关键词:
肺鳞癌
lncRNA
靶基因
基因表达综合数据库
癌症基因组图谱数据库
摘要:
目的 基于基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)和癌症基因组图谱数据库(the cancer genome atlas, TCGA)筛选肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma, LUSC)预后相关基因,建立早期预后风险模型,探讨LUSC的发病机制,预测治疗LUSC的潜在中药。方法 使用计数数据差异分析的DESeq2包(DESeq2 package for differential analysis of count data, DESeq2)来筛选TCGA和GEO数据中的差异基因,使用单因素Cox、多因素Cox回归分析构建预后风险模型,按照风险评分中位值将肺鳞癌患者分为高低风险两组进行风险模型与生存预后、临床Ⅰ期和淋巴结转移的相关分析,将核心基因与医学本体信息检索平台相互映射,筛选治疗LUSC的中药,并对筛选出的基因进行细胞系验证。结果 多因素Cox回归最终得到8个候选基因[1个长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA):GS1-124K5.4;7个蛋白:CWC25(CWC25剪接体相关蛋白同源物,CWC25 spliceosome-associated protein homolog),EEPD1(核酸内切酶/外切核酸酶/磷酸酶家族结构域1,endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing),TTCC7(微管蛋白酪氨酸连接酶样家族成员7, tubulin tyrosine ligase-like family member 7),IFT88 (鞭毛运输蛋白88, Intraflagellar transport 88),LMF2(脂肪酶成熟因子2重组蛋白,Recombinant lipase maturation factor 2),SPECC1(具有calponin同源性和螺旋结构域1的精子抗原,Sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1),EVR3-1(编码细胞质核糖体蛋白)],按照此模型的风险评分中位值将患者分为高低风险组后,此模型可作为预后、临床Ⅰ期和淋巴结转移相关的风险模型,其生物作用主要富集在AMPK信号通路、Rap1信号通路、癌症信号通路等。筛选治疗LUSC的潜在中药有黄芩、黄柏、肉豆蔻、红豆杉、虎杖、石竹、前胡、补骨脂、秦皮等。并且发现此模型中的蛋白在大部分LUSC细胞系中低表达。结论 研究建立的预后风险模型对预测临床I期LUSC患者的预后和LUSC患者淋巴结转移具有一定的临床价值,并促进了对LUSC发病机制的理解,为LUSC的新药研发提供了新靶标。