色谱-高分辨质谱法(UPLC-HRMS)   慢性传输型便秘   网络药理学  

摘要： 目的探讨土家族药物隔山消醇提取物治疗慢性传输型便秘(STC)的物质基础及可能的作用机制。方法采用超高效液相色谱-高分辨质谱法(UPLC-HRMS)技术分析隔山消60%乙醇提取物中的化学成分;从UPLC-HRMS检测获得的化学成分中,选取其中含量TOP20的化学成分结合PubChem、SITCH、TTD等数据库检索、筛选隔山消醇提取物治疗STC的作用靶点,BioGPS数据库对靶点对应的组织分布进行分析,利用微生信在线网站进行GO功能、KEGG通路的富集分析,筛选其治疗STC可能的主要活性成分及作用机制。结果UPLC-HRMS共检测出隔山消醇相对含量TOP20的化学成分,其相对含量约为总含量的60%,预测出186个隔山消醇提取物治疗STC的共同作用靶点。GO富集分析发现隔山消醇提取物化学成分治疗STC涉及ERK1和ERK2级联的正向调节、MAPK级联的正向调控、细胞增殖的正向调控等生物过程。KEGG富集通路共159条,包括AGE-RAGE信号通路、C型凝集素受体信号通路、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等。结论隔山消醇提取物中发挥治疗STC的可能化学成分为Meldenin、28-没食子酰葡萄糖基儿茶素-3-阿拉伯糖苷、9,10,11-三羟基十八碳-12-烯酸等,其作用机制可能与调节AGE-RAGE信号通路、C型凝集素受体信号通路、PI3K-Akt信号通路有关。

关键词： 内异膏   子宫内膜异位症   网络药理学   转录组学   大鼠  

摘要： 【目的】基于网络药理学和转录组学探讨内异膏治疗子宫内膜异位症的作用机制。【方法】采用自体移植法复制子宫内膜异位症SD大鼠模型。将造模成功的大鼠随机分为模型组,内异膏低、中、高剂量组,地诺孕素组,每组10只。另设假手术组(10只大鼠)。连续4周干预后,测量大鼠异位病灶体积大小,采用苏木素-伊红(HE)染色法观察大鼠病灶体积病理变化。提取大鼠病灶RNA进行转录组学测序,并对组间差异基因进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析。在TCMSP等数据库收集并筛选内异膏的主要活性成分及其靶点,通过OMIM等数据库收集子宫内膜异位症疾病靶点,利用Venn图获得药物成分靶点与疾病之间的交集靶点,利用基因富集分析在线工具(Metascape)对药物成分与疾病的交集靶点进行基因的GO富集分析和KEGG通路富集分析。将网络药理学富集通路与转录组学富集通路进行交集,采用实时定量聚合酶链反应(qPCR)法和Western Blot法分别对应检测交集通路上关键靶点的mRNA、蛋白表达。【结果】与假手术组比较,模型组病灶体积显著增大(P<0.01);与模型组比较,给药组大鼠病灶体积显著缩小(P<0.05)。共得到内异膏活性成分341种,子宫内膜异位症疾病相关靶点2178个,药物靶点与疾病靶点交集为278个;假手术组与模型组共筛选出189个差异基因;模型组与内异膏高剂量组共筛选出255个差异基因;假手术组与内异膏高剂量组共筛选出740个差异基因,其中上调基因390个,下调基因350个。网络药理学与转录组学KEGG富集通路取交集,主要包括P53信号通路、FOXO信号通路、细胞周期通路等。qPCR及Western Blot验证结果显示内异膏可以抑制子宫内膜异位症大鼠子宫内膜间质细胞增殖,上调子宫内膜异位症大鼠BAX、Caspase3的mRNA、蛋白表达水平(P<0.05或P<0.01),下调BCL-2 mRNA、蛋白表达水平(P<0.05或P<0.01)。【结论】内异膏可能通过调控P53信号通路发挥治疗子宫内膜异位症的作用。

关键词： 肝硬化腹水   茯苓-厚朴-大腹皮   角药   网络药理学  

摘要： 目的:采用网络药理学分析茯苓-厚朴-大腹皮角药治疗肝硬化腹水的潜在机制。方法:利用中药网络药理学分析平台(TCMSP)筛选茯苓-厚朴-大腹皮角药的活性成分及作用靶点;通过OMIM、GeneCards、PharmGkb等数据库检索肝硬化腹水的相关靶点;运用在线软件venny2.1绘制药物与疾病交集韦恩图,得到角药治疗肝硬化腹水的潜在靶点;运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-靶点网络并进行分析,筛选出角药的核心活性成分;运用string数据库构建蛋白互相作用(PPI)网络并运用Cytoscape 3.9.0软件进行分析,筛选出角药治疗肝硬化腹水的关键靶点;运用DAVID数据库对交集靶点进行富集分析。结果:筛选得到角药活性成分19个,对应作用靶点46个,肝硬化腹水的相关靶点2522个,药物与疾病交集靶点13个。药物-成分-靶点网络和PPI网络分析显示桉树醇、常春藤皂苷元、原花青素B1、新橙皮苷、ent-表儿茶素是角药治疗肝硬化腹水的核心活性成分,PTGS2、PTGS1、NR3C2、NOS3、PGR是治疗的关键靶点。13个潜在靶点GO功能分析富集到生物过程(BP)21个条目,细胞成分(CC)7个条目,分子功能(MF)13个条目,KEGG通路分析富集到5条通路。结论:茯苓-厚朴-大腹皮角药通过多成分、多靶点、多途径、多通路治疗肝硬化腹水,可能与调控神经活性配体-受体相互作用、血小板活化、钙信号等通路有关。

关键词： 鱼腥草   细菌性角膜炎   真菌性角膜炎   网络药理学   作用机制  

摘要： 目的基于网络药理学探讨鱼腥草治疗细菌性角膜炎(BK)和真菌性角膜炎(FK)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)数据库和化学数据库获取鱼腥草的主要化学成分。通过Swiss Target Prediction数据库和TargetNet数据库获取鱼腥草化学成分的作用靶点。应用GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取BK、FK的潜在靶点。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络和“活性成分-核心靶点-关键通路”网络。通过DAVID数据库对鱼腥草治疗BK、FK的潜在作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果研究筛选出鱼腥草主要活性成分14种,潜在靶点858个,经分析确定治疗BK的潜在靶点有70个,治疗FK的潜在靶点有52个。PPI分析结果发现,鱼腥草治疗BK的核心蛋白12个,治疗FK的核心蛋白15个。GO富集分析和KEGG通路富集分析揭示了相关生物学过程、分子功能、细胞组成及主要通路。“活性成分-核心靶点-关键通路”网络发现,槲皮素是鱼腥草治疗BK、FK的关键活性化合物;治疗BK的关键靶点为蛋白激酶B1(AKT1),治疗FK的关键靶点为丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14);核因子κB(NF-κB)信号通路是其共同的关键作用通路。结论鱼腥草治疗BK和FK具有多成分、多靶点、多途径协同作用的特点,槲皮素为其核心活性成分。

关键词： 脓毒症   肠损伤   芍药苷   沉默信息调节因子1   M2型丙酮酸激酶  

摘要： 目的:采用网络药理学、分子对接及动物实验结合的方法研究芍药苷(PF)对脂多糖(LPS)诱导的小鼠脓毒症肠损伤的作用及相关机制。方法:网络药理学分析赤芍治疗脓毒症的主要活性成分和作用靶点。分子对接用于探究PF与沉默信息调节因子1(SIRT1)的结合活性。腹腔注射LPS建立小鼠脓毒症肠损伤模型。造模24 h后取材,HE染色观察肠组织病理学变化并进行Chiu's评分;ELISA检测肠组织炎症因子白细胞介素1β(IL-1β)、IL-18、肠通透性指标二胺氧化酶(DAO)、肠型脂肪酸结合蛋白(I-FABP)和血清D-乳酸及有氧糖酵解产物L-乳酸含量;Western blot检测肠组织SIRT1、M2型丙酮酸激酶(PKM2)及NOD样受体蛋白3(NLRP3)蛋白的表达量。结果:网络药理学分析表明赤芍主要活性成分芍药苷可通过作用于SIRT1等靶点治疗脓毒症。分子对接结果显示PF与SIRT1具有较强的结合活性。动物实验结果表明,与对照组比较,LPS组HE染色显示肠组织病理损伤明显,Chiu's评分升高,肠组织IL-1β、IL-18含量升高,DAO、I-FABP含量下降(P<0.05),血清D-乳酸、L-乳酸含量增加(P<0.05),SIRT1表达下调,PKM2、NLRP3表达上调(P<0.05);与LPS组比较,LPS+PF组HE染色和Chiu's评分显示肠组织病理损伤减轻,肠组织IL-1β、IL-18含量下降,DAO、I-FABP含量升高(P<0.05),血清D-乳酸、L-乳酸含量减少(P<0.05),SIRT1表达上调,PKM2、NLRP3表达下调(P<0.05);与LPS+PF组比较,LPS+PF+EX527组HE染色显示肠组织病理损伤加重,Chiu's评分升高,肠组织IL-1β、IL-18含量升高,DAO、I-FABP含量下降(P<0.05),血清D-乳酸、L-乳酸含量增加(P<0.05),SIRT1表达下调,PKM2、NLRP3表达上调(P<0.05)。结论:PF可以缓解小鼠脓毒症肠损伤,其机制可能是通过上调SIRT1表达,抑制PKM2介导的有氧糖酵解进而降低NLRP3活化,减少炎症因子释放,从而减轻肠道炎症反应。